SARS-CoV-এর দুর্বলতার স্থান

গুরুতর তীব্র শ্বাসযন্ত্রের সিন্ড্রোম করোনাভাইরাস 2 (SARS-CoV-2) এর দ্রুত বিবর্তন ওমিক্রন ভেরিয়েন্টগুলি ভবিষ্যতের মনোক্লোনাল থেরাপি এবং টিকা কৌশলগুলি জানাতে বিস্তৃত নিরপেক্ষ ক্ষমতা সহ অ্যান্টিবডিগুলি সনাক্ত করার প্রয়োজনীয়তার উপর জোর দিয়েছে। এখানে, আমরা শনাক্ত করেছি S728-1157, একটি বিস্তৃতভাবে নিরপেক্ষ অ্যান্টিবডি (bnAb) যা রিসেপ্টর-বাইন্ডিং সাইট (RBS) কে লক্ষ্য করে যা আগে WT SARS-CoV-2-এ সংক্রামিত একজন ব্যক্তির কাছ থেকে নেওয়া হয়েছিল উদ্বেগের রূপগুলি (VOCs)। S728-1157 D614G, Beta, Delta, Kappa, Mu, এবং Omicron (BA.1/BA.2/BA.2.75/BA.4/BA.5/ সহ সমস্ত প্রভাবশালী ভেরিয়েন্টের বিস্তৃত ক্রস-নিরপেক্ষকরণ প্রদর্শন করেছে BL.1/XBB)। উপরন্তু, S728-1157 হ্যামস্টারকে ডব্লিউটি, ডেল্টা, এবং BA.1 ভাইরাসের সাথে ভিভো চ্যালেঞ্জের বিরুদ্ধে সুরক্ষিত করেছে। কাঠামোগত বিশ্লেষণে দেখা গেছে যে এই অ্যান্টিবডি রিসেপ্টর বাইন্ডিং ডোমেনে একটি ক্লাস 1/RBS-A এপিটোপকে লক্ষ্য করে একাধিক হাইড্রোফোবিক এবং পোলার ইন্টারঅ্যাকশনের মাধ্যমে এর ভারী চেইন পরিপূরকতা নির্ধারণকারী অঞ্চল 3 (CDR-H3), CDR-H1/-এ সাধারণ মোটিফগুলি ছাড়াও ক্লাস 1/RBS-A অ্যান্টিবডির CDR-H2। গুরুত্বপূর্ণভাবে, ডিপ্রোলিন (2P) কনস্ট্রাক্টের তুলনায় এই এপিটোপটি খোলা এবং প্রিফিউশন অবস্থায় বা হেক্সাপ্রোলিন (6P)-স্ট্যাবিলাইজড স্পাইক কনস্ট্রাকশনে আরও সহজে অ্যাক্সেসযোগ্য ছিল। সামগ্রিকভাবে, S728-1157 বিস্তৃত থেরাপিউটিক সম্ভাব্যতা প্রদর্শন করে এবং ভবিষ্যতের SARS-CoV-2 ভেরিয়েন্টের বিরুদ্ধে লক্ষ্য-চালিত ভ্যাকসিন ডিজাইনগুলিকে অবহিত করতে পারে।

