মাইক্রোসেফালিক অস্টিওডিসপ্লাস্টিক প্রাইমরডিয়াল ডোয়ার্ফসম (এমওপিডি) টাইপ II এবং ছোট কিডনির সাথে যুক্ত পিসিএনটি জিনে নভেল ফ্রেমশিফ্ট ভেরিয়েন্ট

বিমূর্ত

পটভূমি:Microcephalic Osteodysplastic Primordial Dwarfsm (MOPD) Type II হল একটি অটোসোমাল রিসেসিভ অবস্থা যা একটি ভিন্নধর্মী গোষ্ঠীকে অন্তর্ভুক্ত করে যা দ্বারা চিহ্নিত করা হয়প্রতিসম বৃদ্ধি প্রতিবন্ধকতাবামনতা, মাইক্রোসেফালি, এবং সহ একাধিক চিকিৎসা জটিলতার দিকে পরিচালিত করেনিউরোভাসকুলার রোগ. বিয়ালেলিক প্যাথোজেনিক বৈকল্পিকপেরিসেন্ট্রিন জিনে (পিসিএনটি) এর প্যাথোজেনেসিসের সাথে জড়িত।

কেস উপস্থাপনা:আমরা 2 বছর এবং 6 মাস বয়সী একটি ছেলের রোগ নির্ণয় নিশ্চিত করার জন্য সম্পূর্ণ-এক্সোম সিকোয়েন্সিং করেছি যেটি উন্নতি করতে গুরুতর ব্যর্থতা, মাইক্রোসেফালি এবং এমওপিডি টাইপ II এর ফেসিয়াল জেস্টাল ইঙ্গিত দেয় যার মধ্যে বৈশিষ্ট্যগুলি অন্তর্ভুক্ত ছিল যেমনretrognathia, কানে খাটো,বড় নাক সহ বিশিষ্ট অনুনাসিক মূল, microdontia, স্পার্স মাথার ত্বকের চুল, দ্বিপাক্ষিক পঞ্চম আঙুল clinodactyly. তার একটি ছোট অস্টিয়াম সেকেন্ডাম অ্যাট্রিয়াল সেপ্টাল ত্রুটি এবং দ্বিপাক্ষিকভাবে ছোট কিডনি ছিল। মাইক্রোসেফালিক অস্টিওডিসপ্লাস্টিক প্রাইমরডিয়াল ডোয়ার্ফসম (এমওপিডি) টাইপ II পিসিএনটি জিনের একটি প্যাথোজেনিক যৌগ হেটেরোজাইগাস ফ্রেমশিফ্ট বৈকল্পিকের উপর ভিত্তি করে নিশ্চিত করা হয়েছিল।{0}}delAA|পি. Asn1687fs (নভেল ভেরিয়েন্ট) এবং c.9535dup (p. Val3179fs)। তার পিতামাতাকে বৈকল্পিকগুলির জন্য ভিন্নধর্মী বাহক হিসাবে পাওয়া গেছে।

উপসংহার:আমরা পিসিএনটি জিনে একটি অভিনব ফ্রেমশিফ্ট বৈকল্পিক এবং মাইক্রোসেফালিক অস্টিওডিসপ্লাস্টিক প্রাইমরডিয়াল ডোয়ার্ফিজম (এমওপিডি) টাইপ II-এর জন্য পূর্বে রিপোর্ট করা হয়নি এমন একটি ফিনোটাইপ রিপোর্ট করি।

