SARS-CoV-2 ভেরিয়েন্ট ওমিক্রন এর বিস্তার 2 এর দ্বিগুণ সময়ের সাথে।
Mar 30, 2022
যোগাযোগ:joanna.jia@wecistanche.com/ WhatsApp: 008618081934791
বিমূর্ত
ওমিক্রন, উপন্যাসটি অত্যন্ত পরিবর্তিতSARS-CoV-2উদ্বেগের বৈকল্পিক (VOC, Pango বংশ বি.1.1.529) প্রথম সংগৃহীত হয়েছিল 20২১ নভেম্বরের প্রথম দিকে দক্ষিণ আফ্রিকায়। 2021 নভেম্বরের শেষের দিকে, এটি দক্ষিণ আফ্রিকায় ছড়িয়ে পড়ে এবং স্থির হওয়ার কাছাকাছি পৌঁছেছিল এবং সমস্ত মহাদেশে এটি সনাক্ত করা হয়েছিল। আমরা দক্ষিণ আফ্রিকার দুটি সর্বাধিক জনবহুল প্রদেশ, গৌতেং এবং কোয়াজুলু-নাটালে চার-সপ্তাহের সময়কালে ওমিক্রনের সূচকীয় বৃদ্ধি বিশ্লেষণ করেছি, যথাক্রমে, 3.3 দিন (95 শতাংশ CI: 3.2-3.4 দিন) দ্বিগুণ সময়ের অনুমানে পৌঁছেছি। এবং 2.7 দিন (95 শতাংশ CI: 2.3–3.3 দিন)। অনুরূপ বা এমনকি কম দ্বিগুণ সময় অন্যান্য স্থানে পরিলক্ষিত হয়েছে: অস্ট্রেলিয়া (3.0 দিন), নিউ ইয়র্ক স্টেট (2.5 দিন), যুক্তরাজ্য (2.4 দিন), এবং ডেনমার্ক (2.0 দিন)। লগ-লিনিয়ার রিগ্রেশন পরামর্শ দেয় যে 11 অক্টোবর 2021 সালের দিকে গাউতেং-এ বিস্তার শুরু হয়েছিল; যাইহোক, প্রাথমিক স্প্রেডে অনুমানযোগ্য স্টোকাস্টিটির কারণে, এই অনুমানটি ভুল হতে পারে। Phylogenetics-ভিত্তিক বিশ্লেষণ নির্দেশ করে যে Omicron
স্ট্রেনটি 6 অক্টোবর থেকে 29 অক্টোবর 2021-এর মধ্যে পরিবর্তিত হতে শুরু করে। আমরা অনুমান করেছি যে ওমিক্রন থেকে ডেল্টার অনুপাতের সাপ্তাহিক বৃদ্ধি 7.2-10.2 রেঞ্জের মধ্যে, ডেল্টা থেকে আলফা অনুপাতের বৃদ্ধির তুলনায় যথেষ্ট বেশি (আনুমানিক 2.5-4.2 এর পরিসরে, এবং আলফা থেকে পূর্ব-বিদ্যমান স্ট্রেন (1.8-2.7 এর পরিসরে আনুমানিক)। উচ্চ আপেক্ষিক বৃদ্ধি অগত্যা উচ্চ Omicron সংক্রামকতা বোঝায় না। একটি দ্বি-স্ট্রেন SEIR মডেল পরামর্শ দেয় যে ওমিক্রনের বৃদ্ধির সুবিধা প্রতিরোধ ক্ষমতা ফাঁকি থেকে উদ্ভূত হতে পারে, যা এই VOC-কে পুনরুদ্ধার করা এবং সম্পূর্ণরূপে টিকা দেওয়া ব্যক্তি উভয়কেই সংক্রমিত করতে দেয়। আমরা যেমন মডেলের মধ্যে দেখিয়েছি, রোগ প্রতিরোধ ক্ষমতা বর্ধিত সংক্রমণযোগ্যতার চেয়ে বেশি উদ্বেগজনক, কারণ এটি বৃহত্তর মহামারী প্রাদুর্ভাবের সুবিধা দিতে পারে।
কীওয়ার্ড:কোভিড-19 মহামারী; SARS-CoVs-2; ওমিক্রন বৈকল্পিক; জিনোম সিকোয়েন্সিং; মিউটেশন
ফ্রেডেরিক গ্রাবোস্কি, মারেক কোচা এনসিক এবং টমাস লিপনিয়াকি *
ইনস্টিটিউট অফ ফান্ডামেন্টাল টেকনোলজিক্যাল রিসার্চ, পোলিশ একাডেমি অফ সায়েন্সেস, 02-106 ওয়ারশ, পোল্যান্ড;
1। পরিচিতি
ওমিক্রন, উপন্যাসSARS-CoVs-2উদ্বেগের ভেরিয়েন্ট (VOC, Pango বংশ বি.1.1.529, নেক্সটস্ট্রেন ক্লেড আইডেন্টিফায়ার 21K) 2 নভেম্বর 2021-এ দক্ষিণ আফ্রিকায় প্রথম সংগৃহীত হয়েছিল, (GISAID [1] সিকোয়েন্স অ্যাক্সিশন আইডি: EPI_ISL{{8} })। আসল SARS-CoV{10} ভাইরাসের তুলনায়,ওমিক্রন বহন করে30টি অ্যামিনো অ্যাসিড অ-সমার্থক প্রতিস্থাপন, তিনটি ছোট মুছে ফেলা, এবং স্পাইক প্রোটিনে একটি ছোট সন্নিবেশ [2]। সব মিলিয়ে,ওমিক্রন ভেরিয়েন্ট51টি অ্যামিনো-অ্যাসিড স্তরের মিউটেশন রয়েছে, এবং এর সবচেয়ে কাছের পরিচিত ভাইবোনের 15টি মিউটেশন রয়েছে (GISAID সিকোয়েন্স অ্যাক্সিশন আইডি: EPI_ISL_622806) মাত্র নয়টি সাধারণ মিউটেশন সহ, যা শেষ থেকে 42টি মিউটেশনের দূরত্ব বোঝায় সাধারণ পূর্বপুরুষ (Nextstrain [3] দ্বারা উত্পন্ন ফাইলোজেনেটিক গাছের উপর ভিত্তি করে)। ভাইবোন জিনোমের সংগ্রহের তারিখ, 13 সেপ্টেম্বর 2020, একটি বিচ্ছিন্ন কুলুঙ্গিতে এক বছরেরও বেশি বিবর্তনের পরামর্শ দেয়, সম্ভবত একটি ইমিউনোকম্প্রোমাইজড হোস্টে, তবে লুকানো শাখাগুলির অস্তিত্ব বাতিল বা নিশ্চিত করার জন্য আরও ডেটা প্রয়োজন (দেখুন [4] আলোচনার জন্য). এই বংশটি 2021 সালের নভেম্বরে দক্ষিণ আফ্রিকার গাউতেং প্রদেশে দ্রুত ছড়িয়ে পড়তে শুরু করে, সেই মাসের শেষের দিকে সমগ্র দক্ষিণ আফ্রিকায় স্থির হয়ে যায় এবং দক্ষিণ আফ্রিকা, তারপর ইউরোপ এবং অবশেষে অন্যান্য মহাদেশ জুড়ে আকস্মিক মহামারী ছড়িয়ে পড়ে। এই সমস্ত অবস্থানে, ওমিক্রন ডেল্টা ভিওসি (বংশ B.1.617.2) কে পরাজিত করেছে, যা 2021 সালের অক্টোবরে ইউরোপ, উত্তর আমেরিকা এবং ওশেনিয়াতে 99 শতাংশেরও বেশি জিনোমের জন্য দায়ী, এশিয়া এবং দক্ষিণ আমেরিকায় 90 শতাংশেরও বেশি , এবং আফ্রিকায় প্রায় 90 শতাংশ।
দক্ষিণ আফ্রিকায় ওমিক্রনের দ্রুত বিস্তার, ব্যাপক সংক্রমণ-জনিত সেরোপ্রেভালেন্স [৫] এবং পশ্চিম ইউরোপীয় দেশগুলিতে, যেখানে জনসংখ্যার একটি উচ্চ অনুপাত টিকা দেওয়া হয় [৬], ইমিউন ফাঁকি দেওয়ার পরামর্শ দেয় যা উচ্চ মাত্রার সাথে যুক্ত হতে পারে। ভাইরাল স্পাইক গ্লাইকোপ্রোটিনে মিউটেশনের সংখ্যা, অ্যান্টিবডি নিরপেক্ষ করার প্রধান লক্ষ্য [7]। এটি একটি ক্রমবর্ধমান সংখ্যক (i) ইন ভিট্রো অধ্যয়ন দ্বারা নিশ্চিত করা হয়েছে যা ভ্যাকসিন দ্বারা প্রদত্ত হিউমারাল ইমিউনিটির প্রতি ওমিক্রন প্রতিরোধ দেখায়- বা পূর্বে বিদ্যমান বৈকল্পিক সংক্রমণ-প্ররোচিত অ্যান্টিবডি, সেইসাথে মহামারী সংক্রান্ত অধ্যয়ন ইঙ্গিত করে যে (ii) উল্লেখযোগ্যভাবে, এর বিরুদ্ধে ভ্যাকসিনের কার্যকারিতা হ্রাস পেয়েছে। Omicron এর সংক্রমণ এবং (iii) ডেল্টার তুলনায় Omicron এর সাথে পুনরায় সংক্রমণের উচ্চ সম্ভাবনা।
