বিমূর্ত:ব্যবহারসিসঞ্চে ডেজার্টিকোলাপরীক্ষার উপকরণ হিসাবে দুটি হোস্ট প্লান্ট (হ্যালোক্সিলন অ্যামডেনড্রন এবং অ্যাট্রিপ্লেক্স ক্যানসেসেনস) পরজীবী করে এই গবেষণাটি ফেনোল-সালফিউরিক অ্যাসিড পদ্ধতি ব্যবহার করে বিভিন্ন হোস্টের সি ডেজার্টিকোলায় পলিস্যাকারাইড সামগ্রী নির্ধারণ করে। ট্রান্সক্রিপ্টোম সিকোয়েন্সিং এবং হ্যালোক্সিলন-সিসেঞ্চ এবং বিশ্লেষণঅ্যাট্রিপ্লেক্স-সিসেঞ্চ অ্যাসোসিয়েশনইলুমিনা নোভাসেক 6000 সিকোয়েন্সিং প্ল্যাটফর্ম ব্যবহার করে পরিচালিত হয়েছিল। গবেষণাটি বিভিন্ন হোস্টের সি ডেজার্টিকোলা, পলিস্যাকারাইড বিপাকের সাথে জড়িত কী এনজাইম্যাটিক জিনগুলি স্ক্রিনিং করা এবং কিউআরটি-পিসিআর যাচাইকরণের মাধ্যমে নির্বাচিত জিনগুলি বৈধ করার উপর ফোকাস করে। এই অধ্যয়নের লক্ষ্য নতুন হোস্ট প্ল্যান্ট এবং সি ডেজার্টিকোলা জেনেটিক উন্নতি অন্বেষণের জন্য একটি তাত্ত্বিক ভিত্তি সরবরাহ করা। ফলাফলটি দেখিয়েছিল যে অ্যাট্রিপ্লেক্স কোয়াড্রিপেটেরা-সি.ডেসার্টিকোলা পাওয়া পলিস্যাকারাইড সামগ্রীটি হ্যালোক্সিলন অ্যামডেনড্রন-সি-তে উপস্থিতের চেয়ে উচ্চতর ছিল। মরুভূমি। ট্রান্সক্রিপ্টমের তুলনামূলক বিশ্লেষণের মাধ্যমে, 14089 ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেসড জিন (ডিইজি) অ্যাট্রিপ্লেক্স কোয়াড্রিপেটেরা-সি এর মাংসল কান্ড থেকে স্ক্রিন করা হয়েছিল। ডেজার্টিকোলা এবং হ্যালোক্সিলন অ্যামডেনড্রন-সি। মরুভূমি। কেজি সমৃদ্ধি বিশ্লেষণের ফলাফলগুলি থেকে জানা গেছে যে এই ডিইজিগুলি কার্বোহাইড্রেট বিপাক, গ্যালাকটোজ বিপাক, অ্যামিনো অ্যাসিড বিপাক এবং ফ্যাটি অ্যাসিড বিপাক সম্পর্কিত সম্পর্কিত পথগুলিতে সর্বাধিক বিশিষ্টভাবে সমৃদ্ধ ছিল। তদ্ব্যতীত, পলিস্যাকারাইড বিপাক সম্পর্কিত চারটি পথ থেকে মোট 26 ডিইজি প্রাপ্ত হয়েছিল, যার মধ্যে হ্যালোক্সিলন অ্যামডেনড্রন -সি -তে ফ্রুক্টোসিডেস জিন এবং -গ্যালাক্টোসিডেস জিনের প্রকাশের স্তরগুলি। অ্যাট্রিপ্লেক্স কোয়াড্রিপেটেরা-সি এর তুলনায় ডেজার্টিকোলা উল্লেখযোগ্যভাবে বেশি ছিল। মরুভূমি। ইউডিপি-গ্লুকোজ ডিহাইড্রোজেনেস জিন এবং ম্যানোজ -1- ফসফেট গুয়ানাইলেট ট্রান্সফারজ জিনের অ্যাট্রিপ্লেক্স কোয়াড্রিপেটেরা-সি-তে প্রকাশের স্তর। হ্যালোক্সিলন অ্যামডেনড্রন-সি এর তুলনায় ডেজার্টিকোলা উল্লেখযোগ্যভাবে বেশি ছিল। ডেজার্টিকোলা, যা সি ডেজার্টিকোলাতে পলিস্যাকারাইড বিপাকের পার্থক্য নিয়ন্ত্রণের জন্য মূল এনজাইম জিন হতে পারে।

কীওয়ার্ডস সিসঞ্চে ডেজার্টিকোলা; ট্রান্সক্রিপ্টোম সিকোয়েন্সিং; হোস্ট; পলিস্যাকারাইড বিপাকের পার্থক্য

সিসঞ্চে ডেজার্টিকোলা

 

