অগ্ন্যাশয়ে পেরিফেরাল প্রশিক্ষিত অনাক্রম্যতা আনয়ন অগ্ন্যাশয় ক্যান্সারের অগ্রগতি নিয়ন্ত্রণে টিউমার-বিরোধী কার্যকলাপকে উদ্দীপিত করে পার্ট 2

আলোচনা

যদিও -গ্লুকানের পাচার পূর্বে চিহ্নিত করা হয়েছে, অগ্ন্যাশয়ে -গ্লুকানের নির্দিষ্ট ট্রপিজম আগে রিপোর্ট করা হয়নি37। আমরা দেখাই যে কণা -গ্লুকান সরাসরি অগ্ন্যাশয়ে ট্র্যাফিক করতে পারে এবং ম্যাক্রোফেজ দ্বারা ফ্যাগোসাইটোজ করা যেতে পারে যা তারপর অগ্ন্যাশয়ে ট্র্যাফিক করে। পেরিটোনিয়াল গহ্বর এবং অগ্ন্যাশয়ের মধ্যে সম্পর্কটি ভালভাবে সংজ্ঞায়িত করা হয়নি, এবং তীব্র প্যানক্রিয়াটাইটিস (এপি) এর প্যাথোফিজিওলজি সম্পর্কিত গবেষণাগুলি সনাক্ত করেছে যে পেরিটোনিয়াল ম্যাক্রোফেজগুলি এপি-তে প্রদাহজনক প্রতিক্রিয়ার জন্য একটি প্রধান অবদানকারী, এইভাবে পেরিটোনিয়ামের মধ্যে সংযোগকে সমর্থন করে। এবং অগ্ন্যাশয়38.

আমাদের ইমেজিং ডেটা প্রকৃতপক্ষে দেখায় যে পেরিটোনিয়াল ম্যাক্রোফেজগুলি ফ্যাগোসাইটোজ আইসোটোপ-লেবেলযুক্ত WGP প্রাথমিকভাবে অগ্ন্যাশয়ে ট্র্যাফিক করে। যকৃতের আঘাতের উপর অধ্যয়নগুলি পেরিটোনিয়াল গহ্বর এবং কঠিন অঙ্গগুলির মধ্যে কোষগুলির গতিশীল আদান-প্রদানের এই মডেলটিকে আরও সমর্থন করেছে যা সঞ্চালন থেকে স্বাধীন 39. একসাথে এটি পরামর্শ দেয় যে এমনকি হোমিওস্ট্যাটিক পরিস্থিতিতেও অগ্ন্যাশয়ের মধ্যে ইমিউন কোষ বিনিময়ের একটি বেসাল স্তর রয়েছে। এবং পেরিটোনিয়াল গহ্বর যা পার্টিকুলেট -গ্লুকানের সেটিংয়ে শোষণ করা যেতে পারে।

ম্যাক্রোফেজ মানবদেহের সহজাত ইমিউন সিস্টেমের একটি গুরুত্বপূর্ণ অংশ এবং ব্যাকটেরিয়া এবং বিদেশী পদার্থ সনাক্তকরণ, ফ্যাগোসাইটাইজিং এবং অপসারণের শক্তিশালী কাজ করে। পেরিওডোনটাইটিস, একটি দীর্ঘস্থায়ী সংক্রামক রোগ যা মাড়ির প্রদাহ এবং অ্যালভিওলার হাড়ের ক্ষয় দ্বারা চিহ্নিত, প্রাপ্তবয়স্কদের দাঁতের ক্ষতির প্রধান কারণ। এটা এখন স্পষ্ট যে পেরিওডোনটাইটিসের টিস্যু ধ্বংস হয় সংক্রমণের প্রতি হোস্টের ইমিউন প্রতিক্রিয়ার কারণে এবং ম্যাক্রোফেজগুলি হোস্টের ইমিউন প্রতিক্রিয়ার একটি গুরুত্বপূর্ণ অংশ হিসাবে, প্রদাহের সংঘটন এবং বিকাশে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে।

তাই আমাদের দৈনন্দিন জীবনে রোগ প্রতিরোধ ক্ষমতা বাড়াতে হবে। আমাদের গবেষণায়, আমরা দেখেছি যে Cistanche রোগ প্রতিরোধ ক্ষমতা বাড়াতে পারে। সিস্তানচে চা তৈরি করতে ফুটন্ত পানিতে সিস্তানচে যোগ করা, এবং এটি দিনে 1-2 বার পান করা শরীরের রোগ প্রতিরোধ ক্ষমতা বাড়াতে পারে কারণ এতে সক্রিয় উপাদান রয়েছে, যেমন পলিস্যাকারাইডস, ফ্ল্যাভোনয়েড, অ্যালকালয়েড, যা উন্নত করতে পারে শরীরের ইমিউন ফাংশন। একই সময়ে, স্যুপ বা পোরিজে Cistanche যোগ করা, সপ্তাহে একবার বা দুইবার রোগ প্রতিরোধ ক্ষমতা বাড়াতে পারে।

বিশুদ্ধ cistanche পণ্য জানতে ক্লিক করুন

যদিও এই গবেষণাটি কণা -গ্লুকান ডব্লিউজিপি তদন্ত করেছে, এটি দ্রবণীয় খামির থেকে প্রাপ্ত -গ্লুকান অগ্ন্যাশয়ের মধ্যে অনুরূপ ট্রপিজম এবং সংকেত প্রক্রিয়া দেখায় কিনা তা তদন্ত করাও আকর্ষণীয় হতে পারে। পার্টিকুলেট -গ্লুকানগুলি ডিকটিন-1 এর মাধ্যমে সরাসরি সংকেত দিতে পরিচিত, যখন দ্রবণীয় -গ্লুকানগুলি তাদের টিউমার-বিরোধী বৈশিষ্ট্যগুলি প্রয়োগ করার জন্য একটি CR3-নির্ভর পথের মাধ্যমে কাজ করে বলে মনে করা হয়40,41৷ একটি সমীক্ষায় দেখা গেছে যে দ্রবণীয়-গ্লুকানের আইপি প্রশাসনের ফলে পেরিটোনিয়াম, প্লীহা এবং অস্থি মজ্জার পেরিফেরাল রক্ত ​​এবং APCগুলিতে পাচার হয়, যা নির্দেশ করে যে বিভিন্ন আণবিক সংকেত প্রক্রিয়া থাকা সত্ত্বেও, প্রশিক্ষিত অনাক্রম্যতা সক্রিয় করার অনুরূপ ক্ষমতা সম্ভব হতে পারে। যাইহোক, আমাদের ডেটা নির্দেশ করে যে এই পাচারটি ডেকটিন{12}} নির্ভরশীল, শুধুমাত্র কণা -গ্লুকান কণা এবং দ্রবণীয় উভয়ের মাধ্যমে অগ্ন্যাশয়ে সরাসরি পাচার প্রদর্শন করতে পারে প্রশিক্ষিত অনাক্রম্যতার প্রক্রিয়া শুরু করতে পারে।

আরও, পূর্ববর্তী গবেষণাগুলি যা শিরায় ইনজেক্ট করা দ্রবণীয় -গ্লুকান পাচারের বৈশিষ্ট্য দেখায় প্লীহা, কিডনি এবং লিভারে পাচার দেখায় যদিও অগ্ন্যাশয়ে ট্রপিজমের কথা উল্লেখ করে না43। যেহেতু অগ্ন্যাশয়কে আগে -গ্লুকান পাচারের লক্ষ্য বলে মনে করা হয়নি তা স্পষ্ট নয় যে অগ্ন্যাশয় কেবল অধ্যয়ন করা হয়নি বা অগ্ন্যাশয় পাচার ঘটে না কিনা।

ভবিষ্যত অধ্যয়নগুলি প্রশাসনের বিভিন্ন রুট জুড়ে দ্রবণীয় এবং কণা-গ্লুকান উভয়ের জৈববন্টনকে সম্বোধন করা উচিত।

- অগ্ন্যাশয়ে গ্লুকান পাচার অগ্ন্যাশয়ের মধ্যে উপস্থিত ইমিউন জনসংখ্যার উপর বহুমুখী প্রভাব ফেলে। প্রথমত, অগ্ন্যাশয়ে গ্লুকানের আগমন অগ্ন্যাশয়ের মধ্যে উপস্থিত ইমিউনোসপ্রেসিভ M2 আবাসিক ম্যাক্রোফেজের জনসংখ্যাকে সরাসরি প্রভাবিত করে যা অগ্ন্যাশয়ের টিউমারের প্রচারে গুরুত্বপূর্ণ বলে পরিচিত। CyTOF এবং scRNA-Seq ডেটা WGP প্রশাসনের 7 দিন পরে আবাসিক ম্যাক্রোফেজ জনসংখ্যার প্রায় সম্পূর্ণ অন্তর্ধান দেখিয়েছে। মজার বিষয় হল, আবাসিক ম্যাক্রোফেজ জনসংখ্যার অন্তর্ধান একটি Ly6Clo ম্যাক্রোফেজ জনসংখ্যার একটি পারস্পরিক চেহারার সাথে সরাসরি মিলে যায়। এই Ly6Clo ম্যাক্রোফেজ জনসংখ্যা আবাসিক জনসংখ্যার অনুরূপ ফেনোটাইপিক মার্কার বহন করে, যদিও একটি M1 ফিনোটাইপের দিকে আরও বেশি তির্যক।

এইভাবে সম্ভবত আবাসিক ম্যাক্রোফেজগুলি -গ্লুকানের সংস্পর্শে আসে যা অগ্ন্যাশয়ে পাচার করে এবং এই কোষগুলি পুনরায় পোলারাইজ হয়ে যায়, তাই একটি ভিন্ন সেলুলার ফেনোটাইপ গ্রহণ করে যার ফলে একটি অনন্য ক্লাস্টার তৈরি হয়। দ্বিতীয়ত, অগ্ন্যাশয়ে -গ্লুকানের আগমনের ফলে পরিবর্ধিত কেমোকাইন/কেমোকাইন রিসেপ্টর সংকেত তৈরি হয় যা অগ্ন্যাশয়ের পরিধি থেকে অগ্ন্যাশয় পর্যন্ত প্রদাহজনক Ly6CHi অনুপ্রবেশকারী মনোসাইট থেকে প্রাপ্ত ম্যাক্রোফেজগুলিকে নিয়োগ করে। WGP-এর প্রশাসনের চব্বিশ ঘন্টা পরে, পুরো অগ্ন্যাশয় লাইসেটে CCL2 মাত্রা 30-গুণ বৃদ্ধি পাওয়া যায়। তদনুসারে, আমরা দেখাই যে অগ্ন্যাশয়ে শক্তিশালী -গ্লুকান নির্ভর সেলুলার ইনফ্লাক্স CCR2 এর উপর নির্ভরশীল।

যখন আমরা CCR2/CCL2 সিগন্যালিংয়ের পর্যবেক্ষিত গুরুত্বের কারণে মাইলয়েড কম্পার্টমেন্টের গতিবিদ্যার উপর ফোকাস করি, সেখানে 3 দিনে ক্লাস্টার 11-এর একটি আকর্ষণীয় প্রাথমিক বর্ধন ছিল এবং তারপর WGP চিকিত্সার পরে 7 দিনে অদৃশ্য হয়ে যায়। ক্লাস্টার 11 কে KLRG1, IL-5, IL-13, এবং ICOS-এর মতো বেশ কয়েকটি মার্কারের অভিব্যক্তির উপর ভিত্তি করে ILC2 হিসাবে চিহ্নিত করা হয়েছিল। ILC2 দীর্ঘমেয়াদী টিস্যু-আবাসিক কোষ হিসাবে পরিচিত। সাম্প্রতিক গবেষণায় দেখা গেছে যে টিস্যু-নির্দিষ্ট অ্যালার্মিন দ্বারা স্থানীয় ILC2 সক্রিয়করণ তাদের বিস্তার, লিম্ফ নোড স্থানান্তর এবং রক্তের বিস্তারকে প্ররোচিত করে। অন্ত্র এবং ফুসফুসের মতো বেশ কয়েকটি টিস্যু থেকে ILC2গুলিকে এই বিরক্তিকর টিস্যুগুলি থেকে বের করে রক্তে প্রবেশ করতে দেখা গেছে এবং লিভার 44-46 এর মতো অন্যান্য টিস্যুতে স্থানান্তরিত হতে দেখা গেছে।

এই জাতীয় প্রক্রিয়াটি অগ্ন্যাশয়ে ILC2 এর প্রাথমিক বৃদ্ধি এবং তারপরে অদৃশ্য হয়ে যাওয়ার ব্যাখ্যা করতে পারে। প্রদত্ত যে ILC2 গুলি সম্প্রতি অগ্ন্যাশয় টিউমারগুলির ইমিউনোথেরাপির প্রতিক্রিয়াতে জড়িত হয়েছে, আরও গবেষণার নিশ্চয়তা রয়েছে যা WGP এর প্রভাব এবং অগ্ন্যাশয়ের ILC2 জনসংখ্যার উপর প্রশিক্ষিত অনাক্রম্যতার সূচনা তদন্ত করে।

যদিও অগ্ন্যাশয়ে প্রো-ইনফ্ল্যামেটরি ইমিউন কোষের আগমনের সূচনা নিজেই গুরুত্বপূর্ণ, এটি হল CCR2 প্লাস Ly6CHi অনুপ্রবেশকারী মনোসাইট থেকে প্রাপ্ত ম্যাক্রোফেজ জনসংখ্যার প্রশিক্ষিত অনাক্রম্যতা প্রদর্শন বৈশিষ্ট্যগুলি যা প্রবর্তন হিসাবে সবচেয়ে গুরুত্বপূর্ণ প্রভাব বহন করে। অগ্ন্যাশয়ে পেরিফেরাল প্রশিক্ষিত অনাক্রম্যতা এখনও চিহ্নিত করা হয়নি। এই প্ররোচিত প্রশিক্ষিত অনাক্রম্যতা বিপাকীয় এবং এপিজেনেটিক রিপ্রোগ্রামিংয়ের সাথেও যুক্ত।

যদিও সিসিআর 2 মনোসাইট নিয়োগের ক্ষেত্রে একটি গুরুত্বপূর্ণ রিসেপ্টর হিসাবে পরিচিত, এটিও প্রথম ইঙ্গিত যে মনোসাইটগুলিতে সিসিআর 2 সংকেত পেরিফেরাল প্রশিক্ষিত অনাক্রম্যতা প্রতিষ্ঠার জন্য প্রয়োজনীয়। এটি উল্লেখ্য যে সিসিআর 2 প্লাস মনোসাইট/ম্যাক্রোফেজগুলি টিউমার মেটাস্ট্যাসিস এবং অগ্রগতির সাথে সংযুক্ত করা হয়েছে 48,49। যাইহোক, আমাদের ডেটা পরামর্শ দেয় যে পুনঃপ্রোগ্রামড, প্রশিক্ষিত সিসিআর 2 প্লাস মনোসাইট/ম্যাক্রোফেজের নিয়োগ শক্তিশালী অ্যান্টি-টিউমার প্রভাব প্রয়োগ করে।

এটি সরাসরি আমাদের অ্যাডমিক্স পরীক্ষা দ্বারা প্রদর্শিত হয় যেখানে যে ইঁদুরগুলি WGP-প্রশিক্ষিত ইঁদুর থেকে CCR2 প্লাস মাইলয়েড কোষ পেয়েছে তারা একই প্রশিক্ষিত মাউস থেকে সিসিআর2- মাইলয়েড কোষ প্রাপ্ত ইঁদুরের তুলনায় উল্লেখযোগ্যভাবে টিউমারের বোঝা দেখিয়েছে।

যেহেতু আমরা দেখাই যে অগ্ন্যাশয়ে পেরিফেরাল প্রশিক্ষিত অনাক্রম্যতা প্রতিষ্ঠিত হয়েছে, আমরা জিজ্ঞাসা করি যে এই কোষগুলি টিউমার কোষ বা তাদের নিঃসৃত কারণগুলির দ্বারা পুনরায় সক্রিয় করা যেতে পারে কিনা। টিউমার-কন্ডিশন্ড মিডিয়াতে ভিভো ডব্লিউজিপি-প্রশিক্ষিত অগ্ন্যাশয় মাইলয়েড কোষের পুনরায় এক্সপোজারকে একটি প্রশিক্ষিত প্রতিক্রিয়া জোরালোভাবে প্রকাশ করার জন্য দেখানো হয়েছিল। কালাফতি এট আল। সম্প্রতি প্রশিক্ষিত অনাক্রম্যতা-চালিত অ্যান্টি-টিউমার মেকানিজম 21-এ গ্রানুলোসাইটের ভূমিকা দেখিয়েছে, তবে, তাদের ক্যান্সারের সাবকুটেনিয়াস মডেলগুলির ব্যবহারের পরিপ্রেক্ষিতে, বর্তমানে রিপোর্ট করা গবেষণাটি প্রথম উদাহরণ যা নির্দেশ করে যে একটি নির্দিষ্ট অঙ্গের মাইলয়েড কোষগুলি সরাসরি প্রতিক্রিয়া জানাতে প্রশিক্ষিত হতে পারে। একই অঙ্গের টিউমার কোষ।