cistanche tubulosa - ইমিউন সিস্টেম উন্নত

ভূমিকা

2019 সালের ডিসেম্বরে মহামারী শুরু হওয়ার পর থেকে, গুরুতর তীব্র শ্বাসযন্ত্রের সিন্ড্রোম করোনাভাইরাস 2 (SARS-CoV-2) ভাইরাসের কারণে করোনাভাইরাস রোগ 2019 (COVID-19) এর 660 মিলিয়নেরও বেশি মামলা হয়েছে এবং 6.5-এর বেশি বিশ্বব্যাপী মিলিয়ন মৃত্যু। যদিও ভ্যাকসিন এবং থেরাপিউটিকসের দ্রুত বিকাশ এবং বিতরণ কোভিড-19 এর প্রভাবকে অনেকাংশে কমিয়েছে, তবে উদ্বেগের সঞ্চালন রূপের (VOCs) উত্থান আরও ইমিউন ফাঁকির সম্ভাবনার কারণে একটি বড় হুমকির প্রতিনিধিত্ব করে চলেছে। এবং উন্নত প্যাথোজেনিসিটি। D614G ভেরিয়েন্টটি আবির্ভূত হওয়ার প্রথমতম বৈকল্পিক ছিল এবং তারপরে সর্বজনীনভাবে প্রচলিত হয়ে ওঠে। WT-এর সাথে তুলনা করে, D614G ভেরিয়েন্ট প্যাথোজেনিসিটি বৃদ্ধির পরিবর্তে বর্ধিত সংক্রমণযোগ্যতা প্রদর্শন করেছে এবং তাই ক্লিনিকাল ট্রায়ালগুলিতে ভ্যাকসিনের কার্যকারিতা হ্রাস করার সম্ভাবনা কম ছিল (1)। 2021 সালের অক্টোবর থেকে D614G এর উত্থানের মধ্যে, আলফা, বিটা, গামা এবং ডেল্টা সহ বিশ্বব্যাপী 4টি অতিরিক্ত উল্লেখযোগ্য VOC বিকশিত হয়েছে। এই রূপগুলির মধ্যে, ডেল্টা একটি গুরুতর বৈশ্বিক হুমকি হয়ে উঠেছে কারণ এটির সংক্রমণযোগ্যতা, রোগের তীব্রতা বৃদ্ধি এবং আংশিক প্রতিরোধ ক্ষমতা ফাঁকি দেওয়া হয়েছে, যেমন পলিক্লোনাল সিরাম এবং এমএবিএস-এর এই স্ট্রেনকে নিরপেক্ষ করার ক্ষমতা হ্রাস (2-6) দ্বারা দেখানো হয়েছে। এর কিছুক্ষণ পরে, 2021 সালের নভেম্বরে, Omicron ভেরিয়েন্টটিকে চিহ্নিত করা হয়েছিল এবং একটি উপন্যাস VOC হিসাবে ঘোষণা করা হয়েছিল। এই বৈকল্পিকটি এখন পর্যন্ত সর্বাধিক সংখ্যক মিউটেশনের অধিকারী এবং পূর্ববর্তী স্ট্রেইনের (7, 8) তুলনায় আরও দ্রুত ছড়িয়ে পড়েছে। বর্তমানে, Omicron সাবলাইনেজের একটি বিস্তৃত পরিসর রয়েছে যা নতুন COVID-19 কেসগুলির দিকে পরিচালিত করে, যেখানে BQ.1, BQ.1.1, এবং XBB.1.5 BA.5 এর উপর প্রভাবশালী হয়ে উঠেছে এবং সেই সময়ে বিশ্বব্যাপী বেশিরভাগ নতুন কেসগুলির জন্য দায়ী লেখার Omicron ভেরিয়েন্টগুলি বিভিন্ন মাত্রায় COVID-19 ভ্যাকসিন-সম্পর্কিত অনাক্রম্যতা দ্বারা স্বীকৃতি এড়াতে পারে, যার ফলে সম্পূর্ণরূপে mRNA- টিকাপ্রাপ্ত ব্যক্তিদের এবং নতুন WT/BA.5 এর সাথে উন্নত ব্যক্তিদের সিরাম অ্যান্টিবডিগুলির নিরপেক্ষ ক্ষমতা উল্লেখযোগ্যভাবে হ্রাস করে। mRNA ভ্যাকসিন (9, 10)। একইভাবে, ওমিক্রন ভেরিয়েন্টগুলি বেশ কয়েকটি জরুরী ব্যবহার-অনুমোদন (EUA) থেরাপিউটিক mAbs-এর বাঁধাই এড়াতে সক্ষম হয়েছিল, যদিও এগুলি পূর্বে পূর্ববর্তী VOCs (10-12) এর বিরুদ্ধে কার্যকর দেখানো হয়েছিল। Omicron এর বিরুদ্ধে কম নিরপেক্ষকরণ এবং ভবিষ্যতের VOCs-এর ক্রমাগত হুমকির কারণে, বিস্তৃত এবং শক্তিশালী নিরপেক্ষ অ্যান্টিবডিগুলি সনাক্ত করার জরুরী প্রয়োজন রয়েছে যা বিভিন্ন, বিবর্তিত SARS-CoV-2 বংশের বিরুদ্ধে রক্ষা করতে পারে। এই গবেষণায়, আমরা একটি SARS-CoV-2–স্বাস্থ্যকর ব্যক্তির পেরিফেরাল রক্ত ​​থেকে একটি শক্তিশালী রিসেপ্টর-বাইন্ডিং ডোমেন–রিঅ্যাকটিভ (RBD-প্রতিক্রিয়াশীল) mAb সনাক্ত করেছি যা কার্যকরভাবে আলফা, বিটা, কাপ্পা, ডেল্টা, মু, এবং Omicron ভেরিয়েন্ট (BA.1, BA.2, BA.2.75, BA.4, BA.5, BL.1 এবং XBB)। এই mAb, S728-1157, হ্যামস্টারদের ভিভো চ্যালেঞ্জের পরে ফুসফুস এবং অনুনাসিক মিউকোসাতে BA.1 Omicron, Delta, এবং WT ভাইরাল লোড উল্লেখযোগ্যভাবে হ্রাস করেছে। S728-1157 রিসেপ্টর বাইন্ডিং সাইট (RBS) কে আবদ্ধ করে যা সম্পূর্ণরূপে উন্মুক্ত হয় যখন স্পাইকের RBD আপ কনফর্মেশনে থাকে। mAb CDR-H1 এবং CDR-H2 তে পাওয়া মোটিফগুলি ব্যবহার করে যা IGHV3-53/3-66 ক্লাস 1/RBS-A অ্যান্টিবডিগুলির (13, 14) সাধারণ, তবে CDR-এর সাথে বিস্তৃত অনন্য পরিচিতির মাধ্যমেও -H3 VOCs স্পাইকগুলিতে মিউটেশন প্রতিরোধ করতে। এটি পরামর্শ দেয় যে Omicron ভেরিয়েন্টগুলিকে কভার করে ভবিষ্যত ভ্যাকসিন বুস্টের যৌক্তিক নকশা সংশোধন করা উচিত যাতে বেশিরভাগ আপ কনফিগারেশনে একটি স্থিতিশীল স্পাইক উপস্থাপন করা হয় যাতে ক্লাস 1/RBS-A mAbs-এর অনুরূপ CDR-H3 বৈশিষ্ট্য রয়েছে।

