ব্যাকটেরিয়াঘটিত/ব্যপ্তিযোগ্যতা-বর্ধমান প্রোটিনের আণবিক বিবর্তন (BPIFA1) স্তন্যপায়ী প্রাণীদের মধ্যে জন্মগত রোগ প্রতিরোধ ক্ষমতা নিয়ন্ত্রণকারী অংশ 2

3। ফলাফল

স্তন্যপায়ী জিনোমে এনকোড করা BPIFA1 প্রোটিন সিকোয়েন্সগুলি অভিযোজিত নির্বাচন এবং বিবর্তনের ভূমিকা নির্ধারণের জন্য অধ্যয়ন করা হয়েছিল। BPIFA1 প্রোটিন হল ব্যাকটেরিয়া এবং ছত্রাক দ্বারা জীবাণু সংক্রমণের বিরুদ্ধে সহজাত সংকেতের মূল মধ্যস্থতাকারী। একবার এমএসএ ব্যবহার করে সিকোয়েন্সগুলি একত্রিত হয়ে গেলে, সেগুলিকে বায়েসিয়ান ফাইলোজেনেটিক গাছ তৈরি করতে এবং আরও তদন্তের মধ্য দিয়ে ব্যবহার করা হয়েছিল। ইন্ট্রাসেলুলার সিগন্যালিং ক্যাসকেডগুলি শুরু করার জন্য, উপযুক্ত স্তন্যপায়ী প্রজাতিতে চিহ্নিত জিনগুলির একটি সেট সক্রিয় করা এবং একটি কার্যকরী (LBP-BPI) ডোমেন থাকা প্রয়োজন। সার্ফ্যাক্ট্যান্ট ফসফোলিপিড ডিপালমিটয়াইলফসফ্যাটিডিলকোলিন (ডিপিপিসি) এর জন্য, এই লিপিড-বাইন্ডিং ডোমেনের খুব উচ্চ ডিগ্রী সিলেক্টিভিটি রয়েছে। উপরের শ্বাসনালীর সহজাত ইমিউন সিস্টেমটি অসংখ্য জেনেটিক সিগন্যালের প্রতিক্রিয়ায় সক্রিয় হয়, যেমন বর্ধিত অ-সমার্থক প্রতিস্থাপন হার, উল্লেখযোগ্য সমজাতীয় হ্যাপ্লোটাইপ, এবং BPIFA1 প্রোটিনে জেনেটিক বৈচিত্রের অনুপস্থিতি, এই প্রোটিনের উপস্থিতি ইতিবাচক দ্বারা সমর্থন করা হয়েছে। নির্বাচন.

লিপিড বাইন্ডিং ডোমেন (LBD) হল একটি কাঠামোগত ডোমেন যা অনেক প্রোটিনের মধ্যে থাকে, যা কিছু নির্দিষ্ট লিপিড অণুকে আবদ্ধ করে প্রোটিনের কার্যকারিতা বা স্থানীয়করণ নিয়ন্ত্রণ করতে পারে।

বেশ কিছু গবেষণায় দেখা গেছে যে লিপিড-বাইন্ডিং ডোমেইন অনাক্রম্যতাকে প্রভাবিত করতে পারে। উদাহরণস্বরূপ, প্লীহা এবং লিম্ফ নোডের মতো কিছু গৌণ লিম্ফয়েড অঙ্গে, S1P (স্ফিংগোলিপিড-1-ফসফেট) নামক একটি লিপিড অণু লিপিড-বাইন্ডিং ডোমেনের সাথে মিথস্ক্রিয়া করে টি কোষ এবং বি কোষগুলির স্থানান্তর এবং স্থানান্তর নিয়ন্ত্রণ করে। ধরে রাখা এছাড়াও, TLR4, TLR7 এবং TLR8 এর মতো কিছু গুরুত্বপূর্ণ ইমিউন কোষের পৃষ্ঠের রিসেপ্টরগুলিতেও লিপিড-বাইন্ডিং ডোমেন রয়েছে, যা বিভিন্ন ধরণের লিপিড অণুকে আবদ্ধ করতে পারে এবং ইমিউন কোষগুলির সক্রিয়করণ এবং প্রতিক্রিয়া নিয়ন্ত্রণ করতে পারে।

অতএব, লিপিড-বাইন্ডিং ডোমেন এবং অনাক্রম্যতার মধ্যে একটি নির্দিষ্ট সম্পর্ক রয়েছে, যা লিপিড-বাইন্ডিং ডোমেনগুলির দ্বারা অনাক্রম্য প্রতিক্রিয়াগুলির নিয়ন্ত্রণ অধ্যয়নের জন্য নতুন ধারণা প্রদান করে। এটা দেখা যায় যে ভাইরাস প্রতিরোধ করার জন্য আমাদের প্রতিরোধ ক্ষমতা উন্নত করতে হবে। Cistanche উল্লেখযোগ্যভাবে অনাক্রম্যতা উন্নত করতে পারে। Cistanche-এর অ্যান্টি-ভাইরাস এবং অ্যান্টি-ক্যান্সার প্রভাবও রয়েছে, যা শরীরের রোগ প্রতিরোধ ক্ষমতার সাথে লড়াই করার এবং প্রতিরোধ করার ক্ষমতাকে শক্তিশালী করতে পারে।

cistanche এর স্বাস্থ্য উপকারিতা ক্লিক করুন

3.1। BPIFA1 জিনের আণবিক বিবর্তন

এই কাজে, আমরা স্তন্যপায়ী জিনোমে অভিযোজিত বিবর্তনের সময় ক্রমান্বয়ে দুর্বল থেকে শক্তিশালী নির্বাচন সংকেত পর্যন্ত BPIFA1 জিনে অভিযোজনের লক্ষণগুলি অনুসন্ধান করেছি। অভিযোজিত বিবর্তনের মধ্য দিয়ে BPIFA1 জিনে কোডনগুলির সাধারণ শতাংশ নির্ধারণ করা হয়েছিল। প্রতিটি কোডিং সিকোয়েন্সের জন্য একই পদ্ধতি অনুসরণ করে, আমরা সমস্ত শাখা জুড়ে ইতিবাচকভাবে নির্বাচিত কোডনগুলির গড় অনুপাত গণনা করেছি। BPIFA1 ফাইলোজেনির সাবধানে বাছাই করা পরীক্ষা শাখায় BUSTED এবং সমার্থক হারের ভিন্নতা ব্যবহার করে, আমরা জিন-বিস্তৃত এপিসোডিক বৈচিত্র্যময় নির্বাচনের চিহ্ন নির্ধারণ করেছি। ফলস্বরূপ, আমরা উপসংহারে পৌঁছেছি যে তিনটি পরীক্ষিত বংশদ্ভুত লাইন বরাবর ভিন্ন নির্বাচন ঘটেছে। সমার্থক হারের ভিন্নতা ব্যবহার করে, আমরা BPIFA1 ফাইলোজেনির পরীক্ষা শাখায় জিন-বিস্তৃত এপিসোডিক বৈচিত্র্যকরণ নির্বাচন পর্যবেক্ষণ করেছি। এটি (এলআরটি) অর্জনের জন্য একটি জিন-বিস্তৃত এপিসোডিক বৈচিত্র্যকরণ নির্বাচন ব্যবহার করা হয়েছিল। দুটি পরীক্ষা শাখা নির্বাচনকে বৈচিত্র্যময় করার প্রমাণ প্রদর্শন করেছে, পরামর্শ দিয়েছে যে সাইটটি এই ধরণের বিবর্তনের শিকার হয়েছে (চিত্র 1)।