এটি ভালভাবে প্রতিষ্ঠিত হয়েছে যে মাইলয়েড কোষগুলি ফ্যাগোসাইটোসিস এবং ROS উত্পাদন50-54 প্রক্রিয়ার মাধ্যমে সরাসরি টিউমার কোষগুলিকে হত্যা করতে সক্ষম এবং এখানে আমরা দেখাই যে WGP প্রশিক্ষণ টিউমার কোষের বর্ধিত ফ্যাগোসাইটোসিসের সরাসরি অ্যান্টি-টিউমার কার্যকারিতা এবং ROS-মিডিয়াটেড সাইটোটক্সিসিটিগুলিকে উল্লেখযোগ্যভাবে উন্নীত করে। টিউমার কোষ

আরও, যখন আমরা হাইলাইট করি যে টিউমার-কন্ডিশন্ড মিডিয়া প্রশিক্ষিত মাইলয়েড কোষগুলিকে পুনরায় সক্রিয় করতে পারে, আমরা এই সক্রিয়করণের সাথে জড়িত টিউমার-কন্ডিশন্ড মিডিয়াতে একটি নির্দিষ্ট ফ্যাক্টর, এমআইএফ, সনাক্ত করি। এই তথ্যগুলি পরামর্শ দেয় যে প্রশিক্ষিত অনাক্রম্যতা আনয়ন টিউমার ইমিউনো সার্ভিল্যান্সের প্রক্রিয়াগুলিতে অংশ নিতে পারে। উদাহরণস্বরূপ, টিউমার বিকাশের প্রাথমিক পর্যায়ে, টিউমারগুলি দ্রবণীয় উপাদানগুলি নিঃসরণ করে যা প্রশিক্ষিত সহজাত কোষগুলিকে পুনরায় উদ্দীপিত করতে পারে যা এই টিউমার কোষগুলির নির্মূলের দিকে পরিচালিত করে।

তারপরে আমরা অগ্ন্যাশয়ে প্রবেশকারী প্রশিক্ষিত সহজাত মাইলয়েড কোষগুলির অ্যান্টি-টিউমার সম্ভাবনার এই বোঝাপড়াটিকে PDAC-এর অর্থোটোপিক মডেলগুলিতে অনুবাদ করি, যেখানে আমরা টিউমারের বোঝা নাটকীয়ভাবে হ্রাস এবং ইঁদুরের বেঁচে থাকার বৃদ্ধি লক্ষ্য করি। WGP. আমরা আরও প্রদর্শন করি যে টিউমার নিয়ন্ত্রণের জন্য দায়ী কোষগুলি প্রধানত প্রশিক্ষিত সিসিআর 2 প্লাস মাইলয়েড থেকে প্রাপ্ত কোষ। টিউমার নিয়ন্ত্রণের অন্যান্য প্রস্তাবিত মডেলগুলির বিপরীতে যা সম্পূর্ণরূপে BM21-এ কেন্দ্রীয়ভাবে প্রশিক্ষিত অনাক্রম্যতা আনয়নের দ্বারা চালিত বলে মনে হয়, পরিবর্তে, এই মডেলে অগ্ন্যাশয়ে WGP-এর প্রাথমিক পাচার এবং অগ্ন্যাশয় নিয়োগপ্রাপ্তদের মধ্যে CCL2 এর ফলস্বরূপ উৎপাদন প্রশিক্ষিত। পেরিফেরি থেকে CCR2 প্লাস মাইলয়েড কোষ যা মূলত টিউমার-বিরোধী প্রভাবের জন্য দায়ী। ডাব্লুজিপি সরাসরি অগ্ন্যাশয়ে পাচার করাও এম

যদিও সিসিআর২ প্লাস প্রশিক্ষিত কোষের সাথে মিশ্রিত কেপিসি টিউমারের সাথে ইঁদুরে ইঁদুরের টিউমার হ্রাস লক্ষ্য করা গেছে তা তাৎপর্যপূর্ণ, এটি আইপি ডব্লিউজিপি দেওয়া ইঁদুরের মতো আকর্ষণীয় ছিল না। এটি সমর্থন করে যে আইপি ডব্লিউজিপি-এর অ্যান্টি-টিউমার প্রভাব দ্বিগুণ; অগ্ন্যাশয়ে CCR2 প্লাস প্রশিক্ষিত অ্যান্টি-টিউমার মাইলয়েড কোষের নিয়োগ এবং প্রো-টিউমারিজেনিক রেসিডেন্ট ম্যাক্রোফেজগুলির পুনঃপোলারাইজেশন অ্যান্টি-টিউমার সহজাত প্রতিক্রিয়া প্রকাশের জন্য কাজ করে যা PDAC-এর মডেলগুলিতে টিউমারের বোঝা কমিয়ে দেয়।

আমরা এই প্রশিক্ষিত মনোসাইট/ম্যাক্রোফেজগুলিতে MHCII-এর উচ্চ অভিব্যক্তিও নোট করি, যা টিউমারের বিরুদ্ধে অভিযোজিত প্রতিরোধমূলক প্রতিক্রিয়া তৈরি করতে টি-কোষের সাথে টিউমার অ্যান্টিজেন প্রক্রিয়াকরণ এবং যোগাযোগে ভূমিকা পালন করে। মজার বিষয় হল, যখন আমরা নিশ্চিত করেছি যে এই অ্যান্টি-টিউমার প্রক্রিয়াগুলি অভিযোজিত প্রতিরোধ ক্ষমতার উপর নির্ভর করে না, আমরা CCR2 প্লাস মিক্সড টিউমারের মধ্যে উপস্থিত CD8 প্লাস টি-কোষের উল্লেখযোগ্য বৃদ্ধি লক্ষ্য করেছি। অতিরিক্তভাবে, টিউমারের মাইলয়েড কোষগুলিকে উচ্চ স্তরের PD-L1 প্রদর্শন করতে দেখা গেছে এবং অগ্ন্যাশয়ে প্রশিক্ষিত সিসিআর 2 প্লাস কোষের উপস্থিতি CD8 প্লাস টি-কোষ নিয়োগ করতে দেখা গেছে, আমরা যুক্তি দিয়েছিলাম যে WGP অ্যান্টি-এর প্রভাবকে শক্তিশালী করতে পারে। -PD-L1 থেরাপি।

সাহিত্য অনুসারে, একা-এন্টি-পিডি-এল1 এমএবি থেরাপির বেঁচে থাকার কোনও সুবিধা ছিল না যখন ডাব্লুজিপি এবং অ্যান্টি-পিডি-এল1-এর সংমিশ্রণটি একা ডাব্লুজিপির চেয়ে ভাল বেঁচে থাকার ফলাফল তৈরি করতে সমন্বিত হয়েছিল। এটি পরামর্শ দেয় যে প্রশিক্ষিত সহজাত ইমিউন কোষগুলি টিএমই-তে অভিযোজিত প্রতিরোধক কোষগুলিকে সক্রিয় করতে পারে, তবে, ইমিউনোসপ্রেসিভ মাইক্রোএনভায়রনমেন্টকে সম্ভবত অ্যান্টি-পিডি-এল1-এর সমন্বিত প্রভাবগুলির দ্বারা আরও কাটিয়ে উঠতে হবে। গুরুত্বপূর্ণভাবে, উন্নত বেঁচে থাকা সত্ত্বেও, সমস্ত ইঁদুর অবশেষে টিউমারে আত্মহত্যা করেছিল, তাই ডোজ এবং চিকিত্সার সংখ্যার ক্ষেত্রে এই চিকিত্সার অপ্টিমাইজেশনের বিষয়ে ভবিষ্যতের তদন্তের নিশ্চয়তা রয়েছে।

ইমিউনোসপ্রেসিভ মাইলয়েড কোষগুলি PDAC-তে ইমিউনোসপ্রেসিভ TME তৈরিতে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে। এখানে, আমরা অগ্ন্যাশয়ে প্রশিক্ষিত সহজাত অনাক্রম্যতা আনয়নের মাধ্যমে এই মাইলয়েড কোষগুলিকে PDAC এর সেটিংয়ে নিযুক্ত করার ক্ষমতা প্রদর্শন করি।

গুরুত্বপূর্ণভাবে, আমরা এটাও দেখাই যে অগ্ন্যাশয়ে প্রশিক্ষিত অনাক্রম্যতা শুরু করার ক্ষমতা ইমিউনোথেরাপির থেরাপিউটিক প্রভাব যেমন- পিডি-এল 1 ইমিউনো-চেকপয়েন্ট ব্লকেড থেরাপির থেরাপিউটিক প্রভাবকে শক্তিশালী করে। এই ফলাফলগুলির আরও ক্লিনিকাল প্রযোজ্যতা ধার দিয়ে, আমরা এটিও প্রদর্শন করি যে সহায়ক সেটিংয়ে প্রশিক্ষিত অনাক্রম্যতা আনয়ন টিউমারের আকার হ্রাস করতে পারে এবং বেঁচে থাকা দীর্ঘায়িত করতে পারে। এই ফলাফলগুলি টিএমই-এর মধ্যে থেরাপিউটিকভাবে মাইলয়েড কোষগুলিকে লক্ষ্য করার জন্য -গ্লুকান ব্যবহারের সম্ভাবনার উপর জোর দেয় এবং হাইলাইট করে যে অগ্ন্যাশয়ে পেরিফেরাল প্রশিক্ষিত অনাক্রম্যতা আনয়ন PDAC-এর দমনমূলক TME পুনঃপ্রোগ্রামিং করার ক্ষেত্রে একটি পরিণতিমূলক ভূমিকা পালন করতে পারে যার ফলে রোগীদের জীবন বাড়তে পারে। এই মারাত্মক ম্যালিগন্যান্সি ধরা পড়েছে।

পদ্ধতি

নৈতিক বিবৃতি।

প্রাণীদের সাথে জড়িত সমস্ত পরীক্ষাগুলি লুইসভিল বিশ্ববিদ্যালয়ের ইনস্টিটিউশনাল অ্যানিমাল কেয়ার অ্যান্ড ইউজ কমিটি দ্বারা নির্ধারিত নৈতিক নির্দেশিকা অনুসারে পরিচালিত হয়েছিল। পরীক্ষাগুলি অনুমোদিত প্রোটোকল 19471 এবং 19536 অনুযায়ী পরিচালিত হয়েছিল।

ইঁদুর।

সমস্ত পরীক্ষায় ছয় থেকে আট সপ্তাহ বয়সী পুরুষ এবং মহিলা ইঁদুর ব্যবহার করা হয়েছিল। ওয়াইল্ড-টাইপ (WT) C57BL/6 J ইঁদুরগুলি জ্যাকসন ল্যাবরেটরি (বার হারবার, ME, USA) থেকে কেনা হয়েছিল বা লুইসভিল-নির্দিষ্ট প্যাথোজেন-মুক্ত (SPF) প্রাণী সুবিধা বিশ্ববিদ্যালয়ে প্রজনন করা হয়েছিল। C57BL/6 Dectin-1 নকআউট (Dectin-1−/−) ইঁদুরের পূর্বে বর্ণনা করা হয়েছিল56৷ CCR2 গ্লোবাল নকআউট ইঁদুর জ্যাকসন ল্যাবরেটরি থেকে কেনা হয়েছিল। Albino C57BL/6 ইঁদুর দয়া করে লুইসভিল বিশ্ববিদ্যালয়ের ডঃ জোনাথন ওয়ারাওয়া দ্বারা সরবরাহ করা হয়েছিল। NOD/SCID/IL2r Null (NSG) ইঁদুর জ্যাকসন ল্যাবরেটরি থেকে কেনা হয়েছিল। IUCAC দ্বারা অনুমোদিত টিউমারের সর্বাধিক আকার 2000 mm3 এর বেশি ছিল না। টিউমার বৃদ্ধির জন্য ইঁদুরগুলিকে প্রতিদিন পর্যবেক্ষণ করা হয়েছিল এবং টিউমারের বোঝা সীমিত আকারকে অতিক্রম করলে euthanized করা হয়েছিল। ঘরের তাপমাত্রায় নিয়ন্ত্রিত আর্দ্রতা (প্রায় 55 শতাংশ) সহ একটি 12-ঘণ্টা অন্ধকার/আলো চক্রে ইঁদুরগুলি বজায় রাখা হয়েছিল।

সমস্ত প্রাণীকে একটি বাধা সুবিধায় রাখা হয়েছিল এবং পরীক্ষার জন্য শুধুমাত্র স্বাস্থ্যকর ইঁদুর ব্যবহার করা হয়েছিল। আমাদের উপর সমস্ত ইঁদুরের বয়স কমপক্ষে 6 সপ্তাহ ছিল, এবং প্রাণীদের সাথে জড়িত সমস্ত পরীক্ষাগুলি রডেন্ট রিয়ারিং ফ্যাসিলিটি (RRF) দ্বারা প্রদত্ত সমস্ত প্রাসঙ্গিক আইন এবং প্রাতিষ্ঠানিক নির্দেশিকা মেনে সঞ্চালিত হয়েছিল এবং ইনস্টিটিউশনাল অ্যানিমাল কেয়ার অ্যান্ড ইউজ কমিটি (IACUC) দ্বারা অনুমোদিত হয়েছিল। লুইসভিল বিশ্ববিদ্যালয়ের।

-গ্লুকান প্রস্তুতি।

বায়োথেরা স্যাকারোমাইসিস সেরেভিসিয়া থেকে বিচ্ছিন্ন পার্টিকুলেট হোল-গ্লুকান পার্টিকেল (WGP) আকারে উচ্চ বিশুদ্ধ কণা -গ্লুকান সরবরাহ করেছিল। ব্যবহারের আগে, WGP মৃদুভাবে 15 সেকেন্ডের জন্য সোনিকেট করা হয়েছিল, দুইবার একটি Qsonica Q55-110 Q55 Sonicator (Cole-Parmer) ব্যবহার করে নিশ্চিত করা হয়েছিল যে সমষ্টিগুলি ভেঙে গেছে।

DTAF-WGP এর প্রস্তুতি ও ব্যবহার।

DTAF (Sigma-Aldrich) 2 mg/mL এ 20 mg/mL WGP এর সাসপেনশনের সাথে বোরেট বাফারে (pH 10.8) মিশ্রিত করা হয়েছিল। এটি ক্রমাগত মেশানোর সাথে 8 ঘন্টার জন্য ঘরের তাপমাত্রায় incubated ছিল। ইনকিউবেশনের পরে, ডাব্লুজিপিকে সেন্ট্রিফিউজ করা হয়েছিল এবং পাঁচবার ঠান্ডা জীবাণুমুক্ত এন্ডোটক্সিন-মুক্ত ডিপিবিএস (সিগমা-অলড্রিচ) দিয়ে ধুয়ে ফেলা হয়েছিল বা যতক্ষণ না সুপারনাট্যান্টে আর দৃশ্যমান DTAF থাকে না। স্টোরেজের জন্য এন্ডোটক্সিন-মুক্ত DPBS-এ ঘনত্ব 10 mg/mL-তে সমন্বয় করা হয়েছিল। DTAF-WGP-এর প্রায় 1 মিলিগ্রাম C57BL/6-এ আইপি ইনজেকশন করেছে এবং ডেকটিন{{14}-/- ইঁদুর এবং অঙ্গগুলি 3 দিন পরে কাটা হয়েছিল।

89Zr-WGP এর প্রস্তুতি।

WGP (100 mg) DeferoxamineSCN (2.7 mg, in 0.8 ml DMSO) এর সাথে মিশ্রিত করা হয়েছিল এবং 10 মিলি সোডিয়াম কার্বনেট বাফারে (0.1 M, pH 9.4) রাতারাতি সাসপেন্ড করা হয়েছিল অন্ধকারে ঘরের তাপমাত্রায় মৃদু কাঁপুনি। ডিফেরক্সামিন-লেবেলযুক্ত WGP তারপর DI জল (10 × 40 mL) দিয়ে ধুয়ে ফেলা হয়, এবং 30 mg Deferoxamine-লেবেলযুক্ত WGP 2 মিলি Tris•HCl বাফারে (0.5 M, pH 7.5) 3 mCi 89Zr অক্সালেটের সাথে মেশানো হয়। তারপর 37 oC তাপমাত্রায় 60 মিনিটের জন্য ঝাঁকুনি দিয়ে ইনকিউব করা হয়। 89Zr-WGP তখন সেন্ট্রিফিউজ করা হয়েছিল এবং 3 মিলি জীবাণুমুক্ত পিবিএস দিয়ে ধুয়ে ফেলা হয়েছিল। 89Zr-WGP এর তেজস্ক্রিয়তা একটি ডোজ ক্যালিব্রেটর দ্বারা পরিমাপ করা হয়েছিল এবং ভিট্রো এবং ভিভো স্টাডিতে ব্যবহৃত হয়েছিল।