সিসঞ্চে ডেজার্টিকোলা ওয়াইসি এমএ, প্রাথমিকভাবে বিতরণগানসু, জিনজিয়াং, নিংক্সিয়া এবং অভ্যন্তরীণ মঙ্গোলিয়া, সম্প্রতি একটি traditional তিহ্যবাহী চীনা medic ষধি b ষধি অন্তর্ভুক্ত"medic ষধি এবং খাদ্য সমকামী"ক্যাটালগ এটির বিভিন্ন স্বাস্থ্য সুবিধা রয়েছে যেমনকিডনি ইয়াং, পুষ্টিকর এসেন্স এবং রক্ত ​​এবং অন্ত্রের গতিবিধি প্রচার করা টোনফাইং, এটি ব্যাপকভাবে প্রয়োগ করামেডিসিন, স্বাস্থ্যসেবা এবং খাদ্য শিল্প[1]। এর কারণেহিটারোট্রফিক প্রকৃতি, সিসঞ্চে ডেজার্টিকোলাসহ বিভিন্ন হোস্ট গাছপালা পরজীবী করেহ্যালোক্সিলন অ্যামডেনড্রনএবং নতুন প্রবর্তিতআধা-চিরসবুজ ঝোপঅ্যাট্রিপ্লেক্স ক্যানসেন্স(Pursh) বাদামএর প্রাথমিক হোস্ট হচ্ছে।

পলিস্যাকারাইডগুলি মূল্যায়নের মূল সক্রিয় পদার্থসিসঞ্চে ডেজার্টিকোলাগুণ। বিভিন্ন হোস্ট অবস্থার অধীনে,জমে ও বিপাকীয় রচনাএরCistancheপলিস্যাকারাইডগুলি উল্লেখযোগ্যভাবে পরিবর্তিত হয় [2]। চিকিত্সা গবেষণা তা প্রমাণ করেছেCistancheপলিস্যাকারাইডস রয়েছেঅ্যান্টিঅক্সিড্যান্ট, নিউরোপ্রোটেক্টিভ, ইমিউন-নিয়ন্ত্রক এবং স্মৃতি-বর্ধনফার্মাকোলজিকাল প্রভাব, কার্যকরভাবে হ্রাসআলঝাইমার রোগ, পার্কিনসন ডিজিজ এবং লিভারের হতাশা-প্ররোচিত প্লীহা ঘাটতি[3]। আধুনিক অগ্রগতি সহনিষ্কাশন কৌশল এবং মাল্টি-স্পেকট্রাম বিশ্লেষণ প্রযুক্তি, দ্যবিষয়বস্তু, রচনা এবং কাঠামোগত বৈশিষ্ট্যএরCistancheপলিস্যাকারাইডগুলি ধীরে ধীরে তাদের অ্যাপ্লিকেশনগুলি প্রসারিত করে বর্ণিত হচ্ছে।

শর্তাবলীআণবিক জীববিজ্ঞান গবেষণাচালুCistancheপ্রজাতি, ট্রান্সক্রিপ্টোম সিকোয়েন্সিং স্টাডিজ মূলত ফোকাস করেছেসিসঞ্চে টিউবুলোসাএবংহোলোক্সিলন-Cistancheজটিল সিস্টেম।উদাহরণস্বরূপ,হাউ এট আল।[4] সম্পাদিতপূর্ণ দৈর্ঘ্যের ট্রান্সক্রিপ্টোম সিকোয়েন্সিং এবং জিন এক্সপ্রেশন প্রোফাইলিংএরসিসঞ্চে টিউবুলোসাব্যবহারপ্যাকবিও এবং বিগিসেক -500 আরএনএ-সিক প্রযুক্তি, সনাক্তকরণ237,772 অনন্য প্রতিলিপিএবং এর সাথে জড়িত কী এনজাইম জিনগুলি স্ক্রিনিংফেনাইলথানয়েড গ্লাইকোসাইড বায়োসিন্থেসিস। একইভাবে,ফেং এট আল।[5] পরিচালিতট্রান্সক্রিপ্টমিক এবং বিপাক বিশ্লেষণহাউস্টোরিয়া এবং সংলগ্ন টিস্যুগুলিরহ্যালোক্সিলন শিকড় এবংCistancheমাংসল কাণ্ড, জমে থাকা হোস্টের ভূমিকা প্রকাশ করেCistancheবিপাক তাদের অধ্যয়ন জোর দিয়েছিল যেহোস্ট প্ল্যান্ট কেবল ফলনকেই প্রভাবিত করে নাCistancheতবে এর গুণমান। তবে গবেষণাCistancheবিভিন্ন হোস্ট প্লান্টকে পরজীবী করা সীমাবদ্ধ রয়েছে।

অ্যাট্রিপ্লেক্স ক্যানসেন্স, a গভীর-মূলযুক্ত এবং অত্যন্ত চাপ-প্রতিরোধী উদ্ভিদ, traditional তিহ্যবাহী থেকে পৃথকহ্যালোক্সিলন হোস্টএবং উত্স থেকে উদ্ভূতমধ্য আমেরিকার আধা-শুকনো মালভূমি। সাম্প্রতিক বছরগুলিতে, এটি চালু করা হয়েছে এবং একটি হিসাবে প্রচার করা হয়েছেজন্য নতুন হোস্টসিসঞ্চে ডেজার্টিকোলাচাষমধ্যেউত্তর -পশ্চিম চীন. একটি কিং এট আল।[]] বিশ্লেষণ এবং তুলনাপলিস্যাকারাইড জমেCistancheপ্যারাসিটিজিং হ্যালোক্সিলন এবং অ্যাট্রিপ্লেক্স ক্যানসেসেনএকই উত্পাদন ক্ষেত্রে, সন্ধানপলিস্যাকারাইড সামগ্রীতে উল্লেখযোগ্য পার্থক্যদুটি হোস্ট শর্তের মধ্যে।