সমস্ত সাইট এবং বংশ জুড়ে BPIFA1-এর গড় dN/dS অনুপাত একের চেয়ে বেশি। ফলস্বরূপ, ইতিবাচক নির্বাচনের স্বাক্ষরগুলি সনাক্ত করতে এই প্রোটিন নিয়ে গবেষণা করা হয়েছিল। প্রোটিনটিতে অ্যামিনো অ্যাসিডের একটি সংরক্ষিত কাঠামো পাওয়া গেছে, যা এটিকে পরিশোধিত করা সম্ভব করে তোলে এবং এটির একটি ওমেগা মান 1-এর বেশি ছিল। এই প্রোটিনের উপর একটি লগ-সম্ভাবনা পরীক্ষা করা হয়েছিল, এর সমস্ত সাইট বিশ্লেষণ করা হয়েছিল, এবং প্রতিস্থাপন হার গণনা করা হয়েছিল। একটি ইতিবাচক নির্বাচন ঘটেছে কি না তা মূল্যায়ন করতে, আমরা সম্ভাব্য মডেলের তিনটি ভিন্ন সেট ব্যবহার করেছি: M0 বনাম M3, M1 বনাম M2, এবং M7 বনাম M8। M1 এবং M2 এর অধীনে প্যারামিটার অনুমানগুলি তুলনা করা হয়েছিল এবং এটি পাওয়া গেছে যে এই প্রোটিনের জন্য M2 মান ইতিবাচক ছিল। ইতিবাচকভাবে নির্বাচিত সাইটগুলির শতাংশগুলি তিনটি মডেলের জন্য উল্লেখযোগ্য ছিল, যার মান 422। যথাক্রমে 64.5 এবং 93.63 (সারণী 1)।

ইতিবাচক নির্বাচনের ফলাফলগুলিকে সমর্থন করার জন্য অতিরিক্ত প্রমাণ প্রদান করার জন্য, আমরা নির্বাচন সার্ভার ব্যবহার করে নির্দিষ্ট সাইটগুলিতে মেকানিস্টিক-এম্পিরিক্যাল সমন্বয় মডেল প্রয়োগ করেছি। এই প্রক্রিয়া চলাকালীন, আমরা আবিষ্কার করেছি যে বেশ কয়েকটি সাইটকে বিবর্তনের সময় বিভিন্ন পয়েন্টে নির্বাচনী চাপের শিকার হিসাবে চিহ্নিত করা হয়েছে (চিত্র 1)। এই কারণে, আমরা অনুমান করতে পারি যে এই জিনটি বিবর্তনীয়ভাবে সংরক্ষণ করা হয়েছে। আমরা দেখতে পেয়েছি যে ইতিবাচকভাবে নির্বাচিত সাইটগুলির বেশিরভাগই স্তন্যপায়ী ক্লেড জুড়ে সংরক্ষণ করা হয়েছে। এটি ছিল কারণ সংরক্ষিত অ্যামিনো অ্যাসিডগুলি নিউরাল নেটওয়ার্কের অ্যালগরিদমে ইতিবাচক নির্বাচনের জন্য ব্যবহৃত বেশিরভাগ সংকেতগুলির জন্য দায়ী ছিল (সারণী 2)।

কোডন মডেল নির্বাচন পদ্ধতি 9113 ভিন্ন মডেলের মূল্যায়ন করেছে। সর্বোত্তম মডেল (লগ(এল)=−18,910, mBIC=39,340.92) তিনটি হার ধারণ করে এবং সবচেয়ে নির্ভুল ছিল৷ এই মডেলের সাহায্যে, একটি একক হারের মডেলের তুলনায় 218.66 লগ(L) এবং 398.33 mBIC পয়েন্টের উন্নতি সাধিত হয়েছে, যেখানে সমস্ত অ-সমার্থক প্রতিস্থাপন একই হারে ঘটেছে, যেমনটি সারণী 1 এ দেখানো হয়েছে। বিশ্বাসযোগ্য সেটের প্রতিটি মডেলের ছিল সর্বোত্তম মডেলের তুলনায় কমপক্ষে 0.01 এর প্রমাণ অনুপাত, যার অর্থ এটি সেরা মডেলের 9.21 এমবিআইসি ইউনিটের মধ্যে ছিল, বা সমতুল্যভাবে, সেরা মডেলের তুলনায় এটির প্রমাণ অনুপাত কমপক্ষে 0.01 ছিল। মডেল গড় আনুমানিক মডেলের এই সংগ্রহে পরিবর্তনের হার (চিত্র 2)। বিপিআইএফএ 1 প্রোটিনে অ্যামিনো অ্যাসিড অবস্থানের বিবর্তনীয় নির্বাচন প্যাটার্নটিও কোডন মডেল নির্বাচন বিশ্লেষণ ব্যবহার করে মূল্যায়ন করা হয়েছিল, যা দেখায় যে অ্যামিনো অ্যাসিড সাইটগুলির প্রতিস্থাপন প্রোটিনে অভিযোজিত বিবর্তনের সময় ঘটেছে। আমরা প্রকাশ করেছি যে প্রোটিনের মৌলিক অ্যামিনো অ্যাসিড অবস্থানগুলি বিভিন্ন প্রতিস্থাপন অনুপাতের কারণে অভিযোজিত বিবর্তন প্রদর্শন করে। BPIFA1-এ অ্যামিনো অ্যাসিড সাইটগুলির বন্টনের উপর ভিত্তি করে, সর্বাধিক প্রতিস্থাপন হার ছিল প্রায় 1.19, যেখানে সর্বনিম্ন ছিল.14 (চিত্র 2)।

একটি প্রোটিনের শারীরবৃত্তীয়ভাবে গুরুত্বপূর্ণ অঞ্চলগুলির সনাক্তকরণ প্রোটিনের মধ্যে সমার্থক (Ks) এবং অ-সমার্থক (Ka) প্রতিস্থাপনের ফ্রিকোয়েন্সি বিপরীতে সঞ্চালিত হতে পারে। এটি বিশুদ্ধকরণ নির্বাচন এবং স্থানীয়ভাবে ইতিবাচক ডারউইনীয় নির্বাচনের অস্তিত্বের উপসংহারের ভিত্তি প্রদান করে। আমরা Selecton v. 2.2 ব্যবহার করেছি (http://selection-bio info-tau.ac.il-এ অ্যাক্সেসযোগ্য, 29 সেপ্টেম্বর 2021-এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে), একটি ওয়েব সার্ভার যা স্বয়ংক্রিয়ভাবে প্রতিটি সাইটে Ka থেকে Ks (u) এর অনুপাত গণনা করে প্রোটিন বিভিন্ন রং বিভিন্ন ধরনের নির্বাচনকে প্রতিনিধিত্ব করে (ইতিবাচক নির্বাচন, বিশুদ্ধকরণ নির্বাচন, এবং কোনো নির্বাচন নয়) এবং প্রতিটি সাইটে এই অনুপাতটি গ্রাফিকভাবে প্রদর্শন করতে ব্যবহৃত হয়। নির্বাচন মডেল হল বিভিন্ন বিবর্তনীয় অনুমানের একটি সংগ্রহ যা পরিসংখ্যানগতভাবে একটি প্রদত্ত প্রোটিন ইতিবাচক নির্বাচনের শিকার হওয়ার সম্ভাবনা পরীক্ষা করতে ব্যবহার করা যেতে পারে। এটি একটি গ্রাফিক্যাল ইউজার ইন্টারফেসের মাধ্যমে কাজ করে। সম্প্রতি প্রতিষ্ঠিত যান্ত্রিক-অভিজ্ঞতামূলক মডেল অ্যামিনো অ্যাসিডের শারীরিক বৈশিষ্ট্যকে প্রভাবিত করেছে (সারণী 3)।

3.2। BPIFA1 জিনের অভিযোজিত নির্বাচন

বিভিন্ন স্তন্যপায়ী প্রজাতি তাদের পরিবেশের সাথে কতটা মানিয়ে নিয়েছে তা নির্ধারণ করতে, আমরা 34 টি প্রজাতির প্রতিটি থেকে BPIFA1 জিনের কোডিং সিকোয়েন্সের একাধিক প্রান্তিককরণ ব্যবহার করেছি। এই পরীক্ষাগুলি পৃথকভাবে বা সংমিশ্রণে নিযুক্ত করা যেতে পারে। পরীক্ষাগুলির সবচেয়ে সাধারণ বৈচিত্রটি একটি শাখা পরীক্ষা হিসাবে পরিচিত। মেরুদণ্ডী প্রজাতির বিবর্তনের সময়, নির্বাচনের চাপের সাপেক্ষে স্বতন্ত্র বংশকে স্বীকৃতি দেওয়ার জন্য নির্দিষ্ট বংশের নির্বাচন ব্যবহার করা হয়েছিল। একটি অভিযোজিত শাখা-সাইট এলোমেলো প্রভাব সম্ভাবনা (aBS-REL) মডেল ব্যবহার করে প্রতিটি ফাইলোজেনেটিক গোষ্ঠীর জন্য বংশ-নির্দিষ্ট নির্বাচনের সম্ভাব্যতা গণনা করা হয়েছিল। এছাড়াও, বিবর্তনীয় ইতিহাসে বিভিন্ন সময়ে কোন বংশগুলি অভিযোজিত নির্বাচনের শিকার হয়েছে তা নির্ধারণ করতে প্রতিটি জিনকে বিচ্ছিন্ন করার জন্য aBS-REL কৌশলটি ব্যবহার করা হয়েছিল।