89Zr-WGP ব্যবহার করে বায়োডিস্ট্রিবিউশন এবং PET/CT স্ক্যান।

পজিট্রন এমিশন টমোগ্রাফি (পিইটি)/কম্পিউটেড টমোগ্রাফি (সিটি) ইমেজিং C57BL/6 এবং ডেকটিন-1-/- ইঁদুরে 48 ঘন্টা পরে 1 মিলিগ্রাম বিশুদ্ধ 89Zr-WGP এর আইপি ইনজেকশন বা 1 × 106 পেরিটোনিয়াল ইনজেকশনের পরে পরিচালিত হয়েছিল ম্যাক্রোফেজগুলিকে 25 ug/ml 89Zr-WGP দিয়ে 2 ঘন্টার জন্য সহ-সংস্কৃতি করা হয়েছিল এবং তারপরে অতিরিক্ত 89Zr-WGP অপসারণের জন্য আলতো করে ধুয়ে ফেলা হয়েছিল। ইঁদুরগুলিকে 15 মিনিটের জন্য সিমেন্স আর 4 মাইক্রোপিইটি দিয়ে স্ক্যান করা হয়েছিল এবং তারপরে 10 মিনিটের সিটি স্ক্যান করা হয়েছিল। সিমেন্স IAW সফ্টওয়্যার PET সংকেত অধিগ্রহণ এবং পুনর্গঠনের জন্য ব্যবহার করা হয়েছিল, এবং সিমেন্স IRW সফ্টওয়্যারটি ইমেজিং ডেটা একত্রিত এবং বিশ্লেষণের জন্য ব্যবহার করা হয়েছিল।

ইমেজিং অধ্যয়নের শেষে, ইঁদুরগুলিকে euthanized করা হয়েছিল এবং আগ্রহের অঙ্গগুলি কাটা হয়েছিল। বায়োডিস্ট্রিবিউশনের জন্য, রেট্রো-বুলবার রক্তপাত কৌশল ব্যবহার করে 50 ইউএল পেরিফেরাল রক্ত ​​সংগ্রহ করা হয়েছিল। মস্তিষ্ক, হৃৎপিণ্ড, ফুসফুস, যকৃত, প্লীহা, কিডনি, অগ্ন্যাশয়, বৃহৎ অন্ত্র, ছোট অন্ত্র, পাকস্থলী, ফিমার, ইঁদুরের পাশ থেকে এক টুকরো চামড়া এবং রেকটাস ফেমোরিস পেশী সংগ্রহ করা হয়েছিল, ওজন করা হয়েছিল এবং স্থাপন করা হয়েছিল। 2470 উইজার্ড স্বয়ংক্রিয় গামা কাউন্টার (PerkinElmer) প্রতিটি টিস্যুর তেজস্ক্রিয়তা পরিমাপ করতে। CPM মানগুলি প্রিজম সফ্টওয়্যার (গ্রাফপ্যাড সফ্টওয়্যার, লা জোলা, CA) ব্যবহার করে গণনা করা হয়েছিল।

অগ্ন্যাশয় প্রক্রিয়াকরণ।

ইথানাইজেশনের পরে, মাউসের অগ্ন্যাশয় সংগ্রহ করা হয়েছিল এবং জীবাণুমুক্ত কাঁচি ব্যবহার করে আলতো করে ছোট টুকরো করা হয়েছিল। 300 U/ml collagenase I, 60 U/ml Hyaluronidase, এবং 80 U/ml DNase (Sigma) সমন্বিত 1X হজম বাফার সহ সম্পূর্ণ মিডিয়াতে (RPMI) 15 মিলি টিউবে এগুলিকে সাসপেন্ড করা হয়েছিল। এগুলিকে 15-20 মিনিটের জন্য 5 শতাংশ CO2 সহ 37 ডিগ্রিতে একটি ঘূর্ণায়মান ইনকিউবেটরে রাখা হয়েছিল। হজম বাফারটি তখন বরফ-ঠান্ডা সম্পূর্ণ RPMI 1640 দিয়ে নিভিয়ে ধুয়ে ফেলা হয়। কোষগুলিকে একটি জীবাণুমুক্ত নাইলন 40 µm বাস্কেট ফিল্টার দিয়ে পাস করা হয়েছিল এবং একটি একক-কোষ সাসপেনশন তৈরি করতে একটি জীবাণুমুক্ত সিরিঞ্জ স্টপার ব্যবহার করে টিস্যুর ছোট অপাচ্য টুকরোগুলি ভেঙে ফেলা হয়েছিল। যদি নমুনায় একটি প্রশংসনীয় সংখ্যক লোহিত রক্তকণিকা (আরবিসি) বিদ্যমান থাকে, তবে 2 মিলি জীবাণুমুক্ত 10x ACK (থার্মো ফিশার সায়েন্টিফিক) যোগ করে RBC লাইসিস করা হয়েছিল।

ভিভোতে WGP প্রশাসন।

ইঁদুরকে মৃদুভাবে সোনিকেটেড WGP, 3 μm পলিস্টাইরিন পুঁতি (সিগমা-অলড্রিচ), বা 3 μm ফ্লুরোসেন্ট মাইক্রোস্ফিয়ার (পলিসায়েন্স) (সমস্ত 1 মিলিগ্রাম 200 ul এর মধ্যে একক 1 মিলিগ্রাম ইন্ট্রাপেরিটোনিয়াল ডোজ দেওয়া হয়েছিল। জীবাণুমুক্ত পিবিএস) বা 200 উল জীবাণুমুক্ত পিবিএস 0 দিনে। সাধারণত প্রশিক্ষিত অনাক্রম্যতা অধ্যয়নের জন্য, প্রাথমিক আইপি ডোজের 7 দিন পরে, ইঁদুরগুলিকে CO2 ব্যবহার করে euthanized করা হয়েছিল, এবং অগ্ন্যাশয় সহ অন্যান্য আগ্রহের টিস্যুগুলি সরানো হয়েছিল এবং প্রক্রিয়া করা হয়েছিল। ডোজ-টাইট্রেশন অধ্যয়নের জন্য, 0.5, 1, এবং 2 মিলিগ্রাম ডাব্লুজিপি 200 ইউএল জীবাণুমুক্ত পিবিএস-এ আইপি বিতরণ করা হয়েছিল। টাইম টাইট্রেশন অধ্যয়নের জন্য, ইঁদুরকে 1 মিলিগ্রাম ডাব্লুজিপি দিয়ে ইনজেকশন দেওয়া হয়েছিল এবং অগ্ন্যাশয় 24 ঘন্টা, 48 ঘন্টা, 3, 7, 10, 16 এবং 30 দিন পরে কাটা হয়েছিল।

এক্স ভিভো রিস্টিমুলেশন।

ডাব্লুজিপি বা পিবিএস এক্স ভিভোর সাথে চিকিত্সা করা ইঁদুরের মনোনিউক্লিয়ার কোষগুলির প্রশিক্ষিত ফিনোটাইপ মূল্যায়ন করার জন্য, অগ্ন্যাশয় প্রক্রিয়াকরণের পরে, অগ্ন্যাশয় কোষের সাসপেনশনগুলি 24টি ভাল প্লেটে প্রলেপ দেওয়া হয়েছিল এবং এলপিএস (10 এনজি/মিলি) দিয়ে উদ্দীপিত করা হয়েছিল, সংষ্কৃত KPC এবং Pan02 থেকে সুপারনাট্যান্ট। কোষ (40 শতাংশ), এবং রিকম্বিন্যান্ট MIF (rMIF) (10 ng/ml)। এমআইএফ ছিল লুইসভিল বিশ্ববিদ্যালয়ের ডঃ রবার্ট মিচেলের কাছ থেকে একটি উদার উপহার এবং পূর্বে বর্ণিত হিসাবে প্রোক্যারিওটিক মিত্র প্রকাশ, শুদ্ধ এবং পুনরায় ফোল্ড করা হয়েছিল। কোষগুলিকে DMEM-তে সংষ্কৃত করা হয়েছিল এবং 1X ব্রেফেল্ডিন ​​এ (বায়োলেজেন্ড) এর উপস্থিতিতে 5-6 ঘন্টার জন্য 5 শতাংশ CO2 সহ 37 ডিগ্রিতে ইনকিউব করা হয়েছিল। তারপরে কোষগুলিকে সেল স্ক্র্যাপার ব্যবহার করে সংগ্রহ করা হয়েছিল, ধুয়ে ফেলা হয়েছিল, ছুরি দেওয়া হয়েছিল এবং তারপরে আন্তঃকোষীয় সাইটোকাইন এক্সপ্রেশনের জন্য দাগ দেওয়া হয়েছিল।

ইন ভিট্রো প্রশিক্ষণ এবং রিস্টিমুলেশন অ্যাস।

পেরিটোনিয়াল ম্যাক্রোফেজ বা বাছাই করা CD11b প্লাস কোষগুলিকে একটি মাউসের অগ্ন্যাশয় থেকে একটি 24-কূপ প্লেটে 2 ঘন্টার জন্য 37 ডিগ্রি এবং 5 শতাংশ CO2 তে প্রলেপ দেওয়া হয়েছিল যাতে প্লেটের সাথে কোষগুলিকে সংযুক্ত করার অনুমতি দেওয়া হয়, তারপরে ভাসমান কোষগুলি আলতো করে উচ্চাকাঙ্ক্ষী সংযুক্ত কোষগুলিকে জীবাণুমুক্ত পিবিএস দিয়ে আলতোভাবে ধুয়ে ফেলা হয়েছিল এবং তারপর 10 শতাংশ FBS এবং 1 শতাংশ পেনিসিলিন/স্ট্রেপ্টোমাইসিন গঠিত DMEM-এর 1 মিলিলিটারে পুনরায় চালু করা হয়েছিল।

কোষের প্রাথমিক প্রশিক্ষণের জন্য, 25 ug/ml পার্টিকুলেট WGP, 25 ug/ml 3 μm পলিস্টাইরিন মাইক্রোপার্টিকল জপমালা (সিগমা-অলড্রিচ), বা 100 ইউএল পিবিএস উপযুক্ত কূপে যোগ করা হয়েছিল এবং 24 ঘন্টার জন্য ইনকিউব করা হয়েছিল। 24 ঘন্টা পরে, প্রাথমিক উদ্দীপনা অপসারণের জন্য কূপগুলিকে আলতোভাবে ধুয়ে ফেলা হয়েছিল এবং তাজা DMEM যোগ করা হয়েছিল এবং 7 দিনের জন্য 37 ডিগ্রিতে 5 শতাংশ CO2 দিয়ে কোষগুলিকে ইনকিউব করা হয়েছিল। 7 দিন পরে, মিডিয়াকে উচ্চাকাঙ্খিত করা হয়েছিল, এবং তাজা মিডিয়া দিয়ে প্রতিস্থাপিত হয়েছিল, এবং কোষগুলিকে LPS (100 ng/mL), KPC বা Pan02 কোষের সুপারনাট্যান্ট (40 শতাংশ), বা নিয়ন্ত্রণ হিসাবে PBS দিয়ে পুনঃপ্রতিষ্ঠিত করা হয়েছিল। উদ্দীপনার চব্বিশ ঘন্টা পরে, সুপারনাট্যান্টগুলি সংগ্রহ করা হয়েছিল এবং TNF- এবং IL-6 এর জন্য একটি ELISA-তে ব্যবহার করা হয়েছিল।

টিউমার-কন্ডিশন্ড মিডিয়া।

প্রায় 1 × 106 কেপিসি বা প্যান02 কোষগুলি 37 ডিগ্রি এবং 5 শতাংশ CO2-এ সম্পূর্ণ DMEM-এর 4 মিলি মধ্যে একটি ছয়-কূপ প্লেটে সংষ্কৃত হয়েছিল। 3 দিন পর সুপারন্যাট্যান্টগুলি সংগ্রহ করা হয় এবং টিউমার-কন্ডিশনড মাধ্যম হিসাবে ব্যবহারের জন্য অ্যালিকোটে −80 ডিগ্রিতে সংরক্ষণ করা হয়। একটি নিয়ন্ত্রণ হিসাবে, একটি C57BL/6 মাউসের অগ্ন্যাশয় একটি একক কোষ সাসপেনশনে প্রক্রিয়া করা হয়েছিল এবং এই কোষগুলির মধ্যে 1 × 106টি সম্পূর্ণ DMEM এর 4 মিলি এবং 37 ডিগ্রি এবং 5 শতাংশ CO2 এ একটি ছয়-কূপ প্লেটে সংষ্কৃত হয়েছিল, এবং সুপারন্যাট্যান্টগুলিও 3 দিন পরে সংগ্রহ করা হয়েছিল। একটি নিয়ন্ত্রণ হিসাবে, নিষ্পাপ ইঁদুরের অগ্ন্যাশয় একটি একক-কোষ সাসপেনশনে প্রক্রিয়া করা হয়েছিল এবং 1 দিনের জন্য একটি ছয়-কূপ প্লেটে প্রলেপ দেওয়া হয়েছিল। অ-অনুসৃত কোষগুলি ধুয়ে ফেলা হয়েছিল এবং এই কোষগুলিকে 3 দিনের জন্য সংষ্কৃত করা হয়েছিল এবং সুপারনাট্যান্ট কাটা হয়েছিল।

পেরিটোনিয়াল ম্যাক্রোফেজ অধিগ্রহণ।

ইঁদুরকে euthanized করা হয়েছিল এবং 5 মিলি জীবাণুমুক্ত RPMI একটি 25- গেজ সিরিঞ্জ ব্যবহার করে পেরিটোনিয়ামে ইনজেকশন দেওয়া হয়েছিল। পেরিটোনিয়াল ম্যাক্রোফেজগুলিকে মুক্ত করার জন্য পেটে ম্যাসেজ করা হয়েছিল। একটি ছোট ছেদ তৈরি করা হয়েছিল এবং সাসপেনশন অপসারণের জন্য একটি স্থানান্তর পাইপেট ব্যবহার করা হয়েছিল। পেরিটোনিয়াল গহ্বরটি ঠান্ডা RPMI দিয়ে বেশ কয়েকবার ধুয়ে ফেলা হয়েছিল এবং কোষগুলিকে 458 × g এ পেলেট করা হয়েছিল।

ফ্লো সাইটোমেট্রি।

PBS-এ 1 শতাংশ FBS সহ একক-কোষ সাসপেনশন 15 মিনিটের জন্য 4 ডিগ্রীতে মুরিন Fc ব্লক (এন্টি-CD16/CD32) দিয়ে ব্লক করা হয়েছিল। ফ্লুরোক্রোম লেবেলযুক্ত অ্যান্টিবডিগুলি কার্যকরতার জন্য (APC/Cy7) এবং সারফেস মার্কারগুলির জন্য CD45, CD11b, F4/80, Ly6G, Ly6C, MHCII, CD3, CD4, CD8, NK1.1, Ki67 (বায়োলজেন্ড), এবং CCR2 (R&D সিস্টেম) ছিল ব্যবহৃত সমস্ত ফ্লো অ্যাবস সম্পর্কিত তথ্য সম্পূরক সারণী 3-এ সংক্ষিপ্ত করা হয়েছে। 4 ডিগ্রিতে অন্ধকারে 30 মিনিট ইনকিউবেশন করার পরে, কোষগুলিকে ঠান্ডা পিবিএস দিয়ে ধুয়ে 40 µm জাল ফিল্টারের মাধ্যমে ফিল্টার করা হয়েছিল। নমুনাগুলি একটি FACSCanto II সাইটোমিটার (BD Biosciences) ব্যবহার করে অর্জিত হয়েছিল এবং FlowJo সফ্টওয়্যার (Tree Star, Ashland, OR) ব্যবহার করে বিশ্লেষণ করা হয়েছিল। FACSDiva সফ্টওয়্যার সংস্করণ 6 FACSCanto-এ সমস্ত ডেটা অর্জনের জন্য ব্যবহার করা হয়েছিল।

সাইটোকাইনের প্রকাশের জন্য অন্তঃকোষীয় স্টেনিং।

উদ্দীপনার পরে, উপরে বর্ণিত হিসাবে পছন্দসই পৃষ্ঠ চিহ্নিতকারীদের জন্য কোষগুলি দাগযুক্ত হয়েছিল। তারপরে কোষগুলিকে ঠান্ডা পিবিএস দিয়ে ধুয়ে ফেলা হয়েছিল, এবং 500 উল ফিক্সেশন বাফার (বায়োলজেন্ড) টিউবগুলিতে যুক্ত করা হয়েছিল, সংক্ষিপ্তভাবে ঘূর্ণায়মান করা হয়েছিল এবং 20 মিনিটের জন্য ঘরের তাপমাত্রায় অন্ধকারে ইনকিউব করা হয়েছিল। এরপরে প্রায় 1 মিলি পারমিবিলাইজেশন বাফার (বায়োলজেন্ড) যোগ করা হয়েছিল এবং নমুনাগুলিকে 4 ডিগ্রীতে 5 মিনিটের জন্য 458 × গ্রাম সেন্ট্রিফিউজ করা হয়েছিল এবং তারপরে 1 মিলি পারমিবিলাইজেশন বাফার ব্যবহার করে আরও একটি ধোয়া হয়েছিল। কোষগুলিকে 200 ul পারমিবিলাইজেশন বাফারে পুনরায় সাসপেন্ড করা হয়েছিল এবং কোষগুলিকে TNF-, Ki67, Granzyme-B, IL12, IL-6, এবং IFN বা সংশ্লিষ্ট আইসোটাইপ নিয়ন্ত্রণের বিরুদ্ধে রাতারাতি 4 ডিগ্রিতে অ্যান্টিবডি দিয়ে দাগ দেওয়া হয়েছিল। তারপরে কোষগুলি ধুয়ে, ফিল্টার করা হয়েছিল এবং একটি ফ্লো সাইটোমিটার ব্যবহার করে ডেটা অর্জিত হয়েছিল।