(i) For two mRNA-based vaccines, BNT162b2 (Pfizer) and mRNA-1273 (Moderna), Liu et al. demonstrated a >21-fold and >8। দুটি ভেক্টর ভ্যাকসিনের জন্য, Ad26.COV2.S (জনসন অ্যান্ড জনসন) এবং ChAdOx1 (AstraZeneca), SARS-CoV-2 সংক্রমণের পূর্ববর্তী ইতিহাস ছাড়াই রোগীদের কাছ থেকে প্রাপ্ত সমস্ত নমুনা ওমিক্রনের বিরুদ্ধে সনাক্তকরণের স্তরের নীচে ছিল [8] ]। তিনটি সমজাতীয় mRNA টিকা দেওয়ার পরে, গড় ID50 ড্রপ ছিল 6৷{12}}গুণ [8]৷ প্ল্যানাস এট আল। BNT162b2 বা ChAdOx1 ভ্যাকসিন প্রাপকদের (সম্পূর্ণ টিকা দেওয়ার 5 মাস পরে নমুনা নেওয়া) থেকে সেরারা ওমিক্রনকে সবেমাত্র বাধা দেয়। কোভিড{18}} সুস্থ রোগীদের সেরা (6 বা 12 মাসের উপসর্গের পরে সংগৃহীত) ওমিক্রনের বিরুদ্ধে কম-থেকে-অনুপস্থিত নিরপেক্ষ কার্যকলাপ প্রদর্শন করেছে, যেখানে BNT162b2 এর একটি বুস্টার ডোজ প্রশাসন, সেইসাথে পূর্বে সংক্রামিত ব্যক্তিদের টিকা দেওয়ার ফলে, অ্যান্টি-ওমিক্রন নিরপেক্ষ প্রতিক্রিয়া, কিন্তু টাইটার সহ 5–31-ডেল্টার তুলনায় কম [9]। Omicron VOC 5.3–7 পাওয়া গেছে।{32}}2 mRNA-1273 ডোজ [10] টিকা দেওয়া ব্যক্তিদের কাছ থেকে প্রাপ্ত সিরাম নমুনার সাথে পরীক্ষা করার সময় বিটা VOC থেকে কম সংবেদনশীল। 24 টি গবেষণার একটি মেটা-বিশ্লেষণ পূর্ববর্তী চারটি VOC-এর পূর্বপুরুষ ভাইরাসের তুলনায় নিরপেক্ষকরণ টাইটার (বিভিন্ন ভ্যাকসিনের মধ্যে উল্লেখযোগ্যভাবে আলাদা নয়) হ্রাস দেখিয়েছে: আলফা (16-ভাঁজ), গামা (3৷ {41}ভাঁজ), ডেল্টা (3৷{43}}ভাঁজ), এবং বিটা (8৷{45}}ভাঁজ) [11]৷ নিরপেক্ষকরণ কার্যকলাপের এই ক্ষতি ওমিক্রনের ক্ষেত্রে যতটা উল্লেখযোগ্য নয় [৮]। এই ফলাফলগুলি অন্য একটি গবেষণার সাথে সঙ্গতিপূর্ণ যা দেখায় যে দুটি mRNA টিকা দেওয়ার পরে ওমিক্রনের বিরুদ্ধে সবেমাত্র সনাক্তযোগ্য সিরাম নিরপেক্ষ কার্যকলাপ দেখায় (এবং বন্য ধরণের ভাইরাসের সাথে সাথে ডেল্টা ভিওসি সম্পর্কিত "বুস্টার" ডোজ পরেও অনেক কম নিরপেক্ষ কার্যকলাপ) [ 12]।
cistanche এবং tongkat আলী
(ii) অ্যান্ড্রুজ এবং অন্যান্য। ডেল্টার ক্ষেত্রে ওমিক্রন দ্বারা লক্ষণীয় সংক্রমণের বিরুদ্ধে ভ্যাকসিনের কার্যকারিতা হ্রাস পেয়েছে [১৩]। দুই-ডোজ ChAdOx1 টিকা দেওয়ার অর্ধেক বছর পরে, কার্যকারিতা ছিল ডেল্টার বিরুদ্ধে 42 শতাংশ, দ্বিতীয় ChAdOx1 টিকা দেওয়ার 15 সপ্তাহ পরে Omi cron-এর বিরুদ্ধে কোনও প্রভাব পরিলক্ষিত হয়নি। BNT162b2 এর ক্ষেত্রে, টিকা দেওয়ার 15 সপ্তাহ পরে সুরক্ষা ছিল ডেল্টার বিরুদ্ধে 63 শতাংশ এবং ওমিক্রনের বিরুদ্ধে 34-37 শতাংশ। BNT162b2 বুস্টার ডেল্টার বিরুদ্ধে 93 শতাংশের উপরে এবং Omicron এর বিরুদ্ধে 75 শতাংশ সুরক্ষা বাড়ায় [13]। ইউকে হেলথ সিকিউরিটি এজেন্সির একটি প্রতিবেদন এই ফলাফলগুলি নিশ্চিত করে এবং অতিরিক্তভাবে নির্দেশ করে যে ওমিক্রনের বিরুদ্ধে mRNA "বুস্টার" প্রভাব, কিন্তু ডেল্টার বিরুদ্ধে নয়, "বুস্টার" ডোজ পরে প্রায় 40 শতাংশ 10 সপ্তাহে দ্রুত হ্রাস পায় [14]। এই ফলাফলগুলি গ্লোবাল ইনফেকশাস ডিজিজ অ্যানালাইসিসের এমআরসি সেন্টারের একটি রিপোর্টের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ যা AZ 2 প্লাস সপ্তাহের পরে ডোজ 2 (PD2), Pfizer 2 প্লাস ডব্লিউ পিডি২-এর পরে ভ্যাকসিন স্ট্যাটাস যাদের জন্য ডেল্টার তুলনায় ওমিক্রন কেসের ঝুঁকি উল্লেখযোগ্যভাবে বৃদ্ধি পেয়েছে। , AZ 2 plus w পোস্ট ডোজ 3 (PD3) এবং PF 2 plus w PD3 ভ্যাকসিন 1 এর বিপদের অনুপাত সহ বলে।{31}} (95 শতাংশ CI: 1.67–2.08), 2.68 (95 শতাংশ CI: 2.54–2.83) , 4.32 (95 শতাংশ CI: 3.84–4.85), এবং 4.07 (95 শতাংশ CI: 3.66–4.51), যথাক্রমে [15]।
(iii) একই রিপোর্ট নির্দেশ করে যে ওমিক্রন 5.41 (95 শতাংশ CI: 4.87–6) এর সাথে যুক্ত৷
যদিও সমস্ত প্রমাণগুলি সীমিত সংখ্যক ক্ষেত্রের উপর ভিত্তি করে এবং জনসংখ্যা-স্তরের পক্ষপাত দ্বারা প্রভাবিত হতে পারে, কেউ আশা করতে পারে যে ওমিক্রন বনাম ডেল্টা সংক্রমণের বিপদের অনুপাত 2-5 রেঞ্জের মধ্যে এবং এটি মূলত নির্দিষ্ট ভ্যাকসিনের উপর নির্ভর করে, অনুপাত। জনসংখ্যার "বুস্টার" ডোজ দ্বারা টিকা দেওয়া হয়েছে, এবং COVID-19 থেকে পুনরুদ্ধারের পরে প্রতিরোধ।
বিক্রয়ের জন্য cistanche
