যুক্তরাজ্যে নিউরোলজিক্যাল রিপিট এক্সপেনশন ডিসঅর্ডার নির্ণয়ের জন্য পুরো জিনোম সিকোয়েন্সিং: একটি পূর্ববর্তী ডায়গনিস্টিক সঠিকতা এবং সম্ভাব্য ক্লিনিকাল বৈধতা অধ্যয়ন

আরও তথ্যের জন্য:ali.ma@wecistanche.com

সারসংক্ষেপ

পটভূমি

পুনরাবৃত্ত সম্প্রসারণ ব্যাধিগুলি 3000 জনের মধ্যে 1 জনকে প্রভাবিত করে এবং সংক্ষিপ্ত টেন্ডেম ডিএনএ পুনরাবৃত্তির প্রসারণের কারণে চিকিত্সাগতভাবে ভিন্ন ভিন্ন রোগ হয়। জেনেটিক পরীক্ষা প্রায়শই লোকাস-নির্দিষ্ট হয়, যার ফলে এমন লোকদের কম রোগ নির্ণয় করা হয় যাদের অ্যাটিপিকাল ক্লিনিকাল উপস্থাপনা রয়েছে, বিশেষ করে শিশু রোগীদের ক্ষেত্রে যাদের পূর্বের ইতিবাচক পারিবারিক ইতিহাস নেই। সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিং ক্রমবর্ধমানভাবে অন্যান্য বিরল জেনেটিক ডিসঅর্ডারের জন্য একটি প্রথম-লাইন পরীক্ষা হিসাবে ব্যবহৃত হচ্ছে, এবং আমরা রোগীদের রোগ নির্ণয়ের ক্ষেত্রে এর কার্যকারিতা মূল্যায়ন করার লক্ষ্য রেখেছি।স্নায়বিকসম্প্রসারণ ব্যাধি পুনরাবৃত্তি।

পদ্ধতি

আমরা পূর্ববর্তীভাবে সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিংয়ের ডায়গনিস্টিক নির্ভুলতা মূল্যায়ন করেছি যার সাথে যুক্ত সবচেয়ে সাধারণ পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ লোকি সনাক্ত করতেস্নায়বিকফলাফল (AR, ATN1, ATXN1, ATXN2, ATXN3, ATXN7, C9orf72, CACNA1A, DMPK, FMR1, FXN, HTT, এবং TBP) ইংল্যান্ডের জাতীয় স্বাস্থ্য পরিষেবার মধ্যে প্রাপ্ত নমুনাগুলি ব্যবহার করে যাদের সন্দেহ ছিলস্নায়বিকব্যাধি; পূর্ববর্তী পিসিআর পরীক্ষার ফলাফল রেফারেন্স স্ট্যান্ডার্ড হিসাবে ব্যবহার করা হয়েছিল। পুনরাবৃত্ত সম্প্রসারণ শনাক্ত করার জন্য সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিংয়ের ক্লিনিকাল নির্ভুলতা সম্ভাব্যভাবে পূর্বে জেনেটিকালি পরীক্ষিত এবং নির্ণয় করা হয়নি এমন রোগীদের মধ্যে পরীক্ষা করা হয়েছিল যা 2013-17 সালে যুক্তরাজ্যের 100 000 জিনোম প্রকল্পে নিয়োগ করা হয়েছিল, যাদের জেনেটিক থাকার সন্দেহ ছিল।স্নায়বিকডিসঅর্ডার (অ্যাটাক্সিয়া, নিউরোপ্যাথি, স্পাস্টিক প্যারাপ্লেজিয়া, ডিমেনশিয়া, মোটর নিউরন রোগের পারিবারিক বা প্রাথমিক সূচনা,পারকিনসোনিয়ানআন্দোলনব্যাধি, বুদ্ধিবৃত্তিক অক্ষমতা, বা স্নায়বিক রোগ)। যদি পুরো-জিনোম সিকোয়েন্সিং ব্যবহার করে একটি পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ কল করা হয়, তবে ফলাফল নিশ্চিত করতে পিসিআর ব্যবহার করা হয়েছিল।

ফাইন্ডিংস

পুনরাবৃত্ত সম্প্রসারণ শনাক্ত করার জন্য সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিংয়ের ডায়গনিস্টিক নির্ভুলতা পূর্বে 404 জন রোগীর NHS-এর মধ্যে সম্পাদিত 793 PCR পরীক্ষার বিপরীতে মূল্যায়ন করা হয়েছিল। সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিং 221টি সম্প্রসারিত অ্যালিলের মধ্যে 215টি এবং 1321টি অ-প্রসারিত অ্যালিলের মধ্যে 1316টি সঠিকভাবে শ্রেণীবদ্ধ করে, যা 97·3 শতাংশ সংবেদনশীলতা (95 শতাংশ CI 94·2-99·0) এবং 99·6 শতাংশ নির্দিষ্টতা (99·1-99) দেখাচ্ছে। পিসিআর পরীক্ষার ফলাফলের সাথে তুলনা করলে 13টি রোগ-সম্পর্কিত লোকি জুড়ে। 100 000 জিনোম প্রজেক্টের 11 631 রোগীদের নমুনাগুলিতে, সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিং 81টি পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ শনাক্ত করেছে, যা PCR দ্বারাও পরীক্ষা করা হয়েছিল: 68টি সম্পূর্ণ প্যাথোজেনিক পরিসরে পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ হিসাবে নিশ্চিত করা হয়েছিল, 11টি ছিল না -প্যাথোজেনিক মধ্যবর্তী সম্প্রসারণ বা স্থানান্তর, এবং দুটি ছিল অ-প্রসারিত পুনরাবৃত্তি (16 শতাংশ মিথ্যা আবিষ্কারের হার)।

ব্যাখ্যা

আমাদের গবেষণায়, পুনরাবৃত্ত সম্প্রসারণ সনাক্তকরণের জন্য সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিং উচ্চ সংবেদনশীলতা এবং নির্দিষ্টতা দেখিয়েছিল এবং এটি সনাক্তকরণের দিকে পরিচালিত করেছিলস্নায়বিকপূর্বে নির্ণয় করা রোগীদের মধ্যে সম্প্রসারণ ব্যাধি পুনরাবৃত্তি। এই ফলাফলগুলি ক্লিনিকাল পরীক্ষাগারগুলিতে সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিং বাস্তবায়নকে সমর্থন করে এমন রোগীদের রোগ নির্ণয়ের জন্যস্নায়বিকএকটি পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ ব্যাধি সঙ্গে সামঞ্জস্যপূর্ণ উপস্থাপনা.

অর্থায়ন

মেডিকেল রিসার্চ কাউন্সিল, স্বাস্থ্য ও সামাজিক যত্ন বিভাগ, ন্যাশনাল হেলথ সার্ভিস ইংল্যান্ড, ন্যাশনাল ইনস্টিটিউট ফর হেলথ রিসার্চ, এবং ইলুমিনা।

ভূমিকা

বিরল এর জেনেটিক ভিত্তি আমাদের বোঝার সাম্প্রতিক অগ্রগতি সত্ত্বেওস্নায়বিকব্যাধি, এই ধরনের ব্যাধিতে আক্রান্ত 70 শতাংশ রোগীর জিনগতভাবে নির্ণয় করা হয়নি। 1-3 অংশে, এটি পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ সহ জটিল এবং পুনরাবৃত্তিমূলক জেনেটিক বৈচিত্রগুলির জন্য পরীক্ষার প্রযুক্তিগত চ্যালেঞ্জগুলির কারণে; এই ধরনের বিস্তার 3000 জনের মধ্যে 1 জনকে প্রভাবিত করে বলে অনুমান করা হয় (পরিশিষ্ট p 1) এবং হান্টিংটন ডিজিজ এবং ভঙ্গুর এক্স সিনড্রোম সহ 40 টিরও বেশি নিউরোজেনেটিক ডিসঅর্ডারের প্রধান কারণ। পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ ব্যাধিগুলি চিকিত্সাগত এবং জেনেটিকালি ভিন্ন, এবং পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ বিভিন্ন রোগের সাথে যুক্ত হতে পারে। উদাহরণস্বরূপ, C9orf72-এ সম্প্রসারণ অ্যামিওট্রফিক ল্যাটারাল স্ক্লেরোসিস বা ফ্রন্টোটেম্পোরাল ডিমেনশিয়া হিসাবে উপস্থিত হতে পারে। 5 বিভিন্ন স্থানে পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ একই ধরনের ফেনোটাইপিক বৈশিষ্ট্যও তৈরি করতে পারে, যা তাদের ক্লিনিক্যালি পার্থক্য করা কঠিন করে তোলে: কমপক্ষে দশটি স্পিনোসেরেবেলার অ্যাট্যাক্সিয়া প্রাপ্তবয়স্কভাবে উপস্থিত জিনের পুনরাবৃত্তির পুনরাবৃত্তি। সূচনা অ্যাটাক্সিয়া, 6 এবং যাদের C9orf72 এবং AR উভয়ই মোটর নিউরন রোগের কারণ হতে পারে। 7,8