ইন ভিট্রো প্রশিক্ষণের জন্য CD11b প্লাস ম্যাক্রোফেজগুলির FACS বিচ্ছিন্নতা।

উপরে বর্ণিত হিসাবে অগ্ন্যাশয় একটি একক-কোষ সাসপেনশনে প্রক্রিয়া করা হয়েছিল। কোষগুলিকে 1 মিলি পিবিএস দিয়ে ধুয়ে ফেলা হয়েছিল, এবং 4 ডিগ্রিতে 10 মিনিটের জন্য Fc ব্লক দিয়ে 4 ডিগ্রিতে 30 মিনিটের জন্য কার্যকরীতা রঞ্জক (APC-Cy7), CD45 (PerCPcy5) এবং CD11b প্লাস (APC) দিয়ে দাগ দেওয়া হয়েছিল। কোষগুলি পিবিএস দিয়ে ধুয়ে ফেলা হয়েছিল এবং ঠান্ডা MACS রানিং বাফারে (মিল্টেনি বায়োটেক) পুনরায় সাসপেন্ড করা হয়েছিল। কার্যক্ষমতা সিডি 45 প্লাস সিডি 11 বি প্লাস সেলগুলি একটি এফএসিএস আরিয়া III (বিডি বায়োসায়েন্সেস) ব্যবহার করে সাজানো হয়েছিল। 50 শতাংশ FBS, 40 শতাংশ PBS এবং 10 শতাংশ HEPES (কর্নিং) এ সেল সংগ্রহ করা হয়েছিল। বাছাই করার পরে কোষগুলিকে পিবিএস দিয়ে ধুয়ে ফেলা হয়েছিল এবং তারপরে উপরে বর্ণিত ভিট্রো প্রশিক্ষণের জন্য প্রলেপ দেওয়া হয়েছিল।

এলিসা।

ভিট্রো প্রশিক্ষিত কোষের সুপারন্যাট্যান্টদের স্ট্যান্ডার্ড সহ মুরিন TNF- এবং IL-6 ELISA কিটস (বায়োলেজেন্ড) ব্যবহার করে বিশ্লেষণ করা হয়েছিল। অ্যাস প্রস্তুতকারকের নির্দেশ অনুসারে সম্পাদিত হয়েছিল এবং সমস্ত শর্ত ত্রিগুণে সঞ্চালিত হয়েছিল। প্যান02 এবং কেপিসি টিউমার-কন্ডিশন্ড মিডিয়াতে rMIF পরিমাপ করার জন্য প্রস্তুতকারকের নির্দেশ অনুসারে rMIF (R এবং D সিস্টেম) এর জন্য একটি ELISA কিটও ব্যবহার করা হয়েছিল এবং অপরিশোধিত অগ্ন্যাশয় কোষ থেকে সুপারনাট্যান্ট। হিস্টোন পরিবর্তনের পরিমাপ করার জন্য, ELISA কিটগুলি (ট্রাই-মিথাইল হিস্টোন H3K4 কোয়ান্টিফিকেশন কিট, অ্যাসিটাইল-হিস্টোন H3K27 কোয়ান্টিফিকেশন কিট, ট্রাই-মিথাইল হিস্টোন H3K27 কোয়ান্টিফিকেশন কিট এবং মোট হিস্টোন H3 কোয়ান্টিফিকেশন কিট) কেনা হয়েছিল এবং ইপিএসএ'র উপর ভিত্তি করে তৈরি করা হয়েছিল। নির্দেশাবলী ল্যাকটেট এল-ল্যাকটেট অ্যাসে কিট I (ইটন বায়োসায়েন্স) দ্বারা পরিমাপ করা হয়েছিল।

ওয়েস্টার্ন ব্লট বিশ্লেষণ।

পিবিএস-ইঞ্জেক্টেড বা ডাব্লুজিপি-ইনজেক্টেড ইঁদুর (24 ঘন্টা) থেকে সিডি 11 বি প্লাস কোষগুলি সিডি 11 বি মাইক্রোবিডস (মিল্টেনি বায়োটেক) ব্যবহার করে আলাদা করা হয়েছিল। হিস্টোন প্রস্তুতকারকের নির্দেশ অনুসারে নিষ্কাশিত হয়েছিল (অ্যাকটিভ মোটিফ, ইনক।), এবং প্রোটিনের ঘনত্ব ব্র্যাডফোর্ড পরিমাপ ব্যবহার করে নির্ধারণ করা হয়েছিল। হিস্টোন প্রোটিনগুলি SDS-PAGE 15 শতাংশ Tris-HCl জেল দ্বারা পৃথক করা হয়েছিল এবং PVDF মেমব্রেনে (মিলিপুর) স্থানান্তরিত হয়েছিল। 1 ঘন্টার জন্য ঘরের তাপমাত্রায় 5 শতাংশ BSA দিয়ে ঝিল্লিটি ব্লক করা হয়েছিল এবং ট্রাই-মিথাইল-হিস্টোন H3 (lys4) খরগোশ এমএবি, এসিটাইল-হিস্টোন এইচ3 (lys27) XP র্যাবিট এমএবি, ট্রাই-মিথাইল সহ প্রাথমিক অ্যান্টিবডি সহ 4 ডিগ্রিতে রাতারাতি ইনকিউব করা হয়েছিল। -হিস্টোন H3 (Lys27) খরগোশ mAb, এবং হিস্টোন H3 XP খরগোশ mAb (সেল সিগন্যালিং প্রযুক্তি), তারপর 1 ঘন্টা ঘরের তাপমাত্রায় এইচআরপি-কনজুগেটেড সেকেন্ডারি অ্যান্টিবডি (জিই হেলথকেয়ার) দিয়ে ইনকিউব করা হয়। আমেরশাম ইসিএল প্রাইম ওয়েস্টার্ন ব্লটিং ডিটেকশন রিএজেন্ট (জিই হেলথকেয়ার) দিয়ে মেমব্রেনটি তৈরি করা হয়েছিল এবং মেডিক্যাল ফিল্ম প্রসেসর (কোনিকা মিনোল্টা মেডিকেল অ্যান্ড গ্রাফিক) এর মাধ্যমে সনাক্ত করা হয়েছিল। প্রিসিশন প্লাস প্রোটিন ক্যালিডোস্কোপ প্রিস্টেইনড প্রোটিন স্ট্যান্ডার্ডগুলি একটি স্ট্যান্ডার্ড প্রোটিন মার্কার (বায়ো-র্যাড) হিসাবে ব্যবহৃত হয়েছিল।

qRT-PCR।

ডাব্লুজিপি-চিকিত্সা করা এবং চিকিত্সা না করা ইঁদুরগুলিতে সিডি 11 বি প্লাস কোষগুলি মাউস প্যানক্রিয়াস থেকে বিচ্ছিন্ন হওয়ার পরে, কোষগুলি টিআরআইজোলে সংরক্ষণ করা হয়েছিল। বায়ো-র্যাড মাইআইকিউ একক-রঙের আরটি-পিসিআর সনাক্তকরণ সিস্টেম ব্যবহার করে TaqMan রিভার্স ট্রান্সক্রিপশন রিএজেন্টস (qRTPCR) পরিবর্ধন ব্যবহার করে RNA গুলিকে বিচ্ছিন্ন এবং বিপরীত প্রতিলিপি করা হয়েছিল। সংক্ষেপে, সিডিএনএ একটি 25 uL প্রতিক্রিয়া মিশ্রণে প্রশস্ত করা হয়েছিল যার মধ্যে SYBR গ্রীন পিসিআর সুপার-মিক্স (বায়ো-র্যাড), 100 এনজি পরিপূরক ডিএনএ টেমপ্লেট এবং নির্বাচিত প্রাইমারগুলি (200 এনএম) প্রস্তাবিত সাইক্লিং শর্তগুলি ব্যবহার করে।

এইচ প্লাস ই।

PBS/microparticle beads বা WGP-এর সাথে ইনজেকশন দেওয়ার সাত দিন পর, প্যানক্রিয়াটা কাটা হয় এবং 1 সপ্তাহের জন্য 4 শতাংশ ফরমালিনে স্থির করা হয় এবং তারপরে স্ট্যান্ডার্ড পদ্ধতি অনুসারে প্যারাফিনে এম্বেড করা হয়। প্যারাফিন-এম্বেডেড টিস্যুগুলিকে 5 মিমি পুরু অংশে কাটা হয়েছিল এবং রূপগত বিশ্লেষণের জন্য হেমাটোক্সিলিন এবং ইওসিন (এইচ এবং ই) দিয়ে দাগ দেওয়া হয়েছিল।

সিরাম অ্যামাইলেজ পরিমাপ।

মুরিন সিরাম অ্যামাইলেজ অ্যামাইলেস অ্যাক্টিভিটি অ্যাসে কিট (মিলিপুর সিগমা) ব্যবহার করে পরিমাপ করা হয়েছিল এবং প্রস্তুতকারকের নির্দেশ অনুসারে ব্যবহার করা হয়েছিল। সংক্ষেপে, ইঁদুরকে ডাব্লুজিপি দিয়ে ইনজেকশন দেওয়া হয়েছিল এবং 7 দিন পরে, রেট্রো-বুলবার রক্তপাতের কৌশল ব্যবহার করে ইঁদুর থেকে রক্ত ​​সংগ্রহ করা হয়েছিল। এই নমুনাগুলি সিরাম অ্যামাইলেসের জন্য পরীক্ষা করতে ব্যবহৃত হয়েছিল।

ভিভোতে টি-সেল হ্রাস।

টি-কোষগুলি একা অ্যান্টি-সিডি 4 এমএবি, অ্যান্টি-সিডি 8 এমএবি, বা অ্যান্টি-সিডি 4 এবং অ্যান্টি-সিডি 8 এমএব একসাথে ব্যবহার করে ক্ষয়প্রাপ্ত হয়েছিল। বাড়িতে অ্যান্টিবডি তৈরি করা হয়েছিল। এই অবক্ষয় পদ্ধতিতে, ইঁদুররা 1 দিনে WGP-এর সাথে আইপি ইনজেকশন করেছে এবং চিকিত্সার সময়কালে 1 ও দিন 4 তে 200 µg mAbs-এর সাথে আইপি ইনজেকশন করেছে। 7 তম দিনে ইঁদুরকে euthanized করা হয়েছিল। (CD4 ক্লোন GK1.5, CD8 ক্লোন 53-6.72)। 7 দিনে অবক্ষয় দক্ষতা নিশ্চিত করা হয়েছিল।

ভিভো এনকে কোষের অবক্ষয়।

চিকিত্সার সময়কালে −1 এবং 5 দিনে 100 µg PK136 mAb (লুইসভিল বিশ্ববিদ্যালয়ের ড. জুন ইয়ানের গবেষণাগারে উত্পাদিত) ইন্ট্রাপেরিটোনিয়াল ইনজেকশনের মাধ্যমে NK কোষগুলি ক্ষয়প্রাপ্ত হয়েছিল। WGP 0 দিনে ইনজেকশন দেওয়া হয়েছিল এবং দিনে 7 প্রাণীদের euthanized করা হয়েছিল এবং NK কোষগুলির হ্রাস দক্ষতা NK1.1-এর জন্য অগ্ন্যাশয়ের টিস্যুতে দাগ দিয়ে মূল্যায়ন করা হয়েছিল।

Ly6G হ্রাস।

চিকিত্সার সময় −1, 2, এবং 6 দিনে 300 µg অ্যান্টি-Ly6G mAb (বায়ো এক্স সেল) বা আইসোটাইপ কন্ট্রোল রেট IgG2a (বায়ো এক্স সেল) ইনজেকশনের মাধ্যমে নিউট্রোফিলগুলি হ্রাস করা হয়েছিল। প্রথম দিনে প্রায় 1 মিলিগ্রাম ডব্লিউজিপি আইপি ইনজেক্ট করা হয়েছিল। ইঁদুরকে 7 তম দিনে euthanized করা হয়েছিল এবং অগ্ন্যাশয় হ্রাসের দক্ষতার জন্য মূল্যায়ন করা হয়েছিল। টিউমারে, মডেল ইঁদুরকে 300 µg অ্যান্টি-Ly6G mAb বা আইসোটাইপ কন্ট্রোল Rat IgG2a দিয়ে −2, 4, 10 এবং 16 দিনে ইনজেকশন দেওয়া হয়েছিল। ইঁদুরকে 0 দিনে WGP দেওয়া হয়েছিল এবং দিনে অর্থোটোপিক কেপিসি প্যানক্রিয়াটিক টিউমার দিয়ে রোপণ করা হয়েছিল। 7. ইঁদুরকে 21 তম দিনে euthanized করা হয়েছিল এবং সেই সময়ে গ্রানুলোসাইট হ্রাসের কার্যকারিতা মূল্যায়ন করতে অগ্ন্যাশয়ের টিস্যুগুলি Ly6G দিয়ে দাগ দেওয়া হয়েছিল।

CyTOF ভর সাইটোমেট্রি নমুনা প্রস্তুতি।

ভর সাইটোমেট্রি অ্যান্টিবডিগুলি হয় ফ্লুইডিগম থেকে কেনা হয়েছিল বা ম্যাক্সপার এক্স8 পলিমার বা এমসিপি9 পলিমার কিটস (ফ্লুইডিগম) ব্যবহার করে উপযুক্ত ধাতব আইসোটোপে বাণিজ্যিকভাবে উপলব্ধ বিশুদ্ধ অ্যান্টিবডিগুলিকে সংযুক্ত করে ঘরে তৈরি করা হয়েছিল। তিনটি পিবিএস এবং তিনটি 7-দিনের WGP ইঁদুরের অগ্ন্যাশয়ের নমুনাগুলিকে একটি একক-কোষ দ্রবণে প্রক্রিয়া করা হয়েছিল এবং উপরে বর্ণিত হিসাবে প্রাক্তন ভিভো উদ্দীপনা সঞ্চালিত হয়েছিল। কোষগুলিকে একটি জীবাণুমুক্ত সেল স্ক্র্যাপার ব্যবহার করে প্লেট থেকে আলতোভাবে স্ক্র্যাপ করা হয়েছিল, পিবিএস দিয়ে ধুয়ে একটি জীবাণুমুক্ত কালচার টিউবে স্থাপন করা হয়েছিল। প্রতি নমুনা প্রায় 2 × 106 কোষ ব্যবহার করা হয়েছিল। RT-এ 5 মিনিটের জন্য সিরাম-মুক্ত RPMI 1640-এ 5 uM cisplatin (Fluidigm) দিয়ে কার্যক্ষমতার জন্য কোষগুলিকে প্রথমে দাগ দেওয়া হয়েছিল। তারপরে RPMI 1640 দিয়ে কোষগুলিকে 300 × g এ 5 মিনিটের জন্য 10 শতাংশ FBS সহ ধৌত করা হয়। কোষগুলি RT-তে 30 মিনিটের জন্য পৃষ্ঠের অ্যান্টিবডি দিয়ে দাগ দেওয়া হয়েছিল এবং ম্যাক্সপার সেল স্টেনিং বাফার (ফ্লুইডিগম) দিয়ে দুবার ধুয়ে ফেলা হয়েছিল।

অন্তঃকোষীয় সাইটোকাইনগুলিতে দাগ দেওয়ার জন্য, কোষগুলিকে তারপর 1X ম্যাক্সপার ফিক্স আই বাফারের 1 মিলিলিটার সাথে 30 মিনিটের জন্য RT এ স্থির করা হয়েছিল এবং তারপর 800 × g এ 5 মিনিটের জন্য 1X ম্যাক্সপার পার্ম-এস বাফারের 2 মিলি দিয়ে দুবার ধুয়ে ফেলা হয়েছিল। সাইটোপ্লাজমিক/সিক্রেটেড অ্যান্টিবডি ককটেলটি তারপরে RT-তে 30 মিনিটের জন্য কোষের সাথে যোগ করা হয়েছিল এবং ইনকিউব করা হয়েছিল। ইনকিউবেশনের পরে, কোষগুলিকে 1 মিলি 1 এক্স ম্যাক্সপার পার্ম-এস বাফার দিয়ে 5 মিনিটের জন্য 800 × জিতে ধুয়ে ফেলা হয়েছিল এবং নল থেকে সমস্ত তরল সরানোর জন্য আলতো করে ব্লট করা হয়েছিল।

