বিমূর্ত

পারকিনসন্স ডিজিজ (PD) একটি প্রগতিশীল নিউরোডিজেনারেটিভ মুভমেন্ট-ডিসঅর্ডারের প্রতিনিধিত্ব করে যার র‌্যাডিকাল নিরাময়কারী থেরাপির অভাব রয়েছে। ভেষজ জোড়া নিয়ে গঠিতCistanche deserticolaএবংঅ্যাঞ্জেলিকা সাইনেনসিসএটি একটি সুপরিচিত ঐতিহ্যবাহী চীনা ওষুধ (TCM) সংমিশ্রণ যা PD-সম্পর্কিত ক্লিনিকাল লক্ষণগুলি উপশম করার জন্য রিপোর্ট করা হয়েছে। এই গবেষণাটি নেটওয়ার্ক-ফার্মাকোলজি ওয়ার্কফ্লো এবং ডিপ-লার্নিং ভবিষ্যদ্বাণী মডেলকে সমন্বিত করে পিডি-র বিরুদ্ধে এই ভেষজ জোড়ার প্রার্থীর থেরাপিউটিক লক্ষ্য এবং সুপ্ত আণবিক প্রক্রিয়া উন্মোচন করতে।

এর সক্রিয় রাসায়নিক উপাদানCistanche deserticola-Angelica sinensisTCMSP ডাটাবেসের মাধ্যমে পুনরুদ্ধার এবং ফিল্টার করা হয়েছিল। PubChem ডাটাবেস যৌগিক কাঠামোগত তথ্য সরবরাহ করেছে। ছেদ বিশ্লেষণ ড্রাগ-সম্পর্কিত লক্ষ্য এবং PD-রোগ-সম্পর্কিত জিনের মধ্যে 131টি ভাগ করা জিন চিহ্নিত করেছে। এই ওভারল্যাপিং জিনগুলির জন্য GO কার্যকরী সমৃদ্ধকরণ এবং KEGG পথ সমৃদ্ধকরণ সম্পাদিত হয়েছিল। ডিপপারপাস ডিপ-লার্নিং টুলকিটে এমবেড করা প্রাক-প্রশিক্ষিত CNN_CNN_BindingDB মডেলটি প্রতিনিধি ফাইটোকেমিক্যাল এবং হাব টার্গেট প্রোটিনের মধ্যে আণবিক-প্রোটিন বাইন্ডিং সখ্যতা পরিমাণগতভাবে ভবিষ্যদ্বাণী করার জন্য স্থাপন করা হয়েছিল।

কার্যকরী সমৃদ্ধি আউটপুটগুলি প্রমাণ করেছে যে এই ভেষজ মিশ্রণটি বহিরাগত-উদ্দীপনা প্রতিক্রিয়া, সংক্রামক-সম্পর্কিত পথ, লিপোপলিস্যাকারাইড প্রতিক্রিয়া এবং প্রতিক্রিয়াশীল-অক্সিজেন-প্রজাতির চাপ প্রতিক্রিয়া সহ জৈবিক প্রতিক্রিয়াগুলির মাধ্যমে PD রোগগত অগ্রগতিতে হস্তক্ষেপ করে। প্রভাবশালী KEGG সিগন্যালিং পাথওয়েগুলি রাসায়নিক-কারসিনোজেনেসিস-রিসেপ্টর-অ্যাক্টিভেশন পথের পাশাপাশি AGE-RAGE সিগন্যালিং ক্যাসকেডকে আচ্ছাদিত করে। গভীর-লার্নিং অ্যাফিনিটি ভবিষ্যদ্বাণী প্রধান বায়োঅ্যাকটিভ উপাদান (-সিটোস্টেরল, কোয়ারসেটিন, অ্যারাকিডোনেট এবং অন্যান্য ফাইটোকেমিক্যালস) এবং কোর পিডি-সম্পর্কিত হাব প্রোটিন (HIF1A, TP53, MYC, MAPK1, এফআরইজিএএসটি, এফআরইজিএএসটি, এফআরইজি 1, এফআরইজি 1, এফআরইজি 9, এফআরইজি 1, এফআরইজি 9, এমওয়াইসি) CCND1, AKT1)।

সম্মিলিতভাবে,Cistanche deserticola-Angelica sinensisভেষজ জোড়া পিডি হস্তক্ষেপের জন্য বহু-উপাদান, বহু-লক্ষ্য ফার্মাকোলজিক্যাল প্রভাব প্রয়োগ করে। এর সক্রিয় পদার্থগুলি অটোফ্যাজি, সেলুলার অ্যাপোপটোসিস, অক্সিডেটিভ-স্ট্রেস হোমিওস্টেসিস এবং নিউরোইনফ্ল্যামেটরি প্রতিক্রিয়াগুলিকে সংশোধন করে। এই গণনামূলক অধ্যয়ন টিসিএম ভেষজ সংমিশ্রণ থেকে প্রাপ্ত পরবর্তী পরীক্ষামূলক বৈধতা এবং অ্যান্টি-পিডি ড্রাগ স্ক্রীনিংয়ের জন্য প্রাথমিক তাত্ত্বিক প্রমাণ এবং রেফারেন্স সংস্থান সরবরাহ করে।

কীওয়ার্ড: পারকিনসন রোগ; নেটওয়ার্ক ফার্মাকোলজি; গভীর-শিক্ষা;Cistanche deserticola; অ্যাঞ্জেলিকা সাইনেনসিস; ভেষজ জোড়া; neuroprotection; লক্ষ্য ভবিষ্যদ্বাণী