পুনরাবৃত্তিমূলক সম্প্রসারণ ব্যাধিগুলি পুনরাবৃত্তিমূলক সংক্ষিপ্ত টেন্ডেম ডিএনএ সিকোয়েন্সের সংখ্যা বৃদ্ধির কারণে ঘটে এবং প্রতিটি ব্যাধির জন্য প্যাথোজেনিসিটি থ্রেশহোল্ড লোকাস-নির্দিষ্ট। সম্প্রসারণের আকার 30 টিরও কম পুনরাবৃত্তি (যেমন, CACNA1A-তে) থেকে কয়েক হাজার পুনরাবৃত্তি ইউনিটে পরিবর্তিত হয় (যেমন, FMR1, DMPK, C9orf72, এবং FXN, যার আকার 5 kb পর্যন্ত প্রসারিত হতে পারে)। পুনরাবৃত্তির সম্প্রসারণ আণবিক অস্থিরতা প্রদর্শন করে, যা প্রজন্ম এবং টিস্যু জুড়ে পুনরাবৃত্তি আকারে (সাধারণত দৈর্ঘ্য বৃদ্ধি) পরিবর্তন ঘটাতে পারে। প্রজন্ম.4 শিশুরোগ সংক্রান্ত পুনরাবৃত্ত সম্প্রসারণ ব্যাধিগুলির সূত্রপাত নির্দিষ্ট ফিনোটাইপিক স্বাক্ষর ছাড়াই মাল্টিসিস্টেম সিন্ড্রোম হিসাবে উপস্থিত হতে পারে, 9 এবং এই রোগে আক্রান্ত শিশুদের তাই কম রোগ নির্ণয়ের সম্ভাবনা বেশি থাকে যখন পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ ব্যাধির পারিবারিক ইতিহাস উপস্থিত থাকার তুলনায় অনুপস্থিত থাকে৷10– 12

পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণের পরীক্ষাগার মূল্যায়ন সাধারণত PCR-ভিত্তিক বা দক্ষিণী ব্লট পদ্ধতি ব্যবহার করে সন্দেহভাজন ক্লিনিকাল রোগ নির্ণয়ের দ্বারা পরিচালিত একটি পৃথক অবস্থানের লক্ষ্যযুক্ত আণবিক মূল্যায়নের মধ্যে সীমাবদ্ধ থাকে, যা ব্যয়বহুল এবং সময়সাপেক্ষ হতে পারে। উপরন্তু, এই ব্যাধিগুলির বৈচিত্র্যময় এবং ওভারল্যাপিং ফিনোটাইপিক বৈশিষ্ট্যগুলির কারণে, রোগ-সম্পর্কিত পুনরাবৃত্ত সম্প্রসারণ লোকি অপরীক্ষিত থাকতে পারে৷14

সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিং বিরল রোগে আক্রান্ত রোগীদের মধ্যে প্রথম-সারির ডায়গনিস্টিক টুল হিসাবে আবির্ভূত হচ্ছে15 কিন্তু, সম্প্রতি পর্যন্ত, পুনরাবৃত্ত বিস্তৃতি সম্বলিত অবস্থানের মূল্যায়ন করার সীমিত ক্ষমতা বলে মনে করা হয়েছিল। -পরবর্তী প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং ডেটা থেকে পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণের কারণ। 17-22 এখানে, আমরা পূর্ববর্তী পিসিআর ডেটা ব্যবহার করে পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ সনাক্ত করতে একটি সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিং পদ্ধতির ডায়াগনস্টিক মূল্যায়ন এবং 100000 জিনোম প্রকল্পের রোগীদের মধ্যে এর ক্লিনিকাল বৈধতা সম্পর্কে রিপোর্ট করি। একটি সন্দেহভাজন স্নায়বিক ব্যাধি ছিল, পূর্ববর্তী জেনেটিক পরীক্ষায় নির্ণয় করা যায়নি।

পদ্ধতি

অধ্যয়ন নকশা এবং অংশগ্রহণকারীদের

পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ সনাক্তকরণের জন্য সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিংয়ের এই মূল্যায়নের মধ্যে ডায়গনিস্টিক নির্ভুলতা এবং ক্লিনিকাল নির্ভুলতা মূল্যায়ন উভয়ই অন্তর্ভুক্ত ছিল। ডায়াগনস্টিক নির্ভুলতা সেই রোগীদের ডেটা ব্যবহার করে মূল্যায়ন করা হয়েছিল যারা পূর্বে পিসিআর দ্বারা স্নায়বিক রোগের কারণ হিসাবে পরিচিত পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণের জন্য পরীক্ষা করা হয়েছিল। কেমব্রিজ, যুক্তরাজ্য)। রোগীদের উভয় সেটের জন্য, রুটিন ক্লিনিকাল মূল্যায়নের অংশ হিসাবে জাতীয় স্বাস্থ্য পরিষেবা (এনএইচএস) এর পরীক্ষাগারগুলির দ্বারা রোগীর নমুনাগুলিতে পিসিআর পরীক্ষা করা হয়েছিল: 100000 জিনোম প্রকল্পের নমুনার জন্য, প্রকল্পে নিয়োগের আগে পিসিআর পরীক্ষা করা হয়েছিল। ইউনিভার্সিটি কলেজ লন্ডন হাসপাতাল নিউরোজেনেটিক্স ল্যাবরেটরি (লন্ডন, যুক্তরাজ্য); পিসিআর-নিশ্চিত পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ সহ নমুনাগুলি কেমব্রিজ ভিত্তিক জিনোমিক ল্যাবরেটরি দ্বারা পরীক্ষা করা রোগীদের কাছ থেকে প্রাপ্ত হয়েছিল। পিসিআর-পজিটিভ এবং পিসিআর-নেতিবাচক পরীক্ষার ফলাফলের পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ ব্যাধিগুলির জন্য রোগীদের পরীক্ষাগার রেকর্ড সিস্টেমের মাধ্যমে আমাদের গবেষণায় অন্তর্ভুক্ত করার জন্য চিহ্নিত করা হয়েছিল; সমস্ত রোগী ক্লিনিকাল পরিষেবা অপ্টিমাইজেশান এবং বৈধতার অংশ হিসাবে গুণমান নিশ্চিতকরণ এবং গবেষণা এবং প্রশিক্ষণের উদ্দেশ্যে তাদের নমুনা ব্যবহারের জন্য লিখিত অবহিত সম্মতি দিয়েছেন।

প্রতিটি নমুনার সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিং দুটি পরীক্ষাগারের একটিতে করা হয়েছিল: জিনোমিক্স ইংল্যান্ড (হিনক্সটন, ইউকে) 100000 জিনোম প্রকল্প নমুনার জন্য (n=254) এবং ইলুমিনা ক্লিনিক্যাল সার্ভিসেস ল্যাবরেটরি (ICSL; সান দিয়েগো, CA, ইউএসএ) কেমব্রিজ ভিত্তিক জিনোমিক ল্যাবরেটরি দ্বারা প্রাপ্ত নমুনার জন্য (n=150)। সামগ্রিকভাবে, এই ডেটাসেটটি অধ্যয়নের ডায়গনিস্টিক নির্ভুলতা অংশের জন্য ব্যবহার করা হয়েছিল, এবং এতে 404 জন রোগীর পিসিআর এবং সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিং ডেটা অন্তর্ভুক্ত ছিল, 13টি লোকি কভার করে যা সবচেয়ে সাধারণ স্নায়বিক পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ ব্যাধিগুলিকে প্রতিনিধিত্ব করে: 11টি লোকি অ্যাটাক্সিয়া এবং দেরীতে যুক্ত। সূচনা নিউরোডিজেনারেটিভ ডিসঅর্ডার (HTT, AR, ATN1, ATXN1, ATXN2, ATXN3, ATXN7, CACNA1A, TBP, C9orf72, এবং FXN), বুদ্ধিবৃত্তিক অক্ষমতা (FMR1) এর সাথে যুক্ত একটি লোকাস এবং মায়োটোনিক ডিএমপি dystrophy এর সাথে যুক্ত একটি লোকাস। প্রতিটি লোকাসের জন্য, পিসিআর পরীক্ষার ডেটা কমপক্ষে একটি প্রসারিত অ্যালিলের জন্য উপলব্ধ ছিল (পরিশিষ্ট পি 24)।

ক্লিনিকাল নির্ভুলতা পুনরাবৃত্ত সম্প্রসারণের সঙ্গতি পরীক্ষা করে মূল্যায়ন করা হয়েছিল, যেমন পুরো-জিনোম সিকোয়েন্সিংয়ের সাথে সনাক্ত করা হয়েছিল, সন্দেহভাজন জেনেটিক নিউরোলজিক্যাল ডিসঅর্ডার (অ্যাটাক্সিয়া, নিউরোপ্যাথি, স্প্যাস্টিক প্যারাপ্লেজিয়া, পারিবারিক বা প্রারম্ভিক সূচনা) রোগীদের ক্ষেত্রে পিসিআর নিশ্চিতকরণের পরে সন্দেহজনক ক্লিনিকাল নির্ণয়ের সাথে। , মটর নিউরন রোগ,পারকিনসোনিয়ানচলাফেরার ব্যাধি, বুদ্ধিবৃত্তিক অক্ষমতা, বা নিউরোমাসকুলার ডিসঅর্ডার) 2013-17 সালে 100000 জিনোম প্রকল্পে নিয়োগ করা হয়েছে। 100000 জিনোম প্রজেক্ট হল একটি যুক্তরাজ্যের প্রোগ্রাম যা বিরল রোগ এবং ক্যান্সারে অপূর্ণ ডায়াগনস্টিক চাহিদা সহ রোগীদের সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিংয়ের মূল্য নির্ধারণ করে। ইস্ট অফ ইংল্যান্ড কেমব্রিজ সাউথ রিসার্চ এথিক্স কমিটি (রেফারেন্স 14/EE/1112) দ্বারা 100000 জিনোম প্রকল্পের জন্য নৈতিক অনুমোদনের পরে, ডেটা বিশ্লেষণ এবং রোগীদের কাছে ডায়াগনস্টিক ফলাফল ফেরত সহ, এই রোগীদের স্বাস্থ্যসেবা পেশাদার এবং গবেষকদের দ্বারা নিয়োগ করা হয়েছিল ইংল্যান্ডের 13টি জিনোমিক মেডিসিন সেন্টার এবং তারা বা তাদের অভিভাবক যদি এই গবেষণা সহ গবেষণায় ব্যবহার করার জন্য তাদের নমুনা এবং ডেটার জন্য লিখিত সম্মতি প্রদান করে তবে প্রকল্পে নথিভুক্ত করা হয়েছিল। প্রোব্যান্ড এবং, যদি সম্ভব হয়, পরিবারের অন্যান্য সদস্যদের, নির্দিষ্ট বিরল রোগের অবস্থার জন্য নির্ধারিত যোগ্যতার মানদণ্ড অনুসারে নথিভুক্ত করা হয়েছিল (পরিশিষ্ট পিপি 5-11)। এনএইচএস-এ স্ট্যান্ডার্ড-অফ-কেয়ার জেনেটিক পরীক্ষার পরে রোগীদের 100000 জিনোম প্রকল্পে নিয়োগ করা হয়েছিল, যেমন যোগ্যতার মাপকাঠিতে নির্দেশ করা হয়েছে। স্ট্যান্ডার্ডাইজড বেসলাইন ক্লিনিকাল ডেটা হিউম্যান ফেনোটাইপিং অন্টোলজি (HPO)23 ব্যবহার করে রোগ-নির্দিষ্ট ডেটা মডেলগুলির বিরুদ্ধে রেকর্ড করা হয়েছিল৷24 পরীক্ষার জন্য প্রোব্যান্ডের ক্লিনিকাল ইঙ্গিতের সাথে সম্পর্কিত পরিবারের সদস্যদের রোগের অবস্থাও সংগ্রহ করা হয়েছিল৷