পারমাণবিক অ্যান্টিজেনের জন্য দাগ দেওয়ার জন্য, কোষগুলিকে তারপর 1X ম্যাক্সপার নিউক্লিয়ার অ্যান্টিজেন স্টেনিং বাফারের 1 মিলিতে 30 মিনিটের জন্য RT-এ সাসপেন্ড করা হয়েছিল। তারপরে নিউক্লিয়ার অ্যান্টিজেন অ্যান্টিবডি ককটেলটি যুক্ত করা হয়েছিল এবং RT এ 30 মিনিটের জন্য ইনকিউব করা হয়েছিল। 2 মিলি নিউক্লিয়ার অ্যান্টিজেন স্টেনিং ব্যাপ্তিযোগ্যতা বাফার দিয়ে 800 × g এ 5 মিনিটের জন্য কোষগুলি দুবার ধুয়ে ফেলা হয়েছিল। অবশেষে, RT এ 10 মিনিটের জন্য কোষগুলিকে 1.6 শতাংশ ফর্মালডিহাইড দিয়ে স্থির করা হয়েছিল, তারপর 4 ডিগ্রিতে ইন্টারক্যালেটর ইরিডিয়াম (ফ্লুইডিগম) এর 125 এনএম-এ রাতারাতি ইনকিউব করা হয়েছিল।

CyTOF ডেটা অধিগ্রহণ।

একবার কোষগুলি অধিগ্রহণের জন্য প্রস্তুত হয়ে গেলে, সেল স্টেনিং বাফার (ফ্লুইডিগম) দিয়ে নমুনাগুলি দুবার ধুয়ে নেওয়া হয়েছিল এবং অধিগ্রহণের অপেক্ষায় বরফে রাখা হয়েছিল। অধিগ্রহণের সরাসরি আগে, সেল অধিগ্রহণ সমাধানের 1:9 দ্রবণে কোষগুলিকে স্থগিত করা হয়েছিল: EQ 4 উপাদান ক্রমাঙ্কন জপমালা (ফ্লুইডিগম)। একটি Helios CyTOF সিস্টেম ব্যবহার করা হয়েছিল, এবং সঠিক স্টার্টআপ এবং টিউনিং পদ্ধতি অনুসরণ করে, নমুনাগুলি 300,000 ইভেন্ট পর্যন্ত 500 ইভেন্ট/সেকেন্ডের কম বা সমান হারে চালানো হয়েছিল। CyTOF সফ্টওয়্যার ব্যবহার করে, FCS ফাইলগুলি স্বাভাবিক করা হয়েছিল৷ FCS ফাইলগুলি এবং এই ফাইলগুলি তখন ডেটা বিশ্লেষণের জন্য প্রস্তুত ছিল৷

CyTOF ডেটা বিশ্লেষণ।

CyTOF ডেটা FlowJo, CytoBank সফ্টওয়্যার প্যাকেজ58, এবং CyTOF ওয়ার্কফ্লো 59 ব্যবহার করে বিশ্লেষণ করা হয়েছিল যাতে R (r-project. org)60-63-এ উপলব্ধ প্যাকেজগুলির একটি স্যুট রয়েছে। CyTOF কার্যপ্রবাহের মধ্যে পরিচালিত বিশ্লেষণের জন্য, ফ্লো ওয়ার্কস্পেস এবং সাইটোএমএল থেকে রপ্তানি করা FlowJo ওয়ার্কস্পেস ফাইলগুলি ব্যবহার করা হয়েছিল61৷

আরএনএ সিকোয়েন্সিং: আরএনএ নিষ্কাশন এবং বিচ্ছিন্নতা।

PBS বা WGP IP-এর প্রশাসনের সাত দিন পরে, প্যানক্রিয়াটা সংগ্রহ করা হয়েছিল, একটি একক কোষ সাসপেনশনে প্রক্রিয়াজাত করা হয়েছিল, কার্যকরতার জন্য দাগযুক্ত, CD45, এবং CD11b, এবং FACS Aria III ব্যবহার করে সাজানো হয়েছিল। প্রতিটি পরীক্ষামূলক গোষ্ঠীর জন্য নমুনাগুলি ট্রিপলিকেটে প্রস্তুত করা হয়েছিল। একবার এই মাইলয়েড কোষগুলি বিচ্ছিন্ন হয়ে গেলে, কোষগুলিকে বরফ-ঠান্ডা পিবিএস দিয়ে 2x ধুয়ে ফেলা হয় এবং তারপরে ট্রিজল (ইনভিট্রোজেন) দিয়ে লাইজ করা হয়। একটি QIAGEN RNAeasy কিট (QIAGEN) ব্যবহার করে আরএনএগুলি বের করা হয়েছিল।

বিচ্ছিন্ন RNA Agilent Bioanalyzer 2100 সিস্টেম (Agilent Technologies, Santa Clara, CA) ব্যবহার করে অখণ্ডতার জন্য পরীক্ষা করা হয়েছিল এবং একটি Qubit ফ্লুরোমেট্রিক অ্যাস (থার্মো ফিশার সায়েন্টিফিক, ওয়ালথাম, এমএ) ব্যবহার করে পরিমাপ করা হয়েছিল। পলি-এ সমৃদ্ধ mRNA-Seq লাইব্রেরিগুলি মোট RNA এর 10 ng ব্যবহার করে ইউনিভার্সাল প্লাস mRNASeq কিট স্ট্যান্ডার্ড প্রোটোকল (টেকান জিনোমিক্স, রেডউড সিটি, CA) অনুসরণ করে প্রস্তুত করা হয়েছিল।

সমস্ত নমুনা ইলুমিনা অ্যাডাপ্টারের সাথে সংযুক্ত ছিল এবং পৃথকভাবে বারকোড করা হয়েছিল। এজিলেন্ট বায়োঅ্যানালাইজার 2100 ব্যবহার করে অ্যাডাপ্টার ডাইমারের অনুপস্থিতি এবং ~300 bp-এর একটি সামঞ্জস্যপূর্ণ লাইব্রেরি আকার নিশ্চিত করা হয়েছিল। ইলিউমিনা থেকে একটি ন্যানো MiSeq সিকোয়েন্সিং ফ্লো সেল ব্যবহার করে PhIX-এর একটি প্রমিত স্পাইক-ইন সম্পর্কে লাইব্রেরির ঘনত্ব এবং সিকোয়েন্সিং আচরণের মূল্যায়ন করা হয়েছিল। 1.8 pm 1 শতাংশ PhiX স্পাইক-ইন সহ পুল করা লাইব্রেরিগুলি একটি NextSeq 500/550 75 সাইকেল হাই আউটপুট কিট v2 সিকোয়েন্সিং ফ্লো সেলে লোড করা হয়েছিল এবং Illumina NextSeq 500 সিকোয়েন্সারে প্রতি 60 bp1x নমুনা রিড করার লক্ষ্যে সিকোয়েন্স করা হয়েছিল৷

আরএনএ সিকোয়েন্সিং।

NuQuant® লাইব্রেরি কোয়ান্টিফিকেশন (NuGen) সহ ইউনিভার্সাল প্লাস mRNA-seq কিট ব্যবহার করে লাইব্রেরিগুলি প্রস্তুত করা হয়েছিল। ছয়টি নমুনা এক দৌড়ে চারটি সিকোয়েন্সিং লাইন জুড়ে ছড়িয়ে পড়েছিল। 24টি একক-এন্ড কাঁচা অনুক্রম ফাইল (.fastq)64 বিশ্লেষণের জন্য KBRIN সার্ভারে ইলুমিনার বেসস্পেস65 থেকে ডাউনলোড করা হয়েছিল। কাঁচা ক্রম ডেটার গুণমান নিয়ন্ত্রণ (QC) FastQC (সংস্করণ 0.10.1)66 ব্যবহার করে সম্পাদিত হয়েছিল৷ সিকোয়েন্সগুলি STAR (সংস্করণ 2.6)67 ব্যবহার করে mm10 মাউস রেফারেন্স জিনোমের সাথে সারিবদ্ধ করা হয়েছিল, ব্যাম ফর্ম্যাটে অ্যালাইনমেন্ট ফাইল তৈরি করে। ENSEMBL প্রোটিন-কোডিং ট্রান্সক্রিপ্টগুলির ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন DESeq268,69 ব্যবহার করে সম্পাদিত হয়েছিল। HTSeq (সংস্করণ 0.10.0)70 ব্যবহার করে STAR-সারিবদ্ধ bam ফরম্যাট ফাইলগুলি থেকে কাঁচা গণনা প্রাপ্ত হয়েছিল। রিলেটিভ লগ এক্সপ্রেশন (RLE) পদ্ধতি ব্যবহার করে কাঁচা গণনাগুলি স্বাভাবিক করা হয়েছিল এবং তারপর নমুনা 71 জুড়ে দশটিরও কম গণনা সহ জিন বাদ দিতে ফিল্টার করা হয়েছিল। আরএনএ-সেক ডেটা জিও অ্যাক্সিশন GSE187464 এর সাথে জমা করা হয়েছিল।

আরএনএ সিকোয়েন্সিং: জিন সেট সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণ।

জিন সেট সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণ (GSEA) WGP বনাম পিবিএস শর্তাবলী এবং তাদের পার্থক্য 72 সমন্বিত জিনগুলির জীববিজ্ঞানকে আরও বৈশিষ্ট্যযুক্ত করতে ব্যবহৃত হয়েছিল। জিন সেটগুলি জিন অন্টোলজি (জিও) জৈবিক প্রক্রিয়া এবং রিঅ্যাক্টোম পথের জন্য আণবিক স্বাক্ষর ডেটাবেস (MSigDB) থেকে প্রাপ্ত হয়েছিল। প্রতিটি জিন সেটের জন্য, ডাব্লুজিপি বনাম পিবিএস-চিকিত্সা করা নিয়ন্ত্রণ ইঁদুরের তুলনায় সমস্ত পরীক্ষিত জিনের অবস্থানগুলি পি মান ব্যবহার করে সর্বোচ্চ থেকে সর্বনিম্ন তাত্পর্য অনুসারে সাজানো হয়েছিল। এই পদ্ধতিটি প্রতিটি জিন সেটের মধ্যে অত্যন্ত তাৎপর্যপূর্ণ আপ এবং নিম্ননিয়ন্ত্রিত জিনগুলিকে অন্তর্ভুক্ত করার অনুমতি দেয়, এমন একটি পদ্ধতি যা একটি জৈবিক পথের অবস্থাকে আরও সঠিকভাবে প্রতিফলিত করে। এই বিশ্লেষণের জন্য, সমৃদ্ধ সেটগুলির একটি সারণী একটি সমৃদ্ধকরণ প্লট দ্বারা অনুসরণ করা হয় যা সমৃদ্ধকরণ স্কোর (ES) এবং র্যাঙ্ক-অর্ডার তালিকায় জিন সেট সদস্যদের অবস্থান প্রদর্শন করে।

একক-কোষ সিকোয়েন্সিং: একক কোষের বিচ্ছিন্নতা এবং আরএনএ সিকোয়েন্সিং।

লাইভ CD45 প্লাস কোষগুলি মাউস প্যানক্রিয়াটা থেকে বাছাই করা হয়েছিল, ধুয়ে ফেলা হয়েছিল এবং 1x পিবিএস (ক্যালসিয়াম এবং ম্যাগনেসিয়াম-মুক্ত) 0.04 শতাংশ BSA-তে পুনরুদ্ধার করা হয়েছিল। প্রস্তুতকারকের নির্দেশ অনুসারে, একক কোষগুলি ক্যাপচার করা হয়েছিল এবং ক্রোমিয়াম নেক্সট জিইএম সিঙ্গেল-সেল 3ʹ রিএজেন্ট কিট (v3.1, 10X জিনোমিক্স) এবং ক্রোমিয়াম কন্ট্রোলার ব্যবহার করে বারকোডেড সিডিএনএ লাইব্রেরিগুলি তৈরি করা হয়েছিল। ইলুমিনা NextSeq 500-এ NextSeq 500/550 150 সাইকেল হাই আউটপুট কিট v2.5 (2002907) সহ read1 × i7 index x read2 এর জন্য একটি 28 bp × 8 bp × 125 bp কনফিগারেশন ব্যবহার করে লাইব্রেরিগুলিকে পুল করা হয়েছিল এবং সিকোয়েন্স করা হয়েছিল৷

যেহেতু সেল সিকোয়েন্সিং: জিন এক্সপ্রেশন প্রোফাইলিং।

Bcl ফাইলগুলি CellRanger সফ্টওয়্যার (10X জিনোমিক্স, v3.1৷{10}}) ব্যবহার করে fastq ফাইলগুলিতে ডিমাল্টিপ্লেক্স করা হয়েছিল৷ ক্রমিক পাঠের মোট সংখ্যা ছিল 506,913,062। FastQC66 দ্বারা নির্ধারিত রিডগুলি ভাল মানের ছিল। সেল রেঞ্জার "গণনা" ব্যবহার করে জিনের সংখ্যা পরিমাপ করা হয়েছিল, ইঁদুরের জন্য সেল রেঞ্জার-মিমি10-3.0.0 রেফারেন্স জিনোম ব্যবহার করে। প্রতিটি নমুনার জন্য একটি গণনা ম্যাট্রিক্স তৈরি করা হয়েছিল এবং 5000 এ সেট করা কোষের প্রত্যাশিত সংখ্যা সহ একটি সমষ্টিগত নমুনা তৈরি করা হয়েছিল।

CellRanger দ্বারা নির্ধারিত কাঁচা গণনা ডেটা R-এ একটি কাস্টম বিশ্লেষণ পাইপলাইনে ইনপুট হিসাবে ব্যবহৃত হয়েছিল যা Seurat-এর উপর ভিত্তি করে বিভিন্ন একক-কোষ বিশ্লেষণ সরঞ্জাম ব্যবহার করে। হাঁটু প্লট (পরিপূরক চিত্র 7b) তিনটি গ্রুপ জুড়ে একত্রিত ডেটার জন্য প্রতিটি সেল বারকোডের জন্য র‌্যাঙ্ক করা UMI গণনা দেখানো একটি গ্রাফ প্রদর্শন করে। ইনফ্লেকশন পয়েন্টের উপরের কোষগুলি সম্ভাব্য ডবলটগুলিকে উপস্থাপন করে যখন হাঁটুর নীচের কোষগুলি পটভূমি কোষগুলিকে উপস্থাপন করে। Seurat v373 ব্যবহার করে কোষের গুণমান নিয়ন্ত্রণের পরিমাপ বিশ্লেষণ করা হয়েছিল, এবং নিম্নলিখিত বৈশিষ্ট্যগুলির সাথে সেল বারকোডগুলি বিশ্লেষণ থেকে সরানো হয়েছিল: DropletUtils74 ফাংশন "emptyDrops" থেকে 0.01 এর FDR কাটঅফ সহ কম সংখ্যা (সম্ভাব্য ব্যাকগ্রাউন্ড সেল) হাঁটু প্লট ইনফ্লেকশন পয়েন্টের চেয়ে বেশি গণনা সহ উচ্চ গণনা (সম্ভাব্য ডাবল কোষ), 30 শতাংশের বেশি মাইটোকন্ড্রিয়াল সামগ্রী এবং 40 শতাংশের বেশি রাইবোসোমাল সামগ্রী। জিন (বৈশিষ্ট্য) আরও ফিল্টার করা হয়েছিল অবসরপ্রাপ্ত জিন শনাক্তকারী এবং জিনগুলি অপসারণের জন্য যা কমপক্ষে দুটি কোষে প্রকাশ করা হয়নি। সেল বারকোড এবং জিনের প্রাথমিক এবং ফিল্টার করা সংখ্যার জন্য পরিপূরক চিত্র 7a, b দেখুন।