এই কাজটিতে, আমরা দক্ষিণ আফ্রিকার দুটি সর্বাধিক জনবহুল প্রদেশ, গৌতেং এবং কোয়াজুলু-নাটাল [16]-এ নতুন COVID-19 মামলার দৈনিক সংখ্যার ভিত্তিতে দক্ষিণ আফ্রিকায় ওমিক্রন বৈকল্পিক দ্বিগুণ সময় অনুমান করেছি। আরও, আমরা অস্ট্রেলিয়া, যুক্তরাজ্য, ডেনমার্ক এবং নিউ ইয়র্ক স্টেটের জন্য এই অনুমানটি পুনরাবৃত্তি করেছি, চারটি অবস্থান যা তাদের COVID-19 মহামারী ইতিহাস এবং COVID-19 ভ্যাকসিন প্রস্তুতকারকদের অনুপাতের ক্ষেত্রে আলাদা। এই সমস্ত জায়গায়, নতুন COVID-19 কেসগুলি তুলনামূলকভাবে নির্ভরযোগ্যভাবে রিপোর্ট করা হবে এবং তাদের ভাইরাল জিনোমগুলি সিকোয়েন্সিং দ্বারা স্ক্রীন করা হবে বলে আশা করা হচ্ছে। পরবর্তী তিনটি অবস্থানের ডেটার উপর ভিত্তি করে, আমরা দেখিয়েছি যে ওমিক্রন এবং ডেল্টা ক্ষেত্রে অনুপাতের সাপ্তাহিক বৃদ্ধি উল্লেখযোগ্যভাবে ডেল্টা থেকে আলফা ক্ষেত্রে অনুপাতের পূর্ববর্তী সাপ্তাহিক বৃদ্ধি এবং পূর্ব-বিদ্যমান কারণে সৃষ্ট ক্ষেত্রে আলফা ক্ষেত্রে অনুপাতকে ছাড়িয়ে গেছে। স্ট্রেন ওমিক্রন ভেরিয়েন্টের লুকানো বিস্তারকে বাতিল করার জন্য, যা উপরের অনুমানগুলিকে সম্ভাব্যভাবে প্রভাবিত করতে পারে, আমরা স্ট্রেন ডাইভারজেন্স তারিখ অনুমান করতে নেক্সট্রেইনের একটি ওমিক্রন ফাইলোজেনেটিক গাছ ব্যবহার করেছি। অবশেষে, আমরা একটি দুই-স্ট্রেন গাণিতিক মডেল নিযুক্ত করেছি তা দেখানোর জন্য যে ওমিক্রন স্ট্রেনের দ্রুত প্রাদুর্ভাব পর্যবেক্ষণ করা শুধুমাত্র ইমিউন ফাঁকি দিয়ে ব্যাখ্যা করা যেতে পারে, যা সংক্রমণের জন্য সংবেদনশীল ব্যক্তিদের পুলকে প্রসারিত করে।
2। সামগ্রী ও পদ্ধতি
2.1। জিনোমিক সিকোয়েন্স-ভিত্তিক বিশ্লেষণ
এই গবেষণায় ব্যবহৃত সমস্ত ডেটা 9 জানুয়ারী 2022 পর্যন্ত পুনরুদ্ধার করা হয়েছিল। GISAID [1] ডেটাতে 6 জানুয়ারী 2022 এর আগে জমা দেওয়ার তারিখ সহ জিনোম অন্তর্ভুক্ত রয়েছে। চিত্র 1-এ ওমিক্রন, ডেল্টা এবং পূর্ব-বিদ্যমান স্ট্রেনের সাপ্তাহিক ক্ষেত্রে অনুমান করা হয়েছিল GISAID ডেটা এবং Gaut eng এবং KwaZulu-Natal (DSFSI, প্রিটোরিয়া বিশ্ববিদ্যালয়ে, গৌটেং-এর জন্য DSFSI-এর ক্রমবর্ধমান সংখ্যার COVID-19 ক্ষেত্রে, এই ডেটাসেটটি 23 নভেম্বরের জন্য মামলার সংখ্যা 8099 থেকে 605 এ পরিবর্তন করে সংশোধন করা হয়েছিল 2021 সাউথ আফ্রিকান ন্যাশনাল ইনস্টিটিউট ফর কমিউনিকেবল ডিজিজেসের তথ্য ব্যবহার করে (NIC 9 জানুয়ারী 2022 এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে)।
NICD অনুসারে, 7494 অ্যান্টিজেন পরীক্ষার ফলাফলের একটি পূর্ববর্তী সংযোজন থেকে পার্থক্যের ফলাফল। চিত্র 1A, C-এর জন্য ব্যবহৃত ডেটাসেটটি পরিপূরক সারণি S1-এ দেওয়া হয়েছে। Google-এর কোভিড-19 কমিউনিটি মোবিলিটি রিপোর্টের উপর ভিত্তি করে গাউটেং এবং কোয়াজুলু-নাটাল (চিত্র 1B) এর গতিশীলতা মূল্যায়ন করা হয়েছিল। কাজের দিনের উপর ভিত্তি করে সাপ্তাহিক গড় গণনা করা হয়েছিল। দ্যওমিক্রন স্ট্রেন ডাইভারজেন্স তারিখএবং মিউটেশন সঞ্চয়ের হার (চিত্র 1D) পয়সন রিগ্রেশন দ্বারা নির্ধারিত হয়েছিল, ধরে নিচ্ছি যে মিউটেশনের গড় সংখ্যা সময়ের সাথে সাথে রৈখিকভাবে বৃদ্ধি পায়।
Omicron ফাইলোজেনেটিক ট্রি (3 জানুয়ারী 2022-এ শেষ আপডেট সহ) নেক্সটস্ট্রেন [4] থেকে পুনরুদ্ধার করা হয়েছিল; নেক্সটস্ট্রেন দ্বারা নির্বাচিত জিনোম ক্রমগুলির নমুনা সংগ্রহের তারিখগুলি GISAID থেকে পুনরুদ্ধার করা হয়েছিল। ফলস্বরূপ ডেটাসেটটি পরিপূরক সারণী S2 হিসাবে সরবরাহ করা হয়েছে। GISAID ID-এর দুটি তালিকা এবং 19 এপ্রিল 2021 থেকে 2 জানুয়ারী 2022 পর্যন্ত Gauteng এবং KwaZulu-Natal-এ সংগৃহীত সমস্ত জিনোমের জন্য সংশ্লিষ্ট স্বীকৃতি সম্পূরক সারণী S3 এবং S4 হিসাবে প্রদান করা হয়েছে।
চিত্র 1. ওমিক্রন স্ট্রেনের বৃদ্ধি এবং অপসারণ। ( A ) দক্ষিণ আফ্রিকার দুটি প্রদেশ, গৌতেং এবং কোয়াজুলু-নাটালে ওমিক্রন, ডেল্টা এবং অন্যান্য রূপের সাপ্তাহিক একত্রিত কেস। (B) কর্মক্ষেত্রে (নীল) এবং খুচরা ও বিনোদন কেন্দ্রে (গোলাপী) গাউটেং (ভরা বৃত্ত) এবং কোয়াজুলু-নাটাল (ভরা ত্রিভুজ) সাপ্তাহিক গড় কর্মদিবসের গতিশীলতা। (C) 2021 সালে (8 নভেম্বর-5 ডিসেম্বর) গাউতেংয়ে 45-48 সপ্তাহে এবং কোয়াজুলু নাটালে 46-49 সপ্তাহে ওমিক্রন স্ট্রেনের সূচকীয় বৃদ্ধি। (D) নেক্সটস্ট্রেন ফাইলোজেনেটিক গাছের উপর ভিত্তি করে বিশ্বব্যাপী ওমিক্রন স্ট্রেনের দ্বারা মিউটেশনের সঞ্চয়। সবুজ রেখা একটি নির্দিষ্ট সময়ে মিউটেশনের সংখ্যার পয়সন বন্টন অনুমান করে রৈখিক রিগ্রেশন দ্বারা নির্ধারিত মিউটেশন সঞ্চয়ের প্রবণতা দেখায়। সময়ের 95 শতাংশ বিশ্বাসযোগ্য ব্যবধান হালকা সবুজ রঙে চিহ্নিত করা হয়েছে। প্যানেলের জন্য ডেটাসেট ( A, B) পরিপূরক সারণী S1 হিসাবে প্রদান করা হয়েছে; ফাইলোজেনেটিক গাছ (তারিখ সহ) সম্পূরক সারণী S2 হিসাবে সরবরাহ করা হয়েছে।
চিত্র 2 এবং 3-এ, ওমিক্রন, ডেল্টা, এবং প্রাক-বিদ্যমান স্ট্রেনের সাপ্তাহিক কেসগুলি GISAID থেকে ক্রমিক ডেটা এবং হপকিন্স ইউনিভার্সিটির ঋণ দ্বারা একত্রিত কেস ডেটার উপর ভিত্তি করে অনুমান করা হয়েছিল [17]। চিত্র 2 এবং 3-এর জন্য ব্যবহৃত ডেটাসেটগুলি পরিপূরক সারণী S5-এ দেওয়া হয়েছে।
Omicron দ্বিগুণ সময় (চিত্র 1C, 2B, E এবং 3B, E) এর বৃদ্ধির সূচকীয় পর্যায়ে ওমিক্রন কেসের (আনুমানিক) সংখ্যার লগ-লিনিয়ার রিগ্রেশন দ্বারা অনুমান করা হয়েছিল। দৈনিক নতুন কেস সপ্তাহে একত্রিত করা হয়েছিল। অস্ট্রেলিয়া ব্যতীত প্রতিটি স্থানে একটি উপযুক্ত চার-সপ্তাহের সময়কাল ব্যবহার করা হয়েছিল, যার জন্য একটি ছয়-সপ্তাহের সময়কাল ব্যবহার করা হয়েছিল।