cistanche বেনিফিট-ইমিউন সিস্টেমকে শক্তিশালী করে

ফলাফল

RBD-প্রতিক্রিয়াশীল mAbs এর বিচ্ছিন্নতা যা নিরপেক্ষকরণ এবং ক্ষমতার বিভিন্ন নিদর্শন প্রদর্শন করে। Omicron বংশ বিস্তারের আগে, আমরা পূর্বে 43 mAbs চিহ্নিত করেছিলাম স্পাইক প্রোটিনে স্বতন্ত্র এপিটোপকে লক্ষ্য করে, যার মধ্যে রয়েছে N-টার্মিনাল ডোমেইন (NTD), RBD, এবং সাবুনিট 2 (S2)। এই অ্যান্টিবডিগুলির কোনওটিই সেই সময়ে (15) প্রচারিত SARS-CoV-2 রূপগুলিকে নিরপেক্ষ করতে সক্ষম হয়নি। এই সমীক্ষায়, RBD-প্রতিক্রিয়াশীল mAbs-এর একটি অতিরিক্ত প্যানেল 3 জন উচ্চ-প্রতিক্রিয়াকারী ব্যক্তির কাছ থেকে প্রকাশ করা হয়েছিল যারা শক্তিশালী অ্যান্টি-স্পাইক IgG প্রতিক্রিয়া মাউন্ট করেছে, যেমন পূর্বে সংজ্ঞায়িত করা হয়েছে (16) (পরিপূরক সারণী 1 এবং 3; এই নিবন্ধের সাথে অনলাইনে উপলব্ধ সম্পূরক উপাদান; https://doi.org/10.1172/JCI166844DS1)। যদিও স্পাইক আরবিডি-বাইন্ডিং বি কোষগুলির অনুপাত মধ্য- এবং নিম্ন-প্রতিক্রিয়াকারীদের তুলনায় উচ্চ-প্রতিক্রিয়াকারীদের মধ্যে একই ছিল (চিত্র 1, A-C), ভারী চেইন সোম্যাটিক হাইপারমিউটেশন হার উচ্চ-প্রতিক্রিয়াকারী গোষ্ঠীতে উল্লেখযোগ্যভাবে বেশি ছিল (চিত্র 1) , D, এবং E), পরামর্শ দেয় যে এই ব্যক্তিদের শক্তিশালী ক্রস-রিঅ্যাকটিভ mAbs (16) তৈরি করার সর্বোচ্চ সম্ভাবনা থাকতে পারে। এই অ্যান্টিবডিগুলি আরবিডি মিউট্যান্টদের বিরুদ্ধে তাদের এপিটোপ শ্রেণীবিভাগ সনাক্ত করতে আরও তদন্ত করা হয়েছিল (17)। 14টি RBD-প্রতিক্রিয়াশীল mAbs-এর মধ্যে, আমরা 4টি ক্লাস 2 mAbs, 2টি ক্লাস 3 mAbs, এবং 8টি অশ্রেণিকৃত mAbs শনাক্ত করেছি যেগুলি পরীক্ষিত যেকোন মূল RBD মিউট্যান্টের বিরুদ্ধে বাঁধাই করার ক্ষেত্রে খুব কম দেখায় (চিত্র 1F)। উল্লেখ্য, ক্লাস 2, ক্লাস 3 এবং ক্লাস 4 অ্যান্টিবডিগুলি পূর্ববর্তী গবেষণায় সংজ্ঞায়িত RBS BD, S309, এবং CR3022 এপিটোপের সাথে প্রায় মিলে যায় (13, 18)। ক্লাস 2 এবং 3 RBD mAbs K417N/E484K/L452R/ N501Y প্রতিস্থাপন সমন্বিত একটি মাল্টিভেরিয়েন্ট RBD মিউট্যান্টকে চিনতে পারেনি, একটি কৃত্রিমভাবে ডিজাইন করা RBD ভাইরাস থেকে রক্ষা পাওয়ার জন্য মূল মিউটেশনগুলি অন্তর্ভুক্ত করার জন্য (17, 18), অথবা তারা ক্রস-রিঅ্যাক্টিভিটিও প্রদর্শন করেনি। SARS-CoV-1 এর RBD এবং মিডল ইস্টার্ন রেসপিরেটরি সিন্ড্রোম (MERS)-CoV (চিত্র 1F)। কার্যকরীভাবে, ক্লাস 2 এবং 3 RBD mAbs সম্ভাব্যভাবে D614G এবং ডেল্টা ভেরিয়েন্টগুলিকে নিরপেক্ষ করে, কিন্তু বিটা, কাপ্পা, এবং মু (চিত্র 1G) এর বিরুদ্ধে নিরপেক্ষ কার্যকলাপ আরও সীমিত ছিল। ক্লাস 2 বা 3 অ্যান্টিবডির কোনোটিই পরীক্ষা করা ওমিক্রন বৈকল্পিককে নিরপেক্ষ করেনি।

