নেটওয়ার্ক ফার্মাকোলজি এবং আণবিক ডকিং এর উপর ভিত্তি করে অস্টিওপোরোসিসের চিকিৎসায় হার্বা সিস্টাঞ্চেস-এপিমিডিয়াম হার্ব-ফর্চুনের ড্রাইনারিয়া রাইজোমের প্রক্রিয়া

বিমূর্ত:

উদ্দেশ্য হার্বা পদ্ধতি অধ্যয়ন গistanches -epimedium herb -fortune's drynaria rhizome on osteoporosisনেটওয়ার্ক ফার্মাকোলজি দ্বারা।

পদ্ধতিগুলি ঐতিহ্যগত চীনা মেডিসিন সিস্টেম ফার্মাকোলজি ডেটাবেস এবং বিশ্লেষণ প্ল্যাটফর্ম (TCMSP) এর প্রধান উপাদান এবং লক্ষ্যগুলি খুঁজে পেতে ব্যবহৃত হয়েছিলherba cistanches-epimediumherb-fortune's drynaria rhizome, এবং জিন কার্ডের ডাটাবেস অস্টিওপোরোসিসের লক্ষ্য জিনগুলি খুঁজে পেতে ব্যবহৃত হয়েছিল। Venny2.1।{2}} ব্যবহার করা হয়েছিল জিনের ছেদ নিতে, স্ট্রিং ডাটাবেস প্রোটিন মিথস্ক্রিয়ার জন্য ব্যবহার করা হয়েছিলনেটওয়ার্ক বিশ্লেষণ, সাইটোস্কেপ অ্যাক্টিভিটি-কম্পোনেন্ট-টার্গেট নেটওয়ার্ক ডায়াগ্রাম তৈরি করতে ব্যবহার করা হয়েছিল, ডেভিড ডাটাবেস GO সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণের জন্য ব্যবহার করা হয়েছিল, এবং KEGG পাথওয়ে বিশ্লেষণ, এবং আণবিক ডকিং করা হয়েছিল।

ফলাফল হার্বাতে 46টি কার্যকরী উপাদান ছিলসি-স্ট্যাঞ্চেস-এপিমিডিয়ামভেষজ-ভাগ্যের ড্রাইনারিয়া রাইজোম এবং 225 সাধারণ লক্ষ্যবস্তুঅস্টিওপরোসিস. যেমনিলাকটোন, Qurcetin, luteolin, kaempferol, eriodictyol, eriodyctiol, এবং naringenin ছিল মূল উপাদান, AKT1, ERS2, MMP-9, AR, এবং mTOR ছিল মূল লক্ষ্য। GO সমৃদ্ধকরণ 489টি জৈবিক প্রক্রিয়া (BP), 53টি সেলুলার উপাদান (CC), এবং 100টি আণবিক ফাংশন (MF) দেখিয়েছে। KEGG-এর ফলাফলে দেখা গেছে যে 149টি ক্যান্সারের পথ, PI3K-Akt সিগন্যালিং পাথওয়ে, ইস্ট্রোজেন সিগন্যালিং পাথওয়ে ইত্যাদি পাওয়া গেছে। আণবিক ডকিংয়ের ফলাফলগুলি দেখায় যে MMP -9 সুচিল্যাকটোন, কোয়ারসেটিন, লুটিওলিন এবং কেমফেরলের সাথে ভালভাবে আবদ্ধ হতে পারে।

 HERBA CISTANCHE-এপিমিডিয়াম কাঁচামাল বিক্রয়ের জন্য

উপসংহারHerba cistanches-epimedium herb-fortune'sড্রাইনরিয়া রাইজোমের উপর একটি বহু-লক্ষ্য প্রভাব রয়েছেঅস্টিওপরোসিস. ওষুধের কার্যকরী উপাদানগুলি নিয়ন্ত্রণ করতে পারেঅস্টিওপরোসিস-সম্পর্কিত লক্ষ্যঅস্টিওপরোসিসের চিকিৎসার একাধিক পথ থেকে।

কীওয়ার্ড: হার্বা সিস্টাঞ্চ; এপিমিডিয়াম ভেষজ; ফরচুনের ড্রাইনারিয়া রাইজোম; নেটওয়ার্ক ফার্মাকোলজি; আণবিক ডকিং; কর্মের প্রক্রিয়া