চিত্র ২. ইউকে এবং ডেনমার্কে SARS-CoV-2 স্ট্রেনের উত্তরাধিকার। (A, D) 2020 এবং 2021 সপ্তাহে একটি নির্দিষ্ট স্ট্রেনে আক্রান্ত সাপ্তাহিক কেসের সংখ্যা অনুমান করা হয়েছে। (B, E) সাপ্তাহিক ওমিক্রন কেসের আনুমানিক সংখ্যা এবং চারটি সম্পূর্ণ-তে লগ-লিনিয়ার রিগ্রেশনের উপর ভিত্তি করে দ্বিগুণ সময়ের অনুমান। সপ্তাহের সময়কাল (ভরা বৃত্ত)। (CF) পূর্বের প্রভাবশালী স্ট্রেনের সাথে একটি উদ্ভূত স্ট্রেনের সাপ্তাহিক কেসের অনুপাত এবং চারটি পুরো সপ্তাহের সময়কালের লগ-লিনিয়ার রিগ্রেশনের উপর ভিত্তি করে অনুপাত বৃদ্ধির হারের অনুমান (সাবপ্যানেলগুলি সংশ্লিষ্ট প্যানেলের ছায়াযুক্ত অঞ্চলগুলির সাথে মিলে যায় ))। এই চিত্রের জন্য একটি ডেটাসেট পরিপূরক সারণী S5 হিসাবে সরবরাহ করা হয়েছে।
চিত্র 3. নিউ ইয়র্ক স্টেট এবং অস্ট্রেলিয়ায় SARS-CoV-2 স্ট্রেনের উত্তরাধিকার। (A, D) 2020 এবং 2021 সপ্তাহে একটি নির্দিষ্ট স্ট্রেনে আক্রান্ত সাপ্তাহিক কেসের আনুমানিক সংখ্যা। (B, E) সাপ্তাহিক ওমিক্রন কেসের আনুমানিক সংখ্যা এবং চারটিতে লগ-লিনিয়ার রিগ্রেশনের উপর ভিত্তি করে দ্বিগুণ সময়ের অনুমান (প্যানেল ( B)) এবং ছয়টি (প্যানেল (E)) পুরো সপ্তাহের সময়কাল (ভরা বৃত্ত)। (C, F) পূর্ববর্তী প্রভাবশালী স্ট্রেনের সাথে একটি উদ্ভূত স্ট্রেনের সাপ্তাহিক ক্ষেত্রে অনুপাত এবং চারটি পুরো-সপ্তাহের সময়কালের লগ-লিনিয়ার রিগ্রেশনের উপর ভিত্তি করে অনুপাতের বৃদ্ধির হারের অনুমান (সাবপ্যানেলগুলি সংশ্লিষ্ট প্যানেলের ছায়াযুক্ত অঞ্চলগুলির সাথে মিলে যায়) , D) এই চিত্রটির জন্য একটি ডেটাসেট পরিপূরক সারণি S5 হিসাবে সরবরাহ করা হয়েছে।
একটি প্রাক-বিদ্যমান স্ট্রেনের (চিত্র 2C, F এবং 3C, F) অনুপাতের সাপ্তাহিক (গুনগত) বৃদ্ধির হারও লগ-লিনিয়ার রিগ্রেশন দ্বারা অনুমান করা হয়েছিল। উদীয়মান স্ট্রেনের মধ্যে তুলনা সক্ষম করার জন্য, আমরা দ্রুততম বৃদ্ধির চার-সপ্তাহের সময়কাল নির্বাচন করি, যাতে অন্তত দুই সপ্তাহে উদীয়মান স্ট্রেনের সংখ্যা পূর্ব-বিদ্যমানগুলির তুলনায় কম থাকে। এই অতিরিক্ত মানদণ্ড নিশ্চিত করে যে বিশ্লেষিত সময়টি নতুন স্ট্রেনের উত্থান ক্যাপচার করে। আমরা রিপোর্টিং কনভেনশন ব্যবহার করি যেখানে সাপ্তাহিক (গুনগত) দুইটির বৃদ্ধির হার প্রতি সপ্তাহে স্ট্রেন-টু-স্ট্রেন অনুপাতের দ্বিগুণকে বোঝায়।
2.2। গাণিতিক মডেলিং
গাণিতিক মডেলটি একটি বর্ধিত সংবেদনশীল-উন্মুক্ত-সংক্রামক-পুনরুদ্ধার (এসইআইআর) মডেল হিসাবে তৈরি করা হয়েছে যা একটি টিকাযুক্ত (ভি) বগি দিয়ে সংশোধন করা হয়েছে। আমরা ধরে নিয়েছিলাম যে সুপ্ত সময়কালটি ইনকিউবেশন পিরিয়ডের মতোই ছিল এবং এরলাং-বিতরণ করা হয়েছিল আকৃতির প্যারামিটার m=6 (যা মডেল কাঠামোতে ছয়টি উন্মুক্ত সাবকপার্টমেন্টের অন্তর্ভুক্তির দ্বারা প্রতিফলিত হয়) এবং 1/ এর গড়। σ=3 দিন। সংক্রামকতার গড় সময়কাল হল 1/=3 দিন (এই ধরনের একটি সংক্ষিপ্ত সময় অনুমানকে প্রতিফলিত করে যে নিশ্চিত সংক্রমণে আক্রান্ত ব্যক্তিরা দ্রুত বিচ্ছিন্ন হয়ে যায় এবং তারপরে সংবেদনশীল ব্যক্তিদের সংক্রমিত করতে পারে না)। পুনরুদ্ধার করা ব্যক্তিরা $=1/বছরের হারে সংবেদনশীল হয়ে ওঠে।
সংবেদনশীল ব্যক্তিদের প্রতি বছর ν=2 হারে টিকা দেওয়া হয়, এবং তাদের ভ্যাকসিন-প্ররোচিত অনাক্রম্যতা $ হারে হ্রাস পায় (একটি পুনরুদ্ধার করা থেকে একটি সংবেদনশীল বগিতে স্থানান্তরের হারের মতো)। আমরা দুটি মডেলের বৈকল্পিক বিবেচনা করি - চিত্র 4A, B দেখুন। মডেল A-তে, ডেল্টা এবং ওমিক্রন উভয়ের জন্য সংবেদনশীল ব্যক্তিদের একটি একক পুল রয়েছে, যেখানে মডেল বি-তে ব্যক্তিদের দুটি অতিরিক্ত অংশ রয়েছে যা শুধুমাত্র ডেল্টা বা শুধুমাত্র সংবেদনশীল। ওমিক্রন, এবং যেগুলিকে যথাক্রমে π=1.5/বছরের হারে পুনরুদ্ধার-পরবর্তী ওমিক্রন বা পোস্ট-ডেল্টা পুনরুদ্ধার করা হয়। এই দুটি অতিরিক্ত সংবেদনশীল কম্পার্টমেন্ট থেকে, ডেল্টা এবং ওমিক্রন উভয়ের জন্য সংবেদনশীল ব্যক্তিদের বগিতে রূপান্তর রয়েছে (হারে $)। এইভাবে, আমরা পারস্পরিক সংক্রমণ-পরবর্তী সুরক্ষায় একমাত্র আংশিক ওভারল্যাপের জন্য দায়ী। মডেল A-তে, ওমিক্রনের সংক্রমণযোগ্যতা ডেল্টার চেয়ে 4-গুণ বেশি, যেখানে মডেল বি-তে ওমিক্রন এবং ডেল্টার সংক্রমণযোগ্যতা একই কিন্তু, ট্রানজিশন প্যারামিটারের নির্দিষ্ট পছন্দের কারণে, ব্যক্তির সমষ্টিগত পুল ওমিক্রনের জন্য সংবেদনশীল ব্যক্তি ওমিক্রনের উপস্থিতির আগে স্থির অবস্থায় ডেল্টার জন্য সংবেদনশীল ব্যক্তিদের তুলনায় চারগুণ বেশি। মডেল B উভয় স্ট্রেইনের ক্ষেত্রে প্রতিসম; যাইহোক, টিকা প্রাপ্ত বগি থেকে শুধুমাত্র ওমিক্রনের জন্য সংবেদনশীল ব্যক্তিদের বগিতে অতিরিক্ত স্থানান্তর অন্তর্ভুক্ত করার মাধ্যমে (π হারে), আমরা ওমিক্রনের প্রতি টিকা-পরবর্তী অনাক্রম্যতা দ্রুত হ্রাসের জন্য দায়ী।