স্তন্যপায়ী বংশের ক্ষেত্রে প্রয়োগ করা হলে, aBS-REL মডেল নিশ্চিত করে যে BUSTED-পূর্বাভাসিত জিনগুলি ইতিবাচক নির্বাচনের অধীনে ছিল। আমাদের ফলাফল, যা পরামর্শ দেয় যে নির্বাচনী চাপ স্তন্যপায়ী বংশের BPIFA1 জিনের উপর কাজ করছে, প্রমাণ করেছে যে দুটি অনুমান একমত ছিল (সারণী 4)। BPIFA1 জিনের ফাইলোজনিতে, আটটি শাখায় এপিসোডিক বৈচিত্র্যময় নির্বাচনের প্রমাণ ছিল। ফলাফলের গুরুত্ব সম্ভাব্য অনুপাত পরীক্ষা (p > 0৷{10}}5) ব্যবহার করে মূল্যায়ন করা হয়েছিল, যা অন্যান্য অনেক পরীক্ষার ফলাফল বিবেচনা করার পরে করা হয়েছিল (চিত্র 3)। মোট, 63টি স্বতন্ত্র লাইন নির্বাচনকে বৈচিত্র্যময় করার জন্য এই নির্দিষ্ট পরীক্ষার মাধ্যমে রাখা হয়েছিল। একাধিক পরীক্ষা করা হয়েছিল, এবং ফলাফলের তাত্পর্য 0.05 এর পি-মান থ্রেশহোল্ড সহ সম্ভাবনা অনুপাত পরীক্ষা প্রয়োগ করে প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল।

এই টেবিলটি ডেটার সাথে মডেলের মানানসই একটি পরিসংখ্যানগত সারাংশ রিপোর্ট করে। বেসলাইন MG94xREV বলতে MG94xREV বেসলাইন মডেলকে বোঝায় যা প্রতি শাখায় একটি একক ω হারের শ্রেণী অনুমান করে। সম্পূর্ণ অভিযোজিত মডেলটি অভিযোজিত aBS-REL মডেলকে বোঝায়, যা প্রতি শাখায় ω হারের বিভাগগুলির একটি অপ্টিমাইজ করা সংখ্যাকে বোঝায়।

বিবর্তনীয় প্রক্রিয়া চলাকালীন, আমরা ইতিবাচক নির্বাচনের ইঙ্গিতগুলি সনাক্ত করতে SLAC, FUBAR, MEME, এবং FEL পদ্ধতি ব্যবহার করে ওমেগা মানগুলি পরীক্ষা করেছি (সারণী 5)। আমাদের অনুসন্ধান অনুসারে, স্তন্যপায়ী ক্লেডে BPIFA1 জিনটি ইতিবাচক বিবর্তনীয় নির্বাচনের বিষয়। আমরা বায়েসিয়ান পদ্ধতি ব্যবহার করে জিনোমের কোন অঞ্চলগুলি নির্বাচনী চাপের শিকার হচ্ছে তা সনাক্ত করতে পারি। এই কৌশলটি প্রতিটি কোডনের জন্য পরবর্তী সম্ভাব্যতা নির্ধারণ করে। সম্ভাবনার একটি বৃহত্তর সংখ্যক সাইটগুলি বৈচিত্র্যময় নির্বাচনের মধ্য দিয়ে যাওয়ার সম্ভাবনা বেশি, যা কম সংখ্যক সম্ভাব্যতা সহ সাইটগুলির তুলনায় অ-সমার্থক এবং সমার্থক প্রতিস্থাপনের উচ্চ হারের দিকে পরিচালিত করে (সারণী 2)। BEB বিশ্লেষণ ব্যবহার করে, আমরা দেখতে পেলাম যে সমস্ত ব্যাকটেরিয়াঘটিত প্রোটিনের LBP-BPI ডোমেন জুড়ে বেশ কয়েকটি অবস্থান 95 শতাংশের উচ্চ পরবর্তী সম্ভাব্যতার সাথে ইতিবাচক নির্বাচনের বিষয় ছিল। এই সব সাইটের ক্ষেত্রে ছিল. সাইটগুলি ডোমেন জুড়ে বিভিন্ন স্থানে ছড়িয়ে দেওয়া হয়েছিল। সিলেকশন সার্ভারে পাওয়া ডেটাসেট ব্যবহার করে PAML-এর ফলাফলগুলি পরীক্ষা করা হয়েছিল। এই সার্ভারটি প্রোটিনের মধ্যে নির্দিষ্ট সাইটগুলিতে অভিযোজিত নির্বাচন সনাক্ত করতে সক্ষম হয়েছিল, যা আমাদের ইতিবাচক নির্বাচনের অস্তিত্বকে বৈধতা দেওয়ার অনুমতি দেয়। প্রতিস্থাপন হার নির্ধারণ করতে, MEC মডেল প্রয়োগ করা হয়েছিল। অনুসন্ধানগুলি দেখিয়েছে যে অভিযোজিত নির্বাচন BPIFA1 (সারণী 5) এর বিভিন্ন স্থানে ঘটেছে।

3.3। পুনর্মিলন বিশ্লেষণ

বিপিআইএফএ 1 জিনের জন্য, জিনের মধ্যে সম্ভাব্য বিবর্তনীয় লিঙ্কগুলি খুঁজে পেতে একটি পুনর্মিলন বিশ্লেষণ করা হয়েছিল। গবেষণা তিনটি পুনর্মিলন ঘটনা প্রকাশ করেছে। প্রতিটি পুনঃসংযোজন ক্রম, প্রধান এবং অপ্রাপ্তবয়স্ক পিতামাতা সহ, BPIFA1 জিন থেকে এসেছে। আমরা GARD বিশ্লেষণ ব্যবহার করে পুনর্মিলন ব্রেকপয়েন্ট চিহ্নিত করেছি। প্রতি সেকেন্ডে 30.30 মডেলের হারে, GARD 5120টি মডেল পরিদর্শন করেছে৷ তিনটি ব্রেকপয়েন্ট পর্যন্ত 72,874,879 মডেলের সার্চ স্পেস অ্যালাইনমেন্টের 759টি সম্ভাব্য ব্রেকপয়েন্ট দ্বারা তৈরি করা হয়েছে, যার মধ্যে জেনেটিক অ্যালগরিদম শুধুমাত্র 0.01 শতাংশ পরীক্ষা করেছে। 100 বা তার উপরে একটি প্রমাণ অনুপাতের সাথে, একাধিক-বৃক্ষের মডেলটিকে একক-বৃক্ষের মডেলের চেয়ে পছন্দ করা হয়েছিল, যা নির্দেশ করে যে অন্তত একটি ব্রেকপয়েন্ট একটি টপোলজিকাল অসঙ্গতি প্রতিফলিত করে। এটি সেরা-ফিটিং GARD মডেলের AICc স্কোরগুলির তুলনা করে যাচাই করা হয়েছিল, যা সেগমেন্ট জুড়ে পরিবর্তনশীল টপোলজির অনুমতি দেয় (37,996.2), এবং মডেল, যা GARD দ্বারা নির্ধারিত সমস্ত পার্টিশনের জন্য একই গাছ ধরেছিল, কিন্তু বিভিন্ন শাখার দৈর্ঘ্যের অনুমতি দেয় পার্টিশনের মধ্যে। বিশেষভাবে, সেরা-ফিটিং GARD মডেলের AICc স্কোর ছিল 37,996.2, যেখানে মডেলটির AICc স্কোর ছিল 37,996.2। (চিত্র 4 এবং 5)।