CISTANCHE EXTRACT WITH 25% ECHINACOSIDE AND 9% ACTEOSIDE FOR KIDNEY

পটভূমি

Microcephalic Osteodysplastic Primordial Dwarfsm (MOPD) Type II (OMIM #210720) হল একটি ক্লিনিক্যালি ভিন্নধর্মী অবস্থার গ্রুপ যা মাইক্রোসেফালির সাথে প্রসব-পূর্ব এবং প্রসবোত্তর বৃদ্ধি প্রতিবন্ধকতা দ্বারা চিহ্নিত করা হয়। এই অবস্থা প্রথম 1982 সালে Majewski Ranke, এবং Schinzel দ্বারা বর্ণনা করা হয়েছিল [1]। প্রাইমরডিয়াল ডোয়ার্ফজম (পিডি) এর ছত্রছায়ায় বর্ণিত যা বিভিন্ন উপপ্রকার নিয়ে গঠিত: সেকেল সিনড্রোম, রাসেল সিলভার সিনড্রোম, মেয়ার-গর্লিন সিন্ড্রোম এবং মাজেউস্কি অস্টিওডিসপ্লাস্টিক প্রাইমরডিয়াল ডোয়ার্ফসম (এমওপিডি) I/III এবং III। বর্তমানে, MOPD টাইপ II সবচেয়ে সাধারণ সাবটাইপ হিসাবে পরিচিত। এটি একটি অটোসোমাল রিসেসিভ ডিসঅর্ডার হিসাবে উত্তরাধিকারসূত্রে প্রাপ্ত হয় যা পেরিসেনট্রিন (পিসিএনটি) জিনের বায়লেলিক মিউটেশনের কারণে সৃষ্ট হয় [2, 3]। এই রোগে ভুগছেন এমন ব্যক্তিদের চরিত্রগত চেহারা রয়েছে যার মধ্যে রয়েছে একটি বিশিষ্ট নাক এবং অসামঞ্জস্যপূর্ণ বৈশিষ্ট্য, কঙ্কালের ডিসপ্লাসিয়া, প্রতিবন্ধী বৃদ্ধি প্রসব-পরবর্তী সময় ধরে স্থির থাকা এবং প্রাপ্ত বয়স্কদের আকার স্থবির হয়ে যাওয়া (বয়ঃসন্ধি পরবর্তী গড় উচ্চতা 40 সেমি এবং প্রাপ্তবয়স্কদের উচ্চতা 100 সেন্টিমিটারের নিচে। ), অস্বাভাবিক ডেন্টিশন এবং ইনসুলিন প্রতিরোধের [4, 5]। নেক্সট জেনারেশন সিকোয়েন্সিং-এর মতো উচ্চ থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং প্রযুক্তির বর্ধিত অ্যাক্সেসযোগ্যতার কারণে এই রোগীদের যত্ন নেওয়া এখন উন্নত হয়েছে। তাদের অর্থোপেডিক প্রকাশ, ইনসুলিন প্রতিরোধ, হেমাটোলজিকাল অস্বাভাবিকতা এবং সিস্টেমিক হাইপারটেনশন এবং রেনাল জটিলতা সহ নিউরোভাসকুলার রোগগুলির প্রতি সংবেদনশীলতা মোকাবেলার জন্য আরও সক্রিয় পদ্ধতি গ্রহণ করা যেতে পারে। এইভাবে, সেরিব্রোভাসকুলার রোগ এবং বৃদ্ধি পর্যবেক্ষণ [2, 6] প্রতিরোধ করতে তাদের নিয়মিত স্ক্রীনিং করতে উত্সাহিত করা উচিত। যদিও MOPD টাইপ II গড়ের তুলনায় ছোট মস্তিষ্কের আকারের সাথে যুক্ত, তাদের আইকিউ স্বাভাবিকের কাছাকাছি [7]। ক্রোমোজোম 21q22.3-এ অবস্থিত পেরিসেন্ট্রিন (PCNT) জিনটি মাইটোটিক স্পিন্ডল গঠন এবং ক্রোমোসোমাল বিভাজন [8] এর সাথে জড়িত। এই জিন দ্বারা এনকোড করা পেরিসেন্ট্রিন প্রোটিন (~370 kD) হল একটি অ্যাঙ্করিং প্রোটিন যা সেন্ট্রোসোমে প্রকাশিত ক্যালমোডুলিনের সাথে আবদ্ধ হয়। উপরন্তু, এটি একটি কোষ চক্র নিয়ন্ত্রক। প্রোটিন অত্যন্ত সংরক্ষিত কয়েলড-কয়েল ডোমেনের একটি সিরিজ নিয়ে গঠিত। এই পর্যন্ত 41টি প্যাথোজেনিক রূপ এবং 3টি সম্ভাব্য প্যাথোজেনিক রূপগুলি ক্লিনভারে রিপোর্ট করা হয়েছে [9]। এই গবেষণায়, আমরা PCNT জিন c.9535dup (p. Val3179fs), c5059_5060delAA (p. Asn1687fs) এর একটি অভিনব যৌগ হেটেরোজাইগাস বৈকল্পিক বর্ণনা করি যা শ্রীলঙ্কান বংশোদ্ভূত একটি শিশুর মধ্যে একটি নতুন ফিনোটাইপের জন্ম দেয়৷