সুতরাং, এই অধ্যয়নের লক্ষ্যসিকোয়েন্স এর মাংসল কান্ডসিসঞ্চে ডেজার্টিকোলাপ্যারাসিটিজিং হ্যালোক্সিলন এবং অ্যাট্রিপ্লেক্স ক্যানসেসেন, বিশ্লেষণপলিস্যাকারাইড বায়োসিন্থেসিসে জড়িত কী এনজাইম জিনগুলির ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন। অনুসন্ধানগুলি একটি সরবরাহ করবেআরও গবেষণার জন্য তাত্ত্বিক ভিত্তিCistancheপলিস্যাকারাইড বায়োসিন্থেসিস প্রক্রিয়া, অ্যাট্রিপ্লেক্সে ট্রান্সক্রিপ্টমিক স্টাডিজ সমৃদ্ধ-Cistancheসিস্টেমগুলি, এবং উচ্চমানের মধ্যে উদ্ভাবন প্রচারCistancheজীবাণু সংস্থান।

 

উপকরণ এবং পদ্ধতি

1.1 পরীক্ষামূলক উপকরণ

সিসঞ্চে ডেজার্টিকোলানমুনা পরজীবীহ্যালোক্সিলন অ্যামডেনড্রনএবংঅ্যাট্রিপ্লেক্স ক্যানসেন্সথেকে সংগ্রহ করা হয়েছিলCistancheচাষের বেস ইনজিকুয়ান টাউন, জিংটাই কাউন্টি, গানসু প্রদেশ(অক্ষাংশ36 ডিগ্রি 5 'এন, দ্রাঘিমাংশ103 ডিগ্রি 42 'ই)। উভয়ইহ্যালোক্সিলনএবংঅ্যাট্রিপ্লেক্স ক্যানসেন্সএকই পরিবেশে চাষ করা হয়েছিল। নমুনাগুলি হিসাবে শ্রেণিবদ্ধ করা হয়েছিলহোলোক্সিলন-Cistanche(নমুনা ক)এবংঅ্যাট্রিপ্লেক্স-Cistanche(নমুনা এইচ),প্রতিটি বিভাগের জন্য তিনটি প্রতিলিপি সহ (প্রতিলিপি প্রতি পাঁচটি গাছ)। স্যাম্পলিং পরিচালিত হয়েছিলএপ্রিল 2024, এবং নমুনাগুলি হিসাবে চিহ্নিত করা হয়েছিলসিসঞ্চে ডেজার্টিকোলামাংসল বাল্ব দ্বারাঅধ্যাপক গুও ইহুংথেকেকৃষি কলেজ, গানসু কৃষি বিশ্ববিদ্যালয়.

অনুসরণসাংহাই ওই বায়োটেক কোং, লিমিটেডের নমুনা নির্দেশিকা, দ্যCistancheমাংসল কান্ডগুলি আল্ট্রাপিউর জলে ধুয়ে ফেলা হয়েছিল এবং ফিল্টার পেপার ব্যবহার করে অতিরিক্ত আর্দ্রতা সরানো হয়েছিল। পাতলা টুকরোগুলি থেকে নেওয়া হয়েছিলশীর্ষ, মাঝারি এবং নীচেপ্রতিটি কান্ডের মধ্যে, পুরোপুরি মিশ্রিত করুন এবং ক্রায়োজেনিক শিশিগুলিতে স্থাপন করুন। নমুনা ছিলদ্রুত তরল নাইট্রোজেনে হিমায়িতজন্য2 ঘন্টাএকটিতে স্থানান্তরিত হওয়ার আগে-80 ডিগ্রি ফ্রিজারস্টোরেজ জন্য []]।

1.2 পরীক্ষামূলক পদ্ধতি

1.2.1 স্ট্যান্ডার্ড বক্ররেখা প্রতিষ্ঠা এবং পলিস্যাকারাইড সামগ্রী নির্ধারণ

A 10 মিলিগ্রামনমুনাডি-গ্লুকোজ স্ট্যান্ডার্ডএকটিতে সঠিকভাবে ওজন এবং দ্রবীভূত ছিল100 মিলি ভলিউম্যাট্রিক ফ্লাস্কপাতিত জল সহ একটি প্রস্তুত100 ug · ml⁻ স্টক সমাধান। এর ক্রমাঙ্কন সমাধান{{0}}। 2, 0। 4, 0। 6, 0। 7, 0। 8, এবং 0.9 মিলিস্টক সলিউশন মধ্যে স্থানান্তরিত হয়েছিল10 এমএল স্টপারড টেস্ট টিউব, জল দিয়ে মিশ্রিত1। 0 এমএল, এবং তারপরে মিশ্রিত1। 0 এমএল 6% ফেনল সলিউশনএবংঘন সালফিউরিক অ্যাসিডের 5 মিলি। ঘূর্ণি করার পরে, সমাধানগুলি একটি ফুটন্ত জল স্নানের জন্য উত্তপ্ত করা হয়েছিল20 মিনিট, তারপরে একটি বরফের জল স্নানের জন্য ঠান্ডা10 মিনিট. A ফাঁকা নিয়ন্ত্রণব্যবহার করে প্রস্তুত ছিল1। 0 এমএল পাতিত জলেরগ্লুকোজ দ্রবণ পরিবর্তে। শোষণ পরিমাপ করা হয়েছিল482 এনএমব্যবহার করে কইউভি-ভিস স্পেকট্রোফোটোমিটার, এবং কস্ট্যান্ডার্ড বক্ররেখাসঙ্গে উত্পন্ন ছিলঅনুভূমিক অক্ষ হিসাবে ঘনত্ব (x)এবংউল্লম্ব অক্ষ হিসাবে শোষণ (y).