1. ভূমিকা

পারকিনসন্স ডিজিজ (PD) একটি অক্ষম দীর্ঘস্থায়ী নিউরোডিজেনারেটিভ ডিসঅর্ডার যা নিগ্রোস্ট্রিয়াটাল ডোপামিনার্জিক নিউরনের প্রগতিশীল অবক্ষয় দ্বারা চিহ্নিত করা হয়। সাধারণ ক্লিনিকাল প্রকাশের মধ্যে রয়েছে বিশ্রামের কাঁপুনি, পেশীর দৃঢ়তা, অঙ্গবিন্যাস অস্থিরতা, ব্র্যাডিকাইনেসিয়া, ঘুমের ব্যাঘাত, ঘ্রাণহীন কর্মক্ষমতা, কোষ্ঠকাঠিন্য এবং মানসিক-জ্ঞানগত বৈকল্যের মতো অ-মোটর উপসর্গ সহ বর্তমান মূলধারার ক্লিনিকাল ক্লিনিকাল আন্তঃপ্রবাহের দ্বারা প্রভাবিত হয়। লেভোডোপা-ভিত্তিক বিকল্প চিকিত্সা, যা অস্থায়ীভাবে মোটর লক্ষণগুলিকে উপশম করতে পারে তবে অন্তর্নিহিত নিউরোনাল ডিজেনারেটিভ অগ্রগতি থামাতে বা বিপরীত করতে পারে না। দীর্ঘমেয়াদী লেভোডোপা প্রশাসন প্রায়ই মোটর-জটিল প্রতিকূল প্রতিক্রিয়া তৈরি করে। অতএব, নতুন নিউরোপ্রোটেক্টিভ থেরাপিউটিক এজেন্টগুলির আবিষ্কার এবং বিকাশ জরুরী ক্লিনিকাল চাহিদা রয়েছে।

ঐতিহ্যগত চীনা ভেষজ ওষুধ নিউরোডিজেনারেটিভ-রোগের ওষুধ অনুসন্ধানের জন্য প্রচুর প্রার্থী সংস্থান সরবরাহ করে।Cistanche deserticola(রু-কং-রং) এবংঅ্যাঞ্জেলিকা সাইনেনসিস(ড্যাং-গুই) টিসিএম ক্লিনিকাল অনুশীলনের মধ্যে ঘন ঘন মিলিত ঔষধি ভেষজ। আধুনিক ফার্মাকোলজিকাল তদন্ত এই দুটি ভেষজ উপাদানের জন্য একাধিক জৈব-ক্রিয়াকে বৈধতা দিয়েছে।Cistanche deserticola, "মরুভূমির জিনসেং", অনুকূল জৈব নিরাপত্তা প্রোফাইল পিএমসি সহ নিউরন-প্রতিরক্ষামূলক, ইমিউনোমোডুলেটরি, অ্যান্টি-টিউমার এবং গ্যাস্ট্রোইনটেস্টাইনাল-নিয়ন্ত্রক কার্যকলাপের অধিকারী। এর ফেনাইলেথানয়েড-গ্লাইকোসাইড উপাদান যেমন ইচিনাকোসাইড এবং ভার্বাসকোসাইড অক্সিডেটিভ নিউরোনাল ক্ষতি প্রশমিত করতে পারে, ডোপামিনার্জিক-নিউরন অ্যাপোপটোসিসকে বাধা দিতে পারে এবং অটোফ্যাজি ফ্লাক্স নিয়ন্ত্রণ করতে পারে, প্রতিশ্রুতিশীল-পিডি প্রি-ক্লিনিক্যাল প্রভাব দেখায়।অ্যাঞ্জেলিকা সাইনেনসিসটিসিএম প্রেসক্রিপশনে রক্তের পুষ্টি এবং রক্ত ​​সঞ্চালন সক্রিয় করার জন্য ব্যাপকভাবে প্রয়োগ করা হয়; এর নির্যাসগুলি প্রদাহ-বিরোধী কর্মক্ষমতা, প্রতিক্রিয়াশীল-অক্সিজেন-প্রজাতির স্ক্যাভেঞ্জিং ক্ষমতা, অ্যান্টি-এজিং এবং নিউরোট্রফিক বৈশিষ্ট্য ফ্রন্টিয়ার প্রদর্শন করে। এই দুটি ভেষজের সম্মিলিত ব্যবহার PD রোগীদের জন্য সিনারজিস্টিক নিউরো-প্রতিরক্ষামূলক সুবিধা তৈরি করে বলে ধারণা করা হয়।