কেস উপস্থাপনা

প্রোব্যান্ড 2 বছর 6 মাস বয়সী পুরুষ। তিনি শ্রীলঙ্কান বংশোদ্ভূত সুস্থ অসংলগ্ন পিতামাতার একমাত্র সন্তান। গুরুতর অলিগোহাইড্রামনিওস এবং চিহ্নিত ভ্রূণের বৃদ্ধি সীমাবদ্ধতার কারণে জরুরী নিম্ন অংশের সিজারিয়ান সেকশনের মাধ্যমে গর্ভাবস্থার 35 সপ্তাহে তার মায়ের বয়স যখন 24 বছর তখন তার প্রসব হয়েছিল। এই গর্ভাবস্থার আগে প্রসবপূর্ব রক্তপাত, ভ্রূণ হ্রাস বা গর্ভপাতের কোনো ইতিহাস ছিল না। 1 মিনিট এবং 5 মিনিটে তার অ্যাপগার স্কোর ছিল যথাক্রমে 8 এবং 10। জন্মের সময়, তার নৃতাত্ত্বিক পরামিতিগুলি নিম্নরূপ ছিল; জন্মের ওজন-1080 গ্রাম, জন্মের দৈর্ঘ্য-30 সেমি, এবং অক্সিপিটোফ্রন্টাল পরিধি-24 সেমি। স্ট্যান্ডার্ড WHO গ্রোথ চার্টে সমস্ত পরামিতি ভালো ছিল—3SD-এর নিচে। খুব কম জন্ম ওজনের কারণে জীবনের ১ম সপ্তাহে তাকে স্পেশাল কেয়ার বেবি ইউনিটে ভর্তি করা হয়েছিল। জন্ম থেকে 6 মাস পর্যন্ত, তাকে দুর্বল ওজন বৃদ্ধির জন্য ব্যাপকভাবে মূল্যায়ন করা হয়েছিল। সমস্ত রেকর্ড করা জৈব রাসায়নিক তদন্ত স্বাভাবিক সীমার মধ্যে ছিল। যাইহোক, আর্থিক সীমাবদ্ধতার কারণে বৃদ্ধি সম্পর্কিত অন্তঃস্রাবী মূল্যায়ন করা হয়নি। তার বর্তমান বৃদ্ধির পরামিতিগুলি চিত্র 1A-C-এ দেখানো হয়েছে যা 3SD-এর নীচেও রয়েছে। তার বিকাশের মাইলফলকগুলি জন্মের পর থেকেই বয়স-উপযুক্ত ছিল এবং কোনও খাদ্য অসহিষ্ণুতা, বিপাকীয় বা ম্যালাবসর্পশন সিন্ড্রোমের ইঙ্গিত করে এমন কোনও লক্ষণ নেই। সর্বোত্তম ক্যালোরি গ্রহণ সত্ত্বেও, তার বৃদ্ধির গতি স্থির থাকে। পরীক্ষায়, নিম্নলিখিত dysmorphisms retrognathia, ছোট কান, একটি বড় নাক সঙ্গে বিশিষ্ট অনুনাসিক মূল, microdontia, এবং স্কাল্প চুল (চিত্র 2A, B) লক্ষ করা গেছে। তার একটি বৈশিষ্ট্যযুক্ত উচ্চ-পিচ কণ্ঠও রয়েছে। হাইপোপিগমেন্টেড প্যাচগুলি উপরের অঙ্গগুলিতে উল্লেখ করা হয়েছিল, তবে তারা ব্লাসকো লাইনগুলি অনুসরণ করেনি। অঙ্গ পরীক্ষা দ্বিপাক্ষিক পঞ্চম আঙুল ক্লিনোড্যাক্টিলি প্রকাশ করেছে। অন্যান্য সিস্টেম স্ক্রীনিং এর সময়, ইকোকার্ডিওগ্রাফি একটি ছোট অস্টিয়াম সেকেন্ডাম অ্যাট্রিয়াল সেপ্টাল ত্রুটি প্রকাশ করে। পেটের একটি আল্ট্রাসাউন্ড স্ক্যান থেকে জানা যায় যে প্রোব্যান্ডটি লক্ষণীয়ভাবে ছোট সাধারণভাবে কার্যকারী কিডনি ছিল। তার ডান এবং বাম কিডনি যথাক্রমে 4.5 সেমি এবং 3.8 সেমি পরিমাপ করেছে। স্বাভাবিক পরিসীমা ডান কিডনির জন্য 7.1 (6.8–7.4) সেমি এবং বাম কিডনির জন্য 7.0 (6.7–7.2) সেমি [9]। অতএব, বয়স অনুযায়ী কিডনির দৈর্ঘ্য সেমিতে প্রোব্যান্ড কিডনি ১ম পার্সেন্টাইলের নিচে। হিপ রেডিও গ্রাফটি একটি চর্বিযুক্ত অ্যাসিটাবুলাম সহ একটি খারাপভাবে গঠিত সরু পেলভিস দেখায়।