এক্সপ্রেশন ডেটা SCTransform75 ব্যবহার করে স্বাভাবিক করা হয়েছিল যেখানে কোষ চক্রের জিন, রাইবোসোমাল সামগ্রী এবং মাইটোকন্ড্রিয়াল সামগ্রী প্রত্যাহার করা হয়েছিল। কোষগুলি তখন ক্লাস্টার করা হয়েছিল এবং UMAP76 ব্যবহার করে মাত্রা হ্রাস করা হয়েছিল। একটি পরিবর্তিত GSVA77,78 সমৃদ্ধকরণ স্কোর কৌশল ব্যবহার করে প্রাথমিক ক্লাস্টারের নাম বরাদ্দ করা হয়েছিল। এই ক্লাস্টারগুলির প্রতিটির জন্য, শীর্ষ চিহ্নিতকারী জিনগুলি চিহ্নিত করা হয়েছিল। প্রতিটি ক্লাস্টারের সাথে প্রতিটি ক্লাস্টারের তুলনা করে ভিন্নভাবে প্রকাশিত জিনগুলি (সমস্ত জোড়া অনুসারে তুলনা) Seurat73 এবং MAST79 ব্যবহার করে নির্ধারণ করা হয়েছিল। scRNA-seq ডেটা জিও অ্যাক্সিশন GSE187464 এর সাথে জমা করা হয়েছিল।

scRNA-Seq দিয়ে তৈরি ক্লাস্টার সনাক্তকরণ।

নন মাইলয়েড থেকে প্রাপ্ত ক্লাস্টারগুলিকে সাধারণত বি-কোষ (MS4A1), প্লাজমা কোষ (SDC1), CD8 প্লাস T-কোষ (CD3e, C8a), CD4 প্লাস T-কোষ (CD3e, CD4), T-নিয়ন্ত্রক কোষ (T) হিসাবে শ্রেণীবদ্ধ করা হয়েছিল। -regs) (CD3e, CD4, FoxP3), δ T-কোষ (CD3e, TRGC1, TRGC2, IL7Ra) এবং টাইপ 2 সহজাত ইমিউন কোষ (ILC2s) (Alox5, KLRG1, Ly6a, Pparg, GATA3, IL-5 , IL-13, ICOS এবং Rxrg)80–82। নিউট্রোফিলগুলি MMP9, Csf3r, S100A8, S100A8, এবং ADAM8 এক্সপ্রেশনের মাধ্যমে চিহ্নিত করা হয়েছিল, যদিও তাদের নিম্ন RNA সামগ্রী এবং উচ্চ স্তরের অভ্যন্তরীণ RNases83 এর কারণে এই বিশ্লেষণগুলিতে উপস্থাপিত হতে পারে। প্রচলিত ডেনড্রাইটিক কোষ (সিডিসি) ITGAX এবং ITGAE এক্সপ্রেশনের মাধ্যমে সনাক্ত করা হয়েছিল এবং প্লাজমাসাইটয়েড ডিসি (pDCs) ITGAX এবং Siglech দ্বারা চিহ্নিত করা হয়েছিল।

scRNA-Seq থেকে মাইলয়েড ক্লাস্টারের শ্রেণীবিভাগ।

ক্লাস্টার 5 ITGAMIntADGRE1HiLyz2HiH2-Ab1HiLy6C2- প্রকাশ করে এবং TNFAIP2 প্রকাশ করেনি, ইঙ্গিত করে যে এই কোষগুলি আবাসিক ম্যাক্রোফেজ। ক্লাস্টার10 প্রকাশ করেছে ITGAM- HiADGRE1HiLyz2Hi H2-Ab1Int Ly6C2-। ক্লাস্টার 3 এবং 4 প্রকাশ করেছে ITGAMInt ADGRE1Int Lyz2Hi H2-Ab1Int Ly6C2Hi, যা পরামর্শ দেয় যে উভয়ই অনুপ্রবেশকারী মনোসাইট/ম্যাক্রোফেজের উপসেট, যদিও ক্লাস্টার 3-এ প্রকাশিত বর্ধিত প্রদাহজনক জিনগুলিকে ক্লাস্টার/ম্যাক্রোফেজ ক্লাস্টারে শনাক্ত করতে ব্যবহৃত হয়েছিল। .

ফ্যাগোসাইটোসিস অ্যাসেস।

পিবিএস/মাইক্রোপার্টিকেল-ইনজেক্টেড ইঁদুর এবং ভিভোতে ডাব্লুজিপি-প্রশিক্ষিত ইঁদুরের অগ্ন্যাশয়গুলি ইনজেকশনের 7 দিন পরে কাটা হয়েছিল এবং একটি একক কোষ সাসপেনশনে পূর্বে বর্ণিত হিসাবে প্রক্রিয়া করা হয়েছিল। প্রায় 2 × 106 RPMI 1640-এ HEPES 50x পাতলা করে ধুয়ে ফেলা হয়েছিল এবং তারপর কোষগুলিকে সক্রিয় করার জন্য 37 ডিগ্রিতে 1 ঘন্টার জন্য এই দ্রবণের 100 μL তে ইনকিউব করা হয়েছিল। ইনভিট্রোজেন গ্রিন এস প্রচার করে।

ফ্লো সাইটোমেট্রি (থার্মো ফিশার সায়েন্টিফিক) এর জন্য Aureus BioparticlesTM ফাগোসাইটোসিস কিট প্রস্তুতকারকের নির্দেশ অনুসারে ব্যবহার করা হয়েছিল। প্রায় 100 μL পুনর্গঠিত কণা বা 1 × 106 GFP প্লাস কেপিসি টিউমার কোষ সক্রিয় অগ্ন্যাশয় কোষে যোগ করা হয়েছিল এবং 37 ডিগ্রিতে 1 ঘন্টার জন্য ইনকিউব করা হয়েছিল। প্রতি 15 মিনিটে নমুনাগুলি আলতো করে ঘূর্ণি করা হয়েছিল। 1 মিলি ঠান্ডা পিবিএস যোগ করে প্রতিক্রিয়া বন্ধ করা হয়েছিল। নমুনাগুলিকে 4 ডিগ্রিতে 10 মিনিটের জন্য Fc ব্লকের সাথে ইনকিউব করা হয়েছিল, কার্যকরতার জন্য দাগযুক্ত, CD45, CD11b, এবং F4/80 4 ডিগ্রিতে 30 মিনিটের জন্য, এবং তারপর BD FACSCanto ব্যবহার করে বিশ্লেষণ করা হয়েছিল। বিশ্লেষণের জন্য, লাইভ কোষ এবং সিডি 45 এর উপর গেট করার পরে, এফআইটিসি চ্যানেলে ফ্লুরোস করা কোষগুলি ফাগোসাইটিক হিসাবে নির্ধারিত হয়েছিল।

সাইটোটক্সিসিটি পরীক্ষা।

ডাব্লুজিপি এবং পিবিএস-চিকিত্সা করা ইঁদুরের অগ্ন্যাশয় সংগ্রহ করা হয়েছিল এবং CD11b প্লাস জনসংখ্যাকে চৌম্বকীয় CD11b প্লাস মাইক্রোবিডস (Miltenyi Biotec) এবং একটি autoMACS প্রো বিভাজক (Miltenyi Biotec) ব্যবহার করে বিচ্ছিন্ন করা হয়েছিল। বিশুদ্ধ CD11b প্লাস কোষগুলিকে তারপর ধুয়ে এবং গণনা করা হয়েছিল, এবং এগুলিকে 1:20 টিউমার অনুপাতে প্রলেপ দেওয়া হয়েছিল: একটি 96- ভাল প্লেটে প্রভাবক কোষ। সমস্ত পরীক্ষামূলক নমুনা তিন প্রতিলিপিতে চালিত হয়েছিল। CD11b প্লাস কোষে প্রলেপ দেওয়ার পরে, ROS ইনহিবিটর N-acetyl-Lcysteine ​​(NAC) (1 mM, Sigma-Aldrich), Trolox (5 μM, Sigma-Aldrich), অথবা DFO (50 μM, ইউরোপীয় ফার্মাকোপিয়া) একটিতে যুক্ত করা হয়েছিল। সমস্ত কূপে 5000 লুসিফেরেজ-প্রকাশকারী কেপিসি প্লাস প্যানক্রিয়াটিক টিউমার কোষ যুক্ত করার আগে 1 ঘন্টার জন্য PBS এবং WGP প্রাপ্ত কোষগুলির সেট। 24 ঘন্টা, সহ-সংস্কৃতির পরে, প্লেটগুলিকে সেন্ট্রিফিউজ করা হয়েছিল এবং 20 μL সুপারনাট্যান্টকে 100 μL লুসিফেরেস অ্যাসে রিএজেন্ট (প্রোমেগা) এর সাথে মিশ্রিত করা হয়েছিল। সুপারনাট্যান্টে পরিমাপ করা লুসিফেরেজ কার্যকলাপ টিউমার কোষের সাথে সম্পর্কযুক্ত যা প্রভাবক কোষ দ্বারা নিহত হয়েছিল এবং একটি লুমিনোমিটার (ফেমটোমাস্টার এফবি 12, জাইলাক্স কর্পোরেশন) ব্যবহার করে পরিমাপ করা হয়েছিল। ধাতুপট্টাবৃত টিউমার কোষ থেকে স্বতঃস্ফূর্ত লুসিফেরেজ সংকেত সুপারনাট্যান্টের পরিমাপ থেকে বিয়োগ করা হয়েছিল। Luciferase মান আপেক্ষিক আলো ইউনিট (RLUs) হিসাবে উপস্থাপিত হয়।

অগ্ন্যাশয় ক্যান্সারের ভিভো টিউমার মডেলগুলিতে।

LSL-KrasG12D/ প্লাস থেকে প্রাপ্ত একটি C57BL/6 পটভূমিতে একটি KPC সেল লাইন; LSL-Trp53R172H/ প্লাস ; Pdx1-Cre (KPC) মাউস মডেল Ximbio থেকে কেনা হয়েছিল। এই এবং Pan02 কোষগুলি যা ওয়েক ফরেস্ট ইউনিভার্সিটির ডাঃ ইয়ং লু-এর একটি উদার উপহার ছিল অগ্ন্যাশয় ক্যান্সারের একটি অর্থোটোপিক মডেলে ব্যবহার করা হয়েছিল। একটি KPC লাইন GFP এবং luciferase (KPCGFP প্লাস লুক প্লাস) দিয়ে স্থানান্তরিত হয়েছে, এছাড়াও উইসকনসিন মেডিকেল কলেজের ডাঃ মাইকেল ডুইনেলের একটি উদার অবদান ছিল। এই কোষগুলি একচেটিয়াভাবে অ্যালবিনো C57BL/6 ইঁদুরগুলিতে ব্যবহৃত হয়েছিল।

টিউমার ইমপ্লান্টেশনের জন্য, ইঁদুরকে আইসোফ্লুরেন ব্যবহার করে চেতনানাশক করা হয়েছিল এবং ইঁদুরের পেট বেটাডাইন দিয়ে প্রস্তুত করা হয়েছিল এবং একটি জীবাণুমুক্ত ফ্যাশনে ড্রপ করা হয়েছিল। জীবাণুমুক্ত যন্ত্রগুলির সাথে একটি অ্যাসেপটিক কৌশল ব্যবহার করে একটি 2 সেমি মিডলাইন ল্যাপারোটমি করা হয়েছিল। ল্যাপারোটমির পরে, অগ্ন্যাশয় এবং প্লীহাকে বাহ্যিক করা হয়েছিল। টিউমার কোষগুলি বরফ-ঠান্ডা পিবিএস-এ সাসপেন্ড করা হয়েছিল এবং বেসমেন্ট মেমব্রেন ম্যাট্রিক্স ম্যাট্রিজেল (কর্নিং) এর সাথে 1:1 অনুপাতে মিশ্রিত হয়েছিল। 0.1 × 10পিবিএস-ম্যাট্রিজেল দ্রবণের 50 uL-এর মধ্যে 6 টি টিউমার কোষ একটি 30-গেজ ইনসুলিন সিরিঞ্জ ব্যবহার করে অগ্ন্যাশয়ের লেজে ইনজেক্ট করা হয়েছিল। একটি ছোট বুদবুদ গঠন সফল ইমপ্লান্টেশন নির্দেশ করে। প্রলিপ্ত পলিগ্লাইকোলিক অ্যাসিড বিনুনি শোষণযোগ্য 5/0 সিউচার ব্যবহার করে পেরিটোনিয়াম বন্ধ করা হয়েছিল এবং সিল্ক ব্রেইডেড অশোষণযোগ্য 5/0 সিউচার ব্যবহার করে ত্বক বন্ধ করা হয়েছিল। (সিপি মেডিকেল)। অস্ত্রোপচার এবং ইঁদুর পর্যবেক্ষণের পর 72 ঘন্টা পর্যন্ত ব্যথা ব্যবস্থাপনার জন্য বুপ্রেনরফিন পরিচালিত হয়েছিল।

ভিভো ইমেজিং এ।

GFP প্লাস লুসিফেরেজ প্লাস কেপিসি টিউমার কোষের সাহায্যে অর্থোটোপিকভাবে ইমপ্লান্ট করা ইঁদুরগুলিকে 150 মিলিগ্রাম/কেজি শরীরের ওজনের সাথে XenoLight D-Luciferin-K প্লাস সল্ট বায়োলুমিনেসেন্ট সাবস্ট্রেট (PerkinElmer) এর 100 μL এ আইপি ইনজেকশন দেওয়া হয়েছিল। 10 মিনিটের পরে, ইঁদুরগুলিকে আইসোফ্লুরেন দিয়ে চেতনানাশক করা হয়েছিল এবং একটি বায়োস্পেস ল্যাব ফোটন ইমেজারের ভিতরে স্থাপন করা হয়েছিল, যা বায়োলুমিনেসেন্ট এবং ফ্লুরোসেন্ট ইমেজিংয়ের জন্য ভিভো অপটিক্যাল মোডালিটিতে একটি নিবেদিত নিম্ন-আলো স্তর। টিউমারের আকার এবং বৃদ্ধি পরিমাপ করতে ইঁদুরের ছবি নেওয়া হয়েছিল এবং ব্যবহার করা হয়েছিল।

মিশ্রিত টিউমার মডেল।

ইঁদুরকে 1 মিলিগ্রাম ডব্লিউজিপি দিয়ে প্রশিক্ষণ দেওয়া হয়েছিল এবং 7 দিন পরে CD11b প্লাস CCR2 প্লাস এবং CD11b প্লাস CCR2− জনসংখ্যা বাছাই করা হয়েছিল এবং KPC টিউমার কোষ 1 × 105 টিউমার কোষের সাথে 1:1 মিশ্রিত করা হয়েছিল। কোষগুলি অর্থোটোপিকভাবে WT ইঁদুরগুলিতে রোপণ করা হয়েছিল এবং 3 সপ্তাহ পরে ইঁদুরগুলিকে euthanized করা হয়েছিল এবং টিউমারের আকার মূল্যায়ন করা হয়েছিল।

অ্যান্টি-PD-L1 mAb-এর সাথে কম্বিনেশন থেরাপি।

C57BL/6 ইঁদুরগুলিকে −7 দিনে WGP দিয়ে চিকিত্সা করা হয়েছিল এবং 0 দিনে KPC অর্থোটোপিক অগ্ন্যাশয়ের টিউমার দিয়ে রোপন করা হয়েছিল। 3, 7 এবং 11 দিনে 200 µg অ্যান্টি-মাউস অ্যান্টি-PD-L1 mAb (বায়ো এক্স সেল) বা ইঁদুর IgG2b আইসোটাইপ কন্ট্রোল (বায়ো এক্স সেল) দিয়ে চিকিত্সা করা হয়েছিল। তারপর বেঁচে থাকার জন্য ইঁদুরগুলি পর্যবেক্ষণ করা হয়েছিল।

একটি চিকিত্সা হিসাবে WGP.

C57BL/6 ইঁদুরকে দিনে 0 কেপিসি অর্থোটোপিক প্যানক্রিয়াটিক টিউমারের সাথে রোপণ করা হয়েছিল এবং 4 এবং 11 দিনে ইঁদুরকে 1 মিলিগ্রাম আইপি ডাব্লুজিপি বা পিবিএস দেওয়া হয়েছিল। তারপর বেঁচে থাকার জন্য ইঁদুরগুলি পর্যবেক্ষণ করা হয়েছিল।

পরিসংখ্যান সংক্রান্ত বিশ্লেষণ.