অস্টিওপোরোসিস (OP)একটিবিপাকীয় হাড়ের রোগসিস্টেমিক হাড় ক্ষয় এবং এর ভারসাম্যহীনতা দ্বারা চিহ্নিতঅস্টিওব্লাস্টএবং অস্টিওক্লাস্ট।

ক্লিনিকাল প্রকাশ হয়হাড়ের ঘনত্ব হ্রাস,হাড়ের ভঙ্গুরতা বৃদ্ধি, এবং সহজ ফ্র্যাকচার। বয়সের সাথে OP এর ঘটনা উল্লেখযোগ্যভাবে বৃদ্ধি পায়। গবেষণায় দেখা গেছে যে 50 বছরের কম বয়সী লোকেদের মধ্যে OP-এর ঘটনার হার 15% থেকে 50%, যখন 60 বছরের বেশি বয়সী, ঘটনার হার 56%-এর বেশি হয়। ওপি দ্বারা সৃষ্ট বিভিন্ন ক্লিনিকাল লক্ষণগুলি বয়স্কদের সুস্থ জীবনকে মারাত্মকভাবে প্রভাবিত করেছে।

আধুনিক ওষুধের এখনও কিছু সীমাবদ্ধতা রয়েছেওপির চিকিৎসা করা, এবংসিন্থেটিক ওষুধএছাড়াও নির্দিষ্ট আছেনেফ্রোটক্সিসিটি. এপিমিডিয়াম, সিস্টানচে এবং অন্যান্য চীনা ভেষজ ওষুধ সহ ওপির মতো রোগের চিকিৎসায় ঐতিহ্যগত চীনা ওষুধ ক্রমবর্ধমান গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে। তাদের মধ্যে, রেহমাননিয়া গ্লুটিনোসার নির্দিষ্ট ক্যানাবিনয়েড টাইপ 2 রিসেপ্টর (CB2R) অ্যাগোনিস্টিক কার্যকলাপ রয়েছে এবং CB2R এর মাধ্যমে নিয়ন্ত্রিত হতে পারে। অস্টিওব্লাস্ট এবং অস্টিওক্লাস্টের কাজগুলি [1]। Epimedium এবং Cistanche deserticola কিডনিকে টোনিফাই করার এবং সারাংশ পূরণ করার প্রভাব রাখে এবং প্রায়শই OP এর চিকিৎসার জন্য অন্যান্য ভেষজ ওষুধের সাথে সংমিশ্রণে ব্যবহৃত হয়। এই গবেষণা ব্যবহার করেনেটওয়ার্ক ফার্মাকোলজিসম্ভাব্য লক্ষ্যগুলি অন্বেষণ করার পদ্ধতিCistanche deserticola-Epimedium-DrynariaeOP-এর চিকিত্সার জন্য, এবং এর পথ, পথ, অণু ইত্যাদি ব্যাখ্যা করে, যা OP-তে কাজ করে, ক্লিনিকে OP থেরাপিউটিক ওষুধের আরও বিকাশের লক্ষ্যে। নতুন ধারণা প্রদান.

1 উপাদান এবং পদ্ধতি

1.1 ডেটা উত্স

এই গবেষণায় জড়িত নেটওয়ার্ক ফার্মাকোলজি ডেটাবেস এবং সফ্টওয়্যারগুলির মধ্যে রয়েছে TCMSP ডাটাবেস (https://old.tcmsp-e.com/), Pubchem ডাটাবেস (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov), সুইস টার্গেট প্রেডিকশন ডাটাবেস (http://swisstarget-prediction.ch/), Venny2 (https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html), মেটাস্কেপ (https://metascape.org), এবং সাইটোস্কেপ v3 .9।{5}} সফ্টওয়্যার (https://cytoscape.org/)।