CISTANCHE EXTRACT WITH 25% ECHINACOSIDE AND 9% ACTEOSIDE FOR KIDNEY

সম্পূর্ণ এক্সোম সিকোয়েন্সিং এবং বায়োইনফরম্যাটিক বিশ্লেষণ

সম্পূর্ণ এক্সোম সিকোয়েন্সিং করার আগে আমরা কলম্বো বিশ্ববিদ্যালয়ের মেডিসিন বিশ্ববিদ্যালয়ের এথিক্স রিভিউ কমিটি দ্বারা অনুমোদিত একটি প্রোটোকলের অধীনে প্রোব্যান্ডের পিতামাতার কাছ থেকে লিখিত অবহিত সম্মতি পেয়েছি। প্রস্তুতকারকের প্রোটোকল অনুসারে QIAamp DNA মিনি কিট ব্যবহার করে রক্তের লিউকোসাইট থেকে জিনোমিক ডিএনএ নিষ্কাশন করা হয়েছিল। সিওর সিলেক্টএক্সটি® হিউম্যান(মাউস) অল এক্সন ভি6 5190-886 কিটটি পুরো এক্সোম সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য ইলুমিনা® নোভাসেক® 6000 নেক্সট জেনারেশন সিকোয়েন্সারে ব্যবহৃত হয়েছিল। উৎপন্ন ডেটা বিশ্লেষণ করতে একটি ইন-হাউস বায়োইনফরমেটিক্স পাইপলাইন ব্যবহার করা হয়েছিল। GrCh37 হিউম্যান রেফারেন্স জিনোমে পেয়ারড-এন্ড সিকোয়েন্সিং ডেটা সারিবদ্ধ করা এবং ভেরিয়েন্ট কলিং BWA-মেম অ্যালগরিদম এবং জিনোম অ্যানালাইসিস টুল কিট (GATK) ব্যবহার করে সম্পাদিত হয়েছিল। রেফসেক, ক্লিনিকাল, এবং জনসংখ্যা ফ্রিকোয়েন্সি ডেটাবেসের সাহায্যে SNP-ef ব্যবহার করে জেনারেট করা ভেরিয়েন্ট কলিং ফরম্যাট ফাইলের টীকা করা হয়েছিল। দশটি একটি ভার্চুয়াল জিন প্যানেল যা জিন নিয়ে গঠিত যা কঙ্কালের ডিসপ্লাসিয়া (সারণী 1) এর কারণ হিসাবে পরিচিত ছিল তা প্রোব্যান্ডের ফেনোটাইপের সাথে প্রাসঙ্গিক রূপগুলিকে ফিল্টার করতে ব্যবহৃত হয়েছিল। স্ট্যান্ডার্ড ACMG নির্দেশিকা অনুসারে (https://www.acgs.uk.com/media/ 11631/uk-practice-guidelines-for-variant-classifcation v4-01-2020.pdf), সৌম্য ভেরিয়েন্টগুলি ফিল্টার করা হয়েছে৷ সিলিকোতে কার্যকরী ভবিষ্যদ্বাণী সরঞ্জামগুলি (মিউটেশন টেস্টার, এসআইএফটি, পলিফেন 2 এবং প্রোভেন) সনাক্ত করা রূপগুলির কার্যকরী তাত্পর্য ভবিষ্যদ্বাণী করতে ব্যবহৃত হয়েছিল। প্রোটিন কাঠামোর উপর কার্যকরী প্রভাব এবং আবাসিক অঞ্চলের সংরক্ষণগুলি বৈকল্পিকগুলি আরও যাচাই করার জন্য ব্যবহার করা হয়েছিল। পরিস্রাবণের পরে, ফলাফলগুলি PCNT জিনের মধ্যে একটি প্যাথোজেনিক যৌগ হেটেরোজাইগাস ফ্রেমশিফ্ট বৈকল্পিক প্রকাশ করে৷{15}}delAA|পি. Asn1687fs (নভেল ভেরিয়েন্ট) এবং c.9535dup (p. Val3179fs)। তার বাবা-মাকে স্ক্রীনিং করার সময়, তার মা এবং বাবা ভিন্ন ভিন্ন ভিন্ন (চিত্র 3) জন্য পাওয়া গেছে।