অন্যথায় নির্দিষ্ট না হলে যাচাই করার জন্য সমস্ত ফলাফল কমপক্ষে তিনবার স্বাধীনভাবে পুনরাবৃত্তি করা হয়েছিল। প্রতিনিধি ফলাফল দেখানো হয়. ফলাফলগুলি গড় ± SEM হিসাবে উপস্থাপিত হয়। দুই-টেইলড স্টুডেন্টস টি-টেস্ট বা মান-হুইটনি ইউ-টেস্ট ব্যবহার করে ডেটা বিশ্লেষণ করা হয়েছিল। মাল্টিপল-গ্রুপ তুলনাগুলি একমুখী বা দ্বিমুখী ANOVA ব্যবহার করে সঞ্চালিত হয়েছিল যার পরে Tukey এর একাধিক তুলনা পরীক্ষা করা হয়েছিল। পিয়ারসন পারস্পরিক সম্পর্ক সহগ (স্বাভাবিক বিতরণ) ব্যবহার করে পারস্পরিক সম্পর্ক বিশ্লেষণ করা হয়েছিল। পরিসংখ্যানগত তাত্পর্য p < 0.05 এ সেট করা হয়েছিল। সমস্ত পরিসংখ্যান বিশ্লেষণ গ্রাফপ্যাড প্রিজম সফ্টওয়্যার সংস্করণ 9 (গ্রাফপ্যাড ইনক।, লা জোলা, CA) ব্যবহার করে সম্পাদিত হয়েছিল।

রিপোর্টিং সারাংশ।

গবেষণা নকশা সম্পর্কে আরও তথ্য এই নিবন্ধের সাথে সংযুক্ত প্রকৃতি গবেষণা রিপোর্টিং সারাংশে উপলব্ধ।

ডেটা প্রাপ্যতা

উৎস তথ্য এই কাগজে প্রদান করা হয়. RNASeq ডেটা জিও অ্যাকসেশান GSE187464-এর অধীনে পাওয়া যায়, এবং scRNA-Seq ডেটা জিও অ্যাকসেশান GSE187464-এর অধীনে পাওয়া যায় সোর্স ডেটা এই কাগজে দেওয়া হয়েছে।

প্রাপ্তি: 2 এপ্রিল 2021; গৃহীত: 17 জানুয়ারী 2022।

তথ্যসূত্র

1. ACS। ক্যান্সারের তথ্য ও পরিসংখ্যান 2020।

2. রাহিব, এল. এট আল। ক্যান্সারের ঘটনা এবং মৃত্যু 2030-এ প্রজেক্ট করা: মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রে থাইরয়েড, লিভার এবং অগ্ন্যাশয়ের ক্যান্সারের অপ্রত্যাশিত বোঝা। ক্যান্সার রেস. 74, 2913–2921 (2014)।

3. কোমলপতি, এ., টেলা, এসএইচ, গোয়াল, জি., মা, ডব্লিউডব্লিউ এবং মহিপাল, এ. স্থানীয় রেসেক্টেবল প্যানক্রিয়াটিক ক্যান্সারের সমসাময়িক ব্যবস্থাপনা। ক্যান্সার 10, 24 (2018)।

4. Bliss, LA, Witkowski, ER, Yang, CJ & Tseng, JF অগ্ন্যাশয় ক্যান্সারের অপারেটিভ ম্যানেজমেন্টের ফলাফল। জে. সার্গ। অনকল। 110, 592–598 (2014)।

5. শিজাস, ডি. এট আল। অগ্ন্যাশয় ক্যান্সারের জন্য ইমিউনোথেরাপি: একটি 2020 আপডেট। ক্যান্সারের চিকিৎসা। রেভ. 86, 102016 (2020)।

6. Henriksen, A., Dyhl-Polk, A., Chen, I. & Nielsen, D. চেকপয়েন্ট ইনহিবিটরস ইন প্যানক্রিয়াটিক ক্যান্সার। ক্যান্সারের চিকিৎসা। রেভ. 78, 17-30 (2019)।

7. ম্যাডেন, কে. এবং ক্যাসলার, ফুসফুসের ক্যান্সার এবং মেলানোমাতে এমকে ইমিউন চেকপয়েন্ট ইনহিবিটার। সেমিন। অনকল। নার্স। 35, 150932 (2019)।

8. কাও, এইচএফ এবং লু, পিজে ইমিউন চেকপয়েন্ট ইনহিবিটরস হেড এবং নেক স্কোয়ামাস সেল কার্সিনোমার জন্য: বর্তমান ল্যান্ডস্কেপ এবং ভবিষ্যতের দিকনির্দেশ। মাথা। নেক 41, 4–18 (2019)। 9. লেইনওয়ান্ড, জে এবং মিলার, জি. অগ্ন্যাশয় ক্যান্সারে টিউমার প্রতিরোধ ক্ষমতা নিয়ন্ত্রণ এবং মড্যুলেশন। নাট। ইমিউনল। 21, 1152–1159 (2020)।

10. রয়্যাল, আরই এট আল। স্থানীয়ভাবে উন্নত বা মেটাস্ট্যাটিক প্যানক্রিয়াটিক অ্যাডেনোকার্সিনোমার জন্য একক এজেন্ট ইপিলিমুমাব (অ্যান্টি-সিটিএলএ-4) এর ফেজ 2 ট্রায়াল। জে. ইমিউনোথার। 33, 828-833 (2010)।

11. ও'রিলি, ইএম এবং অন্যান্য। মেটাস্ট্যাটিক প্যানক্রিয়েটিক ডাক্টাল অ্যাডেনোকার্সিনোমা রোগীদের জন্য ট্রেমেলিমুমাব সহ বা ছাড়া দুরভালুমব: একটি ফেজ 2 এলোমেলো ক্লিনিকাল ট্রায়াল। জামা অনকল। 5, 1431-1438 (2019)।

12. ওয়েইস, জিজে এট আল। মেটাস্ট্যাটিক প্যানক্রিয়াটিক অ্যাডেনোকার্সিনোমাতে জেমসিটাবাইন, ন্যাব-প্যাক্লিট্যাক্সেল এবং পেমব্রোলিজুমাবের ফেজ Ib/II অধ্যয়ন। বিনিয়োগ করুন। নতুন ওষুধ 36, 96–102 (2018)। 13. Whatcott, CJ, Posner, RG, Von Hoff, DD & Han, H. in Pancreatic Cancer and Tumor Microenvironment (eds Grippo, PJ & Munshi, HG) Ch. 8 (ট্রান্সওয়ার্ল্ড রিসার্চ নেটওয়ার্ক, 2012)।

14. কারামিটোপলু, ই. অগ্ন্যাশয় ক্যান্সারের টিউমার মাইক্রোএনভায়রনমেন্ট: ইমিউন ল্যান্ডস্কেপ আণবিক এবং হিস্টোপ্যাথলজিকাল বৈশিষ্ট্য দ্বারা নির্ধারিত হয়। ব্র. জে. ক্যান্সার 121, 5–14 (2019)।

15. ড্যানিয়েল, এসকে, সুলিভান, কেএম, ল্যাবডি, কেপি এবং পিলারিসেটি, ভিজি হাইপোক্সিয়া প্যানক্রিয়াটিক অ্যাডেনোকার্সিনোমাতে ইমিউনোথেরাপির বাধা হিসাবে। ক্লিন। অনুবাদ। মেড. 8, 10-10 (2019)।

16. ওয়াং, ডব্লিউ. এট আল। RIP1 kinase অগ্ন্যাশয় ক্যান্সারে ম্যাক্রোফেজ-মধ্যস্থিত অভিযোজিত প্রতিরোধী সহনশীলতা চালায়। ক্যান্সার কোষ 38, 585–590 (2020)।

17. Netea, MG et al. প্রশিক্ষিত অনাক্রম্যতা: স্বাস্থ্য এবং রোগের সহজাত ইমিউন মেমরির একটি প্রোগ্রাম। বিজ্ঞান 352, aaf1098 (2016)।

18. বেকারিং, এস. এট আল। মেভালোনেট পাথওয়ের মাধ্যমে প্রশিক্ষিত অনাক্রম্যতার বিপাকীয় আনয়ন। সেল 172, 135–146 e139 (2018)।

19. ভ্যান ডের হেইজডেন, সি. এট আল। এপিজেনেটিক্স এবং প্রশিক্ষিত অনাক্রম্যতা। অ্যান্টিঅক্সিড। রেডক্স সংকেত। 29, 1023–1040 (2018)।

20. Priem, B. et al. প্রশিক্ষিত অনাক্রম্যতা-উন্নয়নকারী ন্যানোবায়োলজি থেরাপি টিউমার বৃদ্ধিকে দমন করে এবং চেকপয়েন্ট বাধাকে শক্তিশালী করে। সেল 183, 786–801 e719 (2020)।

21. কালাফতি, এল. এট আল। গ্রানুলোপোয়েসিসের সহজাত ইমিউন প্রশিক্ষণ টিউমার বিরোধী কার্যকলাপকে উৎসাহিত করে। সেল 183, 771–785 e712 (2020)।

22. Mitroulis, I. et al. মাইলোপোয়েসিস প্রোজেনিটারগুলির মড্যুলেশন প্রশিক্ষিত অনাক্রম্যতার একটি অবিচ্ছেদ্য উপাদান। সেল 172, 147–161.e112 (2018)।

23. বেকারিং, এস., ডমিনগুয়েজ-আন্দ্রেস, জে., জুস্টেন, এলএবি, রিকসেন, এনপি এবং নেটিয়া, এমজি প্রশিক্ষিত অনাক্রম্যতা: স্বাস্থ্য এবং রোগে সহজাত অনাক্রম্যতা পুনঃপ্রোগ্রামিং। আন্নু রেভ. ইমিউনল। 39, 667–693 (2021)।

24. কিয়েরডর্ফ, কে., প্রিঞ্জ, এম., গেইসম্যান, এফ. এবং গোমেজ পেরডিগুয়েরো, ই. ইঁদুরে টিস্যু-রেসিডেন্ট ম্যাক্রোফেজের বিকাশ এবং কার্যকারিতা। সেমিন। ইমিউনল। 27, 369–378 (2015)। 25. Calderon, B. et al. অগ্ন্যাশয় শারীরস্থান আবাসিক ম্যাক্রোফেজগুলির উত্স এবং বৈশিষ্ট্যগুলিকে শর্ত দেয়। J. Exp. মেড. 212, 1497–1512 (2015)।

26. কিম, এইচ. ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর MafB ম্যাক্রোফেজে অ্যান্টি-ইনফ্ল্যামেটরি M2 পোলারাইজেশন এবং কোলেস্টেরল প্রবাহকে উৎসাহিত করে। বিজ্ঞান রেপ. 7, 7591 (2017)।

27. কিম, এসওয়াই এট আল। শ্বাসনালীতে প্রদাহের ক্ষেত্রে এনএডিপিএইচ অক্সিডেসের একটি প্রতিরোধক অ্যাপোসিনিন-এর প্রদাহ-বিরোধী প্রভাব। ইমিউনল। সেল বায়োল। 90, 441–448 (2012)।

28. লিউ, এম. এট আল। ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর সি-ম্যাফ একটি চেকপয়েন্ট যা ফুসফুসের ক্যান্সারে ম্যাক্রোফেজ প্রোগ্রাম করে। জে ক্লিন। বিনিয়োগ করুন। 130, 2081–2096 (2020)।

29. জিমারম্যান, কেএ এবং অন্যান্য। একক-কোষ আরএনএ সিকোয়েন্সিং প্রজাতি জুড়ে প্রার্থী রেনাল রেসিডেন্ট ম্যাক্রোফেজ জিন এক্সপ্রেশন স্বাক্ষর সনাক্ত করে। জে. এ.এম. সমাজ নেফ্রোল। 30, 767–781 (2019)।

30. বাকোস, ই. এবং অন্যান্য। সিসিআর 2 ইফেক্টর এবং নিয়ন্ত্রক টি কোষের আন্তঃরূপান্তর এবং ফাংশন মড্যুলেট করে ইমিউন প্রতিক্রিয়া নিয়ন্ত্রণ করে। জে. ইমিউনল। 198, 4659–4671 (2017)।

31. Kurihara, T., Warr, G., Loy, J. & Bravo, R. ম্যাক্রোফেজ নিয়োগে ত্রুটি এবং CCR2 কেমোকাইন রিসেপ্টরের অভাব ইঁদুরের হোস্ট প্রতিরক্ষায়। J. Exp. মেড. 186, 1757-1762 (1997)।

32. কুজিয়েল, WA এট আল। CC কেমোকাইন রিসেপ্টরের ঘাটতি ইঁদুরের মধ্যে লিউকোসাইট আনুগত্য এবং মনোসাইট এক্সট্রাভাসেশনে মারাত্মক হ্রাস 2. প্রক। Natl Acad. বিজ্ঞান USA 94, 12053–12058 (1997)।

33. ক্রাটোফিল, আরএম, কুবেস, পি এবং ডেনিসেট, প্রদাহ এবং আঘাতের সময় জেএফ মনোসাইট রূপান্তর। ধমনী। থ্রম্ব। ভাস্ক। বায়োল 37, 35–42 (2017)।

34. ফানামিজু, এন. এট আল। ম্যাক্রোফেজ মাইগ্রেশন ইনহিবিটরি ফ্যাক্টর এপিথেলিয়ালকে মেসেনকাইমাল ট্রানজিশনে প্ররোচিত করে, টিউমারের আক্রমনাত্মকতা বাড়ায় এবং রেসকটেড প্যানক্রিয়াটিক ডাক্টাল অ্যাডেনোকার্সিনোমাতে ক্লিনিকাল ফলাফলের পূর্বাভাস দেয়। int. জে. ক্যান্সার 132, 785–794 (2013)।

35. Denz, A. et al. এমআইএফ-এর বাধা অগ্ন্যাশয় ক্যান্সার কোষে কোষ চক্র গ্রেপ্তার এবং অ্যাপোপটোসিসের দিকে পরিচালিত করে। জে. সার্গ। Res. 160, 29-34 (2010)।

36. সু, এলজে এট আল। প্রতিক্রিয়াশীল অক্সিজেন প্রজাতি-প্ররোচিত লিপিড পারক্সিডেশন এপোপটসিস, অটোফ্যাজি এবং ফেরোপটোসিসে। অক্সিড। মেড. সেল Longev. 2019, 5080843 (2019)।

37. গেলার, এ., শ্রেষ্ঠা, আর. ও ইয়ান, জে. ইস্ট-ডিরাইভড-গ্লুকান ইন ক্যানসার: একটি ঐতিহ্যবাহী থেরাপিউটিকের অভিনব ব্যবহার। int. জে. মো. বিজ্ঞান 20, 3618 (2019)।

38. শ্রীবাস্তব, পি. ও ভাটিয়া, এম. তীব্র প্যানক্রিয়াটাইটিসের অগ্রগতিতে মনোসাইট এবং ম্যাক্রোফেজের অপরিহার্য ভূমিকা। ওয়ার্ল্ড জে. গ্যাস্ট্রোএন্টেরল। 16, 3995–4002 (2010)।

39. Wang, J. & Kubes, P. পরিপক্ক গহ্বরের ম্যাক্রোফেজগুলির একটি জলাধার যা টিস্যু মেরামতকে প্রভাবিত করতে দ্রুত ভিসারাল অঙ্গগুলিতে আক্রমণ করতে পারে। সেল 165, 668–678 (2016)।

40. Qi, C. et al. কণা এবং দ্রবণীয় খামির থেকে প্রাপ্ত -গ্লুকান দ্বারা সহজাত এবং অভিযোজিত অ্যান্টিটিউমার প্রতিরোধী প্রতিক্রিয়া নিয়ন্ত্রণ করে ডিফারেনশিয়াল পথ। রক্ত 117, 6825–6836 (2011)।

41. গুডরিজ, এইচএস এট আল। একটি 'ফ্যাগোসাইটিক সিন্যাপস' গঠনের পরে সহজাত ইমিউন রিসেপ্টর ডেকটিন-1 সক্রিয়করণ। প্রকৃতি 472, 471–475 (2011)।

42. মাসুদা, ওয়াই এবং অন্যান্য। গ্রিফোলা ফ্রনডোসা থেকে নিষ্কাশিত দ্রবণীয়-গ্লুকানগুলির মৌখিক প্রশাসন একটি সিস্টেমিক অ্যান্টিটিউমার প্রতিরোধ ক্ষমতা প্ররোচিত করে এবং টিউমার বহনকারী ইঁদুরের ইমিউনোসপ্রেশন হ্রাস করে। int. জে. ক্যান্সার 133, 108-119 (2013)।

43. রাইস, পিজে এবং অন্যান্য। ছত্রাকের ফার্মাকোকিনেটিক্স (1-3)-বিটা-ডি-গ্লুকান ইঁদুরের শিরায় প্রশাসন অনুসরণ করে। int. ইমিউনোফার্মাকল। 4, 1209-1215 (2004)।

44. হুয়াং, ওয়াই এবং অন্যান্য। গ্রুপ 2 সহজাত লিম্ফয়েড কোষের S1P-নির্ভর আন্তঃঅর্গান পাচার হোস্ট প্রতিরক্ষা সমর্থন করে। বিজ্ঞান 359, 114–119 (2018)।

45. Mathä, L. et al. ফুসফুসের বাসিন্দা গ্রুপ 2 সহজাত লিম্ফয়েড কোষের স্থানান্তর অ্যালার্জিজনিত ফুসফুসের প্রদাহ এবং লিভারের অনাক্রম্যতাকে সংযুক্ত করে। সামনে। ইমিউনল। 12, 67950 (2021)।

46. ​​রিকার্ডো-গঞ্জালেজ, আরআর এট আল। টিস্যু-নির্দিষ্ট পথগুলি টাইপ 2 অনাক্রম্যতা ছড়িয়ে দেওয়ার জন্য সক্রিয় ILC2 গুলিকে বের করে দেয়। J. Exp. মেড. 217, e2019117 (2020)।

47. Mattiola, I. & Diefenbach, A. ILC2 প্রকাশ করে টিউমার বিরোধী প্রতিরোধ ক্ষমতা সক্রিয় করা। সেল রেস. 30, 461–462 (2020)।

48. কিয়ান, বিজেড এবং পোলার্ড, জেডব্লিউ ম্যাক্রোফেজ বৈচিত্র্য টিউমারের অগ্রগতি এবং মেটাস্ট্যাসিস বাড়ায়। সেল 141, 39–51 (2010)।

49. কিয়ান, বিজেড এট আল। CCL2 স্তন টিউমার মেটাস্ট্যাসিস সহজতর করার জন্য প্রদাহজনক মনোসাইট নিয়োগ করে। প্রকৃতি 475, 222–225 (2011)।

50. মুন, ডিএইচ এবং চেউং, এনকে ফ্যাগোসাইটোসিস অফ টিউমার কোষের মানব মনোসাইট দ্বারা সংষ্কৃত রিকম্বিন্যান্ট ম্যাক্রোফেজ কলোনি-উত্তেজক ফ্যাক্টর। J. Exp. মেড. 172, 231-237 (1990)।