জিনগতভাবে অনির্দিষ্ট রোগের রোগীদের মধ্যে কার্যকারক পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ শনাক্ত করার জন্য, আমরা সন্দেহভাজন জেনেটিক ব্যাধিযুক্ত রোগীদের পরীক্ষা করেছি যেটি পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ রোগের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ। রোগীদের তাদের রোগের সমন্বয়ের ভিত্তিতে এবং পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ-সম্পর্কিত ব্যাধিগুলির সাথে এইচপিও শর্তাবলীর ভিত্তিতে নির্বাচন করা হয়েছিল। রোগীদের সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিং ডেটা তাদের ক্লিনিকাল বৈশিষ্ট্য অনুসারে চারটি ভিন্ন পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ প্যানেল ব্যবহার করে পুনরাবৃত্তির নির্দিষ্ট সেটগুলিতে সম্প্রসারণ অনুসন্ধান করার জন্য জিজ্ঞাসাবাদ করা হয়েছিল (পরিশিষ্ট পি 5)। এই প্যানেলে অন্তর্ভুক্তির জন্য নির্বাচিত পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ হল সবচেয়ে সাধারণ স্নায়বিক রোগ-সৃষ্টিকারী পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ অবস্থান। একাধিক বার বার সম্প্রসারণ ব্যাধির সাথে সম্ভাব্য সামঞ্জস্যপূর্ণ ক্লিনিকাল বৈশিষ্ট্যযুক্ত রোগীদের একাধিক প্যানেলে পরীক্ষা করা হয়েছিল। যদি পুরো-জিনোম সিকোয়েন্সিং ব্যবহার করে একটি পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ কল করা হয়, পিসিআর দ্বারা নিশ্চিতকরণ পরীক্ষা করা হয়েছিল।

নিশ্চিত পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ সহ প্রতিটি রোগীর জন্য, স্থানীয় চিকিত্সককে সম্ভাব্য ডায়গনিস্টিক ফলাফল সম্পর্কে অবহিত করা হয়েছিল এবং রোগীর ক্লিনিকাল বৈশিষ্ট্যগুলিতে পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণের অবদান মূল্যায়ন করা হয়েছিল। রোগীর ক্লিনিকাল বৈশিষ্ট্যগুলি সম্পূর্ণ বা আংশিকভাবে ব্যাখ্যা করে এমন পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণের জন্য, স্থানীয় মান পদ্ধতি অনুসারে একটি ডায়াগনস্টিক রিপোর্ট জারি করা হয়েছিল।

পদ্ধতি

আমাদের অধ্যয়নের ডায়গনিস্টিক নির্ভুলতা অংশে ব্যবহৃত এনএইচএস ঐতিহাসিক নমুনার জন্য, পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ পূর্বে পিসিআর পরিবর্ধন এবং খণ্ড বিশ্লেষণ ব্যবহার করে পরীক্ষা করা হয়েছিল। বড় C9orf72 সম্প্রসারণের জন্য সাউদার্ন ব্লটিং করা হয়েছিল। আমাদের অধ্যয়নের ক্লিনিকাল নির্ভুলতা অংশে, 100 000 জিনোম প্রকল্পের রোগীদের সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিং দ্বারা সনাক্ত করা পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ NHS জেনেটিক ল্যাবরেটরিতে সংরক্ষিত নমুনাগুলিতে PCR দ্বারা পরীক্ষা করা হয়েছিল। প্রাইমার সিকোয়েন্স সহ অতিরিক্ত বিশদ পরিশিষ্টে দেওয়া আছে (পিপি 2-3, 25-26)।

ট্রুসেক ডিএনএ পিসিআর-ফ্রি লাইব্রেরি প্রস্তুতি ব্যবহার করে পুরো জিনোম সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য ডিএনএ প্রস্তুত করা হয়েছিল, এবং জিনোমিক্স ইংল্যান্ডের জন্য উচ্চ থ্রুপুট জিনোম সুবিধাতে হাইসেক 2000 বা হাইসেক এক্স প্ল্যাটফর্মে 150 bp বা 125 bp পেয়ারড-এন্ড সিকোয়েন্সিং সঞ্চালিত হয়েছিল, এবং . জিনোমগুলি 35× (31× থেকে 37×; পরিশিষ্ট p 27) এর গড় গভীরতায় অনুক্রম করা হয়েছিল। ExpansionHunter সফ্টওয়্যার প্যাকেজ সংস্করণ 3.1.2.25,26 ব্যবহার করে শর্ট-টেন্ডেম-রিপিট জিনোটাইপিং সম্পাদিত হয়েছিল, সংক্ষেপে, ExpansionHunter রিলাইনস সিকোয়েন্সিং একটি পূর্বনির্ধারিত সংক্ষিপ্ত টেন্ডেম পুনরাবৃত্তির একটি সেট জুড়ে পাঠ করে যাতে একজন ব্যক্তির উভয় অ্যালিলের আকার অনুমান করা হয় (পরিশিষ্ট p 3)।

ExpansionHunter আউটপুটে পুনরাবৃত্ত উপাদানের সংখ্যা, সামগ্রিক আকার এবং মূল্যায়ন করা প্রতিটি অবস্থানের জন্য আত্মবিশ্বাসের সীমার একটি অনুমান অন্তর্ভুক্ত রয়েছে। অ্যাসোসিয়েশন ফর মেডিকেল প্যাথলজি এবং আমেরিকান প্যাথলজিস্ট কলেজের নির্দেশিকা উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং ভেরিয়েন্টের রুটিন মূল্যায়নের সময় বৈকল্পিক কলগুলির চাক্ষুষ পরিদর্শনের সুপারিশ করে৷27

যাইহোক, সংক্ষিপ্ত টেন্ডেম রিপিট ভেরিয়েন্টগুলি সাধারণ ভিজ্যুয়ালাইজেশন টুল যেমন ইন্টিগ্রেটিভ জিনোমিক্স ভিউয়ার দ্বারা পর্যাপ্তভাবে কল্পনা করা যায় না। 28 প্রতিটি জিনোটাইপ কলের অন্তর্নিহিত সম্পূর্ণ জিনোম সিকোয়েন্সিং ডেটা পরীক্ষা করার জন্য, একটি গ্রাফ ভিজ্যুয়ালাইজেশন টুল ব্যবহার করা হয়েছিল, যা হ্যাপ্লোটাইপগুলির সরাসরি ভিজ্যুয়ালাইজেশন এবং পাইলকোরআপ রিড করতে সক্ষম করে। সম্প্রসারণহান্টার জিনোটাইপ (পরিশিষ্ট পিপি 3, 15)। পাইলআপ গ্রাফের চাক্ষুষ পরিদর্শন সমস্ত সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিং সংক্ষিপ্ত টেন্ডেম পুনরাবৃত্তি কলে সম্পাদিত হয়েছিল যে অ্যালিলের জন্য সম্প্রসারণ হান্টার ভবিষ্যদ্বাণী সম্পূর্ণরূপে প্রতিটি পঠিত ছিল (অর্থাৎ, পুনরাবৃত্তি ক্রমটি সিকোয়েন্সিং পড়ার দৈর্ঘ্যের চেয়ে ছোট ছিল); মনোঅ্যালেলিক বা বিয়ালেলিক প্রসারণের উপস্থিতি নিশ্চিত করতে; পুউটেটিভ মিথ্যা-পজিটিভ কল সনাক্ত করতে; এবং এফএক্সএন (পরিশিষ্ট পিপি 4, 16) এর মতো বায়লেলিক পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণে মিথ্যা-নেতিবাচক অ্যালিল সনাক্ত করতে।

সম্প্রসারণহান্টার সম্পূর্ণ বা আংশিকভাবে একটি সংক্ষিপ্ত টেন্ডেম পুনরাবৃত্তি ধারণ করে সিকোয়েন্সিং রিড বিশ্লেষণ করে পুরো-জিনোম সিকোয়েন্সিং ডেটা থেকে পুনরাবৃত্তির আকার অনুমান করে। যদি একটি সংক্ষিপ্ত টেন্ডেম রিপিট অ্যালিল রিড দৈর্ঘ্যের চেয়ে ছোট হয়, তবে এক্সপ্যানশনহান্টার সঠিক আকারের পূর্বাভাস দেয়; যদি একটি সংক্ষিপ্ত টেন্ডেম রিপিট অ্যালিল পঠিত দৈর্ঘ্যের চেয়ে দীর্ঘ হয়, তবে এক্সপ্যানশনহান্টার লোকাস সিকোয়েন্সের গঠন, সিকোয়েন্সিংয়ের গভীরতা এবং সিকোয়েন্সিংয়ের গুণমানের উপর নির্ভর করে একটি CI-এর মধ্যে পুনরাবৃত্তির আকার অনুমান করে।