বিপরীতে, বেশিরভাগ অশ্রেণীবদ্ধ mAbs RBD মাল্টিভেরিয়েন্টের সাথে আবদ্ধ এবং SARS-CoV-1 RBD (চিত্র 1F) এর সাথে ক্রস-রিঅ্যাক্ট করেছে। এর মধ্যে, আমরা 3টি mAbs, S451-1140, S626-161, এবং S728-1157 শনাক্ত করেছি, যা D614G এবং ক্রস-নিউট্রালাইজড বিটা, ডেল্টা, কাপ্পা, মু, এবং এর বিরুদ্ধে উচ্চ নিরপেক্ষকরণ ক্ষমতা দেখিয়েছে 20-2,500 ng/mL (চিত্র 1G) পরিসরে 99% নিরোধক ঘনত্ব (IC99) সহ Omicron BA.1। এই 3 mAbs-এর বিস্তৃত নিরপেক্ষকরণ ক্ষমতার প্রেক্ষিতে, প্লাক অ্যাস প্ল্যাটফর্ম ছাড়াও, আমরা প্রামাণিক BA.2.75, BL.1 (BA.2।{22}}R346T), BA.4, এর বিরুদ্ধেও নিরপেক্ষকরণ কার্যকলাপ সম্পাদন করেছি। BA.5, এবং XBB ভাইরাস ফোকাস রিডাকশন নিউট্রালাইজেশন টেস্ট (FRNT) (চিত্র 1G) ব্যবহার করে। এর মধ্যে, S728-1157 BA.1, BA.2, BA.4, এবং BA.5 সহ Omicron ভেরিয়েন্টের প্যানেলের বিরুদ্ধে উচ্চ নিরপেক্ষ কার্যকলাপ প্রদর্শন করেছে, একটি IC99 দ্বারা 100 ng/mL পর্যন্ত পরিমাপ করা হয়েছে ফলক পরীক্ষা FRNT ব্যবহার করে একটি অনুরূপ দৃশ্য পরিলক্ষিত হয়েছে, যেখানে S728-1157 8-300 এনজি রেঞ্জে একটি IC50 সহ BA.2.75, BL.1, BA.4, BA.5 এবং XBB এর বিরুদ্ধে উচ্চ নিরপেক্ষকরণ কার্যকলাপ বজায় রেখেছে /mL (চিত্র 1G)। সা অন্যদিকে, S626-161 BA.1 ভেরিয়েন্ট (চিত্র 1G) এর বাইরে ওমিক্রন ভেরিয়েন্টের বিরুদ্ধে নিরপেক্ষ কার্যকলাপ প্রদর্শন করেনি। যদিও S626-161-এর অন্য 2টি অ্যান্টিবডির তুলনায় পরীক্ষিত VOC-এর বিরুদ্ধে কম নিরপেক্ষকরণ ক্ষমতা ছিল, তবে এটিই একমাত্র mAb যেটি শুধুমাত্র SARS CoV-1 RBD-কে ক্রস-রিঅ্যাক্টিভিটি দেখায়নি বরং ব্যাটকে নিরপেক্ষ করতেও সক্ষম হয়েছিল। করোনাভাইরাস WIV-1 এবং RsSHC014 (চিত্র 1, F এবং G)। এই তথ্যগুলি পরামর্শ দেয় যে S626-161 একটি সংরক্ষিত উপাখ্যানকে স্বীকৃতি দেয় যা এই আরবোভাইরাস বংশের মধ্যে ভাগ করা হয় কিন্তু BA.2 এবং পরবর্তী স্ট্রেনে অনুপস্থিত। অতিরিক্তভাবে, S728-1157 এবং S451-1140-এর সাথে তুলনা করে, S626-161-এর দীর্ঘ CDR-H3 রয়েছে যা বর্ণনা অনুযায়ী আর্বোভাইরাস জুড়ে ভাগ করা অবশিষ্টাংশের একটি উচ্চ সংরক্ষিত প্যাচ সনাক্ত করার একটি উন্নত ক্ষমতা প্রদান করতে পারে। পূর্ববর্তী একটি গবেষণায় (19) (পরিপূরক চিত্র 1)। উপলব্ধ SARS-CoV-2 neutralizing mAbs ডাটাবেসের (13, 15, 20-27) সাথে এই 3 mAbs-এর ইমিউনোগ্লোবুলিন ভারী (IGHV) এবং হালকা চেইন (IGLV বা IGKV) পরিবর্তনশীল জিনের তুলনা করার সময়, আমরা দেখতে পেলাম যে ভারী চেইন S728-1157 (IGHV3-66), S451-1140 (IGHV3-23), এবং S626-161 (IGHV4-39) দ্বারা ব্যবহৃত পরিবর্তনশীল জিন রয়েছে পূর্বে RBD (21, 22, 28, 29) কে লক্ষ্য করে বেশ কিছু সম্ভাব্য নিরপেক্ষ SARS-CoV-2 অ্যান্টিবডি এনকোড করার জন্য রিপোর্ট করা হয়েছিল। যাইহোক, শুধুমাত্র S728-1157-এর অনন্য ভারী এবং হালকা চেইন পরিবর্তনশীল জিন জোড়া ছিল যা ডেটাবেসে রিপোর্ট করা হয়নি (পরিপূরক সারণী 3), ইঙ্গিত করে যে এটি একটি পাবলিক ক্লোনটাইপ নয়।

চিত্র 1. RBD-প্রতিক্রিয়াশীল mAbs-এর বৈশিষ্ট্য কোভিড-19–স্বাস্থ্যকর ব্যক্তি থেকে বিচ্ছিন্ন