মডেলের গতিবিদ্যা সাধারণ ডিফারেনশিয়াল সমীকরণের একটি সিস্টেম দ্বারা নিয়ন্ত্রিত হয় (মডেল A-তে 18 ODE, মডেল B-তে 20 ODE)। ODEs দ্ব্যর্থহীনভাবে উদ্ভূত হতে পারে, গণ-অ্যাকশন গতিবিদ্যা অনুমান করে, চিত্র 4A, B-এর মডেল স্কিমগুলির উপর ভিত্তি করে এবং চিত্র 4C-তে প্রদত্ত গতিগত হারের সাথে প্যারামেট্রিকৃত। চিত্র 4D-G-এ দেখানো প্রথম দিনে, যখন সিস্টেমটি ডেল্টার সাথে ভারসাম্য বজায় রাখে, শুধুমাত্র একজন ব্যক্তি (106 জন ব্যক্তির জনসংখ্যার মধ্যে) ওমিক্রনের সংস্পর্শে আসে। ফলাফলগুলিতে আরও জোর দেওয়া হয়েছে, ওমিক্রন প্রাদুর্ভাবের প্রাথমিক সূচকীয় পর্যায় উভয় মডেলের মধ্যে প্রায় অভিন্ন।
চিত্র 4. টিকা সহ দুটি COVID-19 দ্বি-স্ট্রেন SEIR মডেল। (A) মডেল A-এর স্কিম, যেখানে ওমিক্রন (O) এর সংক্রমণযোগ্যতা ডেল্টা (∆) এর চেয়ে চারগুণ বেশি এবং উভয় স্ট্রেইনে সংবেদনশীল ব্যক্তিদের একটি সাধারণ পুল রয়েছে (প্রি-তে সিমুলেটেড জনসংখ্যার 10 শতাংশ) ওমিক্রন স্টেডি স্টেট)। (B) মডেল B এর স্কিম, যেখানে Omicron (O) এবং Delta (∆) এর সংক্রমণযোগ্যতা একই কিন্তু Omicron-এর জন্য সংবেদনশীল ব্যক্তিদের সমষ্টিগত পুল ডেল্টার চেয়ে চারগুণ বেশি (40 শতাংশ বনাম 10 শতাংশ প্রি-ওমিক্রন স্টেডি-স্টেটে সিমুলেটেড জনসংখ্যা)। মডেল A সম্পর্কিত প্রয়োজনীয় পরিবর্তনগুলি নীল রঙে দেখানো হয়েছে। (C) উভয় মডেলের রেট প্যারামিটারের মান। মডেল বৈকল্পিক-নির্দিষ্ট পরামিতি নীল। (D) উভয় মডেলে Omicron গতিবিদ্যার প্রাথমিক গতিবিদ্যা মহামারী প্রাদুর্ভাবের প্রাথমিক সূচকীয় পর্যায়ে 4-সপ্তাহের সময় উইন্ডোতে একই বৃদ্ধি এবং অভিন্ন দ্বিগুণ সময় দেখায়, কিন্তু পরবর্তী সময়ে নয়। (E) ওমিক্রনের অনুপাত এবং ডেল্টা নতুন দৈনিক কেস এবং উভয় মডেলেই এর বৃদ্ধির হার। (F) মডেল A (G) এ ওমিক্রন সংক্রমণের প্রাদুর্ভাবের গতিশীলতা।
3। ফলাফল
3.1। দক্ষিণ আফ্রিকায় ওমিক্রন স্ট্রেনের বিচ্যুতি এবং বৃদ্ধি
ডেল্টা VOC 2021 সালের জুন মাসে Gauteng এবং KwaZulu-Natal-এ প্রভাবশালী ভেরিয়েন্ট হয়ে ওঠে, যার ফলে একটি মহামারী তরঙ্গ দেখা দেয় যা জুলাই 2021-এর শুরুতে Gauteng-এ এবং আগস্ট 2021-এর শেষে কোয়াজুলু-নাটালে, চিত্র 1A। একটি নির্দিষ্ট সপ্তাহে সমস্ত সংগৃহীত জিনোমগুলির মধ্যে ওমিক্রন (বা অন্য একটি বৈকল্পিক) জিনোমের অনুপাত দ্বারা মোট COVID-19 নিশ্চিত হওয়া মামলার সাপ্তাহিক সংখ্যাকে গুণ করে ওমিক্রন (বা অন্য রূপের) মামলার সংখ্যা অনুমান করা হয়েছিল (পরিপূরক সারণী দেখুন S1)। 2021 সালের জুলাই থেকে অক্টোবরের মধ্যে গাউটেং এবং কোয়াজুলু-নাটালে সেপ্টেম্বর ও অক্টোবরের মধ্যে, কর্মক্ষেত্রে এবং খুচরা ও বিনোদন কেন্দ্রগুলিতে জনসংখ্যার গতিশীলতা উল্লেখযোগ্যভাবে হ্রাস না হওয়া সত্ত্বেও COVID{10}} মামলার সাপ্তাহিক সংখ্যা কমছিল (চিত্র 1B)। ওমিক্রন বৈকল্পিকের উত্থান বিবেচিত উভয় প্রদেশে সাম্প্রতিক দ্রুত মহামারী প্রাদুর্ভাবের কারণ হয়েছে (চিত্র 1A)। চিত্র 1C-তে আমরা 2021 সালে 45-48 সপ্তাহে (8 নভেম্বর-5 ডিসেম্বর) গাউতেংয়ে এবং কোয়াজুলু-নাটালে 46-49 সপ্তাহে ওমিক্রন ভেরিয়েন্টের ক্ষেত্রে সূচকীয় বৃদ্ধি দেখাই। এই পদ্ধতি, শুধুমাত্র নতুন স্ট্রেন জিনোমের অনুপাত বিশ্লেষণ করার বিপরীতে [18], 2021 সালে 47-48 সপ্তাহে স্থির হওয়ার পরে ওমিক্রন বৃদ্ধিকে অনুসরণ করতে আমাদের সক্ষম করে। ওমিক্রন দ্বিগুণ সময়, অনুমান করা হয় লগ-লিনিয়ার রিগ্রেশনের উপর ভিত্তি করে চার-সপ্তাহের সময়কালে সাপ্তাহিক মামলার সংখ্যা, গাউতেং-এ 3.3 দিনের (95 শতাংশ CI: 3.2-3.4 দিন) এবং কোয়াজুলু-নাটালে 2.7 দিন (95 শতাংশ CI: 2.7-3.3 দিন) সমান।
লগ-লিনিয়ার রিগ্রেশন পরামর্শ দেয় যে ওমিক্রনের সূচকীয় বৃদ্ধি গৌতেং-এ অক্টোবর 11, 20২১ সালের দিকে শুরু হয়েছিল; যাইহোক, প্রাথমিক মহামারী বৃদ্ধি অত্যন্ত স্টোকাস্টিক এবং সংক্রমণের ক্যাসকেডে সুপারস্প্রিডারদের দ্বারা ব্যাপকভাবে বিরক্ত হতে পারে [19]। চিত্র 1D-তে মিউটেশন সঞ্চয়ের প্রোফাইল নির্দেশ করে যে ওমিক্রন স্ট্রেনটি 6 অক্টোবর থেকে 29 অক্টোবর 2021 (95 শতাংশ CrI) এর মধ্যে বিবর্তিত হতে শুরু করে, গড় মিউটেশন সঞ্চয় হার 0.33/ এর সমান সপ্তাহ (95 শতাংশ CrI: 0.26–0.40 প্রতি সপ্তাহে)। এটি গড় (বৈশ্বিক) SARS-CoV-2 মিউটেশন সঞ্চয়ের হার প্রায় 0.45/সপ্তাহের সমান (15 জানুয়ারী 2021 [20] নেক্সটস্ট্রেন [3] অনুমানের উপর ভিত্তি করে)। একটি উচ্চতর মিউটেশন হারের একটি অনুমান পরবর্তীতে বিচ্যুতির তারিখ প্রদান করবে।
3.2। SARS-CoV-2 এর উত্তরাধিকার উদ্বেগের রূপ
চিত্র 2-এ আমরা UK এবং ডেনমার্কে Omicron-চালিত COVID-19 প্রাদুর্ভাবের গতিশীলতা বিশ্লেষণ করি এবং তাদের পূর্ববর্তী দুটি VOC, আলফা এবং ডেল্টা দ্বারা সৃষ্ট প্রাদুর্ভাবের সাথে তুলনা করি। এই উভয় দেশেই, আলফা বৈকল্পিক পূর্ব-বিদ্যমান স্ট্রেনের প্রতিদ্বন্দ্বিতা করেছিল, স্থিরকরণের কাছাকাছি ছিল, এবং তারপরে এটি ডেল্টা বৈকল্পিক দ্বারা প্রতিদ্বন্দ্বিত হয়েছিল, যা ফিক্সেশনের দিকেও গিয়েছিল; ডিসেম্বর 2021-এ, ওমিক্রন প্রভাবশালী স্ট্রেন হয়ে ওঠে (চিত্র 2A, D)। 22 নভেম্বর থেকে 19 ডিসেম্বর 2021 পর্যন্ত 4-সপ্তাহের সময়ের মধ্যে প্রায় সূচকীয় বৃদ্ধির উপর ভিত্তি করে আমরা UK এবং ডেনমার্কে যথাক্রমে Omicron এর দ্বিগুণ সময় 2.4 এবং 2।{27}} দিন অনুমান করি , চিত্র 2B, E. ওমিক্রনের সংক্ষিপ্ত দ্বিগুণ সময় ডেল্টা VOC এর উপর তার দ্রুত আধিপত্য অর্জনের সমান। বিবেচিত 4-সপ্তাহের সময়কালে, Omicron: ডেল্টা অনুপাত যুক্তরাজ্যে 8.1 এবং ডেনমার্কে 10.2 এর সাপ্তাহিক বৃদ্ধির হারের সাথে দ্রুতগতিতে বৃদ্ধি পায়। এটি ডেল্টার পূর্ববর্তী বৃদ্ধির চেয়ে দ্রুত: আলফা অনুপাত, যুক্তরাজ্যে 3.2 এবং ডেনমার্কে 4.2 অনুমান করা হয়েছে এবং পূর্ব-বিদ্যমান স্ট্রেনের ক্ষেত্রে আলফার বৃদ্ধির চেয়ে অনেক দ্রুত, যা যুক্তরাজ্যে 2.7 এবং 2.0 ছিল। ডেনমার্কে চিত্র 2-এ ব্যবহৃত সমস্ত ডেটা পরিপূরক সারণি S5-এ দেওয়া হয়েছে।