 HERBA CISTANCHE-এপিমিডিয়াম কাঁচামাল বিক্রয়ের জন্য

1.2 পদ্ধতি

1.2.1 সক্রিয় উপাদান এবং ওষুধের লক্ষ্য স্ক্রীনিং

চাইনিজ মেডিসিন সিস্টেম ফার্মাকোলজি ডাটাবেস এবং অ্যানালাইসিস প্ল্যাটফর্মের TCMSP ডাটাবেস ড্রাইনারিয়া, এপিমিডিয়াম এবং সিস্তানচে ডেসার্টিকোলা কীওয়ার্ড দিয়ে ওষুধের উপাদান অনুসন্ধান করতে ব্যবহৃত হয়েছিল। ওষুধের প্রধান উপাদানগুলি মৌখিক জৈব উপলভ্যতা (OB) 30% এর চেয়ে বেশি বা সমান এবং যৌগ-সদৃশ ওষুধের সম্পত্তি (DL) মান 0.18 এর চেয়ে বেশি বা সমান শর্তগুলির সাথে স্ক্রীন করা হয়েছিল। PubChem ডাটাবেস এবং সুইস টার্গেট প্রেডিকশন ডাটাবেসের উপর ভিত্তি করে প্রতিটি উপাদানের সাথে সম্পর্কিত লক্ষ্যগুলি পাওয়া গেছে। অস্টিওপোরোসিস বিষয় শব্দ হিসাবে জিন কার্ড ডাটাবেসের উপর ভিত্তি করে রোগের লক্ষ্যগুলি পুনরুদ্ধার করা হয়েছিল।

1.2.2 PPI নেটওয়ার্ক নির্মাণ এবং মূল লক্ষ্য স্ক্রীনিং

রোগের টার্গেট এবং ড্রাগ টার্গেটের ইন্টারসেকশন জিনগুলি Venny2.1 ব্যবহার করে প্রাপ্ত করা হয়েছিল৷{2}}, এবং PPI নেটওয়ার্ক ডায়াগ্রামটি স্ট্রিং সফ্টওয়্যার ব্যবহার করে তৈরি করা হয়েছিল৷ PPI নেটওয়ার্ক ডায়াগ্রামটি Cytoscapev3.9 এ আমদানি করা হয়েছে। 1.2.3 GO সমৃদ্ধকরণ এবং KEGG পাথওয়ে বিশ্লেষণ OP এর চিকিৎসায় Cistanche deserticola, Epimedium এবং Drynariae-এর ভূমিকা অন্বেষণ করার জন্য, মূল লক্ষ্যগুলি ডেভিড ডাটাবেসে প্রবেশ করানো হয়েছিল, এবং প্রজাতিগুলি জিও জিনের জন্য "হোমো সেপিয়েন্স" এর মধ্যে সীমাবদ্ধ ছিল। সমৃদ্ধকরণ এবং কেইজিজি পাথওয়ে বিশ্লেষণ। কোষের গঠন (CC), জৈবিক প্রক্রিয়া (BP), আণবিক ফাংশন (MF), এবং KEGG-এর মতো উল্লেখযোগ্যভাবে সমৃদ্ধ আইটেমগুলি ভিজ্যুয়াল বিশ্লেষণের জন্য মাইক্রোবায়োলজি তথ্যে স্ক্রীন করা হয়েছিল এবং আমদানি করা হয়েছিল।

1.2.4 আণবিক ডকিং মূল লক্ষ্যের রাসায়নিক কাঠামো PDB ডাটাবেসের উপর ভিত্তি করে ডাউনলোড করা হয়েছিল এবং PDB বিন্যাসে সংরক্ষিত হয়েছিল। PubChem ডাটাবেস ব্যবহার করে মূল উপাদানটির 3D কাঠামো ডাউনলোড করা হয়েছিল। পাইমল সফ্টওয়্যারটি জল এবং ছোট অণু লিগ্যান্ডগুলি অপসারণ করতে ব্যবহৃত হয়েছিল। অটোডক সফ্টওয়্যারটি আণবিক ডকিংয়ের জন্য ব্যবহৃত হয়েছিল এবং বাঁধাই শক্তি গণনা করা হয়েছিল।

2 ফলাফল

2.1 ওষুধের সক্রিয় উপাদান-লক্ষ্য এবং রোগের লক্ষ্য

TCMSP ডাটাবেসের মাধ্যমে মোট 46টি সক্রিয় উপাদান পাওয়া গেছে, যার মধ্যে Epimedium-এর 22টি প্রধান উপাদান, ড্রাইনারিয়া ফরচুনের 18টি সক্রিয় উপাদান এবং Cistanche deserticola-এর 6টি সক্রিয় উপাদান রয়েছে, যেমনটি সারণী 1 এ দেখানো হয়েছে।