পরিসংখ্যান সংক্রান্ত বিশ্লেষণ

আমরা পুনরাবৃত্তিগুলিকে পুরো জিনোম সিকোয়েন্সিং দ্বারা প্রসারিত হিসাবে শ্রেণীবদ্ধ করি যদি এক্সপ্যানশনহান্টার দ্বারা ভবিষ্যদ্বাণী করা আকারটি প্রিম্যুটেশন কাটঅফের উপরে হয়, বা যদি পূর্বাভাসিত আকার কাটঅফের নীচে থাকে (পরিশিষ্ট পি 28)।

সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিং পুনরাবৃত্ত সম্প্রসারণ সনাক্তকরণের জন্য সংবেদনশীলতা এবং সিআইগুলি প্রসারিত পুনরাবৃত্তি সহ পূর্বে পিসিআর-নিশ্চিত অ্যালিলের মধ্যে প্রসারিত পুনরাবৃত্তি সহ অ্যালিলের অনুপাত হিসাবে গণনা করা হয়েছিল। পিসিআর দ্বারা পূর্বে পরীক্ষিত অ-প্রসারিত পুনরাবৃত্তিগুলির মধ্যে অ-প্রসারিত অ্যালিলের অনুপাত হিসাবে নির্দিষ্টতা অনুমান করা হয়েছিল। পরিসংখ্যান সূত্রের সম্পূর্ণ বিবরণ পরিশিষ্টে দেওয়া আছে (পৃ 1)।

পুরো জিনোম সিকোয়েন্সিং দ্বারা পুনরাবৃত্তি আকারের অনুমানের সাথে পিসিআর দ্বারা পুনরাবৃত্তির আকারের তুলনা করতে, পিসিআর-পরিমাণযুক্ত অ্যালিলগুলি 13টি সংক্ষিপ্ত টেন্ডেম রিপিট লোকি জুড়ে রিড দৈর্ঘ্যের চেয়ে ছোট অ্যালিলের জন্য এক্সপ্যানশনহান্টার দ্বারা পূর্বাভাসিত পুনরাবৃত্তি মাপের সাথে তুলনা করা হয়েছিল। Concordance গণনা করা হয়েছিল এক্সপ্যানশনহান্টার দ্বারা পূর্বাভাসিত পুনরাবৃত্তি মাপের শতাংশ দ্বারা যা PCR-পরিমাণকৃত আকারের সাথে একমত ছিল, প্লাস বা বিয়োগ এক পুনরাবৃত্তির PCR ত্রুটি বিবেচনা করে। R পরিসংখ্যানগত সফ্টওয়্যার সংস্করণ 3.6.3 ব্যবহার করে পরিসংখ্যানগত বিশ্লেষণ করা হয়েছিল।

তহবিল উৎসের ভূমিকা

অধ্যয়নের নকশা, রোগীর তালিকাভুক্তি, ডেটা সংগ্রহ এবং সিকোয়েন্সিং জিনোমিক্স ইংল্যান্ডের কর্মচারী এবং একাডেমিক গবেষকদের দ্বারা পরিচালিত হয়েছিল। ইলুমিনার কর্মীরা পুরো জিনোম সিকোয়েন্সিং ডায়াগনস্টিক নির্ভুলতা অধ্যয়নের পরিকল্পিত উপাদান হিসাবে 150টি রোগীর নমুনার সিকোয়েন্সিং সঞ্চালন করেছে এবং এক্সপ্যানশনহান্টার তৈরি করেছে। জিনোমিক্স ইংল্যান্ডের কর্মচারী, একাডেমিক গবেষক এবং সহ-লেখক RTH, ED, এবং MAE 100 000 জিনোম প্রকল্পে নিয়োগ করা রোগীদের পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণের বিশ্লেষণ এবং ব্যাখ্যা করেছেন। প্রতিবেদনের ডেটা ব্যাখ্যা বা লেখার ক্ষেত্রে তহবিল উত্সগুলির কোনও ভূমিকা ছিল না।

ফলাফল

পুনরাবৃত্ত সম্প্রসারণ শনাক্ত করার জন্য সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিংয়ের ডায়াগনস্টিক নির্ভুলতা পূর্বে NHS-এর মধ্যে 404 রোগীর (64 রোগীদের একাধিক পুনরাবৃত্তির জন্য পরীক্ষা করা হয়েছিল; চিত্র 1) থেকে করা 793 পিসিআর পরীক্ষার বিপরীতে মূল্যায়ন করা হয়েছিল। এই পরীক্ষাগুলির মধ্যে, 183টি বর্ধিত পুনরাবৃত্তি এবং 610টি পিসিআর দ্বারা পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ না হওয়া হিসাবে শ্রেণীবদ্ধ করা হয়েছিল, 13টি রোগের লোকি জুড়ে মোট 221টি প্রসারিত এবং 1321টি অ-প্রসারিত পৃথক পৃথক অ্যালিল পাওয়া যায় (পরিশিষ্ট pp 24, 28)। সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিং সঠিকভাবে শ্রেণীবদ্ধ করা হয়েছে 221টি সম্প্রসারিত অ্যালিলের 215টি এবং 1321টি অ-প্রসারিত অ্যালিলের মধ্যে 1316টি পিসিআর পরীক্ষার ফলাফলের তুলনায় (পরিশিষ্ট পিপি 27, 29), প্রাথমিক সংবেদনশীলতা 97·3 শতাংশ (95 শতাংশ CI 94·2-99) দেখাচ্ছে · 0) এবং 99·6 শতাংশের নির্দিষ্টতা (99·1–99·9; টেবিল 1)। পাঠের মানের উপর ভিত্তি করে সমস্ত কলের চাক্ষুষ সংশোধনের পরে, সংবেদনশীলতা 99·1 শতাংশ (96·8–99·9) এবং নির্দিষ্টতা 100 শতাংশে (99·7-100; চিত্র 2A, টেবিল 1) বৃদ্ধি পেয়েছে। সম্প্রসারিত অ্যালিলের ভিজ্যুয়ালাইজেশন মিথ্যা-ইতিবাচক ফলাফল সনাক্তকরণ এবং FXN-এ সমস্ত মিথ্যা-নেতিবাচক অ্যালিলের পুনঃশ্রেণীকরণ সক্ষম করে, যার মধ্যে শুধুমাত্র একটি অ্যালিলকে বাইলেলিক সম্প্রসারণ সহ নমুনাগুলিতে প্রসারিত হিসাবে সঠিকভাবে শ্রেণীবদ্ধ করা হয়েছিল (পরিশিষ্ট পিপি 17, 18)।

পুনরাবৃত্তির দৈর্ঘ্য পিসিআর দ্বারা 509টি পিসিআর পরীক্ষায় 13টি পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ স্থান জুড়ে 945টি অ্যালিলকে জিজ্ঞাসাবাদ করে পরিমাপ করা হয়েছিল। এক্সপেনশনহান্টার এবং পিসিআর-এর মধ্যে পারস্পরিক সম্পর্কগুলি পরিশিষ্টে (পরিশিষ্ট p 19) সিকোয়েন্সিং পড়ার দৈর্ঘ্যের (অর্থাৎ, 150 bp) থেকে ছোট এবং বড় আকারের পুনরাবৃত্তির জন্য দেখানো হয়েছে। পিসিআর এবং এক্সপ্যানশনহান্টারের মধ্যে 92·7 শতাংশ (902-এর 836) চুক্তি সহ, পড়ার দৈর্ঘ্যের চেয়ে ছোট পুনরাবৃত্তির জন্য উচ্চ একতা পরিলক্ষিত হয়েছে। ATXN2, ATXN7, CACNA1A, এবং HTT-এর জন্য ExpansionHunter এবং PCR-এর মধ্যে উচ্চ সমন্বয় এবং DMPK বা TBP (পরিশিষ্ট p 30) এর জন্য নিম্ন সমঝোতা সহ লোকাস পরিবর্তনশীলতা পরিলক্ষিত হয়েছে। পঠিত দৈর্ঘ্যের চেয়ে বড় অ্যালিলের দৈর্ঘ্য এক্সপ্যানশনহান্টার দ্বারা অবমূল্যায়ন করা হয়েছিল, যা DMPK, FMR1, এবং FXN (চিত্র 2B, পরিশিষ্ট pp 19, 31) এ কল করার নির্ভুলতাকে প্রভাবিত করেছিল।

যদিও ExpansionHunter FMR1, DMPK, C9orf72, এবং FXN (পরিশিষ্ট p 29) তে বৃহৎ প্রসারিত অ্যালিলগুলিকে সঠিকভাবে সনাক্ত করতে সক্ষম হয়েছিল, তবে পূর্বাভাসিত আকারের অনুমানগুলি PCR দ্বারা প্রাপ্ত অ্যালিলের চেয়ে কম হওয়ার প্রবণতা ছিল কারণ প্যাথোজেনিক পরিসরের মধ্যে পুনরাবৃত্তি আকার বৃদ্ধি পেয়েছে, যা প্রভাবিত করেছে। DMPK, C9orf72, এবং FXN-এ বড় এবং ছোট সম্প্রসারণের মধ্যে পার্থক্য করার ক্ষমতা, অথবা FMR1 (পরিশিষ্ট p 31) তে সম্পূর্ণ সম্প্রসারণ এবং পরিবর্তনের মধ্যে পার্থক্য করার ক্ষমতা। উদাহরণস্বরূপ, FMR1-এ 200 পুনরাবৃত্তির চেয়ে বড় পিসিআর-মূল্যায়িত পুনরাবৃত্তির দৈর্ঘ্যের লোকি এবং সম্পূর্ণ মিউটেশন হিসাবে শ্রেণীবদ্ধ একটি গড় পুনরাবৃত্তির আকার ছিল 92·6 এর ExpansionHunter দ্বারা অনুমান করা হয়েছে (SD 17·8; পরিশিষ্ট p 31)।