এই 3টি mAbs (S451-1140, S626-161, এবং S728-1157) SARSCoV-2 VOCs (চিত্র 2, A এবং B) এর বিরুদ্ধে তাদের বাঁধাই প্রস্থ নির্ধারণ করতে আরও বৈশিষ্ট্যযুক্ত হয়েছিল . S2 সাবইউনিটে (2P; ডিপ্রোলিন) প্রিফিউশন-স্ট্যাবিলাইজড স্পাইক যেখানে 2-প্রোলিন প্রতিস্থাপন রয়েছে তা WT স্পাইকের তুলনায় একটি উচ্চতর ইমিউনোজেন হিসাবে দেখানো হয়েছে এবং এটি বেশ কয়েকটি বর্তমান SARS-CoV-2 mRNA-ভিত্তিক ভ্যাকসিন সহ ভ্যাকসিন (30, 31)। অতি সম্প্রতি, স্পাইক প্রোটিন 6 প্রোলাইন (6P; হেক্সাপ্রোলিন) দিয়ে স্থিতিশীল হয়ে অভিব্যক্তি বৃদ্ধি করে এবং আসল ডিপ্রোলিন গঠনের চেয়ে আরও বেশি স্থিতিশীল বলে জানা গেছে; ফলস্বরূপ, এটি পরবর্তী প্রজন্মের COVID-19 ভ্যাকসিনে ব্যবহারের জন্য প্রস্তাব করা হয়েছে (32, 33)। ডিপ্রোলিন এবং হেক্সাপ্রোলিন স্পাইক গঠনের মধ্যে অ্যান্টিজেনিসিটি পার্থক্য রয়েছে কিনা তা নির্ধারণ করতে, উভয় ইমিউনোজেন আমাদের পরীক্ষা প্যানেলে অন্তর্ভুক্ত ছিল। ELISA দ্বারা পরিমাপ করা হয়েছে, আমরা দেখতে পেয়েছি যে 3 mAbs 6P-WT স্পাইক অ্যান্টিজেনকে WT-2P স্পাইকের (চিত্র 2, A এবং B) তুলনায় অনেক বেশি পরিমাণে আবদ্ধ করে। সমস্ত 3 mAbs আলফা, বিটা, গামা এবং ডেল্টা ভাইরাসের স্পাইকগুলির সাথে তুলনীয় আবদ্ধতা দেখায়, WT-2P (চিত্র 2, A এবং B) এর তুলনায়। যাইহোক, ওমিক্রন-ফ্যামিলি অ্যান্টিজেন (চিত্র 2, B, এবং C) এর একটি প্যানেলের বিরুদ্ধে এই 3 mAbs-এর বাঁধাইকারী প্রতিক্রিয়াগুলি উল্লেখযোগ্যভাবে হ্রাস পেয়েছে। S451-1140 বাইন্ডিং BA.1 এবং BA.2 তে পাওয়া মিউটেশনের জন্য সংবেদনশীল ছিল, যার ফলে বাইন্ডিং একটি বড় হ্রাস এবং 31-ডব্লিউটি-এর তুলনায় এই বৈকল্পিকগুলির বিরুদ্ধে নিরপেক্ষকরণে একটি গুণ হ্রাস-2 পি অ্যান্টিজেন এবং D614G ভাইরাস যথাক্রমে (চিত্র 2B)। সারবেকোভাইরাস-ক্রস নিউট্রালাইজিং mAb, S626-161ও দেখায় 12- থেকে 3৷{43}}গুণ কম বাইন্ডিং স্পাইক BA.1 অ্যান্টিজেন, যা একটি {{45} জন্য দায়ী হতে পারে BA.1 এর বিরুদ্ধে নিরপেক্ষকরণ কার্যকলাপে ভাঁজ হ্রাস (চিত্র 1G এবং চিত্র 2, B এবং C)। সবচেয়ে শক্তিশালী বিস্তৃতভাবে নিরপেক্ষ অ্যান্টিবডি (bnAb), S728-1157-এর জন্য, Omicron অ্যান্টিজেনের সাথে আবদ্ধতা কম পরিমাণে (11- থেকে 44-গুণ) এর সাথে তুলনা করা হয়েছিল। WT-2P স্পাইক এবং নিরপেক্ষ কার্যকলাপে প্রভাবিত হয়নি (চিত্র 1G এবং চিত্র 2, B এবং C)। BA.1 স্পাইকের সাথে Omicron-neutralizing mAb বাইন্ডিংয়ে উল্লেখযোগ্য হ্রাস এর গতিশীলতার পরিবর্তনের কারণে হতে পারে এবং Omicron 3-RBD-ডাউন স্ট্রাকচারের আঁটসাঁট প্যাকিং এবং 1- এর জন্য পছন্দের সাথে সম্পর্কিত হতে পারে RBD আপ যা অ্যান্টিবডি এড়াতে সাহায্য করে, যেমনটি পূর্ববর্তী একটি গবেষণায় রিপোর্ট করা হয়েছে (34)। 2P এবং 6P স্থিতিশীল মিউটেশনের ওমিক্রন ভেরিয়েন্টে ডিফারেনশিয়াল প্রভাব রয়েছে যেখানে সমস্ত 3 mAbs 2 টিরও বেশি দেখায়।{67}}স্পাইক BA-তে বাইন্ডিং গুণ বেড়ে যায়।{68}}BA এর সাথে তুলনা করে P।{69}}P সংস্করণ, কিন্তু শুধুমাত্র স্পাইক BA.2 এবং BA.4/5 6P সংস্করণগুলির সাথে তাদের 2P সংস্করণগুলির তুলনায় 1.2 × থেকে 1.4 × পর্যন্ত বাইন্ডিং বৃদ্ধি পেয়েছে, যা হেক্সাপোল সংস্করণগুলিতে ওমিক্রন-নিরপেক্ষ mAbs-এর আরও ভাল অ্যাক্সেসযোগ্যতার পরামর্শ দেয়, বিশেষ করে স্পাইক BA.1 নির্মাণের জন্য। ELISA ছাড়াও, বায়োলেয়ার ইন্টারফেরোমেট্রি (BLI) স্পাইক অ্যান্টিজেনের একটি প্যানেলে এই 3 mAbs-এর বাইন্ডিং রেট এবং ভারসাম্যের ধ্রুবক (kon, koff, এবং KD) পরিমাপ করতে ব্যবহৃত হয়েছিল (পরিপূরক চিত্র 2)। হেক্সাপ্রোলিন স্পাইকের সাথে ফ্র্যাগমেন্ট অ্যান্টিজেন বাইন্ডিং (ফ্যাব) এর স্বীকৃতি কন রেট ছিল 15- থেকে 3৷{85}}ডিপ্রোলিন স্পাইকগুলির (পরিপূরক চিত্র 2, B এবং C) এর সাথে তুলনা করার সময় দ্রুত ভাঁজ হয়, যা দেখায় যে 6P এর সাথে আবদ্ধ অ্যান্টিবডিগুলি 2P গঠনের চেয়ে বেশি দ্রুত গঠন করে। হেক্সাপ্রোলিন স্পাইকের খোলা অবস্থায় আরবিডিতে এপিটোপগুলি আরও অ্যাক্সেসযোগ্য হলে এটি আশা করা যেতে পারে। S626- 161 ব্যতীত, ডিপ্রোলিন স্পাইকের তুলনায় ফ্যাবগুলি হেক্সাপ্রোলিন স্পাইক থেকে আরও ধীরে ধীরে বিচ্ছিন্ন হয়েছে (একটি কম কফ ছিল), যাতে সামগ্রিক কেডি দেখায় যে S728-1157 এবং S451-1140 আবদ্ধ হেক্সাপ্রোলিন স্পাইক বৃহত্তর সম্বন্ধযুক্ত (পরিপূরক চিত্র 2, B এবং C)। S728-1157 এবং S451- 1140 mAbs দ্বারা দেখানো 1:2 ইন্টারঅ্যাকশন মডেল দ্বারা হেক্সাপ্রোলিন স্পাইকের সাথে আবদ্ধ হওয়ার বৃদ্ধিটি অক্ষত IgG-এর জন্য আরও বেশি উল্লেখযোগ্য ছিল, 6P স্থিতিশীলতার অনুমতি দিয়ে একাধিক এপিটোপের এক্সপোজারের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ উন্নত আগ্রহ (পরিপূরক চিত্র 2, A এবং C)। একসাথে নেওয়া, এই ফলাফলগুলি পরামর্শ দেয় যে লক্ষ্য করা এপিটোপগুলি 6P-স্থিতিশীল স্পাইকে তুলনামূলকভাবে আরও অ্যাক্সেসযোগ্য হতে পারে যখন RBD খোলা অবস্থায় থাকে। এই অনুমান যাচাই করার জন্য পরবর্তীতে কাঠামোগত বিশ্লেষণ করা হয়েছিল।