2.2 ওষুধের লক্ষ্য এবং রোগের লক্ষ্যগুলির ছেদ ভেনি সফ্টওয়্যার ব্যবহার করে প্রাপ্ত জিনের ছেদ

মোট 225টি জিন রয়েছে, যেমন চিত্র 1-এ দেখানো হয়েছে। তাদের মধ্যে 274টি ওষুধের লক্ষ্য এবং 3093টি রোগের লক্ষ্য রয়েছে।

2.3 PPI নেটওয়ার্ক নির্মাণ এবং বিশ্লেষণ

প্রোটিন নেটওয়ার্ক স্ট্রিং ডাটাবেসের মাধ্যমে প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল এবং কোর টার্গেট স্ক্রীনিং দ্বারা কোর টার্গেট নেটওয়ার্ক প্রাপ্ত হয়েছিল।

চিত্র 2 এ দেখানো হয়েছে, 51 নোড এবং 704 মিথস্ক্রিয়া প্রাপ্ত হয়েছিল। ডিগ্রী মান অনুসারে শীর্ষ 5 টার্গেট হল MAPK3, AKT1, TNF, EGFR এবং SRC।

2.4 ওষুধ-উপাদান-লক্ষ্য-রোগ নেটওয়ার্ক নির্মাণ

ওষুধ-উপাদান লক্ষ্য-রোগের লক্ষ্য সাইটোস্কেপ সফ্টওয়্যারে আমদানি করা হয়েছিল, এবং একটি নেটওয়ার্ক ডায়াগ্রাম তৈরি করতে ডেটা বিশ্লেষণ করা হয়েছিল (চিত্র 3 দেখুন)। তাদের মধ্যে, প্রধান উপাদানগুলির নোডের সংখ্যা যেমন MOL005384 (suchilactone), MOL000098 (quercetin), MOL000006 (luteolin), MOL000422 (kaempferol), MOL005190 (eriodictyol), MOL002914 () এবং MOL002914 () এবং 2914 () উল্লেখযোগ্যভাবে। অন্যান্য উপাদানের তুলনায় বেশি। প্রধান লক্ষ্যগুলি হল AKT1, ERS2, MMP-9, AR, mTOR, ইত্যাদি।

2.5 GO সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণ এবং KEGG পাথওয়ে বিশ্লেষণ

51টি মূল লক্ষ্যে GO সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণ করা হয়েছিল এবং বিশ্লেষণের ফলাফলগুলি 489 BPs, 53 CCs, এবং 100 MFs পেয়েছে। প্রতিটি তুলনার প্রথম 15টি আইটেম একটি GO সমৃদ্ধকরণ মানচিত্র তৈরি করতে ব্যবহার করা হয়েছিল, যেটিতে RNA পলিমারেজ II প্রোমোটার ট্রান্সক্রিপশনের ইতিবাচক নিয়ন্ত্রণ জৈবিক প্রক্রিয়া, অ্যাপোপটোসিসের নেতিবাচক নিয়ন্ত্রণ, ম্যাক্রোমোলিকুলার জটিল কোষের উপাদান, মাইটোকন্ড্রিয়াল কোষের উপাদান, প্রোটিন কাইনেজ বাইন্ডিং আণবিক ফাংশন, এবং আরএনএ পলিমারেজ II কোর প্রোমোটার প্রক্সিমাল অঞ্চলের ক্রম-নির্দিষ্ট ডিএনএ বাইন্ডিং আণবিক ফাংশন, যেমন চিত্র 4-এ দেখানো হয়েছে।

KEGG ফলাফলগুলি দেখায় যে ক্যান্সার পাথওয়ে, PI3K-Akt সিগন্যালিং পাথওয়ে, ইস্ট্রোজেন সিগন্যালিং পাথওয়ে, HIF-1 সিগন্যালিং পাথওয়ে, ইত্যাদি সহ 149টি সিগন্যালিং পাথওয়ে পাওয়া গেছে। একটি কেইজিজি বিশ্লেষণ করার জন্য শীর্ষ 20টি পথ ব্যবহার করা হয়েছিল (দেখুন চিত্র 5)।