চিত্র 3-এ আমরা নিউইয়র্ক স্টেট এবং অস্ট্রেলিয়ায় ওমিক্রন-চালিত প্রাদুর্ভাবগুলিকে সাদৃশ্যপূর্ণভাবে বিশ্লেষণ করি এবং আবার পূর্ববর্তী দুটি ভিওসি, আলফা এবং ডেল্টা দ্বারা সৃষ্ট প্রাদুর্ভাবের সাথে তাদের তুলনা করি। নিউ ইয়র্ক রাজ্যে, দ্বিতীয় তরঙ্গের শেষ পর্যায়ে আলফা বৈকল্পিকটি উপস্থিত হয়েছিল এবং ফলস্বরূপ ক্ষেত্রে লক্ষণীয় কিন্তু তুলনামূলকভাবে পরিমিত বৃদ্ধি ঘটায়। তারপরে এটি ডেল্টা দ্বারা পরিপূর্ণ হয়েছিল, যা তৃতীয় মহামারী তরঙ্গ সৃষ্টি করে, দ্রুত স্থির হয়ে যায়। অস্ট্রেলিয়ায়, কঠোর লকডাউন এবং কঠোর সীমান্ত নিয়মের কারণে, ডেল্টা ভেরিয়েন্টের আগে তুলনামূলকভাবে কম COVID{2}} কেস ছিল। উভয় অঞ্চলেই, ওমিক্রন তার প্রথম সনাক্তকরণের (চিত্র 2A, D) পরে এক মাসের মধ্যে প্রভাবশালী বৈকল্পিক হয়ে ওঠে। আমরা অনুমান করি ওমিক্রনের দ্বিগুণ সময় 2.5 এবং 3।{7}} দিন নিউ ইয়র্ক স্টেট এবং অস্ট্রেলিয়ায়, যথাক্রমে (চিত্র 2B, E)। বিবেচিত 4-সপ্তাহের সময়কালে, নিউইয়র্ক রাজ্যে 7.7 এবং অস্ট্রেলিয়ায় 7.2 সাপ্তাহিক হারের সাথে ওমিক্রন/ডেল্টা অনুপাত দ্রুতগতিতে বৃদ্ধি পেয়েছে। এটি নিউ ইয়র্ক স্টেটে ডেল্টা/আলফা এবং আলফা/প্রাক-বিদ্যমান স্ট্রেনের বৃদ্ধির হারের চেয়ে উল্লেখযোগ্যভাবে বেশি, যা অনুমান করা হয়েছে যথাক্রমে 2.5 এবং 1.8। চিত্র 3-এ ব্যবহৃত সমস্ত ডেটা পরিপূরক সারণি S5-এ দেওয়া হয়েছে।
3.3। দুই-স্ট্রেন গাণিতিক মডেল
ডেল্টাকে স্থানচ্যুত করে এমন ওমিক্রন মামলার পর্যবেক্ষিত দ্রুত বৃদ্ধি ইমিউন ফাঁকির জন্য দায়ী করা যেতে পারে কিনা তা নিশ্চিত করার জন্য, ভূমিকাতে উদ্ধৃত রেফারেন্সগুলি দ্বারা ব্যাপকভাবে প্রস্তাবিত, আমরা COVID{{0} মহামারীর একটি গাণিতিক মডেলের দুটি রূপ বিশ্লেষণ করেছি (চিত্র 4)। মডেল A (চিত্র 4A), ওমিক্রনের সংক্রমণযোগ্যতা ডেল্টার চেয়ে চারগুণ বেশি এবং উভয় স্ট্রেইনই সংবেদনশীল ব্যক্তিদের একটি সাধারণ পুল ভাগ করে। মডেল B (চিত্র 4B) তে, ওমিক্রন এবং ডেল্টার সংক্রমণযোগ্যতা অভিন্ন কিন্তু, ওমিক্রনের আবির্ভাবের আগে স্থির অবস্থায়, ওমিক্রনের জন্য সংবেদনশীল ব্যক্তিদের সমষ্টিগত পুল ডেল্টার জন্য সংবেদনশীল ব্যক্তিদের তুলনায় চারগুণ বেশি। মডেলগুলিকে কাঠামোগত এবং প্যারামেট্রিজ করা হয়েছিল (চিত্র 4C) যাতে উভয় মডেলে ওমিক্রন কেসের দ্বিগুণ সময় 2.5 দিনের সমান (চিত্র 4D), যা পূর্বে বিবেচনা করা ছয়টি ভৌগোলিক অবস্থানে পর্যবেক্ষণ করা দ্বিগুণ সময়ের পরিসীমার মাঝখানে অবস্থিত। . অধিকন্তু, নতুন ওমিক্রন এবং নতুন ডেল্টা ক্ষেত্রে অনুপাত উভয় মডেলের সাথে সঙ্গতিপূর্ণ এবং 6.9 দিনের (চিত্র 4E) সমান, যে চারটি অবস্থানের জন্য এই অনুপাত নির্ধারণ করা হয়েছিল তার চেয়ে সামান্য কম।
অ-পার্থক্যযোগ্য প্রাথমিক সূচকীয় পর্যায়গুলি থাকা সত্ত্বেও, পরবর্তী সময়ের পয়েন্টগুলিতে, দুটি মডেল ভিন্নমুখী ট্র্যাজেক্টরি প্রদর্শন করে যা দৈনিক নতুন ওমিক্রন কেসের সংখ্যার শীর্ষের পরিপ্রেক্ষিতে স্পষ্টভাবে আলাদা। মডেল অনুসারে, বর্ধিত ওমিক্রন ট্রান্সমিসিবিলিটি (মডেল এ) সহ, দৈনিক সর্বাধিক নতুন কেসের সংখ্যা জনসংখ্যার 1 শতাংশের নিচে (চিত্র 4F)। ওমিক্রন (মডেল বি) এর প্রতি সংবেদনশীল ব্যক্তিদের বর্ধিত পুল সহ মডেলে, প্রাথমিক সূচকীয় বৃদ্ধির পর্যায়টি দীর্ঘস্থায়ী হয়, যা বিলম্বে অবদান রাখে এবং সবচেয়ে গুরুত্বপূর্ণভাবে, এই সর্বাধিককে জনসংখ্যার 3 শতাংশের উপরে উন্নীত করে (চিত্র 4G)।
যেখানে cistanche কিনতে
4। আলোচনা
আমরা দক্ষিণ আফ্রিকার গাউতেং এবং কোয়াজুলু-নাটাল প্রদেশে যথাক্রমে 8 এবং 15 নভেম্বর, 2021 থেকে শুরু হওয়া চার সপ্তাহের সময়কালে ওমিক্রন স্ট্রেনের সূচকীয় বৃদ্ধি প্রদর্শন করেছি, দ্বিগুণ গুণমান 3.3 দিনের সমান (95 শতাংশ) CI:3৷{9}}.4 দিন) এবং 2.7 দিন (95 শতাংশ C:2৷{15}}.3 দিন)৷ মিউটেশন সংগ্রহের প্রোফাইলের উপর ভিত্তি করে, আমরা দেখতে পেলাম যে ওমিক্রন স্ট্রেনটি 6 অক্টোবর থেকে 29 অক্টোবর 2021 এর মধ্যে বিচ্যুত হতে শুরু করেছে, যা প্রথম আক্রান্ত প্রদেশ গাউতেং, 11-এ সাপ্তাহিক মামলার সংখ্যার লগ-লিনিয়ার রিগ্রেশন দ্বারা প্রস্তাবিত তারিখের সাথে একমত। অক্টোবর 2021। উল্লেখযোগ্যভাবে, অক্টোবর 2021 এর আগে একটি অলক্ষিত স্প্রেড বোঝাবে যে স্ট্রেন বৃদ্ধির হার গাউতেং-এ বিশ্লেষণ করা চার-সপ্তাহের সময়কালের সূচকীয় বৃদ্ধির হারের উপর ভিত্তি করে অনুমান করা থেকে কম।