3.4। প্রোটিন-প্রোটিন মিথস্ক্রিয়া এবং লিগ্যান্ড বাইন্ডিং বিশ্লেষণ

আমরা STRING ডাটাবেসটি BPIFA1 এর সাথে প্রকাশ করা প্রোটিন অনুসন্ধান করতে ব্যবহার করেছি, প্রোটিন-প্রোটিন মিথস্ক্রিয়াগুলির বেশ কয়েকটি জোড়া সনাক্ত করে। বিপিআইএফএ 1 এর সাথে প্রকাশিত প্রোটিন দ্বারা চিহ্নিত 13টি নোড এবং 35টি প্রান্ত ছিল। PPI ডায়াগ্রামের প্রান্তগুলি হল লাইন নেটওয়ার্ক যা পৃথক নোডগুলিকে সংযুক্ত করে (চিত্র 6)। গড় স্থানীয় ক্লাস্টারিং সহগ মান ছিল 0.978৷ পিপিআই সমৃদ্ধকরণের পি-মান ছিল 5.25 × 10−12। PPI নেটওয়ার্ক অন্যান্য সহ-প্রকাশিত ইমিউন জিনের সাথে BPIFA1 জিনের মিথস্ক্রিয়াকে প্রতিনিধিত্ব করে। COX7B2, BPIFB6, BPIFB4, BPIFB2, BPIFB3, PLTP, CETP, BPI, LBP, এবং ODF2L হল BPIFA1 (চিত্র 6) এর PPI নেটওয়ার্কের সাথে জড়িত 10 টি জিন।

BPIFB6, BPIFB4, BPIFB2 এবং BPIFB3 জিনগুলি সবচেয়ে তাৎপর্যপূর্ণ কারণ তারা জৈবিক সংকেত পথের সাথে জড়িত, যা ব্যাকটেরিয়া সংক্রমণের বিরুদ্ধে সহজাত অনাক্রম্যতায় অপরিহার্য ভূমিকা পালন করে। উপরন্তু, এই জিনগুলি বিপিআইএফএ 1 দ্বারা আপ-নিয়ন্ত্রিত হয়, এটি আরেকটি কারণ যা তাদের এত তাৎপর্যপূর্ণ বলে মনে করা হয়েছিল (সারণী 6)। আণবিক পথগুলি বিভিন্ন ভূমিকা সহ সমস্ত সম্পর্কিত প্রোটিন সমন্বিত ঝিল্লি-ব্যহতকারী কার্যকলাপের মাধ্যমে আক্রমণকারী জীবাণু নির্মূল করার জন্য অপরিহার্য। আক্রমণকারী জীবাণু নির্মূল করার জন্য ঝিল্লি-বিঘ্নিত কার্যকলাপ প্রয়োজনীয় ছিল। লিপোপলিস্যাকারাইডের প্রতিক্রিয়ায় সংকেতগুলির মধ্যস্থতায় দুটি গুরুত্বপূর্ণ প্রোটিনের মধ্যে রয়েছে এলপিএস-বাইন্ডিং প্রোটিন (এলপিএসবিপি) এবং ব্যাকটেরিয়াঘটিত ব্যাপ্তিযোগ্যতা-বর্ধমান প্রোটিন (বিপিআই)। তারা লিপিড এ, এলপিএস-এ পাওয়া একটি পদার্থের জন্য একটি শক্তিশালী সখ্যতা প্রদর্শন করেছিল এবং একে অপরের সাথে আকর্ষণীয়ভাবে মিল ছিল। অনুরূপ কাঠামো থাকা সত্ত্বেও, LBP এবং BPI বিভিন্ন জৈবিক কার্য সম্পাদন করে যা একে অপরের থেকে স্বতন্ত্রভাবে আলাদা। উদাহরণস্বরূপ, এলবিপি প্রায়শই এলপিএসের সাথে আবদ্ধ হয় এবং ম্যাক্রোফেজ এবং মনোসাইটের মতো সিডি14 প্লাস কোষে এলপিএসের উপস্থাপনাকে ব্যাপকভাবে সহায়তা করে, যেখানে বিপিআই এলপিএসের জৈব সক্রিয়তাকে বাধা দেয় এবং কমিয়ে দেয়। এই দুটি প্রোটিন উভয়ই ব্যাকটেরিয়াতে থাকে।

লিগ্যান্ডগুলি প্রোটিনের অভিব্যক্তি এবং কার্যকলাপ নিয়ন্ত্রণের প্রক্রিয়ার গুরুত্বপূর্ণ উপাদান। আন্তঃআণবিক বাইন্ডিং ফোর্স, যেমন আয়নিক বন্ধন, হাইড্রোজেন বন্ড, হাইড্রোফোবিক মিথস্ক্রিয়া এবং ভ্যান্ডার-ওয়ালস ফোর্স লিগ্যান্ড-বাইন্ডিং প্রক্রিয়ায় অবদান রাখে। লিগ্যান্ড এবং প্রোটিনের মধ্যে মিথস্ক্রিয়ার কারণে, প্রোটিনের ত্রিমাত্রিক গঠন পরিবর্তন হবে। প্রোটিনের গঠনগত অবস্থার এই পরিবর্তনগুলির কারণে, প্রোটিনের কিছু কাজ হয় বাধা বা সক্রিয় হতে পারে। অতএব, কোন অবশিষ্টাংশগুলি লিগ্যান্ডের সাথে ইন্টারঅ্যাক্ট করে এবং কোনটি নয় তা নির্ধারণ করতে আমরা অ্যামিনো অ্যাসিড ফিজিওকেমিক্যাল বৈশিষ্ট্যগুলি ব্যবহার করে একটি প্রোটিন-লিগ্যান্ড বাঁধাই মিথস্ক্রিয়া অধ্যয়ন করেছি। এটি সম্পন্ন করার জন্য, আমরা একটি ওয়েবসাইট ব্যবহার করেছি (http://crdd.osdd.net/raghava/lpicom, 18 অক্টোবর 2021-এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) যা একটি নির্দিষ্ট লিগ্যান্ডের সাথে ইন্টারঅ্যাক্ট করে এমন অবশিষ্টাংশের ভগ্নাংশ গণনা করে। মূল অবশিষ্টাংশ, যেমন সিস্টাইন, গ্লাইসিন, অ্যালানাইন, লাইসিন, অ্যাসপার্টিক অ্যাসিড, হিস্টিডিন, লিউসিন, ভ্যালাইন আর্জিনাইন, ট্রিপটোফান, সেরিন, থ্রোনাইন এবং টাইরোসিন, সাতটি লিগ্যান্ডের সাথে যোগাযোগ করতে দেখা গেছে (1BP1, BPH, XE, NEH, CLA, CU, এবং MG) এবং PC1. PC1-এর সাথে মিথস্ক্রিয়ার তুলনায়, চার্জযুক্ত অ্যামিনো অ্যাসিড, বিশেষ করে অপরিহার্য অ্যামিনো অ্যাসিড, 1BP1, BPH, XE, NEH, CLA, CU, এবং MG (চিত্র 7) এর সাথে ইন্টারঅ্যাকশন করার সময় একটি বড় সুবিধা ছিল। তাদের সাথে সম্পর্কযুক্ত ছোট এবং পোলার অ্যামিনো অ্যাসিডগুলি তিনটি লিগ্যান্ডের প্রতিটিতে চিহ্নিত করা হয়েছিল।

আমরা পরিপূরক বাইন্ডিং সাইট সম্পর্কিত ভবিষ্যদ্বাণী করার জন্য দুটি স্বতন্ত্র পদ্ধতি ব্যবহার করেছি: প্রথমটি বাইন্ডিং-নির্দিষ্ট সাবস্ট্রাকচার (TM-SITE) তুলনা করার জন্য পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছিল, যখন দ্বিতীয়টি অনুক্রম প্রোফাইলগুলির সারিবদ্ধকরণের উপর পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছিল (S-SITE)। এই কৌশলগুলি 814টি ​​জৈব, কৃত্রিম এবং ধাতব আয়ন যৌগের সাথে মিলিত 500টি অ-অপ্রয়োজনীয় প্রোটিনের বিরুদ্ধে BPIFA1 প্রোটিনকে মূল্যায়ন করেছে। কম-রেজোলিউশন প্রোটিন কাঠামোর ভবিষ্যদ্বাণী দিয়ে শুরু করে, পদ্ধতিগুলি সফলভাবে BPIFA1 এর বাঁধাই অবশিষ্টাংশগুলি সনাক্ত করেছে, একটি গড় ম্যাথিউস পারস্পরিক সম্পর্ক সহগ (MCC) অর্জন করেছে যা অনেক বেশি ছিল। অতিরিক্তভাবে, কৌশলগুলি লিগ্যান্ডগুলিকে উন্মোচিত করেছে যা অবশিষ্টাংশের সাথে আবদ্ধ হয় (সারণী 7)।