থেকে একটি পরিবর্তিত পদ্ধতির অনুসরণ করালি জি এট আল। [8], 0। শুকনো 2 গ্রামCistancheপাউডারসঠিকভাবে ওজন করা হয়েছিল এবং একটিতে স্থাপন করা হয়েছিল20 এমএল স্টপারড টেস্ট টিউব. 80% ইথানল 10 মিলিযুক্ত করা হয়েছিল, এবং মিশ্রণটি সাপেক্ষে ছিল30 মিনিটের জন্য 80 ডিগ্রি (100 ডাব্লু, 40 কেএইচজেড) এ অতিস্বনক নিষ্কাশন। উত্তপ্ত অবস্থায় এক্সট্রাক্টটি ফিল্টার করা হয়েছিল এবং পদ্ধতিটি একবার পুনরাবৃত্তি হয়েছিল। অবশিষ্টাংশ শুকানোর পরে,10 মিলি পাতিত জলযুক্ত করা হয়েছিল, এবং অতিস্বনক নিষ্কাশন দু'বার পুনরাবৃত্তি হয়েছিল। পরিস্রাবণগুলি একত্রিত করে মিশ্রিত করা হয়েছিল20 মিলিপাতিত জল সঙ্গে।1। 0 এমএল এই সমাধানটিরআরও মিশ্রিত ছিল10 মিলিপাতিত জল সঙ্গে।

A 1। 0 এমএল অ্যালিকোটপ্রস্তুতCistancheগ্লুকোজ স্ট্যান্ডার্ডের মতো একই পদ্ধতি ব্যবহার করে নমুনা সমাধান বিশ্লেষণ করা হয়েছিল। শোষণ এ482 এনএমপরিমাপ করা হয়েছিল, এবং পলিস্যাকারাইড সামগ্রীCistancheবিভিন্ন হোস্ট গাছ থেকে গণনা করা হয়েছিল।

1.2.2 আরএনএ নিষ্কাশন, সিডিএনএ লাইব্রেরি নির্মাণ এবং সিকোয়েন্সিং

মোট আরএনএ থেকে বের করা হয়েছিলসিসঞ্চে ডেজার্টিকোলানমুনা পরজীবীহ্যালোক্সিলন অ্যামডেনড্রনএবংঅ্যাট্রিপ্লেক্স ক্যানসেন্সব্যবহার করেটিয়ানজেন ডিপি 441 আরএনএ কিট (চীন), অনুসরণট্রিজল রিএজেন্ট প্রোটোকল। আরএনএ বিশুদ্ধতা একটি দিয়ে মূল্যায়ন করা হয়েছিলন্যানোড্রপ 2000 স্পেকট্রোফোটোমিটার (থার্মো সায়েন্টিফিক, মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র), যখন আরএনএ ঘনত্ব এবং অখণ্ডতা একটি ব্যবহার করে মূল্যায়ন করা হয়েছিলAgilent 2100 বায়ানালাইজার (অ্যাগ্রিলেন্ট টেকনোলজিস, মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র).

ট্রান্সক্রিপ্টোম লাইব্রেরিগুলি ব্যবহার করে নির্মিত হয়েছিলভাহ্টস ইউনিভার্সাল ভি 6 আরএনএ-সিক লাইব্রেরি প্রিপ কিট। এর সাথে গুণমান নিয়ন্ত্রণের পরেAgilent 2100 বায়ানালাইজার, গ্রন্থাগারগুলি ক্রমযুক্ত ছিলইলুমিনা নোভাসেক 6000 প্ল্যাটফর্ম, উত্পন্ন150 বিপি জোড়-এন্ড রিডস.

1.3 ডেটা বিশ্লেষণ

1.3.1 ট্রান্সক্রিপ্টোম অ্যাসেম্বলি এবং কার্যকরী টীকা

কাঁচা পড়েছেফাস্টকিউ ফর্ম্যাটব্যবহার করে প্রক্রিয়া করা হয়েছিলট্রিমোমেটিকঅপসারণপ্লয়-এন রিডস এবং নিম্ন-মানের পাঠগুলি, ফলাফলপরিষ্কার পড়া। অ্যাডাপ্টার সিকোয়েন্স এবং নিম্ন-মানের অঞ্চলগুলি সরানো হয়েছিল, এবং পরিষ্কার পাঠগুলি একত্রিত করা হয়েছিলContigs(সিকোয়েন্স ট্যাগ প্রকাশিত) ব্যবহার করেট্রিনিটি সফটওয়্যার। প্রতিটি ক্লাস্টার থেকে দীর্ঘতম প্রতিলিপি একটি হিসাবে নির্বাচিত হয়েছিলইউনিজিনআরও বিশ্লেষণের জন্য।