ওমিক্রন প্রাদুর্ভাবের আগে, গৌতেং এবং কোয়াজুলু-নাটালে ডেল্টা বৈকল্পিক প্রভাবশালী স্ট্রেন ছিল এবং সেপ্টেম্বর এবং অক্টোবরে, উল্লেখযোগ্য গতিশীলতা হ্রাস ছাড়াই কোভিড{1}} মহামারী হ্রাস পেয়েছিল, এই পরামর্শ দেয় যে এই প্রদেশগুলির জনসংখ্যা হয়তো পৌঁছেছে ডেল্টা বৈকল্পিক একটি ক্ষণস্থায়ী পশু অনাক্রম্যতা. জনসংখ্যা-স্তরের অনাক্রম্যতা দৃশ্যত ওমিক্রন বৈকল্পিক দ্বারা কাটিয়ে উঠেছে। UK, ডেনমার্ক, নিউ ইয়র্ক স্টেট এবং অস্ট্রেলিয়ায় এর বিস্তার বিশ্লেষণ করে ওমিক্রনের দ্রুত প্রাদুর্ভাব সৃষ্টির সম্ভাবনা নিশ্চিত করা হয়েছে। এই অবস্থানগুলিতে, ওমিক্রনের দ্বিগুণ সময় ছিল 2৷{4}}–3৷{6}} দিন৷ অতিরিক্তভাবে, এই অবস্থানগুলিতে তুলনামূলকভাবে উচ্চ সংখ্যক সিকোয়েন্সড জিনোমের নমুনার উপর ভিত্তি করে, আমরা অনুমান করেছি যে ওমিক্রন থেকে ডেল্টার অনুপাতের সাপ্তাহিক বৃদ্ধি 7.2-10.2 রেঞ্জের মধ্যে হবে, যা ডেল্টা থেকে আলফা অনুপাতের বৃদ্ধির তুলনায় যথেষ্ট বেশি। (আনুমানিক 2.5-4.2 রেঞ্জের মধ্যে), এবং আলফা প্রাক-বিদ্যমান স্ট্রেনের মধ্যে (1.8-2.7 এর পরিসরে অনুমান করা হয়েছে)। এই ফলাফলগুলি টিকাপ্রাপ্ত এবং পুনরুদ্ধার করা ব্যক্তিদের সংক্রামিত করার জন্য ওমিক্রনের পর্যবেক্ষণ ক্ষমতার সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ, যা এটিকে ডেল্টার উপর একটি প্রাকৃতিক সুবিধা প্রদান করে [15]।
উল্লেখযোগ্যভাবে, আলফা প্রাদুর্ভাব ঘটেছিল 2020/2021 সালের শীতকালে, যখন টিকা দেওয়া ব্যক্তিদের অনুপাত খুব কম ছিল৷ পরিবর্তে, আলফা [11,21] এর ক্ষেত্রে ডেল্টার জন্য ভ্যাকসিনের কার্যকারিতা হ্রাস ডেল্টার সাথে সম্পর্কিত ওমিক্রনের ক্ষেত্রে যথেষ্ট কম ছিল [15]। এটি পরামর্শ দেয় যে, ওমিক্রনের বিপরীতে, আলফা এবং ডেল্টা রূপগুলি ক্ষণস্থায়ীভাবে প্রভাবশালী হয় প্রধানত তাদের উচ্চতর সংক্রামকতার কারণে এবং উল্লেখযোগ্য প্রতিরোধ ক্ষমতা ফাঁকির কারণে নয়। বিবেচনা করা ছয়টি স্থানে, ওমিক্রন দ্বিগুণ সময় 2.0-3.3 দিনের মধ্যে পাওয়া গেছে, যা 2020 সালের বসন্তে প্রথম COVID-19 মহামারী প্রাদুর্ভাবের সময় দ্বিগুণ সময়ের সাথে তুলনীয়। সেই সময়ের জন্য, চীন, ইতালি, ফ্রান্স, জার্মানি, স্পেন, যুক্তরাজ্য, সুইজারল্যান্ড এবং নিউ ইয়র্ক স্টেটের জন্য দ্বিগুণ সময় 186 এবং 2.88 দিনের মধ্যে অনুমান করা হয়েছিল [19]। এখানে, ওমিক্রন থেকে ডেল্টার অনুপাতের সাপ্তাহিক বৃদ্ধি 7.2-10.2 রেঞ্জে পাওয়া গেছে, যে সময়ে তারা প্রাধান্য অর্জন করছিল সেই সময়ে আলফা এবং ডেল্টার আগের অনুপাতের তুলনায় যথেষ্ট বেশি। এই ফলাফলগুলি দৃঢ়ভাবে পরামর্শ দেয় যে ওমিক্রন ডেল্টাকে ছাড়িয়ে যাবে এবং (ক্ষণস্থায়ীভাবে) প্রভাবশালী স্ট্রেনে পরিণত হবে।
ওমিক্রন তার স্পাইক প্রোটিনে 30 টিরও বেশি মিউটেশন জমা করেছে, শুধুমাত্র রিসেপ্টর-বাইন্ডিং ডোমেনে (RBD, অবশিষ্টাংশ 319-541) 15টি প্রতিস্থাপন সহ [2]। এই RBD মিউটেশনগুলির মধ্যে অনেকগুলি অ্যান্টিবডিগুলিকে নিরপেক্ষ করার ক্ষমতা হ্রাস করে বলে মনে করা হয় [22], যা ক্রমবর্ধমান প্রমাণের সাথে একমত যে ওমিক্রনের টিকাপ্রাপ্ত এবং পুনরুদ্ধার করা উভয় ব্যক্তিকে সংক্রামিত করার ক্ষমতা কয়েকগুণ বৃদ্ধি পেয়েছে, যেমন ভূমিকায় আলোচনা করা হয়েছে। COVID-19 গতিবিদ্যার আমাদের গাণিতিক মডেল-ভিত্তিক বিশ্লেষণ প্রাদুর্ভাবের প্রাথমিক পর্যায়ে প্রাসঙ্গিক দুটি পয়েন্ট স্পষ্টভাবে দেখায়। প্রথমত, যদি শুধুমাত্র রুক্ষ মহামারী সংক্রান্ত তথ্য বিশ্লেষণ করা হয়, তাহলে প্রাদুর্ভাবের প্রথম সপ্তাহে রোগ প্রতিরোধ ক্ষমতা বর্ধিত ট্রান্সমিসিবিলিটি থেকে আলাদা করা যায় না। দ্বিতীয়ত, দীর্ঘমেয়াদী মহামারী গতিবিদ্যার উপর একটি নতুন স্ট্রেনের প্রভাব ভবিষ্যদ্বাণী করার জন্য অনাক্রম্যতা ফাঁকি সমর্থনকারী স্পর্শক প্রমাণের উপর ভিত্তি করে দুটি পরিস্থিতির মধ্যে পার্থক্য করতে সক্ষম হওয়া অত্যন্ত গুরুত্বপূর্ণ। রোগ প্রতিরোধ ক্ষমতা বর্ধিত ট্রান্সমিসিবিলিটির চেয়ে বেশি উদ্বেগজনক, কারণ ভ্যাকসিনেশন বা পূর্বের বৈকল্পিক(গুলি) সংক্রমণের মাধ্যমে প্রদত্ত সুরক্ষা জনসংখ্যার একটি উল্লেখযোগ্য অংশকে একটি উদীয়মান রূপের জন্য সংবেদনশীল করে তোলে, বৃহত্তর প্রাদুর্ভাবের প্রচার করে। ক্রমবর্ধমান লকডাউন ক্লান্তির কারণে এই প্রাদুর্ভাবগুলি লকডাউনের দ্বারা নিয়ন্ত্রণ করা কঠিন হতে পারে, তবে ওমিক্রনের ক্ষেত্রে সম্ভবত আনুপাতিকভাবে উচ্চ মৃত্যুর সংখ্যা হবে না, যেমনটি ওমিক্রন-সম্পর্কিত মৃত্যুর প্রাথমিক অনুমান দ্বারা প্রস্তাবিত [5,23]।
তথ্যসূত্র
1 শু, ওয়াই.; McCauley, J. GISAID: দৃষ্টি থেকে বাস্তবে সমস্ত ইনফ্লুয়েঞ্জা ডেটা ভাগ করে নেওয়ার বিশ্বব্যাপী উদ্যোগ৷ ইউরো নজরদারি 2017, 22, 30494। [CrossRef] [PubMed]
2. SARS-CoV এর আরও উত্থান এবং বিস্তারের প্রভাব
3. হ্যাডফিল্ড, জে.; মেগিল, সি.; বেল, এসএম; হাডলস্টন, জে.; পটার, বি.; কলেন্ডার, সি.; সাগুলেনকো, পি।; বেডফোর্ড, টি.; নেহার, আরএ নেক্সটস্ট্রেন: প্যাথোজেন বিবর্তনের রিয়েল-টাইম ট্র্যাকিং। বায়োইনফরমেটিক্স 2018, 24, 4121–4123। [ক্রসরেফ] [পাবমেড]