তথাপি, অন্তর্নিহিত সামগ্রিক আণবিক প্রক্রিয়াCistanche deserticola-Angelica sinensisপারকিনসন্স রোগের চিকিৎসায় ভেষজ জোড়া প্রচলিত একক-টার্গেট ল্যাবরেটরি পরীক্ষা দ্বারা অপর্যাপ্তভাবে পরিষ্কার করা যায়। নেটওয়ার্ক-ফার্মাকোলজি পদ্ধতি টিসিএম সূত্রের "মাল্টি-কম্পাউন্ড, মাল্টি-টার্গেট, মাল্টি-পাথওয়ে" বৈশিষ্ট্যকে অনুকরণ করে, যা ভেষজ সংমিশ্রণের প্রক্রিয়া বোঝার জন্য পুরোপুরি ফিট করে। তদুপরি, গভীর-শিক্ষা-ভিত্তিক ওষুধ-লক্ষ্য-আবদ্ধতা-সম্পর্কের পূর্বাভাস আরও প্রথাগত আণবিক-ডকিং ওয়ার্কফ্লোকে সম্পূরক করে এবং যৌগ-লক্ষ্য মিথস্ক্রিয়ার জন্য উচ্চ-থ্রুপুট স্ক্রীনিং দক্ষতা উন্নত করে। ডিপপারপাস ওপেন-সোর্স লাইব্রেরি ড্রাগ-টার্গেট ইন্টারঅ্যাকশন পূর্বাভাসের জন্য একাধিক প্রাক-প্রশিক্ষিত নিউরাল-নেটওয়ার্ক আর্কিটেকচার সরবরাহ করে; CNN_CNN_BindingDB মডেল ছোট-অণু-প্রোটিন বাইন্ডিং-স্কোর অনুমানের জন্য নির্ভরযোগ্য কর্মক্ষমতা অর্জন করে।

এই কম্পিউটেশনাল স্টাডিতে, আমরা নেটওয়ার্ক-ফার্মাকোলজি অ্যানালিটিকাল পাইপলাইনকে গভীর-উদ্দেশ্য গভীর-শিক্ষার মডেলের সাথে সংহত করেছি যাতে পদ্ধতিগতভাবে সম্ভাব্য লক্ষ্যগুলি এবং সংকেত ক্যাসকেডগুলি মডিউল করা হয়।Cistanche deserticola-Angelica sinensisপিডির বিরুদ্ধে। আমরা লক্ষ্য করেছি এই ভেষজ জোড়ার সিনারজিস্টিক মলিকুলার মেকানিজম প্রকাশ করা এবং পারকিনসন্স থেরাপির জন্য নতুন-প্রার্থী-মাদক শোষণকে ত্বরান্বিত করে ইন-ভিট্রো সেলুলার অ্যাস এবং ইন-ভিভো অ্যানিমেল-মডেল যাচাইয়ের জন্য তাত্ত্বিক ভিত্তি স্থাপন করা।

2. উপকরণ এবং পদ্ধতি

2.1 ডেটাসেট পুনরুদ্ধার এবং যৌগ-লক্ষ্য স্ক্রীনিং

এর বায়োঅ্যাকটিভ রাসায়নিক উপাদানCistanche deserticolaএবংঅ্যাঞ্জেলিকা সাইনেনসিসTCMSP (ট্র্যাডিশনাল চাইনিজ মেডিসিন সিস্টেম ফার্মাকোলজি ডেটাবেস এবং বিশ্লেষণ প্ল্যাটফর্ম) থেকে প্রাপ্ত হয়েছিল। প্রার্থী-যৌগ স্ক্রীনিংয়ের জন্য তিনটি ফিল্টার মানদণ্ড প্রয়োগ করা হয়েছিল: মৌখিক জৈব উপলভ্যতা OB 30% এর চেয়ে বেশি বা সমান; ড্রাগ-সদৃশ DL 0.18 এর চেয়ে বড় বা সমান; রক্ত-মস্তিষ্ক-বাধা ব্যাপ্তিযোগ্যতা BBB −0.85 এর চেয়ে বড় বা সমান। BBB থ্রেশহোল্ড সেটিং গ্যারান্টি দেয় যে স্ক্রীন করা ফাইটোকেমিক্যালগুলি রক্ত-মস্তিষ্কের বাধা অতিক্রম করার তাত্ত্বিক ক্ষমতা রাখে এবং PD প্যাথলজি সম্পর্কিত কেন্দ্রীয়-নার্ভাস-সিস্টেম ক্ষতগুলিতে কাজ করে, রক্ত-মস্তিষ্ক-বাধা প্রতিবন্ধকতা PD রোগীদের মধ্যে ঘন ঘন ঘটতে পারে তা বিবেচনা করে।

PubChem ডাটাবেস ফিল্টার করা যৌগগুলির ক্যানোনিকাল SMILES স্ট্রাকচারাল স্ট্রিংগুলির জন্য জিজ্ঞাসা করা হয়েছিল৷ পারকিনসন্স রোগের জন্য রোগ-সম্পর্কিত টার্গেট জিনগুলি GeneCards, OMIM, PharmGkb, TTD এবং DrugBank ডেটাবেস থেকে সংগ্রহ করা হয়েছিল। রোগ-সম্পর্কিত জিন এন্ট্রিগুলিকে একত্রীকরণ এবং ডি-ডুপ্লিকেট করার পরে, পিডি চিকিত্সার জন্য ভেষজ জোড়ার ভাগ করা ওভারল্যাপিং লক্ষ্য জিনগুলি অর্জনের জন্য ভেষজ-যৌগ পূর্বাভাসিত লক্ষ্য এবং পিডি-প্রাসঙ্গিক রোগ জিনের মধ্যে ছেদ বিশ্লেষণ করা হয়েছিল।