4। আলোচনা

ভিন্নধর্মী ব্যাকগ্রাউন্ড এমন প্ল্যাটফর্ম অফার করে যেখানে ভিন্ন ভিন্ন নির্বাচনের মধ্য দিয়ে জনসংখ্যাকে স্থানীয়ভাবে অভিযোজিত উপ-জনসংখ্যার মধ্যে আলাদা করা যায় [৪৪]। জনসংখ্যার মধ্যে জিন প্রবাহের উপর নির্বাচনের প্রভাব, যেমন মাইগ্রেশন-নির্বাচন ভারসাম্য, সহজাত অভিযোজন এবং অব্যাহত বিচ্যুতির সম্ভাবনা নির্ধারণ করে। এটি মাইগ্রেশন-সিলেকশন ব্যালেন্স নামেও পরিচিত। জিন প্রবাহের কারণে জনসংখ্যার মধ্যে স্থানীয় জেনেটিক পরিবর্তনশীলতার একটি প্রবণতা রয়েছে যখন নির্বাচনের প্রভাব জিন প্রবাহের প্রভাবের তুলনায় কম তাৎপর্যপূর্ণ হয়। পরিবর্তে, জিন প্রবাহের সমন্বিত শক্তির চেয়ে নির্বাচনী চাপ বেশি হলে জিনগত বৈচিত্রগুলি শক্তিশালী বিবর্তিত নির্বাচনের জন্য সংবেদনশীল নির্দিষ্ট স্থান জুড়ে জমা হতে পারে এবং ধরে রাখা যেতে পারে [45]।

সম্ভাব্য বিকল্প ফলাফলে, জিন প্রবাহের সুবিধাগুলি এমন অভিবাসীদের বিরুদ্ধে নির্বাচনের মাধ্যমে সীমিত হয় যাদের জিনগত ফিট দুর্বল, যা স্থানীয় অভিযোজনের পথও প্রশস্ত করে [45,46]। জিন প্রবাহের ফ্রিকোয়েন্সি [৪৬] জনসংখ্যার পার্থক্য বোঝার জন্য জিন প্রবাহ এবং নির্বাচনের মধ্যে একটি সংযোগ থাকতে হবে। এই ধরনের পরিস্থিতিতে, নির্বাচন নির্ধারণ করে যে জনসংখ্যা একটি স্বতন্ত্র গোষ্ঠী হিসাবে বিকশিত হচ্ছে বা বিবর্তিত হচ্ছে কিনা। অভিজ্ঞতামূলক বেইস পদ্ধতি প্রতিটি শাখার সাইটে এলআরটি গণনা করে এবং বিভিন্ন সাইট যেখানে বৈচিত্রপূর্ণ নির্বাচন ঘটতে পারে সেখানে অবস্থিত। অভিজ্ঞতামূলক বেইস পদ্ধতির উপর ভিত্তি করে, দ্রুত, অনিয়ন্ত্রিত বায়েসিয়ান অ্যাপ্রোক্সিমেশন, যা FUBAR নামেও পরিচিত, প্রয়োগ করা হয়েছিল বিপিআইএফএ 1 জিনে ঘটে যাওয়া বৈচিত্র্যময় নির্বাচন সনাক্ত করতে। FUBAR কোডনগুলির সাইট-টু-সাইট এবং শাখা-থেকে-শাখা ছড়িয়ে দেওয়ার অনুমতি দেয় এবং জিন স্তরে ঘটে যাওয়া অভিযোজিত বিবর্তন অন্বেষণ করতে ব্যবহার করা হয়েছিল। জিন স্তরে সংঘটিত অভিযোজিত বিবর্তন তদন্ত করতে MEME এর পদ্ধতিটি ব্যবহার করা হয়েছিল [25,32,47]। এপিসোডিক ডাইভারসিফাইং কোডিং সাইটগুলি SLAC দ্বারা 0.01 এর কম পি-মানের সাথে পাওয়া গেছে (সারণী 1)।

এই মডেলটি সমার্থক এবং অ-সমার্থক প্রতিস্থাপন হার অনুমান করার জন্য ব্যবহার করা হয়েছিল, এবং অ-সমার্থক হারের চেয়ে বেশি বা সমান সমার্থক প্রতিস্থাপন হার সহ কোডিং সাইটগুলিকে বৈচিত্র্যময় নির্বাচনের মধ্য দিয়ে থাকা সাইটগুলি সনাক্ত করার জন্য উল্লেখযোগ্য বলে বিবেচিত হয়েছিল। MEME-তে, BPIFA1 জিনের কোডন 130, 167, 168, 190, 243, 265, এবং 289-এর জন্য সর্বাধিক-সম্ভাবনা অনুমান প্রাপ্ত হয়েছিল (সারণী 2)। তাদের অ-গুরুত্বপূর্ণ সংকেতের উপর ভিত্তি করে, এই কোডনগুলিকে ইতিবাচকভাবে নির্বাচিত সাইট হিসাবে চিহ্নিত করা হয়নি, যা প্রাকৃতিক নির্বাচনের এপিসোডিক চরিত্রের কারণে। অভিযোজিত বিবর্তনের সংক্ষিপ্ত ব্যবধানে যে প্রাকৃতিক নির্বাচন বিক্ষিপ্তভাবে সংঘটিত হয়েছিল তা বিশুদ্ধকরণ বা প্রাকৃতিক নির্বাচনের ঘন ঘন ঘটনার দ্বারা মুখোশিত ছিল। ফলস্বরূপ, সংবেদনশীলতা পরীক্ষা এবং ইতিবাচক নির্বাচনের মাধ্যমে অভিযোজিত বিবর্তনের লক্ষণগুলি পাওয়া যায়নি [48]।

আমরা সতেরোটি সাইট খুঁজে পেয়েছি যা PAML পদ্ধতি ব্যবহার করে অনুকূলভাবে বেছে নেওয়া হয়েছে, IFEL অ্যালগরিদম ব্যবহার করে বেছে নেওয়া পনেরটি সাইট এবং FEL অ্যালগরিদম ব্যবহার করে চারটি সাইট বেছে নেওয়া হয়েছে৷ BPIFA1 জিনের কোডন সিকোয়েন্সে অভিযোজিত নির্বাচনের চাপ MEC মডেল ব্যবহার করে গণনা করা হয়েছিল। এর ফলে চুয়াত্তরটি অ্যামিনো অ্যাসিড সনাক্ত করা যায় (চিত্র 1)। ইতিবাচক নির্বাচনের উপর ভিত্তি করে বিবর্তনের একটি মডেল ব্যবহার করা হয়েছিল, কোডন স্তরে পার্থক্য প্রকাশ করে (M8)। সিলেকশন সার্ভারে MrBayes অ্যাপ্লিকেশনটি কোডন স্তরে স্তন্যপায়ী প্রাণীদের মধ্যে MAVS জিনের পার্থক্য নির্ধারণ করতে একটি MCMC মডেল ব্যবহার করেছিল [49]।