পূর্বে পরীক্ষিত এবং জেনেটিক্যালি অনির্দিষ্ট রোগীদের নির্ণয়ের সমাধান করার জন্য পুরো জিনোম সিকোয়েন্সিং দ্বারা পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ সনাক্তকরণের ক্ষমতা পরীক্ষা করার জন্য, আমরা 100000 জিনোম প্রকল্পে (চিত্র 1) নিয়োগকৃত সন্দেহভাজন জেনেটিক স্নায়বিক ব্যাধি সহ 11 631 রোগীদের পরীক্ষা করেছি। সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিং ডেটা রোগীর ক্লিনিকাল বৈশিষ্ট্য অনুসারে চারটি ভিন্ন পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ প্যানেল ব্যবহার করে মূল্যায়ন করা হয়েছিল। চারটি প্যানেলের প্রতিটি দিয়ে পরীক্ষা করা রোগীদের সংখ্যা টেবিল 2 এ দেখানো হয়েছে।

সামগ্রিকভাবে, আমরা 105 রোগীর (টেবিল 2, পরিশিষ্ট pp 20, 33) থেকে নমুনায় পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ সনাক্ত করেছি এবং দৃশ্যত নিশ্চিত করেছি। এর মধ্যে, 81টি নমুনা PCR দ্বারা নিশ্চিতকরণ পরীক্ষার জন্য উপলব্ধ ছিল, এবং 68টি পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ (0·6 শতাংশ ফলন): প্যানেল A-তে 3692-এর মধ্যে 45 (1·2 শতাংশ), আটটি ({ প্যানেল B-এ 2743-এর মধ্যে 3 শতাংশ, প্যানেল C-তে 860-এর মধ্যে পাঁচটি (0·6 শতাংশ), এবং প্যানেল ডি-তে 6731-এর মধ্যে দশটি (0·1 শতাংশ)। 81টি সম্প্রসারণ কলের মধ্যে তেরোটি প্যাথোজেনিক পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ (16 শতাংশ মিথ্যা আবিষ্কারের হার) হিসাবে নিশ্চিত করা হয়নি। এর মধ্যে দুটি ছিল ATXN1 এবং ATXN2 তে অ-প্রসারিত অ্যালিল, চারটি ছিল FMR1 মধ্যবর্তী আকারের কল (পরিশিষ্ট p 21), এবং সাতটি ছিল FMR1 পারমুটেশন।

পিসিআর দ্বারা নিশ্চিত হওয়া 68 জন রোগীর পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণের ক্লিনিকাল বিবরণ, তাদের ক্লিনিকাল উপস্থাপনা, পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ চিহ্নিত করা এবং রোগীর ক্লিনিকাল বৈশিষ্ট্যগুলির পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণের অবদানগুলি সারণি 3 এ দেওয়া হয়েছে; HPO শর্তাবলী, ExpansionHunter দ্বারা আনুমানিক পুনরাবৃত্তি আকার, এবং একটি ডায়াগনস্টিক রিপোর্ট জারি করা হয়েছে কিনা পরিশিষ্টে তালিকাভুক্ত করা হয়েছে (p 33)।

প্যানেল A (টেবিল 3, পরিশিষ্ট p 22) এর সাথে পরীক্ষা করা বিভিন্ন ধরণের ওভারল্যাপিং ক্লিনিকাল উপস্থাপনা সহ উপস্থিত রোগীদের মধ্যে বিস্তৃতি লক্ষ্য করা গেছে, লেভোডোপা প্রতিক্রিয়াশীল প্রারম্ভিক-সূচনা পার্কিনসন রোগ এবং প্রগতিশীল সেরিবেলার অ্যাটাক্সিয়ার একটি ইতিহাস সহ রোগীর মধ্যে ATXN2 পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ। , এবং চারকোট-মারি-টুথ রোগে ক্লিনিক্যালি নির্ণয় করা চারজন রোগীর মধ্যে এআর সম্প্রসারণ, যার মধ্যে একজন জিনগতভাবে নিশ্চিত হওয়া ডিমাইলিনেটিং নিউরোপ্যাথি সহ (যেমন, চারকোট-মেরি-টুথ রোগের ধরন 1, রোগী 42; পরিশিষ্ট পি 33)। পূর্ববর্তী ক্লিনিকাল নির্ণয়ের একটি বিস্তৃত পরিসর প্যাথোজেনিক পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ রোগীদের মধ্যে পরিলক্ষিত হয়েছিল।

উদাহরণস্বরূপ, অ্যামিওট্রফিক ল্যাটারাল স্ক্লেরোসিস বা অন্যান্য মোটর নিউরন রোগে আক্রান্ত সাতজন রোগীর মধ্যে, AR (n=4) এবং C9orf72 (n=3) এ বিস্তার চিহ্নিত করা হয়েছিল। সন্দেহভাজন বংশগত অ্যাটাক্সিয়া রোগীদের মধ্যে, আমরা লোকির সম্প্রসারণ সনাক্ত করেছি যেগুলি নিয়োগের সময় NHS-এর মধ্যে রুটিন ডায়াগনস্টিক ওয়ার্কআপের অংশ হিসাবে মূল্যায়ন করা হয়নি, যার মধ্যে ATN1, ATXN2, ATXN3, ATXN7, CACNA1A, FXN, TBP, এবং HTT ( টেবিল 3)। আমরা বিকল্প পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ ব্যাধিগুলির সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ ক্লিনিকাল বৈশিষ্ট্যযুক্ত রোগীদের মধ্যে পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণও শনাক্ত করেছি, যার মধ্যে প্রারম্ভিক-সূচনা এবং পারিবারিক পারকিনসন্স রোগে একটি C9orf72 সম্প্রসারণ (রোগী 24, টেবিল 3) এবং এইচটিটি (38 পুনরাবৃত্তি) হ্রাসকৃত অনুপ্রবেশের পরিসরে পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ রয়েছে। মুভমেন্ট ডিসঅর্ডার, ডিমেনশিয়া, বিষণ্ণতা এবং কথা বলার অসুবিধা (রোগী 44 এবং 45) সহ দুই বোনের মধ্যে, এই পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ ব্যাধিগুলির দ্বারা উপস্থাপিত ডায়াগনস্টিক চ্যালেঞ্জকে আন্ডারস্কোর করে।

প্যানেল বি দিয়ে পরীক্ষিত আটটি শিশুর মধ্যে বড় CAG পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ পাওয়া গেছে (চিত্র 3), যার মধ্যে সাতটি রোগীর ক্লিনিকাল বৈশিষ্ট্যগুলি সম্পূর্ণরূপে ব্যাখ্যা করেছে। ছয়জন রোগীর একটি তথ্যপূর্ণ পারিবারিক ইতিহাস ছিল না এবং নিয়োগের সময় তাদের ক্লিনিকাল মূল্যায়নের অংশ হিসাবে পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ পরীক্ষার প্রস্তাব দেওয়া হয়নি (রোগী 48-53; টেবিল 3, পরিশিষ্ট পি 33)। এই শিশুদের মধ্যে দুটি বড় এইচটিটি সম্প্রসারণ বহন করে (90-100 সিএজি পুনরাবৃত্তি)। উল্লেখ্য, একজন শিশু হান্টিংটনের রোগের কোনো পারিবারিক ইতিহাস না থাকা একজন অপ্রতিরোধ্য পিতা-মাতার কাছ থেকে উত্তরাধিকারসূত্রে উত্তরাধিকারসূত্রে প্রাপ্ত হয়েছিল। পারিবারিক পরীক্ষা চলছে, তবে বর্ধিত পরিবারে একটি হ্রাস অনুপ্রবেশ অ্যালিল চিহ্নিত করা হয়েছে, যা নির্দেশ করে যে পুনরাবৃত্তিটি একক প্রজন্মের (রোগী 52) 60টিরও বেশি পুনরাবৃত্তি ইউনিট দ্বারা প্রসারিত হয়েছিল। লেখার সময়, পরিবারের কেউ হান্টিংটনের রোগের কোনো লক্ষণ দেখায়নি এবং পিতামাতার জন্য জেনেটিক কাউন্সেলিং এবং পরীক্ষা চলছে। 5 বছরের কম বয়সী দুটি শিশু ATXN7-এ বড় আকারের পুনরাবৃত্তি করে এবং জটিল মাল্টি-সিস্টেম রোগে উপস্থাপিত হয়। এই শিশুদের মধ্যে একজনের জন্য (রোগী 50), তাদের অভিভাবক 100000 জিনোম প্রকল্পে তালিকাভুক্তির 2 বছর পরে গাইট সমস্যা দেখিয়েছিলেন। একইভাবে, 10 বছর বয়সী একটি মেয়ের বৌদ্ধিক অক্ষমতার সাথে ATXN2-তে 99-পুনরাবৃত্তির প্রসারণ পাওয়া গেছে, যদিও বাবা-মা উভয়কেই অপ্রভাবিত হিসাবে মনোনীত করা হয়েছিল, এবং 18 বছর বয়সী একটি মেয়েকে ডিমেনশিয়া আছে এমন দেখা গেছে 99- {19}} ATN1-এ সম্প্রসারণের পুনরাবৃত্তি করুন (পরিশিষ্ট পৃ 33)।