চিত্র 2. Omicron-নিরপেক্ষ mAbs-এর বাইন্ডিং প্রস্থ

বিস্তৃতভাবে mAbs নিরপেক্ষ করার কাঠামোগত বিশ্লেষণ। আবদ্ধ এপিটোপগুলির প্রথম আনুমানিক হিসাবে, এই 3টি বিস্তৃতভাবে নিরপেক্ষ করা mAbs আমাদের বর্তমান এমএবিএস প্যানেলের সাথে কোনও ওভারল্যাপ ভাগ করেছে কিনা তা নির্ধারণ করতে একটি ELISA প্রতিযোগিতার পরীক্ষা ব্যবহার করা হয়েছিল, পূর্ববর্তী গবেষণা থেকে পরিচিত এপিটোপ নির্দিষ্টতা সহ mAbs এর একটি সংগ্রহ (15, 25, 35) , এবং 2টি অন্যান্য mAbs বর্তমানে ক্লিনিক্যাল ব্যবহারে রয়েছে, LY-CoV555 (Eli Lilly) (36) এবং REGN10933 (Regeneron) (37)। S451-1140 এবং S728-1157 এর বাইন্ডিং সাইটগুলি আংশিকভাবে CC12.3 (23, 25), একটি ক্লাস 1 নিরপেক্ষ অ্যান্টিবডি, এবং LY-CoV555 এবং REGN10933 সহ বেশিরভাগ ক্লাস 2 অ্যান্টিবডিগুলির সাথে ওভারল্যাপ করা হয়েছে, কিন্তু নয় ক্লাস 3 এবং ক্লাস 4 অ্যান্টিবডি সহ (চিত্র 3A)। S626-161 ক্লাস 1 CC12.3 এর সাথে বাইন্ডিং অঞ্চলে একটি উল্লেখযোগ্য ওভারল্যাপ ভাগ করেছে, CR3022 সহ বেশ কয়েকটি ক্লাস 4 অ্যান্টিবডি, এবং অন্যান্য অশ্রেণিকৃত অ্যান্টিবডি, যখন বেশ কয়েকটি ক্লাস 2 এবং একটি একক ক্লাস 3 অ্যান্টিবডিগুলির সাথে কিছু আংশিক ওভারল্যাপ রয়েছে (চিত্র 3A)। সাদৃশ্যপূর্ণভাবে, একটি প্রতিযোগিতা BLI অ্যাস থেকে জানা গেছে যে S451-1140 এবং S728-1157 স্পাইক WT-6P এর সাথে আবদ্ধ হওয়ার জন্য একে অপরের সাথে দৃঢ়ভাবে প্রতিদ্বন্দ্বিতা করেছে, যেখানে S626-161 করেনি (পরিপূরক চিত্র 3)। সামগ্রিকভাবে, এই ডেটাগুলি সুপারিশ করে যে S451-1140 এবং S728-1157 অনুরূপ এপিটোপগুলিকে চিনতে পারে যেগুলি S626-161 থেকে আলাদা৷