2.2 প্রোটিন-প্রোটিন-ইন্টার্যাকশন (PPI) নেটওয়ার্ক নির্মাণ

ওভারল্যাপ করা সাধারণ লক্ষ্য জিনগুলি STRING ডাটাবেসে জমা দেওয়া হয়েছিল৷ প্রজাতি হিসেবে উল্লেখ করা হয়েছিলহোমো সেপিয়েন্স, confidence threshold was set to highest‑confidence score >0.9; প্রোটিন-প্রোটিন-মিথস্ক্রিয়া নেটওয়ার্ক তৈরি করতে ডিফল্ট কনফিগারেশন হিসাবে রাখা অন্যান্য পরামিতি। ডিগ্রী-কেন্দ্রিকতা (DC), মধ্যবর্তীতা-কেন্দ্রিকতা (BC), ঘনিষ্ঠতা-কেন্দ্রিকতা (CC), eigenvector-centrality (EC) সহ নেটওয়ার্ক টপোলজিক্যাল প্যারামিটারগুলি গণনা করা হয়েছিল। সাইটোস্কেপ সফ্টওয়্যারের মধ্যে CytoNCA প্লাগইন কোর হাব-টার্গেট জিন সনাক্ত করতে দুবার-রাউন্ড হাব-জিন ফিল্টারিং কার্যকর করেছে। প্রথম ফিল্টারিং মানদণ্ড: BC 49.43 এর চেয়ে বড় বা সমান, CC 0.15 এর চেয়ে বড় বা সমান, DC 5.0 এর চেয়ে বা সমান, EC 0.05 এর চেয়ে বড় বা সমান। দ্বিতীয় রাউন্ড কঠোর ফিল্টারিং: BC 15.43 এর চেয়ে বড় বা সমান, CC 0.54 এর চেয়ে বড় বা সমান, DC 8 এর চেয়ে বড় বা সমান, EC 0.14 এর চেয়ে বড় বা সমান। মাধ্যমিক স্ক্রীনিং থ্রেশহোল্ডগুলিকে সন্তুষ্ট করে এমন জিনগুলিকে পিডির বিরুদ্ধে এই ভেষজ জোড়ার মূল হাব লক্ষ্য হিসাবে সংজ্ঞায়িত করা হয়েছিল।

2.3 GO এবং KEGG সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণ

বায়োকন্ডাক্টর ইকোসিস্টেম প্যাকেজগুলির সাথে R-স্টুডিও প্ল্যাটফর্ম (ক্লাস্টারপ্রোফাইলার, ggplot2 এবং সহায়ক নির্ভরতা প্যাকেজগুলি) জিন-অন্টোলজি (GO) কার্যকরী সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণ এবং কিয়োটো-এনসাইক্লোপিডিয়া-অফ-জিনস-এন্ড-কে-ওয়েগ্যানাসিস-এর জন্য গৃহীত হয়েছিল। 131 ভাগ ছেদ করা লক্ষ্যমাত্রা. GO সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণ তিনটি বিভাগ কভার করে: জৈবিক প্রক্রিয়া (BP), সেলুলার উপাদান (CC), আণবিক ফাংশন (MF)। পি-মান< 0.05 was regarded as statistically‑significant enrichment threshold.

2.4 গভীর-শিক্ষা-ভিত্তিক বাঁধাই-সম্পর্কের পূর্বাভাস

ডিপপারপাস ওপেন-সোর্স ডিপ-লার্নিং টুলকিট ড্রাগ-টার্গেট-বাইন্ডিং-অ্যাফিনিটি ভবিষ্যদ্বাণীর জন্য ব্যবহার করা হয়েছিল। গণনার জন্য প্রাক-প্রশিক্ষিত CNN_CNN_BindingDB মডেল নির্বাচন করা হয়েছে। ইউনিপ্রট ডাটাবেস থেকে কোর-টার্গেট প্রোটিনগুলির অ্যামিনো-অ্যাসিড ক্রমগুলি ডাউনলোড করা হয়েছিল; যৌগিক SMILE স্ট্রিংগুলি PubChem ডাটাবেস থেকে পুনরুদ্ধার করা হয়েছে৷ এই কনভোল্যুশনাল-নিউরাল-নেটওয়ার্ক হাইব্রিড মডেলটি যৌগিক স্মাইলস সিকোয়েন্স এবং টার্গেট-প্রোটিন অ্যামিনো-অ্যাসিড সিকোয়েন্সকে ডুয়াল ইনপুট বৈশিষ্ট্য হিসাবে গ্রহণ করে এবং যৌগ-টার্গেট জোড়ার জন্য পরিমাণগত বাঁধাই-শক্তি স্কোর ম্যাট্রিক্স আউটপুট করে। প্রতিনিধি ভেষজ-জোড়া ফাইটোকেমিক্যাল এবং হাব পিডি-সম্পর্কিত প্রোটিনের মধ্যে মিথস্ক্রিয়া তীব্রতা প্রদর্শনের জন্য বাইন্ডিং-পূর্বাভাস ম্যাট্রিক্সের ভিজ্যুয়ালাইজেশন প্রয়োগ করা হয়েছিল।

3. ফলাফল

3.1 সক্রিয় যৌগ এবং ড্রাগ-লক্ষ্য সংগ্রহ

TCMSP ডাটাবেস পুনরুদ্ধার এবং ত্রিমাত্রিক ফিল্টারিং মানদণ্ড অনুসরণ করে (OB 30% এর চেয়ে বড় বা সমান, DL 0.18 এর চেয়ে বড় বা সমান, BBB −0.85 এর চেয়ে বড় বা সমান), সাতটি বায়োঅ্যাকটিভ ফাইটোকেমিক্যাল (একটি ভাগ করা সাধারণ উপাদান সহ) উভয়ের জন্য প্রাপ্ত হয়েছিল।Cistanche deserticola-Angelica sinensisভেষজ জোড়া। স্ট্রবেরি-পার্ল স্ক্রিপ্ট টার্গেট-আইডি রূপান্তর সম্পাদন করেছে, ইউনিপ্রট ডাটাবেস টীকাযুক্ত এবং প্রমিত জিনের নাম; অবশেষে ভেষজ-জোড়া যৌগের সাথে যুক্ত মোট 297টি পুটেটিভ ড্রাগ-টার্গেট জিন অর্জিত হয়েছিল।