ডিএমপিকে (প্যানেল সি) তে পাঁচটি সম্প্রসারণ সনাক্ত করা হয়েছে, যার মধ্যে একটি শিশু এবং একজন মা যার পেশীবহুল ডিস্ট্রোফির ক্লিনিকাল নির্ণয় রয়েছে, সন্দেহভাজন দূরবর্তী মায়োপ্যাথি সহ দুই ভাইবোনের মধ্যে এবং জন্মগত মায়োপ্যাথিতে (রোগী 54-58) একটি কিশোর-কিশোরী। FMR1 সম্প্রসারণ (প্যানেল ডি) নয়টি ছেলে এবং একটি মেয়ের মধ্যে সনাক্ত করা হয়েছিল, এবং ফ্রেজিল এক্স সিন্ড্রোমের একটি নির্ণয় সম্পূর্ণ বা আংশিকভাবে উপস্থাপিত ক্লিনিকাল বৈশিষ্ট্যগুলি ব্যাখ্যা করেছে (রোগী 59-68)।

আলোচনা

ভিন্নধর্মী এবং ওভারল্যাপিং ক্লিনিকাল বৈশিষ্ট্য এবং অ-নির্দিষ্ট ক্লিনিকাল অনুসন্ধানের কারণে স্বাস্থ্য পরিচর্যায় পুনরাবৃত্তিমূলক সম্প্রসারণ ব্যাধিগুলির নির্ণয় চ্যালেঞ্জিং, যা বয়সের সাথে এবং প্রতিটি পরবর্তী প্রজন্মের মধ্যে তীব্রতা বৃদ্ধি করতে পারে। উত্তরাধিকারসূত্রে প্রাপ্ত স্নায়বিক রোগের সবচেয়ে সাধারণ কারণগুলির মধ্যে পুনরাবৃত্তির সম্প্রসারণ ব্যাধিগুলি হল৷4 তবুও, রোগীদের কম নির্ণয় করা যেতে পারে, কারণ হয় অপর্যাপ্ত জেনেটিক পরীক্ষা করা হয়েছে বা কারণের জিনগত রূপগুলি এখনও আবিষ্কৃত হয়নি৷ পরীক্ষার পদ্ধতিগুলি বর্তমানে খণ্ডিত, এবং রোগীদের ভুল পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ লোকাস পরীক্ষা করা হতে পারে 29 বা অন্যান্য স্নায়বিক জেনেটিক ব্যাধিগুলির সাথে ক্লিনিকাল বৈশিষ্ট্যগুলির ওভারল্যাপের কারণে ভিন্ন শ্রেণীর বৈকল্পিকের জন্য একটি আণবিক পরীক্ষা পেতে পারে৷30

সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিং বিরল স্নায়বিক ব্যাধিগুলির জন্য প্রথম-লাইন ডায়গনিস্টিক পরীক্ষা হিসাবে একাধিক সেটিংসে ব্যবহার করা হয়েছে কিন্তু পূর্বে মনে করা হয়েছিল যে পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ সনাক্ত করার ক্ষমতা কম। গবেষণা সেটিংয়ে সিকোয়েন্সিং, 31 কিন্তু এই পদ্ধতির কোনোটিই একক স্বাস্থ্যসেবা পরিষেবায় বিপুল সংখ্যক রোগীর কাছ থেকে সংগৃহীত সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিং ডেটাতে প্রয়োগ করা হয়নি। আমরা প্রমাণ উপস্থাপন করি যে পুরো-জিনোম সিকোয়েন্সিং থেকে পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ সনাক্ত করার জন্য ডিজাইন করা একটি অ্যালগরিদম নির্ভরযোগ্যভাবে সবচেয়ে সাধারণ রোগ-সৃষ্টিকারী পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণকে মূল্যায়ন করতে পারে এবং স্নায়বিক রোগে আক্রান্ত রোগীদের একটি বৃহৎ দলে পূর্বে জেনেটিক্যালি অজ্ঞাত কেস সমাধান করতে পারে। আমাদের ফলাফলগুলি নির্দেশ করে যে পুরো-জিনোম সিকোয়েন্সিং 13টি পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ লোকি জুড়ে উচ্চ সংবেদনশীলতা এবং নির্দিষ্টতার সাথে অ-প্রসারিত এবং প্রসারিত অ্যালিলের মধ্যে পার্থক্য করতে পারে (যা ভিজ্যুয়াল পরিদর্শন দ্বারা আরও উন্নত করা যেতে পারে), সঠিকভাবে পঠিত দৈর্ঘ্যের চেয়ে ছোট অ্যালিলের আকার গণনা করতে পারে। , এবং FMR1, DMPK, FXN, এবং C9orf72-এ বড় সম্প্রসারণের আকারকে অবমূল্যায়ন করতে পারে।

গোল্ড-স্ট্যান্ডার্ড পদ্ধতি ব্যবহার করে ক্লিনিকাল ডায়াগনস্টিক জিনোমিক ল্যাবরেটরিগুলিতে পূর্বে প্রাপ্ত ইতিবাচক এবং নেতিবাচক ফলাফলগুলির বিরুদ্ধে সমগ্র জিনোম সিকোয়েন্সিং দ্বারা পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণের সনাক্তকরণের মূল্যায়ন করা হলে, আমরা ন্যূনতম 97·3 শতাংশ সংবেদনশীলতা এবং 99·6 শতাংশ নির্দিষ্টতা পেয়েছি। তদ্ব্যতীত, আমরা দেখিয়েছি যে রিড পাইলআপের ম্যানুয়াল কিউরেশনের মাধ্যমে নির্দিষ্টতা এবং সংবেদনশীলতা উভয়ই উন্নত করা যেতে পারে, মিথ্যা-ইতিবাচক ফলাফল সনাক্তকরণ এবং বাইলেলিক সম্প্রসারণ সহ নমুনাগুলিতে মিথ্যা-নেতিবাচক অ্যালিলগুলির পুনঃশ্রেণীকরণ সক্ষম করে। FMR1 (প্যানেল ডি) এর জন্য পরীক্ষা করা 6731 রোগীর মধ্যে 124টি কল প্রসারিত হওয়ার পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছিল। আমরা সম্ভাব্য মিথ্যা ইতিবাচক হিসাবে চাক্ষুষ পরিদর্শনের মাধ্যমে 97 বাদ দিতে সক্ষম হয়েছি। এটি ইঙ্গিত দেয় যে 54 টির মধ্যে 1টি সম্পূর্ণ জিনোম সিকোয়েন্সিং পরীক্ষায় একটি FMR1 কল থাকবে যা একটি সম্ভাব্য মিথ্যা-পজিটিভ কল বাতিল করার জন্য দৃশ্যত পরিদর্শন করা প্রয়োজন। FMR1-এর জন্য মিথ্যা-পজিটিভ কলের সংখ্যা কমাতে ExpansionHunter জিনোটাইপিং পদ্ধতি উন্নত করার জন্য কাজ চলছে।

We show that repeat sizing is accurate for repeats smaller than the sequencing read lengths, and therefore that most non-expanded and premutation CAG repeat expansion disorder alleles can be sized accurately. These results are consistent with other studies showing a strong correlation between whole genome sequencing and PCR quantification of repeat lengths smaller than the sequencing read length.19,25,26 Whole genome sequencing expansion detection is limited in its sizing of alleles considerably larger than the read length, such as in Fragile X syndrome. We note that all FMR1 repeats previously classified by PCR as fully expanded (ie, >200 repeats) were classified by whole genome sequencing as permutation (50–200 repeats) in this study. Repeat size estimation for repeats larger than the read length is particularly important for loci in which the length of the repeat correlates with the disease clinical features. This includes DMPK, for which small expansions (50–150 repeats) cause mild myotonic dystrophy type 1 and large expansions (>1000 পুনরাবৃত্তি) আরও গুরুতর রোগ সৃষ্টি করে, এবং স্পিনোসেরেবেলার অ্যাটাক্সিয়া টাইপ 36 (NOP56), যার জন্য 650 পুনরাবৃত্তির চেয়ে বড় বিস্তৃতিগুলিকে প্যাথোজেনিক হিসাবে বিবেচনা করা হয় এবং 15-650 এর পুনরাবৃত্তি মাপগুলিকে মধ্যবর্তী এবং অনিশ্চিত তাত্পর্যের রূপ হিসাবে বিবেচনা করা হয়।

40 টিরও বেশি পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ লোকি চিহ্নিত করা হয়েছে; এই লোকিগুলির মধ্যে অনেকগুলি সম্প্রতি শনাক্ত করা হয়েছে এবং এখন পূর্বের অব্যক্ত অবস্থার সাথে যুক্ত, যার মধ্যে সেরিবেলার অ্যাটাক্সিয়া সহ নিউরোপ্যাথি এবং ভেস্টিবুলার অ্যারেফ্লেক্সিয়া সিন্ড্রোম (RFC1) 32 এবং মায়োক্লোনিক এপিলেপসি (SAMD12) সহ। ইতিবাচক এবং নেতিবাচক নিয়ন্ত্রণ নমুনার প্রাপ্যতার উপর ভিত্তি করে আমাদের অধ্যয়নের জন্য নির্বাচিত।

এখানে উপস্থাপিত ফলাফলগুলি পরামর্শ দেয় যে এক্সপানশনহান্টার অ-প্রসারিত এবং প্রসারিত অ্যালিলগুলিকে যে কোনও পুনরাবৃত্তির সম্প্রসারণ লোকাসে সঠিকভাবে শ্রেণীবদ্ধ করতে সক্ষম হবে যদি অ-প্রসারিত অ্যালিলগুলি পঠিত দৈর্ঘ্যের (অর্থাৎ, 150 bp) থেকে ছোট হয়। যদিও বেশিরভাগ পুনরাবৃত্ত সম্প্রসারণ লোকিতে 150 bp এর চেয়ে ছোট অ্যালিল থাকে যখন অপ্রসারিত হয়, কিছু লোকি যার জন্য অপ্রসারিত অ্যালিলের আকার 150 bp এর কাছাকাছি (যেমন, NOTCH2NLC)34 এই পদ্ধতি ব্যবহার করে জিনোটাইপ করা আরও কঠিন হতে পারে। লোকির জন্য যেখানে প্রসারিত পুনরাবৃত্তিটি পড়ার দৈর্ঘ্যের চেয়ে উল্লেখযোগ্যভাবে বড়, পুরো-জিনোম সিকোয়েন্সিং প্যাথোজেনিক বিস্তার সনাক্ত করতে পারে (যেমন, NOP56,35 RFC120,32)। উদীয়মান দীর্ঘ-পঠিত সিকোয়েন্সিং প্রযুক্তিগুলি বড় সম্প্রসারণের জিনোটাইপ করার সময় পরিপূরক পদ্ধতির প্রস্তাব দিতে পারে৷36