চিত্র 3. S728-1157 এর বিস্তৃত নিরপেক্ষকরণের প্রক্রিয়া

অ্যান্টিবডি S728-1157 আইজিএইচভি3-66 দ্বারা এনকোড করা হয়েছিল এবং একটি সংক্ষিপ্ত পরিপূরকতা নির্ধারণকারী অঞ্চল 3 (সিডিআর-এইচ3) ছিল। উল্লেখযোগ্যভাবে, mAbs যেগুলি RBS কে বাঁধাই মোড 1 (যেমন RBS-A বা ক্লাস 1 সাইট), CC12.1, CC12.3, B38, এবং C105 (13, 18, 23, 29, 38, 39) দ্বারা টাইপ করা হয়েছে। IGHV3-53 বা 3-66 ব্যবহার করার প্রবণতা এবং VOC মিউটেশনের প্রতি সংবেদনশীল (40)। যাইহোক, S728-1157 এর CDR-H3 অঞ্চলটি এই শ্রেণীর অন্যান্য অ্যান্টিবডি থেকে অত্যন্ত স্বতন্ত্র, সম্ভাব্যভাবে এর বিস্তৃত কার্যকলাপের জন্য দায়ী। এই উপাখ্যানে S728-1157 দ্বারা বিস্তৃত নিরপেক্ষকরণের কাঠামোগত ভিত্তি বোঝার জন্য, আমরা স্পাইক WT-এর সাথে জটিলতায় IgG S728-1157-এর একটি ক্রায়ো-ইলেক্ট্রন মাইক্রোস্কোপি (ক্রিও-EM) কাঠামো (চিত্র 3B) সমাধান করেছি। {31}}P-Mut7, স্পাইক WT-6P এর একটি সংস্করণ যা C705 এবং C883 এ একটি ইন্টারপ্রোটোমার ডিসালফাইড বন্ড ধারণ করে, প্রায় 3.3 Å গ্লোবাল রেজোলিউশনে (পরিপূরক চিত্র 4E)। প্রতিসাম্য সম্প্রসারণ, কেন্দ্রীভূত শ্রেণীবিভাগ, এবং পরিমার্জন পদ্ধতি ব্যবহার করে, আমরা RBD-Fv ইন্টারফেসে স্থানীয় রেজোলিউশন প্রায় 4 Å (পরিপূরক চিত্র 4E এবং পরিপূরক সারণী 8) অর্জন করেছি। S728-1157 ফ্যাবের একটি স্ফটিক কাঠামো 3.1 Å রেজোলিউশনে নির্ধারণ করা হয়েছিল এবং RBD-Fv ইন্টারফেসে পারমাণবিক মডেল তৈরি করতে ব্যবহৃত হয়েছিল। আমাদের কাঠামো নিশ্চিত করে যে S728-1157 আরবিডি-আপ কনফর্মেশনে RBS-A (বা ক্লাস 1) এপিটোপকে আবদ্ধ করে (চিত্র 3B এবং পরিপূরক চিত্র 4E), অন্যান্য IGHV3-53/{{55} } অ্যান্টিবডি (চিত্র 3C)। S728-1157 দ্বারা এনজিওটেনসিন-কনভার্টিং এনজাইম 2 (ACE2) বাইন্ডিং সাইটের স্টেরিক ব্লকেজ SARS-CoV-2 এর বিরুদ্ধে এর উচ্চ নিরপেক্ষকরণ ক্ষমতা ব্যাখ্যা করে। S728-1157 CDR-H1 এবং -H2-এ 32NY33 মোটিফ এবং 53SGGS56 মোটিফ (23) RBD-এর সাথে প্রায় একইভাবে CC12.3 (পরিপূরক চিত্র 4, B এবং C) এর সাথে যোগাযোগ করে। যাইহোক, CC12.3-তে VH 98DF99-এর সাথে তুলনা করে, S728-1157 CDR-H3-এ VH 98DY99 RBD-এর সাথে হাইড্রোফোবিক এবং পোলার মিথস্ক্রিয়া সহ আরও বিস্তৃত মিথস্ক্রিয়া গঠন করে, যা VOC-এর বিরুদ্ধে বিস্তৃত নিরপেক্ষতার জন্য দায়ী হতে পারে (চিত্র 3D এবং পরিপূরক টেবিল 6 এবং 7)। S{90}} CDR-H3-তে ডিগ্লাইসিন VH 100GG101 এছাড়াও CC12.3-তে VH Y100-এর তুলনায় আরও বিস্তৃত বাঁধাইয়ের সুবিধা দিতে পারে, সম্ভবত গ্লাইসিনের অবশিষ্টাংশের নমনীয়তার কারণে যা CDR-এর অগ্রভাগের ভিন্ন রূপের দিকে পরিচালিত করে। -H3 লুপ এবং 98DY99 এ অবশিষ্টাংশের একটি আপেক্ষিক স্থানান্তর।

cistanche tubulosa - ইমিউন সিস্টেম উন্নত

Cistanche Enhance Immunity পণ্য দেখতে এখানে ক্লিক করুন

【আরো জন্য জিজ্ঞাসা করুন】 ইমেল:cindy.xue@wecistanche.com / Whats অ্যাপ: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