4. Kupferschmidt, K. 'অদ্ভুত' Omicron কোথা থেকে এসেছে? বিজ্ঞান 2021, 374, 1179। [CrossRef] [PubMed]
5. মাধী, SA দক্ষিণ আফ্রিকান জনসংখ্যার অনাক্রম্যতা এবং গুরুতর কোভিড-19 ওমিক্রন ভেরিয়েন্ট সহ। medRxiv 2021। [CrossRef]
6. রিচি, এইচ.; ম্যাথিউ, ই.; Rodés-Guirao, L.; আপেল, সি.; গিয়াত্তিনো, সি.; Ortiz-Ospina, E.; হ্যাসেল, জে.; ম্যাকডোনাল্ড, বি.; বেল্টেকিয়ান, ডি.; রোজার, এম. করোনাভাইরাস মহামারী (COVID-19)। 2020
7. গ্রেনি, এজে; Loes, AN; ক্রফোর্ড, KHD; তারকা, TN; ম্যালোন, কেডি; চু, এইচওয়াই; ব্লুম, JD SARS-CoV-2 রিসেপ্টর-বাইন্ডিং ডোমেনে মিউটেশনের ব্যাপক ম্যাপিং যা পলিক্লোনাল হিউম্যান প্লাজমা অ্যান্টিবডি দ্বারা স্বীকৃতিকে প্রভাবিত করে। সেল হোস্ট মাইক্রোব 2022, 29, 463–476.e6. [ক্রসরেফ] [পাবমেড]
8. লিউ, এল.; ইকেতানি, এস.; গুও, ওয়াই.; চ্যান, জেএফ; ওয়াং, এম.; লিউ, এল.; লুও, ওয়াই.; চু, এইচ.; হুয়াং, ওয়াই.; নায়ার, এমএস; ইত্যাদি SARS-CoV-2-এর Omicron ভেরিয়েন্ট দ্বারা উদ্ভাসিত স্ট্রাইকিং অ্যান্টিবডি ইভাসন। প্রকৃতি 2021, 1-8। [ক্রসরেফ] [পাবমেড]
9. প্লানাস, ডি.; সন্ডার্স, এন.; মেস, পি.; বেনহাসিন, এফজি; প্লানচাইস, সি.; তোতা, এফ.; Staropoli, I.; লেমোইন, এফ.; পেরে, এইচ.; ভয়েউর, ডি.; ইত্যাদি SARS-CoV-2 ভ্যারিয়েন্ট ওমিক্রন থেকে অ্যান্টিবডি নিরপেক্ষকরণের যথেষ্ট পরিত্রাণ। bioRxiv 2021। [CrossRef]
10. ডোরিয়া-রোজ, এনএ; শেন, এক্স।; শ্মিট, এসডি; ও'ডেল, এস.; ম্যাকড্যানিয়েল, সি.; ফেং, ডব্লিউ; টং, জে.; ইটন, এ.; ম্যাগলিয়ানো, এম.; ট্যাং, এইচ.; ইত্যাদি mRNA এর বুস্টার-1273 SARS-CoV-2 Omicron নিরপেক্ষকরণকে শক্তিশালী করে। medRxiv 2021। [CrossRef]
11. ক্রোমার, ডি.; স্টেইন, এম.; রেনাল্ডি, এ.; Schlub, TE; Wheatley, AK; জুনো, জেএ; কেন্ট, এসজে; কৌশল, JA; খৌরি, ডিএস; ডেভেনপোর্ট, এমপি SARS-CoV-2 ভেরিয়েন্ট এবং বুস্টিংয়ের প্রভাবের বিরুদ্ধে সুরক্ষার পূর্বাভাস হিসাবে অ্যান্টিবডি টাইটারগুলিকে নিরপেক্ষ করে: একটি মেটা-বিশ্লেষণ৷ ল্যানসেট মাইক্রোব 2021, 3, e52–e61। [ক্রসরেফ]
12. গার্সিয়া-বেল্ট্রান, WF; ডেনিস, কেজেএস; হোয়েলজেমার, এ.; লাম, ইসি; নিতিদো, খ্রি. শেহান, এমএল; বেরিওস, সি.; ওফোমান, ও.; চ্যাং, সিসি; হাউসার, বিএম; ইত্যাদি mRNA-ভিত্তিক COVID-19 ভ্যাকসিন বুস্টারগুলি SARS-CoV-2 Omicron ভেরিয়েন্টের বিরুদ্ধে প্রতিরোধ ক্ষমতা নিরপেক্ষ করে। সেল 2022। [CrossRef] [PubMed]
13. অ্যান্ড্রুজ, এন.; স্টো, জে.; Kirsebom, F.; তোফা, এস.; রিকার্ড, টি.; গ্যালাঘের, ই.; গাওয়ার, সি.; কল, এম.; গ্রোভস, এন.; ও'কনেল, এএম; ইত্যাদি Omicron (B.1.1.529) ভ্যাকসিনের বিরুদ্ধে কোভিড-19 ভ্যাকসিনের কার্যকারিতা উদ্বেগের বিষয়। medRxiv 2021। [CrossRef]
14. SARS-CoV-2 ইংল্যান্ডের কারিগরি ব্রিফিং 33-এ তদন্তের অধীনে উদ্বেগ এবং ভেরিয়েন্টের রূপ।
15. রিপোর্ট 49: ইংল্যান্ডে ওমিক্রনের বৃদ্ধি, জনসংখ্যা বিতরণ এবং ইমিউন এস্কেপ।
16. মারিভেট, ভি.; দক্ষিণ আফ্রিকায় কোভিড{1}} প্রাদুর্ভাবের তথ্য জানাতে উপলভ্য ডেটার এইচএম ব্যবহার: একটি কেস স্টাডি। ডেটা সাই। জে. 2020, 19, 1-7। [ক্রসরেফ]
17. ডং, ই.; ডু, এইচ.; গার্ডনার, এল. রিয়েল-টাইমে COVID-19 ট্র্যাক করার জন্য একটি ইন্টারেক্টিভ ওয়েব-ভিত্তিক ড্যাশবোর্ড। ল্যানসেট ইনফেক্ট। ডিস. 2020, 20, 533–534। [ক্রসরেফ]
18. Grabowski, F.; Preibisch, G.; গিজি স্কি, এস.; কোচা এনসিক, এম.; লিপনিয়াকি, টি. SARS-CoV-2 উদ্বেগের রূপ 202012/01-এর প্রায় দ্বিগুণ প্রতিলিপিমূলক সুবিধা রয়েছে এবং মিউটেশন সম্পর্কিত বিষয়গুলি অর্জন করে। ভাইরাস 2021, 13, 392। [CrossRef] [PubMed]
19. কোচা এনসিক, এম.; Grabowski, F.; লিপনিয়াকি, টি. সুপার-স্প্রেডিং ইভেন্টগুলি প্রাথমিকভাবে অনুমান করা থেকে R0 বেশি সহ COVID-19 এর সূচকীয় বৃদ্ধির পর্ব শুরু করেছে। R. Soc. খুলুন বিজ্ঞান. 2020, 7, 200786। [CrossRef] [PubMed]
20. নেক্সটস্ট্রেন ঘড়ি। অনলাইনে উপলব্ধ: https://nextstrain.org/ncov/gisaid/global?l=ঘড়ি (15 জানুয়ারী 2021 এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে)।
21. বার্নাল, জেএল; অ্যান্ড্রুস, এন.; গাওয়ার, সি.; গ্যালাঘের, ই.; সিমন্স, আর.; থেলওয়াল, এস.; জুলিয়া, এস.; এলিস, টি.; নাটালি, জি.; গ্যাভিন, ডি.; ইত্যাদি B.1.617.2 (ডেল্টা) ভেরিয়েন্টের বিরুদ্ধে কোভিড-19 ভ্যাকসিনের কার্যকারিতা। N. ইংরেজি জে মেড 2021, 385, 585-594। [ক্রসরেফ] [পাবমেড]
22. Callaway, E.; Ledford, H. Omicron কতটা খারাপ? বিজ্ঞানীরা এখন পর্যন্ত যা জানেন। প্রকৃতি 2021, 600, 197-199। [ক্রসরেফ] [পাবমেড]
23. লিওনার্ড, জেএ; হং, ভিএক্স; প্যাটেল, এমএম; কান, আর.; লিপসিচ, এম.; দক্ষিণ ক্যালিফোর্নিয়ায় Omicron (B.1.1.529) SARS-CoV-2 ভেরিয়েন্টে আক্রান্ত রোগীদের মধ্যে SY ক্লিনিকাল ফলাফলের টার্ট। medRxiv 2022। [CrossRef]