ইন-সিলিকো বিশ্লেষণ

বর্তমান কেসের জিনোমিক বিশ্লেষণের জন্য, হোমো স্যাপিয়েন্স পেরিসেন্টরিন বি (পিসিএনটি২) এমআরএনএর ফাস্টা সিকোয়েন্স, জেনব্যাঙ্ক আইডি সহ সম্পূর্ণ সিডি: 10020 bp-এর AF515282.1 NCBI নিউক্লিওটাইড ডাটাবেস থেকে ডাউনলোড করা হয়েছে (https://www.ncbi. nlm.nih.gov/nuccore/ AF515282)। ওয়াইল্ড-টাইপ সিকোয়েন্সে, সিডিএনএ পজিশন 5059 এবং 5060 এ দুটি অ্যাডেনাইন নিউক্লিওটাইড ছিল। এই নিউক্লিওটাইড পেয়ারের ম্যানুয়াল ডিলিট করা হয়েছিল প্রোব্যান্ড সি5059_5060ডেলএএ-এর সাথে সম্পর্কিত বৈকল্পিক তৈরি করতে। কোডিং অ্যামিনো অ্যাসিডের পার্থক্যগুলি মূল্যায়ন করতে উভয় mRNA ক্রমগুলি ORF টুলে জমা দেওয়া হয়েছিল। রিডিং ফ্রেমে পরিবর্তনের কারণে আমরা অ্যামিনো অ্যাসিডের ক্রম পরিবর্তন লক্ষ্য করেছি। এইভাবে, 1687 তম অবস্থানে পরিবর্তিত প্রোটিনে অ্যামিনো অ্যাসিড অ্যাসপারাজিন "এন" গ্লুটামিন "কিউ" দ্বারা প্রতিস্থাপিত হয়েছিল। তদ্ব্যতীত, প্রাথমিক অ্যামিনো অ্যাসিড পরিবর্তনের পরে 10 টি ট্রিপলেট কোডন পরবর্তী TGA (অর্থাৎ, সমাপ্তি কোডন) এর উপস্থিতি ছিল। এর ফলে প্রোটিন সংশ্লেষণের অকাল সমাপ্তি ঘটে। আপনি বন্য ধরণের প্রোটিনের FASTA সিকোয়েন্স ডাউনলোড করেছেন (UniProtKB ID-O95613, PCNT_HUMAN) এ 3336 অ্যামিনো অ্যাসিড অবশিষ্টাংশ ছিল এবং SPDBV অফাইন সফ্টওয়্যার ব্যবহার করে 3D মডেলিং করা হয়েছিল৷ বন্য প্রকার এবং পরিবর্তিত PCNT এর মডেলিং 1JQN কে একটি টেমপ্লেট কাঠামো হিসাবে গ্রহণ করে হোমোলজি পদ্ধতির মাধ্যমে করা হয়েছিল। দুটি প্রোটিনের 3D মডেল অনুসারে, অ্যামিনো অ্যাসিডের সংখ্যা ছিল যথাক্রমে 643 এবং 615। আমরা নন-গ্লাইসিন এবং নন-প্রোলাইন অবশিষ্টাংশের সংখ্যা তুলনা করেছি যা যথাক্রমে 600 এবং 576 ছিল। এটাও দেখা গেছে যে পরিবর্তিত প্রোটিনে একটি অ্যামিনো অ্যাসিড পাওয়া গেছে অস্বীকৃত অঞ্চলে এইভাবে একটি অস্থির তৃতীয় কাঠামোতে অবদান রাখে (চিত্র 4)। এই গহ্বরগুলির চারপাশে পরিবর্তিত অ্যামিনো অ্যাসিড কনফিগারেশনের সাথে মিউট্যান্ট প্রোটিনে বন্য প্রকারের 4টি থেকে 5টিতে গহ্বরের সংখ্যা বৃদ্ধি পেয়েছে (চিত্র 5)।

CISTANCHE EXTRACT WITH 25% ECHINACOSIDE AND 9% ACTEOSIDE FOR KIDNEY