ইউনিজিনেসের কার্যকরী টীকাগুলির সাথে তাদের তুলনা করে সম্পাদিত হয়েছিলএনসিবিআই নন রিডানড্যান্ট (এনআর) প্রোটিন ডাটাবেস, সুইস-প্রট এবং জিনের বিবর্তনীয় বংশবৃদ্ধি: অ-সুপারভাইজড অর্থলোগাস গ্রুপগুলি (ডিম্বানগ) ডাটাবেসব্যবহারডায়মন্ড সফ্টওয়্যার (ই-মান <1e -5). ইউক্যারিওটিক অর্থলোগাস গ্রুপ (কোগ) টীকাহোমোলজাস জিনগুলি সনাক্ত করতে সঞ্চালিত হয়েছিল। অতিরিক্তভাবে, ইউনিজিনগুলি ম্যাপ করা হয়েছিলকিয়োটো এনসাইক্লোপিডিয়া অফ জিনস অ্যান্ড জিনোমস (কেইজিজি) পথবিপাকীয় পথ টীকাগুলির জন্য।জিন অ্যান্টোলজি (জিও) শ্রেণিবিন্যাস এবং কার্যকরী টীকাসুইস-প্রট ডাটাবেস থেকে ম্যাপিংস ব্যবহার করে পরিচালিত হয়েছিল।

1.3.2 জিন এক্সপ্রেশন বিশ্লেষণ এবং পৃথকভাবে প্রকাশিত ইউনিজিনেস (ডিইজি) সনাক্তকরণ

জিনের প্রকাশের স্তরগুলি ব্যবহার করে পরিমাণ নির্ধারণ করা হয়েছিলবাউটি 2ইউনিজিনে ক্লিন রিডগুলি সারিবদ্ধ করতে। এক্সপ্রেশন মান হিসাবে গণনা করা হয়েছিলপ্রতি মিলিয়ন ম্যাপযুক্ত রিডস প্রতি কিলোবেস প্রতি টুকরো টুকরো টুকরো টুকরো টুকরো টুকরো টুকরো টুকরো টুকরো টুকরো টুকরো টুকরো টুকরো টুকরো টুকরো টুকরো টুকরো টুকরোব্যবহারএক্সপ্রেস সফ্টওয়্যার। ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন বিশ্লেষণ ব্যবহার করে সম্পাদিত হয়েছিলDeseq2 সফ্টওয়্যার, সাথেনেতিবাচক দ্বিপদী বিতরণ (এনবি) পরীক্ষাতাত্পর্য পরীক্ষার জন্য ব্যবহৃত। পৃথকভাবে প্রকাশিত জিন (ডিইজি) এর সাথে সংজ্ঞায়িত করা হয়েছিলq-মান <0। 05এবংভাঁজ পরিবর্তন (এফসি)> 2.

1.3.3 কিউআরটি-পিসিআর ডিফারেনশিয়াল প্রকাশিত জিনগুলির বৈধতা

জড়িত কী এনজাইম জিনপলিস্যাকারাইড বায়োসিন্থেসিসসঙ্গেউল্লেখযোগ্য ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশনজন্য নির্বাচিত ছিলপরিমাণগত রিয়েল-টাইম পিসিআর (কিউআরটি-পিসিআর) বৈধতা। আরএনএ নমুনাগুলি মান-চেক করা হয়েছিল, এবং ওডি মানগুলি বিপরীত প্রতিলিপির আগে পরিমাপ করা হয়েছিল। সিডিএনএ সংশ্লেষণ ব্যবহার করে সঞ্চালিত হয়েছিলকিউপিসিআর কিটের জন্য ট্রান্সস্ক্রিপ্ট অল-ইন-ওয়ান প্রথম-স্ট্র্যান্ড সিডিএনএ সিনথেসিস সুপারমিক্স। সংশ্লেষিত সিডিএনএ মিশ্রিত করা হয়েছিল10- ভাঁজ, এবং কিউআরটি-পিসিআর একটি ব্যবহার করে পরিচালিত হয়েছিলফ্লুরোসেন্ট কিউপিসিআর সিস্টেমবিভিন্ন সাইক্লিং অবস্থার অধীনে।অ্যাক্টবি (বিটা-অ্যাক্টিন) অভ্যন্তরীণ রেফারেন্স জিন হিসাবে ব্যবহৃত হয়েছিল, এবং আপেক্ষিক জিনের প্রকাশের স্তরগুলি ব্যবহার করে গণনা করা হয়েছিল2⁻ΔCT পদ্ধতি.