100 000 জিনোম প্রজেক্টে নিয়োগ করা 11 631 অজ্ঞাত রোগীদের সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিং ব্যবহার করে পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণের মূল্যায়ন ব্যাখ্যামূলক ফলাফল সহ 68 জন রোগীর ফলাফল পেয়েছে। স্ট্যান্ডার্ড-অফ-কেয়ার জেনেটিক পরীক্ষার পরে রোগীদের 100 000 জিনোম প্রকল্পে নিয়োগ করা হয়েছিল; তাই, এই দলে চিহ্নিত পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণের অনুপাত স্ট্যান্ডার্ড এনএইচএস টেস্টিং থেকে ডায়গনিস্টিক ফলনের একটি উত্থানকে প্রতিনিধিত্ব করে, যার মধ্যে রয়েছে FXN বা DMPK-এর মতো পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ ব্যাধিগুলির জন্য লোকাস-নির্দিষ্ট পরীক্ষা। লক্ষণীয়, রোগীর ক্লিনিকাল বৈশিষ্ট্যের উপর ভিত্তি করে কিছু রোগ নির্ণয় সন্দেহ করা হয়নি, যার মধ্যে ছয়জন শিশু রোগী যাদের পুনরাবৃত্তির সম্প্রসারণ ব্যাধির কোনো পরিচিত পারিবারিক ইতিহাস ছিল না। এই গবেষণায় বর্ণিত পেডিয়াট্রিক রোগীদের পুরো জিনোম সিকোয়েন্সিং দ্বারা ভবিষ্যদ্বাণী করা গড় পুনরাবৃত্তির মাপগুলি প্রাপ্তবয়স্কদের গড় থেকে যথেষ্ট বড়, এই প্রত্যাশার সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ যে বৃহত্তর সম্প্রসারণ পূর্ববর্তী এবং আরও গুরুতর সূত্রপাতের সাথে সম্পর্কিত, এমনকি শিশুদের ক্ষেত্রেও। আরও কাজ করা প্রয়োজন, কিন্তু এই অনুসন্ধানটি পরামর্শ দেয় যে বয়স-নির্ভর এবং প্যাথোজেনিসিটির পুনরাবৃত্তি আকার-নির্ভর মূল্যায়ন প্রাপ্তবয়স্ক-সূচনা ঝুঁকি অ্যালিলগুলি সনাক্ত করার সম্ভাব্য বিপদ হ্রাস করে একটি শিশু রোগ নির্ণয়কে সমর্থন করতে পারে, যা শিশুদের মধ্যে অযাচিত ভবিষ্যদ্বাণীমূলক পরীক্ষার দিকে পরিচালিত করে।

আমাদের অনুসন্ধানগুলি পুরো জিনোম সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য একটি ক্লিনিকাল ডায়গনিস্টিক ওয়ার্কফ্লো প্রতিষ্ঠা করতে সক্ষম করে (পরিশিষ্ট পি 23)। আমরা প্রস্তাব করি যে মিথ্যা ইতিবাচক শনাক্ত করার জন্য প্রসারিত হিসাবে শ্রেণীবদ্ধ সমস্ত কলের জন্য চাক্ষুষ পরিদর্শন করা হয় এবং বাইলেলিক সম্প্রসারণ যার জন্য শুধুমাত্র একটি প্রসারিত অ্যালিল সনাক্ত করা হয়েছে (যেমন, FXN)। আমরা সুপারিশ করি যে ল্যাবরেটরিগুলি আকার অনুমান না মেনে সম্প্রসারণের উপস্থিতি মূল্যায়ন করার জন্য এক্সপ্যানশনহান্টার ব্যবহার করে এবং পরীক্ষার কার্যপ্রবাহের একটি মানক উপাদান হিসাবে নিশ্চিতকরণকারী পিসিআর পরীক্ষা সম্পাদন করে।

বিরল উত্তরাধিকারসূত্রে প্রাপ্ত রোগের মধ্যে রয়েছে বিস্তৃত ক্লিনিকাল বৈশিষ্ট্য, যা লোকাস-নির্দিষ্ট জিনোমিক পরীক্ষাকে অদক্ষ, কঠিন এবং ব্যয়বহুল করে তোলে। আমরা প্রমাণ উপস্থাপন করি যে ক্লিনিকাল-গ্রেডের পুরো জিনোম সিকোয়েন্সিং বিরল স্নায়বিক রোগের একটি পরিসীমা নির্ণয় করার সম্ভাবনার সাথে সাধারণত একটি একক বেস, ইনডেল বা অনুলিপি নম্বর বৈকল্পিকের সাথে উপস্থাপন করে এখন পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণের জন্য প্রসারিত করা যেতে পারে। যেহেতু পুরো-জিনোম সিকোয়েন্সিং একটি একক পরীক্ষা প্রদান করে যা সর্বাধিক সাধারণ পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ সনাক্ত করতে পারে, সেইসাথে এই অবস্থার সাথে যুক্ত জিনে বিন্দু পরিব্যক্তি এবং অনুলিপি নম্বর বৈকল্পিক পরীক্ষা সক্ষম করে, এটি এই ভিন্নধর্মী ব্যাধিগুলির সাথে বেশিরভাগ রোগীকে সনাক্ত করার সুযোগ দেয়। যারা লোকাস-নির্দিষ্ট পরীক্ষা ব্যবহার করে নির্ণয় করা হয়নি। এই ব্যাধিগুলির জন্য উদীয়মান থেরাপির যুগে, প্রাথমিক সনাক্তকরণ গুরুত্বপূর্ণ হয়ে উঠতে পারে। 37 এই ফলাফলগুলি ক্লিনিকাল ডায়াগনস্টিক পরীক্ষাগারগুলিতে পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ সনাক্তকরণের জন্য সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিং বাস্তবায়নকে সমর্থন করে, একটি পদ্ধতি যা ইতিমধ্যেই NHS ইংল্যান্ড জাতীয় জিনোমিক-এ অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছে। অজ্ঞাত বিরল স্নায়বিক রোগের তদন্তের জন্য টেস্ট ডিরেক্টরি, 38।

তথ্যসূত্র

1 Ngo KJ, Rexach JE, Lee H, et al. সেরিবেলার অ্যাটাক্সিয়া এবং সম্পর্কিত স্নায়বিক ব্যাধিতে এক্সোম সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য একটি ডায়াগনস্টিক সিলিং। হাম মুতত 2020; 41: 487-501।

2 Lynch DS, Koutsis G, Tucci A, et al. গ্রীসে বংশগত স্পাস্টিক প্যারাপ্লেজিয়া: পরবর্তী প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং ব্যবহার করে পূর্বে অনাবিষ্কৃত জনসংখ্যার বৈশিষ্ট্য। ইউর জে হাম জেনেট 2016; 24: 857-63।

3 Graziola F, Garone G, Stregapede F, et al. পেডিয়াট্রিক-অনসেট মুভমেন্ট ডিসঅর্ডারের জন্য একটি টার্গেটেড পরবর্তী প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং জিন প্যানেলের ডায়াগনস্টিক ফলন: একটি 3- বছরের সমন্বিত অধ্যয়ন। ফ্রন্ট জেনেট 2019; 10: 1026।

4 পলসন এইচ. সম্প্রসারণ রোগের পুনরাবৃত্তি। হ্যান্ডবি ক্লিন নিউরোল 2018; 147: 105-23।

5 Gossye H, Engelborghs S, Van Broeckhoven C, van der Zee J. C9orf72 ফ্রন্টোটেম্পোরাল ডিমেনশিয়া এবং/অথবা অ্যামিওট্রফিক ল্যাটারাল স্ক্লেরোসিস। সিয়াটল, WA: ওয়াশিংটন বিশ্ববিদ্যালয়, 2015।

6 Klockgether T, Mariotti C, Paulson HL. স্পিনোসেরেবেলার অ্যাটাক্সিয়া। Nat Rev Dis Primers 2019; 5:24।

7 শাক্কোত্তাই ভিজি, ফোগেল বিএল। ক্লিনিকাল নিউরোজেনেটিক্স: অটোসোমাল প্রভাবশালী স্পিনোসেরেবেলার অ্যাটাক্সিয়া। নিউরোল ক্লিন 2013; 31: 987-1007।

8 লা স্পাডা এ. মেরুদন্ডী এবং বুলবার পেশীবহুল অ্যাট্রোফি। ইন: অ্যাডাম এমপি, আরডিঙ্গার এইচএইচ, প্যাগন আরএ, এট আল, এডস। জিনরিভিউ। সিয়াটল, WA: ওয়াশিংটন বিশ্ববিদ্যালয়, 1999।

9 Gousse G, Natural H, Touraine R, et al. স্পিনোসেরেবেলার অ্যাটাক্সিয়া টাইপ 7 এর প্রাণঘাতী রূপ শৈশবে প্রথম দিকে শুরু হয়। Arch Pediatr 2018; 25: 42-44।

10 Ansorge O, Giunti P, Michalik A, et al. অ্যাটাক্সিন-7 অ্যাগ্রিগেশন এবং ইনফ্যান্টাইল SCA7-এ 180 CAG পুনরাবৃত্তি সহ সর্বব্যাপীতা। অ্যান নিউরোল 2004; 56: 448-52।