MAFFT প্রোটিন প্রান্তিককরণের ফলাফলের উপর ভিত্তি করে, পূর্ববর্তী গবেষণায় দেখানো হয়েছে যে Ig ডোমেন MAVS কোডিং সিকোয়েন্সে রয়ে গেছে। এই ফলাফলগুলি পরামর্শ দেয় যে নির্বাচিত অঞ্চলগুলিকে শুদ্ধ করার বিকল্প প্রোটিন সুইচগুলি ক্ষতিকারক এবং এইভাবে বিবর্তন [50,51] জুড়ে বজায় রাখার সম্ভাবনা কম। মাল্টি-প্যারামিটার রেট ডিস্ট্রিবিউশন, 95 শতাংশ আত্মবিশ্বাসের ব্যবধান সহ একটি এলোমেলো প্রভাব মডেল এবং যথেষ্ট Pr [ > ] মান ব্যবহার করে একাধিক বিবর্তনীয় পথের সাইটগুলি চিহ্নিত করা হয়েছিল। সাইটগুলি তখন এই পদ্ধতির জন্য ধন্যবাদ (সারণী 3) অবস্থিত হতে পারে। ইতিবাচক নির্বাচনের ক্ষেত্রে, প্রতিটি কোডিং সাইটের জন্য একটি বিভেরিয়েট সাধারণ বিচ্ছিন্ন বিতরণ ব্যবহার করে শ্রেণি হারের ওজন নির্ধারণ করা হয়েছিল। এমসিএমসি মডেলের কনভারজেন্স এই সত্য দ্বারা প্রদর্শিত হয়েছিল যে বিপিআইএফএ 1 এর পিছনের গড় অনুমানগুলি বিবেচিত হ্রাস ফ্যাক্টর মানের (টেবিল 2) এর কাছাকাছি পাওয়া গেছে।

এই মানগুলি {{0}}.95 থেকে 0.99 পর্যন্ত। নির্বাচনকে বৈচিত্র্যময় করার প্রক্রিয়া চলাকালীন, শুধুমাত্র 50 টির বেশি অভিজ্ঞতামূলক বেইস ফ্যাক্টর (EBF) মান সহ কোডিং সাইটগুলি বিবেচনা করা হয়েছিল। ইতিবাচক নির্বাচন ব্যবহার করে মূল্যায়ন করা প্রতিটি কোডিং সাইটের জন্য EBF মান নির্ধারণ করতে নেট কার্যকরী নমুনা আকার ব্যবহার করে গণনা করা হয়েছিল। জিন-নির্দিষ্ট নির্বাচন পরামিতিগুলির বিতরণ অনুমান করা বিপুল সংখ্যক কোডিং সাইট জুড়ে সনাক্ত করা নির্বাচনগুলিকে উন্নত করতে পারে। যে কোডিং ক্ষেত্রগুলিকে ইতিবাচকভাবে নির্বাচিত এবং চিহ্নিত করা হয়েছিল সেগুলি BPIFA1 জিনের বৈচিত্র্যময় নির্বাচনের উল্লেখযোগ্য প্রমাণ দেয় যা এখন নির্বাচনী বংশের মধ্য দিয়ে যাচ্ছে। ফলস্বরূপ, কিছু মিউটেশন যা প্রাথমিকভাবে নিরপেক্ষ বলে মনে হয় (এবং ফিটনেসের উপর তাৎক্ষণিক প্রভাব নেই) "অনুমতিমূলক" হতে পারে, যা প্রোটিনকে পরবর্তী পরিবর্তনগুলি সহ্য করতে দেয় যা অন্যথায় ক্ষতিকারক হতে পারে এবং ফেনোটাইপিক পার্থক্যের কারণ হতে পারে [52]। এপিস্ট্যাসিসে নিরপেক্ষ মিউটেশনগুলি পরবর্তী নির্বাচন এবং অভিযোজনের ভিত্তি স্থাপন করে, যা সম্প্রতি অনেক মনোযোগ আকর্ষণ করেছে এবং বিবর্তনের নিরপেক্ষ এবং নির্বাচন মডেলগুলিকে সমন্বয় করার উপায় হিসাবে প্রস্তাব করা হয়েছে [53]।

FWY এবং HKR জুটির প্রতিস্থাপনের হার ছিল প্রায় 50 শতাংশ, DENQ-এর প্রতিস্থাপনের হার ছিল 50 শতাংশ, এবং ACGILMPSTV-এর প্রতিস্থাপনের হার ছিল 90 শতাংশ। PPI নেটওয়ার্ক অন্যান্য সহ-প্রকাশিত ইমিউন প্রোটিনের সাথে BPIFA1 প্রোটিনের মিথস্ক্রিয়া প্রতিনিধিত্ব করে। COX7B2, BPIFB6, BPIFB4, BPIFB2, BPIFB3, PLTP, CETP, BPI, LBP, এবং ODF2L হল দশটি জিন যা আমরা এই প্রোটিন মিথস্ক্রিয়াগুলির জন্য দায়ী বলে নির্ধারণ করেছি (চিত্র 6)। BPIFB6, BPIFB4, BPIFB2 এবং BPIFB3 জিনগুলি সবচেয়ে তাৎপর্যপূর্ণ কারণ তারা জৈবিক সংকেত পথের সাথে জড়িত, যা ব্যাকটেরিয়া সংক্রমণের বিরুদ্ধে সহজাত অনাক্রম্যতায় অপরিহার্য ভূমিকা পালন করে। উপরন্তু, এই জিনগুলি BPIFA1 দ্বারা আপ-নিয়ন্ত্রিত করা হয়, অন্য একটি কারণ প্রদান করে যে তারা এত তাৎপর্যপূর্ণ (সারণী 6)। ইন্টারফেসগুলিতে সংরক্ষিত অবশিষ্টাংশের ক্লাস্টার রয়েছে একটি অ্যামিনো অ্যাসিড কম্পোজিশনের সাথে ইন্টারফেস কোর উভয়ের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ (বাঁধাইয়ের সময় সমাধিতে সবচেয়ে বড় পরিবর্তন সহ অবশিষ্টাংশ) এবং একটি সংরক্ষিত অঞ্চল [54] এবং হট স্পটগুলির ক্লাস্টারিং থেকে উদ্ভূত গরম অঞ্চলগুলি শক্তভাবে প্যাকডের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ। এবং সংরক্ষিত অঞ্চল।

এইভাবে, ইন্টারফেসগুলি প্রতিকূল, অ-নির্দিষ্ট মিথস্ক্রিয়া এড়াতে গিয়ে বর্তমান সংযোগগুলি বজায় রাখার জন্য বিবর্তনীয় চাপের মধ্যে রয়েছে। প্রোটিন-প্রোটিন ইন্টারফেসগুলি অকার্যকর মিথস্ক্রিয়া গঠন করতে পারে এমন সম্ভাবনা কমাতে কিছু ফিজিকোকেমিক্যাল বৈশিষ্ট্যগুলি পরিবর্তন করা যেতে পারে [55]। আমাদের তদন্তের ফলস্বরূপ, আমরা দেখতে পেয়েছি যে সারণী 1-এ উপস্থাপিত ইতিবাচকভাবে নির্বাচিত কোডনগুলির জন্য মানগুলি 1-এর বেশি ছিল৷ এটি ব্যাখ্যা করে যে সমার্থক সাইটগুলির বিকাশের জন্য অ-সমার্থক সাইটগুলির (ডিএন সাইট) বিকাশের চেয়ে বেশি সময় প্রয়োজন৷ ডারউইনীয় নির্বাচনের এই উপকারী প্রভাব, যা অভিনব বৈচিত্র্য এবং বৃহত্তর অ্যালেলিক পলিমরফিজমকে উৎসাহিত করে, ভারসাম্য বা বিশুদ্ধকরণ নির্বাচন হিসাবে কাজ করে [৫৬], যা কাঠামোগত প্রোটিনের পরিবর্তন ঘটায় এবং সংকেত পথকে প্রভাবিত করে [৫৭]। যদিও তারা একই বংশ থেকে উদ্ভূত, বিভিন্ন প্রজাতির বংশধরে অ্যামিনো অ্যাসিড প্রতিস্থাপনের খুব ভিন্ন পরিণতি হতে পারে [56,57]। এটি এই সত্যের সাথে বৈপরীত্য যে তাদের বংশতালিকা আগের জমাগুলির সাথে মিলে যায়। এই গবেষণায় নির্বাচিত BPIFA1 জিনগুলি জৈব বিশ্লেষণের জন্য কিছু তথ্য প্রদান করে, যার লক্ষ্য হল বিবর্তনীয় সময় স্কেলের উপর ভিত্তি করে সাম্প্রতিক থেকে দীর্ঘমেয়াদী সময়ের জন্য জিন নির্বাচন করা।