3.2 PD- প্রাসঙ্গিক থেরাপিউটিক লক্ষ্যগুলির জন্য ছেদ স্ক্রীনিং

একাধিক রোগ-জিন ডেটাবেস (GeneCards, OMIM, PharmGkb, TTD, DrugBank) সমন্বিত এবং ডি-ডুপ্লিকেট করা হয়েছিল, যার ফলে মোট 11 208 PD-সম্পর্কিত রোগের জিন পাওয়া যায়। ভেষজ-জোড়া লক্ষ্য সেট এবং উত্পাদিত PD-রোগ-জিন ডেটাসেটের মধ্যে ছেদ গণনা131টি সাধারণ ছেদকারী জিন, যা সম্ভাব্য থেরাপিউটিক-টার্গেট পুল মধ্যস্থতাকারী পিডি-বিরোধী ফার্মাকোলজিক্যাল অ্যাকশন গঠন করেCistanche deserticola-Angelica sinensis.

3.3 PPI নেটওয়ার্ক থেকে মূল হাব-লক্ষ্য সনাক্তকরণ

প্রোটিন-প্রোটিন-মিথস্ক্রিয়া নেটওয়ার্ক তৈরি করতে 131টি ভাগ করা লক্ষ্যগুলি STRING এ আমদানি করা হয়েছিল৷ CytoNCA প্লাগইন দ্বারা দ্বি-পদক্ষেপ টপোলজিক্যাল-প্যারামিটার ফিল্টারিং এগারোটি মূল হাব-জিন স্ক্রীন করেছে:HIF1A, TP53, MYC, MAPK1, HSP90AA1, FOS, EGFR, RELA, STAT1, CCND1, AKT1. এই হাব-জিনগুলি জৈবিক নেটওয়ার্কের মধ্যে কেন্দ্রীয় নিয়ন্ত্রক অবস্থা দখল করে এবং এই ভেষজ জোড়ার জন্য প্রাথমিক অ্যাকশন নোড হিসাবে কাজ করে বলে অনুমান করা হয় যে পিডি রোগগত অগ্রগতিতে হস্তক্ষেপ করে।

3.4 GO কার্যকরী সমৃদ্ধকরণ এবং KEGG পথ-সমৃদ্ধকরণ ফলাফল

GO সমৃদ্ধকরণের ফলাফলগুলি প্রকাশ করেছে যে এই ভাগ করা লক্ষ্যগুলি একাধিক জৈবিক-প্রক্রিয়া প্রতিক্রিয়াগুলিতে অংশগ্রহণ করে: বহিরাগত-উদ্দীপনা প্রতিক্রিয়া, সংক্রমণ-সম্পর্কিত প্রতিক্রিয়া, লাইপোপলিস্যাকারাইড-মধ্যস্থ প্রদাহজনক প্রতিক্রিয়া, প্রতিক্রিয়াশীল-অক্সিজেন-প্রজাতির বিপাকীয় প্রতিক্রিয়া। আণবিক-ফাংশন স্তরে, হাব-প্রোটিনগুলি ডিএনএ-বাইন্ডিং-ট্রান্সক্রিপশন-ফ্যাক্টর বাইন্ডিং অ্যাক্টিভিটি, ইউবিকুইটিন-লাইক-প্রোটিন লিগেস বাইন্ডিং ফাংশন এবং নিউক্লিয়ার-রিসেপ্টর-নিয়ন্ত্রক কার্যকলাপ প্রয়োগ করে। সংশ্লিষ্ট সেলুলার-কম্পোনেন্ট অবস্থানগুলিতে প্লাজমা-মেমব্রেন মাইক্রোডোমেন, মেমব্রেন রাফ্ট এবং ইন্ট্রাসেলুলার গ্রানুল লুমেন জড়িত।

কেইজিজি পাথওয়ে-সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণ উল্লেখযোগ্যভাবে সমৃদ্ধ সিগন্যালিং ক্যাসকেডগুলি প্রকাশ করেছে, যার মধ্যে রাসায়নিক-কারসিনোজেনেসিস-রিসেপ্টর-অ্যাক্টিভেশন পাথওয়ে এবং AGE-RAGE সিগন্যালিং পাথওয়ে হল প্রতিনিধিত্বমূলক উচ্চ-প্রাসঙ্গিক পথ। অন্যান্য অর্থপূর্ণ ক্যাসকেডগুলির মধ্যে রয়েছে PI3K-Akt সিগন্যালিং, MAPK সিগন্যালিং, IL-17 প্রদাহজনক-প্রতিক্রিয়া পথ এবং TNF-মধ্যস্থ-প্রদাহজনক পথ, যা শক্তভাবে নিউরোনাল অক্সিডেটিভ স্ট্রেস, নিউরোইনফ্লেমেশন, সেল-অটোগ্যাপোসিস-এর সময় অটোপ্যাথিওসিস এবং ইভেন্টস-এর সাথে জড়িত।