 

সারণী 1 প্রাইমার সিকোয়েন্স

জিন আইডি	জিনের নাম	ফরোয়ার্ড প্রাইমার (5 '-3')	বিপরীত প্রাইমার (5 '-3')
ট্রিনিটি _ ডিএন 21412_ সি 0_ জি 1_ আই 1_2	জিএমপিপি	GATAGTGGCTACAACATCACTTT	সিসিটিসিটিসিটিটিটিসিটিসিটিজিটিজিজিএটিটিসি
ট্রিনিটি _ ডিএন 30174_ সি 0_ জি 1_ আই 17_2	পিএফপি	তাতাটজিগ্যাক্যাটগাগাএসিএএএএ	Gaccataggccgtgatcgatc
ট্রিনিটি _ ডিএন 25715_ সি 0_ জি 2_ আই 4_1	Ugdh	AAAGATCTTCCAGTTCGTAAGC	ACAATATTCGTTGATGCTACC
ট্রিনিটি _ ডিএন 28766_ সি 1_ জি 1_ আই 6_1	Lacz	GTCTCCTTTGTTTCGTGAGGAT	GTCGATGGTGGTGAAGCAGAT
ট্রিনিটি _ ডিএন 24102_ সি 0_ জি 6_ আই 1_1	স্যাকা	Ttacgagatagtgggtgcta	AATGGAAGATGAGGGGTTGA
ট্রিনিটি _ ডিএন 21508_ সি 1_ জি 2_ আই 4_2	Lacz	Ggcacagtcaaggagtacgatg	CACTGGCATCGACGAGGAAAAAAG
-	অ্যাক্টবি	CAATGGATGATGATATCGCCGCGT	CACTGGCATCGACGAGGAAAAAAG

 

 

1.4 ডেটা বিশ্লেষণ

শ্রেণিবদ্ধ ক্লাস্টারিং বিশ্লেষণপৃথকভাবে প্রকাশিত জিন (ডিইজি)ব্যবহার করে সঞ্চালিত হয়েছিলR (v3.2.0)গোষ্ঠী এবং নমুনাগুলিতে জিনের প্রকাশের নিদর্শনগুলি কল্পনা করতে। গো (জিন অ্যান্টোলজি) সমৃদ্ধ বিশ্লেষণ এবংকেইজিজি (জিন এবং জিনোমের কিয়োটো এনসাইক্লোপিডিয়া) পাথওয়ে সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণব্যবহার করে পরিচালিত হয়েছিলR, উপর ভিত্তি করেহাইপারজোমেট্রিক বিতরণ। উল্লেখযোগ্যভাবে সমৃদ্ধ কার্যকরী পদগুলি ব্যবহার করে প্রদর্শিত হয়েছিলবার চার্ট, বুদ্বুদ প্লট এবং সমৃদ্ধ বৃত্ত প্লট.

2 ফলাফল এবং বিশ্লেষণ

2.1 পলিস্যাকারাইড সামগ্রী নির্ধারণের ফলাফল

শোষণ পরিমাপ থেকে প্রাপ্ত লিনিয়ার রিগ্রেশন সমীকরণটি ছিল:

y {{0}}। 0 154x - 0.1636 (r 2=0। 9963) y=0। (R^2=0। 9963) y =0। 0154x - 0.1636 (r 2=0। 9963)

একটি লিনিয়ার পরিসীমা সঙ্গে20-90 ug · ml⁻। নির্ভুলতা, পুনরাবৃত্তিযোগ্যতা, স্থিতিশীলতা এবং নমুনা পুনরুদ্ধারের হার ছিল{{0}}। 38%, 0। 86%, 0.53%, এবং 99.67%যথাক্রমে।

পরিমাপ করাপলিস্যাকারাইড সামগ্রীমধ্যেসিসঞ্চে ডেজার্টিকোলাবিভিন্ন হোস্ট গাছের নমুনাগুলি ছিল:

হোলোক্সিলন-Cistanche: 6.51%

অ্যাট্রিপ্লেক্স-Cistanche: 11.83%

2.2 ট্রান্সক্রিপ্টোম সিকোয়েন্সিং এবং ডেটা অ্যাসেম্বলি

ট্রান্সক্রিপ্টোম সিকোয়েন্সিংছয়টি নমুনামোট উত্পন্ন41.77 গ্রাম পরিষ্কার ডেটা। নমুনা প্রতি বৈধ ডেটা থেকে শুরু করে6.89 গ্রাম থেকে 7.04 জি, সাথেQ30 বেস শতাংশ 95.38% এবং 95.91% এর মধ্যে, এবং একটি45.13% এর গড় জিসি সামগ্রী.

মোট61,423 ইউনিজিনেসমোট দৈর্ঘ্যের সাথে একত্রিত হয়েছিল65,962,858 বিপিএবং একটিগড় দৈর্ঘ্য 1,073.91 বিপি.

2.3 জিন কার্যকরী টীকা

মোট61,423 ইউনিজিনেসসিকোয়েন্সিং থেকে প্রাপ্ত হয়েছিলসিসঞ্চে ডেজার্টিকোলানমুনা দুটি পৃথক হোস্ট প্লান্টকে পরজীবী করে। টীকাগুলির ফলাফলগুলি নিম্নরূপ:

30,689 ইউনিজিনেস (49.96%)মধ্যে টীকা ছিলএনআর (অ-রিডানড্যান্ট) প্রোটিন ডাটাবেস.

18,698 ইউনিজিনেস (30.44%)মধ্যে টীকা ছিলসুইস-প্রট ডাটাবেস.

3,998 ইউনিজেন (6.51%)মধ্যে টীকা ছিলকেজি ডাটাবেস.

17,188 ইউনিজিনেস (27.98%)মধ্যে টীকা ছিলকোগ (ইউক্যারিওটিক অর্থলোগাস গ্রুপ) ডাটাবেস.