51. জাদুস, এমআর এট আল। ম্যাক্রোফেজগুলি ফ্যাগোসাইটোসিস-নির্ভর পথের মাধ্যমে ম্যাক্রোফেজ কলোনি-উত্তেজক ফ্যাক্টরের ঝিল্লি আইসোফর্ম বহনকারী T9 গ্লিওমা টিউমার কোষগুলিকে হত্যা করে। জে. ইমিউনল। 160, 361–368 (1998)।

52. Zhou, X., Liu, X. & Huang, L. ম্যাক্রোফেজ-মধ্যস্থ টিউমার সেল ফ্যাগোসাইটোসিস: ন্যানোমেডিসিন হস্তক্ষেপের একটি সুযোগ। অ্যাড. ফাংশন মেটার 31, 2006220 (2021)।

53. Lecoultre, M., Dutoit, V. & Walker, টিউমার-সম্পর্কিত ম্যাক্রোফেজের পিআর ফাগোসাইটিক ফাংশন টিউমার অগ্রগতি নিয়ন্ত্রণের মূল নির্ধারক হিসাবে: একটি পর্যালোচনা। জে. ইমিউনোথার। কর্কট 8, e001408 (2020)।

54. Cui, S., Reichner, JS, Mateo, RB & Albina, JE অ্যাক্টিভেটেড মুরিন ম্যাক্রোফেজগুলি নাইট্রিক অক্সাইড-নির্ভর বা স্বাধীন প্রক্রিয়ার মাধ্যমে টিউমার কোষে অ্যাপোপটোসিসকে প্ররোচিত করে। ক্যান্সার রেস. 54, 2462–2467 (1994)।

55. ব্রাহ্মার, জেআর এবং অন্যান্য। উন্নত ক্যান্সারের রোগীদের মধ্যে অ্যান্টি-পিডি-এল 1 অ্যান্টিবডির নিরাপত্তা এবং কার্যকলাপ। N. ইংরেজি জে মেড 366, 2455–2465 (2012)।

56. সাইজো, এস. এট আল। Pneumocystis carinii এর বিরুদ্ধে হোস্ট প্রতিরক্ষার জন্য Dectin-1 প্রয়োজন কিন্তু Candida albicans এর বিরুদ্ধে নয়। নাট। ইমিউনল। 8, 39-46 (2007)।

57. বার্নহেগেন, জে. এট আল। মাউস এবং হিউম্যান ম্যাক্রোফেজ মাইগ্রেশন ইনহিবিটরি ফ্যাক্টর (MIF) এর বিশুদ্ধকরণ, বায়োঅ্যাকটিভিটি এবং সেকেন্ডারি স্ট্রাকচার বিশ্লেষণ। বায়োকেমিস্ট্রি 33, 14144–14155 (1994)।

58. চেন, টিজে এবং কোটেচা, এন. সাইটোব্যাঙ্ক: কমিউনিটি সাইটোমেট্রি ডেটা বিশ্লেষণ এবং সহযোগিতার জন্য একটি বিশ্লেষণ প্ল্যাটফর্ম প্রদান করে। কার শীর্ষ. মাইক্রোবায়োল। ইমিউনল। 377, 127–157 (2014)।

59. Nowicka, M. et al. CyTOF ওয়ার্কফ্লো: হাই-থ্রুপুট হাই-ডাইমেনশনাল সাইটোমেট্রি ডেটাসেটে ডিফারেনশিয়াল আবিষ্কার। F1000 Res. 6, 748 (2017)।

60. Wilkerson, MD & Hayes, DN ConsensusClusterPlus: আত্মবিশ্বাসের মূল্যায়ন এবং আইটেম ট্র্যাকিং সহ একটি ক্লাস আবিষ্কারের সরঞ্জাম। বায়োইনফরমেটিক্স 26, 1572–1573 (2010)। 61. ফিনাক জি., জেএম ফ্লোওয়ার্কস্পেস: গেটেড এবং অসংযুক্ত সাইটোমেট্রি ডেটা সেটগুলির প্রতিনিধিত্ব এবং ইন্টারঅ্যাক্ট করার জন্য অবকাঠামো। বায়োকন্ডাক্টর সংস্করণ (2019)।

62. ফিনাক, জি., জিয়াং, ডব্লিউ. এবং গোটার্দো, আর. সাইটোএমএল ক্রস-প্ল্যাটফর্ম সাইটোমেট্রি ডেটা ভাগ করার জন্য। সাইটম অংশ A: J. Int. সমাজ পায়ুপথ। সাইটোল। 93, 1189–1196 (2018)।

63. Crowell, HL, Zanotelli, VRT, Chevrier, S. & Robinson, MD CATALYST: সাইটোমেট্রি ডেটা বিশ্লেষণ টুল। R প্যাকেজ সংস্করণ 1.10.3. HelenaLC/CATALYST (2020)।

64. Cock, PJ, Fields, CJ, Goto, N., Heuer, ML & Rice, PM মানের স্কোর সহ সিকোয়েন্সের জন্য স্যাঞ্জার FASTQ ফাইল ফরম্যাট এবং Solexa/Illumina FASTQ ভেরিয়েন্ট। নিউক্লিক অ্যাসিড রেস. 38, 1767-1771 (2010)।

65. ইলুমিনা। বেসস্পেস ব্যবহারকারীর নির্দেশিকা। 2014।

66. অ্যান্ড্রুস, এস. ফাস্টকিউসি: উচ্চ থ্রুপুট সিকোয়েন্স ডেটার জন্য একটি মান নিয়ন্ত্রণের সরঞ্জাম।

67. ডবিন, এ. এবং অন্যান্য। স্টার: আল্ট্রাফাস্ট সার্বজনীন RNA-seq অ্যালাইনার। বায়োইনফরমেটিক্স 29, 15–21 (2013)।

68. Love, MI, Huber, W. & Anders, S. DESeq2 এর সাথে RNA-seq ডেটার জন্য ভাঁজ পরিবর্তন এবং বিচ্ছুরণের পরিমিত অনুমান। জিনোম বায়োল। 15, 550 (2014)।

69. Trapnell, C. et al. টপহ্যাট এবং কাফলিঙ্কগুলির সাথে RNAseq পরীক্ষার ডিফারেনশিয়াল জিন এবং ট্রান্সক্রিপ্ট এক্সপ্রেশন বিশ্লেষণ। নাট। প্রোটোক 7, 562–578 (2012)।

70. Anders, S., Pyl, PT & Huber, W. HTSeq– একটি পাইথন ফ্রেমওয়ার্ক যা উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং ডেটার সাথে কাজ করে। বায়োইনফরমেটিক্স 31, 166–169 (2015)।

71. বয়েল, EI এবং অন্যান্য। GO::TermFinder–ওপেন সোর্স সফ্টওয়্যার জিন অন্টোলজি তথ্য অ্যাক্সেস করার জন্য এবং জিনের একটি তালিকার সাথে যুক্ত উল্লেখযোগ্যভাবে সমৃদ্ধ জিন অন্টোলজি পদ খুঁজে বের করার জন্য। বায়োইনফরমেটিক্স 20, 3710–3715 (2004)।

72. Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: জিন এবং জিনোমের কিয়োটো এনসাইক্লোপিডিয়া। নিউক্লিক অ্যাসিড রেস. 28, 27-30 (2000)।

73. স্টুয়ার্ট, টি. এট আল। একক-কোষ ডেটার ব্যাপক ইন্টিগ্রেশন। সেল 177, 1888-1902। e1821 (2019)।

74. Lun, AT, Riesenfeld, S., Andrews, T., Gomes, T. & Marioni, JC EmptyDrops: ড্রপলেট-ভিত্তিক একক-কোষ আরএনএ সিকোয়েন্সিং ডেটাতে খালি ফোঁটা থেকে কোষকে আলাদা করা। জিনোম বায়োল। 20, 1-9 (2019)।

75. Hafemeister, C. & Satija, R. নিয়মিত নেতিবাচক দ্বিপদী রিগ্রেশন ব্যবহার করে একক-কোষ RNA-seq ডেটার স্বাভাবিকীকরণ এবং প্রকরণ স্থিরকরণ। জিনোম বায়োল। 20, 1-15 (2019)।

76. বেখট, ই. এট আল। UMAP ব্যবহার করে একক-কোষ ডেটা ভিজ্যুয়ালাইজ করার জন্য মাত্রিকতা হ্রাস। নাট। বায়োটেকনোল। 37, 38-44 (2019)।

77. ডিয়াজ-মেজিয়া, জেজে এট আল। একক-কোষ আরএনএ-সিকোয়েন্সিং ডেটা থেকে সেল ক্লাস্টারে সেল টাইপ লেবেল বরাদ্দ করার পদ্ধতির মূল্যায়ন। F1000 Res. 8 ISCB Comm J-296 (2019)। 78. Hänzelmann, S., Castelo, R. & Guinney, J. GSVA: মাইক্রোয়ারে এবং RNA-seq ডেটার জন্য জিন সেট বৈচিত্র্য বিশ্লেষণ। বিএমসি বায়োইনফরমা। 14, 7 (2013)।

79. ফিনাক, জি. এট আল। মাস্ট: ট্রান্সক্রিপশনাল পরিবর্তনগুলি মূল্যায়ন করার জন্য এবং একক-কোষ আরএনএ সিকোয়েন্সিং ডেটাতে ভিন্নতা চিহ্নিত করার জন্য একটি নমনীয় পরিসংখ্যান কাঠামো। জিনোম বায়োল। 16, 1-13 (2015)।

80. Suffiotti, M., Carmona, SJ, Jandus, C. & Gfeller, D. একক-কোষ RNA-Seq ডেটাতে সহজাত লিম্ফয়েড কোষের সনাক্তকরণ। ইমিউনোজেনেটিক্স 69, 439–450 (2017)।

81. Entwistle, LJ et al. পালমোনারি গ্রুপ 2 সহজাত লিম্ফয়েড সেল ফেনোটাইপ প্রসঙ্গ-নির্দিষ্ট: স্ট্রেন, অবস্থান এবং উদ্দীপনার প্রভাব নির্ধারণ করা। সামনে। ইমিউনল। 10, 3114 (2020)।

82. রিকার্ডো-গঞ্জালেজ, আরআর এট আল। টিস্যু সংকেত প্রত্যাশিত ফাংশন সহ ILC2 পরিচয় ছাপিয়ে দেয়। নাট। ইমিউনল। 19, 1093–1099 (2018)।

83. জিলিওনিস, আর. এট আল। মানব এবং মাউসের ফুসফুসের ক্যান্সারের একক-কোষ ট্রান্সক্রিপ্টমিক্স ব্যক্তি এবং প্রজাতি জুড়ে সংরক্ষিত মাইলয়েড জনসংখ্যা প্রকাশ করে। অনাক্রম্যতা 50, 1317–1334.e1310 (2019)।

স্বীকৃতি

লেখকরা RNA-Seq এবং scRNASeq-এ সাহায্যের জন্য ব্রাউন ক্যান্সার সেন্টার জিনোমিক্স ফ্যাসিলিটি থেকে ডাঃ ওল্ফগ্যাং জাকারিয়াস, ডাঃ মেই ঝাং, এবং সাবাইন ওয়াইগেলকে ধন্যবাদ জানাতে চান। পাণ্ডুলিপিটি প্রুফরিড করার জন্য আমরা ডাঃ ক্লিন্ট গেলারকে ধন্যবাদ জানাতে চাই। এই কাজটি NIH R01CA213990 এবং R01AI128818 (JY) দ্বারা সমর্থিত ছিল। CD এবং CTW আংশিকভাবে NIH P20GM135004 দ্বারা সমর্থিত ছিল। এই কাজের অংশটি UofL জিনোমিক্স সুবিধার সহায়তায় সম্পাদিত হয়েছিল, যা NIH P20GM103436 (KY IDeA Networks of Biomedical Research Excellence), ব্রাউন ক্যান্সার সেন্টার এবং ব্যবহারকারীর ফি দ্বারা সমর্থিত। CyTOF NIH P20GM135004 (জুন ইয়ান/জেসন চেসনি, MPI) দ্বারা সমর্থিত কার্যকরী ইমিউনোমিক্স কোরে সম্পাদিত হয়েছিল। এই কাজের জন্য সিকোয়েন্সিং এবং বায়োইনফরমেটিক্স সমর্থন NIH P20GM103436 (Nigel Cooper, PI) এবং NIH P20GM106396 (ডোনাল্ড মিলার, PI) দ্বারা সরবরাহ করা হয়েছিল। এই কাজের বিষয়বস্তু শুধুমাত্র লেখকদের দায়িত্ব এবং এনআইএইচ বা ন্যাশনাল ইনস্টিটিউট ফর জেনারেল মেডিকেল সায়েন্সেস (এনআইজিএমএস) এর অফিসিয়াল মতামতের প্রতিনিধিত্ব করে না।

লেখক অবদান

AEG ডিজাইন এবং পরীক্ষা-নিরীক্ষা করে ডেটা বিশ্লেষণ করে, ফলাফল ব্যাখ্যা করে এবং পাণ্ডুলিপি লিখেছিল। আরএস, সিডি এবং এইচজি পরীক্ষামূলক নকশা, ডেটা অধিগ্রহণ এবং ডেটা বিশ্লেষণে অবদান রেখেছে। এমআরডব্লিউ, এক্সএইচ, এবং এমজেড ডেটা অধিগ্রহণ এবং উপকরণ তৈরিতে সহায়তা করে। KA এবং ECR RNA-Seq বিশ্লেষণের কম্পিউটেশনাল বিশ্লেষণ এবং ব্যাখ্যায় অবদান রেখেছে এবং JHC এবং ECR ScRNA-Seq বিশ্লেষণের কম্পিউটেশনাল বিশ্লেষণ এবং ব্যাখ্যায় অবদান রেখেছে। DT এবং CTW CyTOF ডেটা বিশ্লেষণে অবদান রেখেছে। র‌্যাম, এইচ.-জিজেড, এবং ওয়াইএল উপকরণ প্রদান করেছে এবং প্রকল্পটি পরিচালনা করেছে। RAM একটি সমালোচনামূলক পর্যালোচনা সঞ্চালিত. JY নির্দেশিত পরীক্ষামূলক নকশা এবং সামগ্রিক অধ্যয়ন, ব্যাখ্যা করা ডেটা, তত্ত্বাবধানে গবেষণা, এবং পাণ্ডুলিপি লেখা ও পর্যালোচনায় সহায়তা করেছে।

প্রতিদ্বন্দ্বী স্বার্থ

লেখক কোন প্রতিদ্বন্দ্বী স্বার্থ ঘোষণা।

অতিরিক্ত তথ্য

সম্পূরক তথ্য অনলাইন সংস্করণে https://doi.org/10.1038/s41467-022-28407-4 এ উপলব্ধ সম্পূরক উপাদান রয়েছে৷

চিঠিপত্র এবং উপকরণের জন্য অনুরোধ জুন ইয়ানকে সম্বোধন করা উচিত।

পিয়ার পর্যালোচনা তথ্য

নেচার কমিউনিকেশনস ধন্যবাদ জর্জ মিলার এবং অন্য, বেনামী, পর্যালোচক(দের) এই কাজের পিয়ার রিভিউতে তাদের অবদানের জন্য। পিয়ার রিভিউয়ার রিপোর্ট পাওয়া যায়.

পুনঃপ্রিন্ট এবং অনুমতি তথ্য http://www.nature.com/reprints এ উপলব্ধ

প্রকাশকের নোট স্প্রিংগার নেচার প্রকাশিত মানচিত্র এবং প্রাতিষ্ঠানিক অধিভুক্তিতে এখতিয়ার সংক্রান্ত দাবির বিষয়ে নিরপেক্ষ থাকে।

ওপেন অ্যাকসেস এই নিবন্ধটি ক্রিয়েটিভ কমন্স অ্যাট্রিবিউশন 4 এর অধীনে লাইসেন্সপ্রাপ্ত। (গুলি) এবং উত্স, ক্রিয়েটিভ কমন্স লাইসেন্সের একটি লিঙ্ক প্রদান করুন এবং পরিবর্তন করা হয়েছে কিনা তা নির্দেশ করুন৷

এই নিবন্ধের চিত্র বা অন্যান্য তৃতীয় পক্ষের উপাদান নিবন্ধের ক্রিয়েটিভ কমন্স লাইসেন্সে অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছে যদি না উপাদানটির ক্রেডিট লাইনে অন্যথায় নির্দেশিত হয়। যদি উপাদান নিবন্ধের ক্রিয়েটিভ কমন্স লাইসেন্সে অন্তর্ভুক্ত না হয় এবং আপনার উদ্দেশ্যযুক্ত ব্যবহার বিধিবদ্ধ প্রবিধান দ্বারা অনুমোদিত না হয় বা অনুমোদিত ব্যবহার অতিক্রম করে, তাহলে আপনাকে সরাসরি কপিরাইট ধারকের কাছ থেকে অনুমতি নিতে হবে। এই লাইসেন্সের একটি অনুলিপি দেখতে.

For more information:1950477648nn@gmail.com