3.5 গভীর-শিক্ষা CNN_CNN_BindingDB বাইন্ডিং-সম্পর্কের পূর্বাভাস

ডিপ পারপাস CNN_CNN_BindingDB মডেল প্রতিনিধি ফাইটোকেমিক্যালস (ইয়াংগাম্বিন, সুচিল্যাকটোন, স্টিগমাস্টেরল, কোয়ার্সেটিন, মার্কাইন, ‑সিটোস্টেরল, অ্যারাকিডোনেট) এবং এগারোটি কোর হাব-টার্গেট প্রোটিনের মধ্যে বাঁধাই-মিথস্ক্রিয়া শক্তির পূর্বাভাস দিয়েছে। বাইন্ডিং-স্কোর হিট-ম্যাপ ম্যাট্রিক্স চিত্রিত করেছে যে -সিটোস্টেরল, কোয়ারসেটিন, মার্কাইন এবং অ্যারাকিডোনেট সহ একাধিক যৌগগুলি বেশিরভাগ হাব-টার্গেট নোড যেমন AKT1, TP53, MYC, MAPKST1, এবং HAPK1, HAPK1, এর সাথে শক্তিশালী বাঁধাইয়ের সম্পর্ক প্রদর্শন করেছে৷ এই গভীর-শিক্ষার কম্পিউটেশনাল ফলাফল অনুমানকে সমর্থন করে যে সক্রিয় উপাদানগুলি থেকে উদ্ভূত হয়Cistanche deserticola-Angelica sinensisভেষজ জোড়া সরাসরি কোর পিডি-সম্পর্কিত প্রোটিনের সাথে যোগাযোগ করতে পারে এবং তাদের জৈবিক ফাংশন সংশোধন করতে পারে।

4. আলোচনা

পারকিনসন্স রোগের প্যাথোজেনেসিসে অক্সিডেটিভ-স্ট্রেস ইনজুরি, নিউরোইনফ্লেমেশন, প্রোটিন-এগ্রিগেশন, মাইটোকন্ড্রিয়াল ডিসফাংশন, ডিসরেগুলেটেড অটোফ্যাজি এবং ডোপামিনার্জিক-নিউরন অ্যাপোপটোসিসের মধ্যে জটিল ক্রসস্টাল জড়িত। একক-অণু মনোথেরাপি বহু-ফ্যাক্টর-চালিত নিউরোডিজেনারেটিভ ক্ষতিকে বিপরীত করা কঠিন। টিসিএম ভেষজ জোড়াCistanche deserticola-Angelica sinensisমাল্টি-কম্পোনেন্ট সিনারজিস্টিক মোডের মাধ্যমে কাজ করে, পিডি-র মাল্টি-প্যাথলজিকাল বৈশিষ্ট্যের সাথে মিলে যায়। এই অধ্যয়নটি নেটওয়ার্ক-ফার্মাকোলজি এবং গভীর-শিক্ষার লক্ষ্য-বাইন্ডিং ভবিষ্যদ্বাণীকে এর সম্ভাব্য-পিডি-বিরোধী আণবিক-প্রণালীকে ব্যবচ্ছেদ করার জন্য একত্রিত করেছে।

সাতটি যোগ্য বায়োঅ্যাকটিভ ফাইটোকেমিক্যাল স্ক্রীন করা হয়েছিল, যার মধ্যে রয়েছে-সিটোস্টেরল, কোয়ারসেটিন, অ্যারাকিডোনেট, স্টিগমাস্টেরল এবং অন্যান্য ভালভাবে নথিভুক্ত নিউরো-প্রতিরক্ষামূলক প্রাকৃতিক পণ্য। ভেষজ লক্ষ্য এবং PD-রোগ জিনের মধ্যে মোট 131টি ওভারল্যাপিং জিন PD প্যাথলজিকাল নেটওয়ার্কের জন্য এই ভেষজ-জোড়ার বিস্তৃত হস্তক্ষেপের সুযোগ নির্দেশ করে। এগারোটি হাব-জিন (HIF1A, TP53, MYC, MAPK1, HSP90AA1, FOS, EGFR, RELA, STAT1, CCND1, AKT1) PPI নেটওয়ার্ক থেকে ফিল্টার করা হয়েছিল। এই হাব-জিনগুলি কোষের বেঁচে থাকা, প্রদাহ এবং অক্সিডেটিভ-স্ট্রেস প্রতিক্রিয়ার জন্য কেন্দ্রীয় নিয়ন্ত্রক। AKT1 PI3K‑AKT সিগন্যালিং পাথওয়ের মূল নোডের অন্তর্গত; এর ফসফোরিলেশন স্থিতি কোষ-অ্যাপোপ্টোসিস এবং ডোপামিনার্জিক-নিউরনে অটোফ্যাজি প্রক্রিয়া নিয়ন্ত্রণ করে। TP53 মধ্যস্থতা করে ডিএনএ-ক্ষতি-ট্রিগারড নিউরোনাল অ্যাপোপটোসিস; MAPK1 স্ট্রেস-অ্যাক্টিভেটেড মাইটোজেন-অ্যাক্টিভেটেড-প্রোটিন-কিনেস ক্যাসকেডে অংশগ্রহণ করে যা অক্সিডেটিভ-স্ট্রেস অবস্থায় নিউরনের মৃত্যুকে সহজতর করে। HIF1A কেন্দ্রীয়-নার্ভাস-সিস্টেম মাইক্রো-এনভায়রনমেন্টের অভ্যন্তরে হাইপোক্সিক-প্রদাহজনক প্রতিক্রিয়া সংশোধন করে। RELA এবং STAT1 হল NF-κB-চালিত নিউরো-ইনফ্ল্যামেটরি সিগন্যাল ট্রান্সডাকশনের জন্য মূল ট্রান্সক্রিপশন-ফ্যাক্টর অণু।