উপরন্তু, সাম্প্রতিক গবেষণার ফলে যে মৌলিক বিবর্তনীয় প্রক্রিয়া উন্মোচিত হয়েছে তা জিনোমে প্রচুর সংখ্যক প্রোটিনের কাঠামোগত এবং কার্যকরী বৈশিষ্ট্যের অনুপস্থিতির কারণে অপর্যাপ্ত হতে পারে। ড্রসোফিলা মেলানোগাস্টারে প্রোটিন-কোডিং জিনের বিবর্তন এবং অভিযোজন প্রোটিন-কোডিং জিনের স্তরে বিবর্তন এবং অভিযোজনের সবচেয়ে প্রাসঙ্গিক নির্ধারক নির্ধারণের জন্য পুঙ্খানুপুঙ্খভাবে পরীক্ষা করা হয়েছিল। এটি ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত প্রজাতি এবং তাদের জনসংখ্যার সাথে ডি. মেলানোগাস্টার তুলনা করে সম্পন্ন হয়েছিল। প্রোটিনের কাঠামোগত এবং কার্যকরী বৈশিষ্ট্যগুলি নিশ্চিত করার জন্য আমাদের দল দ্বারা বায়োইনফরম্যাটিক্স এবং কাঠামোগত বিশ্লেষণের বড় আকারের অ্যাপ্লিকেশনগুলি করা হয়েছিল। পরবর্তীকালে, আমরা আমাদের শ্রেণীকরণ ব্যবস্থা ব্যবহার করে অবশিষ্টাংশগুলিকে বিভিন্ন কাঠামোগত এবং কার্যকরী সাইটে বিভক্ত করেছি। ক্রম বিবর্তন এবং অভিযোজনের হারগুলি বিভিন্ন প্রোটিন এবং অবস্থান জুড়ে তুলনা করা হয়েছিল, যা পুরো জিনোম জুড়ে অভিযোজনের হটস্পটগুলি সনাক্ত করতে সক্ষম করেছে। উপরন্তু, এটা প্রমাণিত হয়েছে যে দ্রুত-অভিযোজিত প্রোটিনগুলি একে অপরের সাথে এমন হারে যোগাযোগ করে যা দৈবক্রমে পূর্বাভাসের চেয়ে বেশি; এই আবিষ্কারটি দেখায় যে দ্রুত অভিযোজিত প্রোটিনগুলির মধ্যে সহঅ্যাডাপ্টেশন সম্ভবত সর্বব্যাপী।

তাদের শারীরিক সংযোগের ফলস্বরূপ, নিম্নলিখিত প্রক্রিয়াগুলির উদাহরণ রয়েছে যা সহঅ্যাডাপ্টেশনে অবদান রাখার সম্ভাবনা রাখে: (1) দ্রুত-অভিযোজিত প্রোটিনগুলি প্রায়শই অনুরূপ রাসায়নিক ক্রিয়াকলাপে সমৃদ্ধ হতে দেখা যায় এবং অনুরূপ নির্বাচন চাপের সংস্পর্শে আসে, এবং (2) ) দ্রুত অভিযোজিত প্রোটিন সমন্বিত। PPI-তে অভিযোজিত বিবর্তনের দুটি ভিন্ন উদাহরণ এই গবেষণায় প্রদর্শিত হয়েছিল, যা লেখকদের অনুমান করতে পরিচালিত করে যে এই শারীরিক মিথস্ক্রিয়াগুলি D. মেলানোগাস্টারে দ্রুত-অভিযোজিত প্রোটিনগুলির সমন্বয়ে ভূমিকা পালন করতে পারে। উপরন্তু, আমরা দেখিয়েছি যে কোঅ্যাডাপ্টেশনের ঘটনাটি শুধুমাত্র দ্রুত-অভিযোজিত প্রোটিনের মধ্যে থেকে আরও সাধারণ অর্থে ঘটতে পারে। দ্রুত অভিযোজিত প্রোটিনের সাথে যোগাযোগ করে এমন প্রোটিনে অভিযোজনের হার সাধারণত বেশি। আণবিক মিথস্ক্রিয়াগুলি অভিযোজিত বিবর্তনে একটি ভূমিকা পালন করে, এটি অনুমান করা ন্যায্য যে এই মিথস্ক্রিয়াগুলি আরও বৈশ্বিক স্তরে সহঅ্যাডাপ্টেশনকে পরিচালনা করতে পারে। এটি অনুমান করা হয়েছে যে দৈহিক যোগাযোগের সহবিবর্তন হল প্রোটিন মিথস্ক্রিয়ায় পরিলক্ষিত অনুরূপ বিবর্তনীয় হারের জন্য দায়ী প্রক্রিয়া।

5। উপসংহার

আমাদের লক্ষ্য ছিল নির্বাচনী চাপগুলি সনাক্ত করা যা উদ্ভিদ এবং স্তন্যপায়ী BPIFA1 সিস্টেমের বিকাশে অবদান রেখেছে, যার অভিব্যক্তি বিভিন্ন ধরণের রোগে সংশোধিত। BPIFA1 প্রোটিন মানব বংশে নির্বাচনী চাপের প্রতিক্রিয়ায় দ্রুত বিকশিত হয়েছে, এবং আমরা জেনেটিক নির্বাচন নির্ধারকগুলি চিহ্নিত করতে সক্ষম হয়েছি যা এর ব্যাকটেরিয়াঘটিত কার্যকলাপের জন্য দায়ী। এর বিবর্তনীয় ইতিহাসের সময়, ইতিবাচক নির্বাচন বিভিন্ন উদ্দীপকের ভাইরুলেন্স প্রতিক্রিয়া উন্নত করতে একটি গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করতে পারে, যা জিনের কার্যকারিতার স্থায়িত্বের মধ্যে পর্যবেক্ষণ করা বৈচিত্র্যকে ব্যাখ্যা করতে পারে। আমাদের অনুসন্ধানগুলি বিপিআইএফএ 1 জিনের বিবর্তনীয় ইতিহাসের আরও ব্যাপক ধারণা প্রদান করে, যা জৈবিক প্রক্রিয়াগুলিতে প্যাথোজেনিসিটির কার্যকরী জিনোমিক্স বিশ্লেষণকে উন্নত করবে। এটি প্রত্যাশিত যে এই ফলাফলগুলি রোগ প্রতিরোধের বোঝার উন্নতি করতেও সাহায্য করতে পারে। উপরন্তু, এই জিনগুলির অধ্যয়ন একটি অনন্য পদ্ধতির নকশাকে সহজতর করতে পারে যা ব্যাকটেরিয়া প্যাথোজেনে উপস্থিত বিভিন্ন ভাইরুলেন্স প্রোটিন নির্ধারণে সহায়তা করতে পারে। আমাদের অনুসন্ধানগুলি আমাদের অনুমান করার দিকে নিয়ে যায় যে বিবর্তন প্রক্রিয়া চলাকালীন বিধিনিষেধগুলি আমাদের আবিষ্কারগুলিকে আকার দেওয়ার ক্ষেত্রে মূল ভূমিকা পালন করেছে। এই সীমাবদ্ধতার ফলস্বরূপ, আমরা কিছু সংখ্যাগত সীমানা চিহ্নিত করতে সক্ষম হয়েছিলাম যখন আমরা প্রোটিন দৈর্ঘ্যের মতো বৈশিষ্ট্যগুলিকে জটিল কমপ্লেক্সে সংযুক্ত করি। প্রোটিনগুলির অনন্য বৈশিষ্ট্যগুলি আকর্ষণীয় কারণ তারা অস্বাভাবিক চাপ বা হোমিওস্ট্যাটিক সমন্বয়গুলির একটি ইঙ্গিত প্রদান করতে পারে যা কোষগুলিতে তাদের উপস্থিতি সক্ষম করেছে। অতএব, তারা আরও গবেষণার জন্য একটি প্রতিশ্রুতিবদ্ধ পছন্দ।

লেখকের অবদান:

ধারণা, HIA, এবং JC; পদ্ধতি, HIA, MAK, FAK, SI, RWA এবং NSP; সফ্টওয়্যার, HIA, WN, NSP, RWA, এবং SI; বৈধতা, MAK, JC, FAK, এবং HIA; আনুষ্ঠানিক বিশ্লেষণ, HIA, MAK, FAK, SI, RWA, এবং NSP; তদন্ত, HIA, MAK, FAK, SI, RWA, এবং NSP; সম্পদ, HIA, MAK, এবং JC; ডেটা কিউরেশন, HIA, MAK, FAK, SI, RWA, এবং WN; লেখা—মূল খসড়া প্রস্তুতি, HIA; লেখা—পর্যালোচনা এবং সম্পাদনা, HIA, SI, RWA, WN এবং NSP; ভিজ্যুয়ালাইজেশন, JC এবং MAK; তত্ত্বাবধান, MAK, FAK, NSP, এবং WN সমস্ত লেখক পাণ্ডুলিপির প্রকাশিত সংস্করণ পড়েছেন এবং সম্মত হয়েছেন।

অর্থায়ন:

এই গবেষণা কোন বহিরাগত তহবিল পায়নি.