25,280 ইউনিজিনেস (41.16%)মধ্যে টীকা ছিলডিম্বানগ (জিনের বিবর্তনীয় বংশপরিচয়: অ-সুপারভাইজড অর্থলোগাস গ্রুপ) ডাটাবেস.

16,210 ইউনিজিনেস (26.39%)মধ্যে টীকা ছিলযান (জিন অনটোলজি) ডাটাবেস.

16,153 ইউনিজেন (26.30%)মধ্যে টীকা ছিলপিএফএএম (প্রোটিন পরিবার) ডাটাবেস.

এর মধ্যে,21,650 ইউনিজিনেসচেয়ে দীর্ঘ ছিল1 কেবি.

ভিত্তিতে হোমোলজি বিশ্লেষণএনআর ডাটাবেসপ্রকাশিত যে শীর্ষ তিনটি ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত প্রজাতি ছিল:

পাওরোনিয়া ফরচুনেই (30.23%)

পিএইচটিইআরওস্পারমাম জাপোনিকাম (14.15%)

চেনোপোডিয়াম কুইনোয়া (7.1%)

 

 

সারণী 2 টীকা তথ্যসিসঞ্চে ডেজার্টিকোলাজিন ফাংশন

ডাটাবেস	টীকা জিন নম্বর	অনুপাত (%)
এনআর	30,689	49.96
সুইস-প্রট	18,698	30.44
কেজি	3,998	6.51
কোগ	17,188	27.98
ডিম্বাশয়	25,280	41.16
যাও	16,210	26.39

 

 

2.4 গো এবং কেজিজি কার্যকরী টীকা এবং শ্রেণিবিন্যাস

দ্যযান (জিন অনটোলজি) ডাটাবেসএর মধ্যে চিহ্নিত ইউনিজিনেসকে আরও টীকা দেওয়ার জন্য ব্যবহৃত হয়েছিলএনআর ডাটাবেস, মোট মোট ফলস্বরূপ16,210 ইউনিজিনেস। এই ইউনিজিনগুলি শ্রেণিবদ্ধ করা হয়েছিলতিনটি প্রধান কার্যকরী গোষ্ঠী:

জৈবিক প্রক্রিয়া (বিপি)

আণবিক ফাংশন (এমএফ)

সেলুলার উপাদান (সিসি)

মধ্যেজৈবিক প্রক্রিয়া (বিপি) বিভাগ, সর্বাধিক প্রচুর পরিমাণে ইউনিজিন ক্লাস্টারগুলি ছিল:

"সেলুলার প্রক্রিয়া" (11,023 ইউনিজিনেস)

"বিপাকীয় প্রক্রিয়া" (9,117 ইউনিজিনেস)

জন্যসেলুলার উপাদান (সিসি) বিভাগ, 17 উপশ্রেণীকমপক্ষে যুক্ত প্রতিটি উপশ্রেণী সহ চিহ্নিত করা হয়েছিল30 ইউনিজিনেস। বৃহত্তম ক্লাস্টারগুলি ছিল:

"সেল" (13,947 ইউনিজিনেস)

"সেল অংশ" (13,918 ইউনিজিনেস)

মধ্যেআণবিক ফাংশন (এমএফ) বিভাগ, সর্বাধিক সমৃদ্ধ কার্যকরী গোষ্ঠীগুলি ছিল:

"বাইন্ডিং" (10,039 ইউনিজিনেস)

"অনুঘটক কার্যকলাপ" (8,490 ইউনিজিনেস)

চিত্র 2 এ ইউনিজিনেসের কার্যকরী টীকা এবং শ্রেণিবিন্যাসে যান

 

কেজিজি কার্যকরী টীকা এবং শ্রেণিবিন্যাস

সময়ট্রান্সক্রিপ্টোম সিকোয়েন্সিং, মোট মোট3,998 ইউনিজিনেসমধ্যে টীকা ছিলকেজি (জিন এবং জিনোমের কিয়োটো এনসাইক্লোপিডিয়া) ডাটাবেস। এই ইউনিজিনগুলি শ্রেণিবদ্ধ করা হয়েছিলছয়টি প্রাথমিক বিভাগ, নিম্নরূপে তাদের নিজ নিজ ইউনিজিন গণনা এবং অনুপাত সহ:

সেলুলার প্রক্রিয়া: 326 ইউনিজিনেস (8.15%)

পরিবেশগত তথ্য প্রক্রিয়াকরণ: 299 ইউনিজিনেস (7.47%)

জেনেটিক তথ্য প্রক্রিয়াকরণ: 1,771 ইউনিজিনেস (44.30%)

মানব রোগ: 14 ইউনিজিনেস (0.35%)

বিপাক: 1,465 ইউনিজিনেস (36.64%)

অর্গানিসমাল সিস্টেম: 123 ইউনিজিনেস (3.07%)

এই ছয়টি প্রাথমিক বিভাগগুলি আরও বিভক্ত ছিল20 মাধ্যমিক শ্রেণিবিন্যাস স্তর। তাদের মধ্যে,জেনেটিক তথ্য প্রক্রিয়াকরণসর্বোচ্চ অনুপাত ছিল, এর পরেবিপাক। মধ্যেবিপাকবিভাগ, সর্বাধিক প্রচুর পথ ছিল:

কার্বোহাইড্রেট বিপাক

ফ্যাটি অ্যাসিড বিপাক

ফ্ল্যাভোনয়েড বিপাক

চিত্র 3 কেজিজি ইউনিজিনেসের বিপাকীয় পথ টীকা

 

2.5 ডিফারেনশিয়াল জিন এক্সপ্রেশন এবং সমৃদ্ধ বিশ্লেষণসিসঞ্চে ডেজার্টিকোলাবিভিন্ন হোস্ট থেকে

ট্রান্সক্রিপ্টোম সিকোয়েন্সিং ডেটা ব্যবহার করে ফিল্টার করা হয়েছিলডিফল্ট ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন নির্বাচনের মানদণ্ড, সনাক্তকরণ ফলাফল14,089 পৃথকভাবে প্রকাশিত জিন (ডিইজি):

6,576 জিনগুলি আপগ্রেটেড করা হয়েছিল

7,513 জিনগুলি হ্রাস করা হয়েছিল

A আগ্নেয়গিরি প্লটডিইজিগুলির সামগ্রিক বিতরণ কল্পনা করার জন্য উত্পন্ন হয়েছিল।

মধ্যেশীর্ষ 30 সমৃদ্ধ কার্যকরী শ্রেণিবিন্যাস যানডিগ্রি, এটি পর্যবেক্ষণ করা হয়েছিল:

তুলনায়জৈবিক প্রক্রিয়া (বিপি)এবংসেলুলার উপাদান (সিসি)বিভাগ,আণবিক ফাংশন (এমএফ)আরও উল্লেখযোগ্য ডিইজি সমৃদ্ধি প্রদর্শন করেছে।

সর্বাধিক উল্লেখযোগ্যভাবে সমৃদ্ধ ডিইজিগুলির সাথে যুক্ত ছিলনিউক্লিক অ্যাসিড বিপাক, প্রোটিন বিপাক এবং গ্যালাকটোজ বিপাকের কী এনজাইমগুলি.

অতিরিক্তভাবে, ডিইজিগুলি উল্লেখযোগ্যভাবে সমৃদ্ধ হয়েছিলপলিস্যাকারাইড বিপাক সম্পর্কিত শর্তাদি যান, সহ:

স্টার্চ বিপাক প্রক্রিয়া

গ্লাইকোজেন বায়োসিন্থেটিক প্রক্রিয়া

সুক্রোজ ক্যাটাবলিক প্রক্রিয়া

গ্লুকোসিডেস ক্রিয়াকলাপ

ইউডিপি-এল-আরহামনোজ সিন্থেস ক্রিয়াকলাপ

পলিস্যাকারাইড হাইড্রোলেজ ক্রিয়াকলাপ

চিত্র 4 পৃথকভাবে প্রকাশিত জিনের আগ্নেয়গিরির মানচিত্র

 

কেজি পাথওয়ে সমৃদ্ধি বিশ্লেষণসিসঞ্চে ডেজার্টিকোলাবিভিন্ন হোস্ট থেকে

আরও তদন্ত করতেপৃথকভাবে প্রকাশিত জিন (ডিইজি)মধ্যেসিসঞ্চে ডেজার্টিকোলাবিভিন্ন হোস্ট গাছ থেকে,কেজি পাথওয়ে সমৃদ্ধ বিশ্লেষণসম্পাদিত হয়েছিল। বিশ্লেষণে প্রকাশিত হয়েছিল:

ডিইজি 117 বিপাকীয় পথে ম্যাপ করা হয়েছিল.

দ্যশীর্ষ 20 পথদেখানো হয়েছেউল্লেখযোগ্য ডিগ্রি সমৃদ্ধকরণ, সহ সবচেয়ে সমৃদ্ধ পথ সহ:

ফ্যাটি অ্যাসিড বিপাক

-লাইনোলেনিক অ্যাসিড বিপাক

গ্যালাকটোজ বিপাক

লাইসাইন অবক্ষয়

এর আরও সমৃদ্ধ বিশ্লেষণক্ষুদ্রতম কিউ-মান সহ শীর্ষ 20 বিপাকীয় বিভাগগুলিইঙ্গিত দেয় যে ডিইজিগুলি উল্লেখযোগ্যভাবে সমৃদ্ধ হয়েছিল:

অর্গানিসমাল সিস্টেম

বিপাক

জেনেটিক তথ্য প্রক্রিয়াকরণ

এই বিভাগগুলির মধ্যে,"বিপাক"সর্বাধিক সংখ্যক সমৃদ্ধ ডিইজি ছিল এবং সর্বাধিক উল্লেখযোগ্য সমৃদ্ধি দেখিয়েছিল। অতিরিক্তভাবে, সমৃদ্ধ বিপাকীয় পথগুলিতে,আপগ্রেটেড এবং ডাউনরেগুলেটেড ইউনিজিনেসের অনুপাত প্রায় সমান ছিল.

এই অনুসন্ধানগুলি যে পরামর্শ দেয়বিপাকীয় পথগুলি একটি গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করেএর ডিফারেনশিয়াল জিন এক্সপ্রেশনসিসঞ্চে ডেজার্টিকোলাবিভিন্ন হোস্ট উদ্ভিদ থেকে, বিশেষত মধ্যেলিপিড, কার্বোহাইড্রেট এবং অ্যামিনো অ্যাসিড বিপাক.