KEGG সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণ AGE-RAGE সিগন্যালিং পাথওয়েকে সমালোচনামূলক সমৃদ্ধ পথ হিসাবে হাইলাইট করেছে। অস্বাভাবিক AGE-RAGE-অক্ষ অ্যাক্টিভেশন NF-κB-নির্ভর প্রদাহ-ফ্যাক্টর রিলিজকে ট্রিগার করতে পারে, সাবস্ট্যান্টিয়া-নিগ্রা নিউরনের অক্সিডেটিভ-স্ট্রেসের বোঝা বাড়িয়ে তুলতে পারে এবং PD অগ্রগতি ত্বরান্বিত করতে পারে, যা পূর্বে প্রকাশিত নিউরোডিজেনারিজমের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ। গবেষণা 甘肃中医药.... এছাড়া, TNF‑প্রদাহজনক পথ, IL‑17 পাথওয়ে এবং PI3K‑Akt পথও উল্লেখযোগ্যভাবে সমৃদ্ধ হয়েছে৷ ভেষজ-জোড়া উপাদানগুলি মাইক্রোগ্লিয়া ওভার-অ্যাক্টিভেশন এবং প্রো-ইনফ্ল্যামেটরি-সাইটোকাইন নিঃসরণ (TNF-, IL-17 ইত্যাদি) দমন করতে পারে, প্রদাহ-মধ্যস্থ নিউরনের আঘাত কমাতে পারে। GO জৈবিক-প্রক্রিয়া সমৃদ্ধকরণ প্রতিক্রিয়াশীল-অক্সিজেন-প্রজাতির প্রতিক্রিয়ার জন্য বিশিষ্ট সমৃদ্ধি দেখিয়েছে, যা অ্যান্টিঅক্সিডেন্ট প্রভাব নির্দেশ করে এই ভেষজ-জোড়ার একটি গুরুত্বপূর্ণ নিউরো-প্রতিরক্ষামূলক প্রক্রিয়া গঠন করে।

প্রচলিত আণবিক-ডকিং সিমুলেশন থেকে ভিন্ন, আমরা যৌগ-লক্ষ্য-আবদ্ধতা মূল্যায়ন করার জন্য ডিপ-পারপাস CNN_CNN_BindingDB ডিপ-লার্নিং মডেল প্রয়োগ করেছি। কনভোলিউশনাল-নিউরাল-নেটওয়ার্ক মডেলটি BindingDB ডাটাবেস থেকে ব্যাপক পরীক্ষামূলক বাঁধাই-ডেটা শেখে, যা ভেষজ ক্ষুদ্র-অণু এবং লক্ষ্য-প্রোটিনের মধ্যে মিথস্ক্রিয়ার জন্য উচ্চ-থ্রুপুট পরিমাণগত ভবিষ্যদ্বাণী প্রদান করে। ভবিষ্যদ্বাণী তাপ-মানচিত্র ম্যাট্রিক্স প্রদর্শিত - সিটোস্টেরল, কোয়ারসেটিন এবং অ্যারাকিডোনেট বেশিরভাগ হাব-প্রোটিনের বিরুদ্ধে দুর্দান্ত বাঁধাই ক্ষমতার অধিকারী, পরামর্শ দেয় যে এই উপাদানগুলি পিডি-বিরোধী কার্যকলাপের জন্য প্রধান প্রভাবক অণু হিসাবে কাজ করতে পারে।Cistanche deserticola-Angelica sinensis.

এই গণনামূলক গবেষণার এখনও অন্তর্নিহিত সীমাবদ্ধতা রয়েছে। সমস্ত উপসংহার ইন-সিলিকো ভবিষ্যদ্বাণী থেকে প্রাপ্ত; যৌগ-লক্ষ্য মিথস্ক্রিয়া এবং পথ-নিয়ন্ত্রক প্রভাব যাচাই করার জন্য আরও সেলুলার-স্তরের পরীক্ষা এবং PD-প্রাণী-মডেল বৈধতা অপরিহার্য। অধিকন্তু, আমাদের স্ক্রীনিং মানদণ্ড OB, DL এবং BBB পরামিতিগুলিকে স্থির করেছে; কিছু কম জৈব-উপলভ্যতা উপাদান ফিল্টার আউট হতে পারে, যখন ভেষজ মৌখিক প্রশাসনের পরে বিপাকীয় রূপান্তর পণ্য বিবেচনা করা হয় না। মৌখিক ভেষজ-জোড়া প্রশাসন থেকে প্রাপ্ত প্রকৃত রক্ত-মস্তিষ্ক-বাধা-অনুপ্রবেশকারী প্রোটোটাইপ-যৌগ এবং বিপাক সনাক্ত করতে পরবর্তী কাজের সিরাম-ফার্মাকোকেমিস্ট্রিকে একীভূত করা উচিত।

অনুবাদমূলক-অ্যাপ্লিকেশনের দৃষ্টিকোণ থেকে, এই অধ্যয়নটি প্রার্থী-যৌগিক তালিকা এবং মূল-লক্ষ্য সেট সরবরাহ করে, ফলো-আপ নতুন-ড্রাগ স্ক্রীনিং, পিডি পরিপূরক-থেরাপির জন্য ভেষজ-নিষ্কাশন ফর্মুলেশন অপ্টিমাইজেশান সমর্থন করে।