প্রাতিষ্ঠানিক পর্যালোচনা বোর্ডের বিবৃতি:

প্রযোজ্য নয়।

অবহিত সম্মতি বিবৃতি:

প্রযোজ্য নয়।

ডেটা উপলব্ধতা বিবৃতি:

এই নিবন্ধের সাথে প্রাসঙ্গিক সমস্ত তথ্য পাঠকদের জন্য খোলামেলাভাবে উপলব্ধ হবে।

স্বীকৃতি:

এই অধ্যয়নটি 2022 গুয়াংডং প্রাদেশিক আর্থিক বিশেষ প্রকল্পের দ্বারা সমর্থিত ছিল পরিবেশগত বনায়ন নির্মাণের জন্য।

স্বার্থের সংঘাত:

লেখক আগ্রহের কোন দ্বন্দ্ব ঘোষণা।

তথ্যসূত্র

1. লি, জে.; জু, পি.; ওয়াং, এল.; ফেং, এম।; চেন, ডি.; ইউ, এক্স।; Lu, Y. BPIFB1 এর আণবিক জীববিজ্ঞান এবং রোগের অগ্রগতি। অ্যান. অনুবাদ। মেড. 2020, 8, 651। [CrossRef] [PubMed] 2. Saferali, A.; ট্যাং, এসি; স্ট্রাগ, এলজে; কুওন, বিএস; Zlosnik, J.; স্যান্ডফোর্ড, এজে; টার্ভে, সিস্টিক ফাইব্রোসিস মডিফায়ার জিন BPIFA1 এর SE ইমিউনোমোডুলেটরি ফাংশন। PLOS ONE 2020, 15, e0227067। [ক্রসরেফ] [পাবমেড]

3. Nam, B.-H.; মুন, জে.-ওয়াই.; পার্ক, ই.-এইচ.; কিম, Y.-O.; কিম, ডি.-জি.; কং, এইচজে; কিম, ডব্লিউ-জে.; জি, ওয়াইজে; An, CM; পার্ক, এনজি; ইত্যাদি অলিভ ফ্লাউন্ডার লিপোপলিস্যাকারাইড বাইন্ডিং প্রোটিন/ব্যাকটেরিসাইডাল পারমিবিলিটি ইনক্রিজিং প্রোটিন (LBP/BPI) থেকে প্রাপ্ত পেপটাইডের অ্যান্টিমাইক্রোবিয়াল অ্যাক্টিভিটি। মার্চ ড্রাগস 2014, 12, 5240–5257। [ক্রসরেফ] [পাবমেড]

4. Kirschning, CJ; এউ-ইয়ং, জে.; ল্যাম্পিং, এন.; রয়টার, ডি.; Pfeil, D.; Seilhamer, JJ; শুম্যান, আরআর লিপোপলিস্যাকারাইড-বাইন্ডিং প্রোটিন (LBP) এবং ফসফোলিপিড ট্রান্সফার প্রোটিন (PLTP) জিনের অনুরূপ সংগঠন লিপিড-বাইন্ডিং প্রোটিনের একটি সাধারণ জিন পরিবারের পরামর্শ দেয়। জিনোমিক্স 1997, 46, 416-425। [ক্রসরেফ] [পাবমেড]

5. বালাকৃষ্ণান, এ.; মারাঠে, এসএ; জোগলেকার, এম.; চক্রবর্তী, ডি. ব্যাকটেরিয়াঘটিত/ব্যাপ্তিযোগ্যতা বৃদ্ধিকারী প্রোটিন: এলপিএস নিরপেক্ষকরণের বাইরে ফাংশন সহ একটি বহুমুখী প্রোটিন। সহজাত ইমিউন। 2012, 19, 339-347। [ক্রসরেফ]

6. রাইট, এসডি; রামোস, আরএ; টোবিয়াস, পিএস; ইউলেভিচ, আরজে; ম্যাথিসন, JC CD14, lipopolysaccharide (LPS) এবং LPS বাইন্ডিং প্রোটিনের কমপ্লেক্সের জন্য একটি রিসেপ্টর। বিজ্ঞান 1990, 249, 1431-1433। [ক্রসরেফ]

7. শাও, ওয়াই.; লি, সি.; চে, জেড.; ঝাং, পি.; Zhang, W.; ডুয়ান, এক্স।; Li, Y. ক্লোনিং এবং দুটি লিপোপলিস্যাকারাইড-বাইন্ডিং প্রোটিন/ব্যাকটেরিসাইডাল ব্যাপ্তিযোগ্যতা-বর্ধমান প্রোটিন (এলবিপি/বিপিআই) জিনের বৈশিষ্ট্যযুক্ত সামুদ্রিক শসা Apostichopus japonicas থেকে ROS উৎপাদনে বৈচিত্র্যপূর্ণ ফাংশন সহ। দেব। Comp. ইমিউনল। 2015, 52, 88-97। [ক্রসরেফ]

8. শেফার, এন.; লি, এক্স।; সিবোল্ড, এমএ; জারজোর, এনএন; ডেনলিংগার, এলসি; কাস্ত্রো, এম.; কভারস্টোন, এএম; Teague, WG; বুমার, জে.; ব্লিকার, ইআর অ্যাজমাটিক এয়ারওয়ে এপিথেলিয়ামে এর প্রকাশ এবং কার্যকারিতার উপর BPIFA1/SPLUNC1 জেনেটিক পরিবর্তনের প্রভাব। JCI ইনসাইট 2019, 4, e127237। [ক্রসরেফ]

9. ব্রিটো, সিজে; Cohn, L. ব্যাকটেরিয়াঘটিত/ব্যাপ্তিযোগ্যতা-বর্ধমান প্রোটিন ভাঁজ-এয়ারওয়ে হোস্ট সুরক্ষা এবং শ্বাসযন্ত্রের রোগে পরিবারের সদস্য A1 ধারণকারী। আমি জে. রেসপির। সেল মোল। বায়োল 2015, 52, 525-534। [ক্রসরেফ]

10. মুসা, এম.; উইলসন, কে.; সূর্য, এল.; মুলে, এ.; Bingle, L.; ম্যারিয়ট, এইচএম; লেক্লেয়ার, ইই; Bingle, CD ডিফারেনশিয়াল স্থানীয়করণ BPIFA1 (SPLUNC1) এবং BPIFB1 (LPLUNC1) ইঁদুরের অনুনাসিক এবং মৌখিক গহ্বরে। কোষ টিস্যু রেস. 2012, 350, 455–464। [ক্রসরেফ]

11. Tsou, Y.-A.; তুং, এম.-সি.; আলেকজান্ডার, কেএ; চ্যাং, W.-D.; Tsai, M.-H.; চেন, এইচ.-এল.; চেন, সি.-এম. উপরের শ্বাসনালী মাইক্রোবিয়াল সংক্রমণ এবং সম্পর্কযুক্ত রোগগুলিতে BPIFA1 এর ভূমিকা। BioMed Res. int. 2018, 2018, 2021890। [CrossRef] [PubMed]

12. Caikauskaite, R. BPIFA1 ব্যাকটেরিয়ার সাথে মিথস্ক্রিয়া এবং এয়ারওয়ে হোস্ট প্রতিরক্ষার জন্য তাদের গুরুত্ব। পিএইচ.ডি. থিসিস, ইউনিভার্সিটি অফ শেফিল্ড, শেফিল্ড, ইউকে, 2018।

For more information:1950477648nn@gmail.com