11 Ramocki MB, Chapieski L, McDonald RO, Fernandez F, Malphrus AD. স্পিনোসেরেবেলার অ্যাটাক্সিয়া টাইপ 2 শৈশবে জ্ঞানীয় রিগ্রেশন সহ উপস্থাপন করে। জে চাইল্ড নিউরোল 2008; 23: 999-1001।

12 মিচেল এন, লাটাউচে জিএ, নেলসন বি, ফিগুয়েরো কেপি, ওয়াকার আরএইচ, সোবারিং একে। শৈশব-সূচনা স্পিনোসেরেবেলার অ্যাটাক্সিয়া 3: জিহ্বা ডাইস্টোনিয়া একটি প্রাথমিক প্রকাশ হিসাবে। কম্পন অন্যান্য হাইপারকাইনেটিক মুভ 2019; 13 সেপ্টেম্বর অনলাইনে প্রকাশিত।

13 বার্ড টিডি। মায়োটোনিক ডিস্ট্রোফি টাইপ 1. ইন: অ্যাডাম এমপি, আর্ডিঞ্জার এইচএইচ, প্যাগন আরএ, এট আল, এডস। জিনরিভিউ। সিয়াটল, WA: ওয়াশিংটন বিশ্ববিদ্যালয়, 2019।

14 Aydin G, Dekomien G, Hoffman S, Gerding WM, Epplen JT, Arning L. SCA8, SCA10, SCA12, SCA36, FXTAS এবং C9orf72 এর ফ্রিকোয়েন্সি SCA রোগীদের মধ্যে পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ সবচেয়ে সাধারণ SCA উপপ্রকারের জন্য নেতিবাচক। বিএমসি নিউরোল 2018; 18:3।

15 Turro E, Astle WJ, Megy K, et al. জাতীয় স্বাস্থ্য ব্যবস্থায় বিরল রোগে আক্রান্ত রোগীদের সম্পূর্ণ-জিনোম সিকোয়েন্সিং। প্রকৃতি 2020; 583: 96-102।

16 অ্যাশলে ইএ। নির্ভুল ওষুধের দিকে। ন্যাট রেভ জেনেট 2016; 17: 507-22।

17 Liu HY, Zhou L, Zheng MY, et al. বিরল রোগে আক্রান্ত অজ্ঞাত চীনা পরিবারের একটি দলে পুরো-জিনোম সিকোয়েন্সিংয়ের ডায়াগনস্টিক এবং ক্লিনিকাল ইউটিলিটি। বিজ্ঞান প্রতিনিধি 2019; 9: 19365।

18 Mousavi N, Shleizer-Burko S, Yanicky R, Gymrek M. টেন্ডেমের পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণের জিনোম-ওয়াইড ল্যান্ডস্কেপ প্রোফাইলিং। নিউক্লিক অ্যাসিড রেস 2019; 47: e90।

19 Tankard RM, Bennett MF, Degorski P, Delatycki MB, Lockhart PJ, Bahlo M. সংক্ষিপ্ত-পঠিত সিকোয়েন্সিং ডেটার সাথে ক্রমানুসারে টেন্ডেম পুনরাবৃত্তির সম্প্রসারণ সনাক্ত করা। আমি জে হাম জেনেট 2018; 103: 858-73।

20 Rafehi ​​H, Szmulewicz DJ, Bennett MF, et al. বায়োইনফরম্যাটিক্স-ভিত্তিক প্রসারিত পুনরাবৃত্তির সনাক্তকরণ: RFC1-এ একটি নন-রেফারেন্স ইন্ট্রোনিক পেন্টামার সম্প্রসারণ ক্যানভাস ঘটায়। আমি জে হাম জেনেট 2019; 105: 151–65।

21 গ্রস এএম, অজয় ​​এসএস, রাজন ভি, এবং অন্যান্য। ক্লিনিকাল জিনোম সিকোয়েন্সিং-এ কপি-সংখ্যার বৈকল্পিক: বিরল এবং নির্ণয় করা রোগের জন্য স্থাপনা এবং ব্যাখ্যা। জেনেট মেড 2019; 21: 1121–30।

22 Trost B, Engchuan W, Nguyen CM, et al. টেন্ডেম ডিএনএ পুনরাবৃত্তির জিনোম-ওয়াইড সনাক্তকরণ যা অটিজমে প্রসারিত হয়। প্রকৃতি 2020; 586: 80-86।

23 রবিনসন পিএন, কোহলার এস, বাউয়ার এস, সিলো ডি, হর্ন ডি, মুন্ডলোস এস. দ্য হিউম্যান ফেনোটাইপ অন্টোলজি: মানুষের বংশগত রোগের টীকা এবং বিশ্লেষণের জন্য একটি হাতিয়ার। অ্যাম জে হাম জেনেট 2008; 83: 610-15।

24 জিনোমিক্স ইংল্যান্ড। বিরল রোগের অবস্থার ক্লিনিকাল ডেটা মডেল। 2018. https://www.genomicsengland.co.uk/?wpdmdl=5500 (অ্যাক্সেস 4 আগস্ট, 2021)।

25 Dolzhenko E, van Vugt JJFA, Shaw RJ, et al. পিসিআর-মুক্ত পুরো-জিনোম সিকোয়েন্স ডেটা থেকে দীর্ঘ পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ সনাক্তকরণ। জিনোম রেস 2017; 27: 1895-903।

26 Dolzhenko E, Deshpande V, Schlesinger F, et al. সম্প্রসারণহান্টার: সংক্ষিপ্ত টেন্ডেম পুনরাবৃত্তি অঞ্চলে ভিন্নতা বিশ্লেষণ করার জন্য একটি ক্রম-গ্রাফ-ভিত্তিক টুল। বায়োইনফরমেটিক্স 2019; 35: 4754–56।

27 রায় এস, কোল্ড্রেন সি, করুণামূর্তি এ, এবং অন্যান্য। পরবর্তী প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং বায়োইনফরমেটিক্স পাইপলাইন যাচাই করার জন্য মান এবং নির্দেশিকা: অ্যাসোসিয়েশন ফর মলিকুলার প্যাথলজি এবং আমেরিকান প্যাথলজিস্ট কলেজের যৌথ সুপারিশ। জে মোল ডায়াগন 2018; 20: 4-27।

28 রবিনসন JT, Thorvaldsdottir H, Winckler W, et al. ইন্টিগ্রেটিভ জিনোমিক্স ভিউয়ার। ন্যাট বায়োটেকনোল 2011; 29: 24-26।

29 স্নাইডার SA, ভ্যান ডি ওয়ারেনবার্গ BPC, Hughes TD, et al. একটি SCA17 পরিবারে হান্টিংটন রোগের মতো উপস্থাপনার ফেনোটাইপিক একজাতীয়তা। নিউরোলজি 2006; 67: 1701-03।

30 স্নাইডার এসএ, বার্ড টি. হান্টিংটন ডিজিজ, হান্টিংটন ডিজিজ লুক-অলাইকস এবং বেনাইন হেরিটেরি কোরিয়া: নতুন কি? মুভ ডিসঅর্ড ক্লিন প্র্যাক্ট 2016; 3: 342-54।

31 Bahlo M, Bennett MF, Degorski P, Tankard RM, Delatycki MB, Lockhart PJ. সংক্ষিপ্ত-পঠিত পরবর্তী প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং সহ পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ সনাক্তকরণে সাম্প্রতিক অগ্রগতি। F1000Res 2018; 7:736।

32 Cortese A, Simone R, Sullivan R, et al. RFC1 তে একটি অন্তর্নিহিত পুনরাবৃত্তির বিয়ালেলিক প্রসারণ দেরীতে শুরু হওয়া অ্যাটাক্সিয়ার একটি সাধারণ কারণ। ন্যাট জেনেট 2019; 51: 649-58।

33 Ishiura H, Doi K, Mitsui J, et al. সৌম্য প্রাপ্তবয়স্ক পারিবারিক মায়োক্লোনিক এপিলেপসিতে ইন্ট্রোনিক টিটিটিসিএ এবং টিটিটিটিএর পুনরাবৃত্তি পুনরাবৃত্তি হয়। ন্যাট জেনেট 2018; 50: 581-90।

34 ইশিউরা এইচ, শিবাটা এস, ইয়োশিমুরা জে, এট আল। নিউরোনাল ইন্ট্রানিউক্লিয়ার ইনক্লুশন ডিজিজ, অকুলোফ্যারিঙ্গোডিস্টাল মায়োপ্যাথি এবং একটি ওভারল্যাপিং রোগে ননকোডিং সিজিজি পুনরাবৃত্তি সম্প্রসারণ। ন্যাট জেনেট 2019; 51: 1222–32।

35 Rafehi ​​H, Szmulewicz DJ, Pope K, et al. স্বল্প-পঠিত পুরো-জিনোম সিকোয়েন্সিং ডেটা ব্যবহার করে একটি তিন-প্রজন্মের পরিবারে স্পিনোসেরেবেলার অ্যাটাক্সিয়া 36-এর দ্রুত নির্ণয়। মুভ ডিসঅর্ড 2020; 35: 1675-79।

36 ম্যান্টের টি, কারস্টেন এস, হোইশেন এ। মেডিকেল জেনেটিক্সে উদ্ভূত দীর্ঘ-পঠিত সিকোয়েন্সিং। ফ্রন্ট জেনেট 2019; 10: 426।

37 Ellerby LM. সম্প্রসারণ ব্যাধি পুনরাবৃত্তি করুন: প্রক্রিয়া এবং থেরাপিউটিকস। নিউরোথেরাপিউটিক্স 2019; 16: 924-27।

38 জাতীয় স্বাস্থ্য ব্যবস্থা। জাতীয় জিনোমিক টেস্ট ডিরেক্টরি: বিরল এবং উত্তরাধিকারসূত্রে প্রাপ্ত রোগের জন্য পরীক্ষার মানদণ্ড। অক্টোবর, 2021।