5. উপসংহার

সংক্ষেপে, এই অধ্যয়নটি সম্ভাব্য থেরাপিউটিক-মেকানিজম পদ্ধতিগতভাবে তদন্ত করার জন্য গভীর-শিক্ষা-পূর্বাভাস কর্মপ্রবাহের সাথে মিলিত নেটওয়ার্ক-ফার্মাকোলজি গ্রহণ করেছে।Cistanche deserticola-Angelica sinensisপারকিনসন রোগের বিরুদ্ধে ভেষজ জুড়ি।

মোট সাতটি বায়োঅ্যাকটিভ ফাইটোকেমিক্যাল এবং 131টি ছেদকারী পিডি-প্রাসঙ্গিক থেরাপিউটিক লক্ষ্য প্রাপ্ত হয়েছিল; এগারোটি কোর হাব-জিন চিহ্নিত করা হয়েছিল: HIF1A, TP53, MYC, MAPK1, HSP90AA1, FOS, EGFR, RELA, STAT1, CCND1, AKT1।

সমৃদ্ধকরণ-বিশ্লেষণের ফলাফলগুলি নির্দেশ করে যে এই ভেষজ জুটি প্রতিক্রিয়াশীল-অক্সিজেন-প্রজাতির চাপ, নিউরো-প্রদাহ, অটোফ্যাজি এবং অ্যাপোপটোসিস সহ একাধিক জৈবিক ঘটনাগুলিকে সংশোধন করে। AGE-RAGE, PI3K-Akt, MAPK, TNF এবং IL-17 সিগন্যালিং পথগুলি এর PD-বিরোধী ফার্মাকোলজিক্যাল প্রক্রিয়াতে অংশগ্রহণ করে।

ডিপ-লার্নিং CNN_CNN_BindingDB বাইন্ডিং-অ্যাফিনিটি ভবিষ্যদ্বাণী যাচাই করেছে যে প্রতিনিধি ফাইটোকেমিক্যাল যেমন -সিটোস্টেরল এবং কোয়ারসেটিন মূল হাব-টার্গেট প্রোটিনের জন্য অনুকূল বাঁধাই ক্ষমতা প্রদর্শন করে।

দCistanche deserticola-Angelica sinensisভেষজ জোড়া মাল্টি-কম্পাউন্ড-মাল্টি-টার্গেট-মাল্টি-পাথওয়ে হোলিস্টিক প্যাটার্নের মাধ্যমে পিডির চিকিৎসা করে। এই ইন-সিলিকো গবেষণাটি পারকিনসন্স রোগের হস্তক্ষেপের জন্য টিসিএম-অরিজিন নিউরো-প্রতিরক্ষামূলক এজেন্টগুলির আরও পরীক্ষামূলক যাচাইকরণ এবং বিকাশের জন্য গণনামূলক রেফারেন্স সরবরাহ করে।

তথ্যসূত্র

[১] গণপ্রজাতন্ত্রী চীনের ফার্মাকোপিয়া কমিশন। চাইনিজ ফার্মাকোপিয়া (ভলিউম I)[এম]। বেইজিং: চায়না মেডিকেল সায়েন্স প্রেস, 2020।

[২] জেনকিন্স এইচ ই, টলম্যান এ ডব্লিউ, ইউয়েন সি এম, এট আল। শিশুদের মধ্যে মাল্টিড্রাগ-প্রতিরোধী যক্ষ্মা রোগের ঘটনা: পদ্ধতিগত পর্যালোচনা এবং বিশ্বব্যাপী অনুমান [জে]। ল্যানসেট, 2014, 383(9928):1572-1579।

[৩] ডোনোভান জে টি, থু ডি ডি এ, ফু এন এইচ, এট আল। যক্ষ্মা মেনিনজাইটিস নির্ণয়ের জন্য Xpert MTB/RIF আল্ট্রা বনাম Xpert MTB/RIF: একটি সম্ভাব্য, এলোমেলো, ডায়াগনস্টিক নির্ভুলতা অধ্যয়ন[জে]। ল্যানসেট সংক্রামক রোগ, 2020, 20(3):299-307।

[৪] ওয়াং এল জে, ই এইচ ওয়াই, লিয়াং এক্স জে, এট আল। প্লাজমা TNF‑ এবং ফসফরিলেটেড ‑syn পারকিনসন্স রোগ [J] রোগীদের ক্লান্তির সাথে যুক্ত। Neuroimmunology জার্নাল, 2023, 385:578222।

[৫] চেন জে, ঝেং জেড ডব্লিউ, লি এম কিউ, এট আল। AKT[J] এর মাধ্যমে ER স্ট্রেস দমন করে অভিনব সম্ভাব্য পারকিনসন রোগের এজেন্ট হিসাবে মনোকেটিন যৌগগুলির নকশা, সংশ্লেষণ এবং মূল্যায়ন। জৈব জৈব রসায়ন, 2023,136:106543।

[৬] ওয়াং জেড এফ, হুয়াং পি ই, ওয়াং এন বি, এট আল। পারকিনসন্স রোগে বিষণ্নতার ইঁদুরের মডেলে PI3K/Akt/mTOR পথ সক্রিয় করে অ্যাসারোন অটোফ্যাজিকে বাধা দেয়[J]। আচরণগত মস্তিষ্ক গবেষণা, 2024,465:114966।