যদিও RBD-তে Omicron VOCs-এর ব্যাপক মিউটেশন রয়েছে, তবে এই অবশিষ্টাংশগুলির অধিকাংশই S728-1157-এর সাথে যোগাযোগ করে না, কারণ বাঁধাই এখনও পরিলক্ষিত হয় (পরিপূরক চিত্র 4A)। আমাদের স্পাইক WT-6P-Mut7 + Fab S728-1157 মডেল থেকে, Y505 থেকে VL Q31, এবং E484 থেকে VH Y99 হাইড্রোজেন বন্ড তৈরির পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছে (পরিপূরক চিত্র 4D এবং পরিপূরক সারণী 6 ), যা Omicron মিউটেশন Y505H এবং E484A দ্বারা ব্যাহত হওয়ার সম্ভাবনা রয়েছে। যাইহোক, একটি Y505H মিউটেশন এখনও VL Q31 এর সাথে একটি হাইড্রোজেন বন্ধনের অনুমতি দেবে এবং একটি E484A মিউটেশন হাইড্রোফোবিক অবশিষ্টাংশ VL Y99, F456 এবং Y489 এর কাছে আরেকটি হাইড্রোফোবিক সাইড চেইন যুক্ত করবে। এই পরিচিতিগুলি ব্যাখ্যা করতে পারে, আংশিকভাবে, যে প্রক্রিয়াটি S728-1157 কে স্পাইক BA.1 অ্যান্টিজেনের বিরুদ্ধে (চিত্র 1G এবং চিত্র 2B) নিরপেক্ষ কার্যকলাপ বজায় রাখতে সক্ষম করে, তা কমিয়ে দেয়। BA.1 অ্যান্টিজেন, সম্ভবত, ওমিক্রন মিউটেশনের সাথে সম্পর্কিত যা স্পাইক প্রোটিনের গঠনগত ল্যান্ডস্কেপ পরিবর্তন করে (34)। যাইহোক, S728-1157 তে বেশ কিছু somatically পরিবর্তিত অবশিষ্টাংশ, যেমন, VH L27, L28, R31, F58 এবং VL V28 এবং Q31, SARS-CoV-2 RBD এর সাথে মিথস্ক্রিয়ায় জড়িত (পরিপূরক চিত্র 1 এবং পরিপূরক সারণী 7), যা CC12.3 এর তুলনায় এর বিস্তৃত প্রতিক্রিয়াতেও অবদান রাখতে পারে। সামগ্রিকভাবে, আমাদের কাঠামোগত অধ্যয়নগুলি S728-1157-এর বিস্তৃত নিরপেক্ষকরণের ভিত্তি প্রকাশ করেছে যা SARS-CoV-2 VOC-তে বেশিরভাগ মিউটেশনকে মিটমাট করতে পারে।

চিত্র 4. হ্যামস্টারে SARS-CoV-2 সংক্রমণের বিরুদ্ধে bnAbs-এর প্রতিরক্ষামূলক কার্যকারিতা।

S728-1157 সিরিয়ান হ্যামস্টারে SARS-CoV-2 BA.1 Omicron, Delta, এবং WT SARS-CoV-2 এর প্রতিলিপি হ্রাস করে। আমাদের ব্যাপকভাবে নিরপেক্ষ mAbs-এর প্রতিরক্ষামূলক কার্যকারিতা মূল্যায়ন করতে, আমরা একটি সোনালি সিরিয়ান হ্যামস্টার সংক্রমণ মডেল ব্যবহার করেছি যা SARS-CoV-2-এর জন্য ব্যাপকভাবে ব্যবহৃত হয়েছে। হ্যামস্টাররা SARS CoV{10}} ভাইরাসে সংক্রমণের 1 দিন পরে ইন্ট্রাপেরিটোনিয়াল ইনজেকশনের মাধ্যমে একটি অপ্রাসঙ্গিক অ্যান্টিজেন (ইবোলাভাইরাস গ্লাইকোপ্রোটিন) লক্ষ্য করে 5 মিলিগ্রাম/কেজি আমাদের পরীক্ষার mAbs বা একটি আইসোটাইপ নিয়ন্ত্রণ পেয়েছে। সংক্রমণের 4 দিন পরে ফুসফুস এবং অনুনাসিক টিস্যু সংগ্রহ করা হয়েছিল (চিত্র 4A)। S728-1157 এর থেরাপিউটিক অ্যাডমিনিস্ট্রেশনের ফলে সংক্রামিত হ্যামস্টারের অনুনাসিক টারবিনেট এবং ফুসফুস উভয় ক্ষেত্রেই WT, BA.1 Omicron এবং ডেল্টা ভেরিয়েন্টের টাইটারগুলি হ্রাস পেয়েছে (চিত্র 4, B–D)। মজার ব্যাপার হল, ফুসফুসে S728-1157 এর প্রভাব ছিল নাটকীয়, WT এবং BA.1 Omicron ভাইরাল লোডকে প্রায় 104PFU কমিয়েছে, BA.1 Omicron ভেরিয়েন্টের ভাইরাল টাইটারগুলি সম্পূর্ণরূপে বিলুপ্ত হয়ে গেছে (চিত্র 4C)। ইন ভিট্রো নিউট্রালাইজেশন (চিত্র 1G) এর বিপরীতে, S451-1140 ফুসফুস এবং অনুনাসিক টারবিনেটে BA.1 Omicron ভাইরাল প্রতিলিপি হ্রাস করেনি, যা এই ক্লোনের জন্য ভিট্রো নিরপেক্ষকরণ এবং ভিভো সুরক্ষার মধ্যে সংযোগ বিচ্ছিন্ন নির্দেশ করে (চিত্র 4E) . তুলনামূলকভাবে, S626-161 প্রশাসনের ফলে WT এবং BA.1 চ্যালেঞ্জ (চিত্র 4, F, এবং G) অনুসরণ করে ফুসফুসের ভাইরাল টাইটারগুলি সামান্য উল্লেখযোগ্যভাবে হ্রাস পেয়েছে। এই তথ্যগুলি আন্ডারস্কোর করে যে, বিস্তৃতভাবে প্রতিরক্ষামূলক এমএবিএসকে সুনির্দিষ্টভাবে সংজ্ঞায়িত করতে, নিরপেক্ষকরণ কার্যকলাপের সাথে সমান্তরালে সুরক্ষা কার্যকারিতা মূল্যায়ন করা প্রয়োজন। এগিয়ে যাওয়া, S728-1157-এর প্রতিরক্ষামূলক ক্ষমতা কতটা Fc-নির্ভর তা পরীক্ষা করা আকর্ষণীয় হবে৷ সামগ্রিকভাবে, S728-1157 SARS CoV-2 ভেরিয়েন্টগুলির বিরুদ্ধে বিস্তৃত নিরপেক্ষকরণ কার্যকারিতা সহ একটি প্রতিশ্রুতিশীল mAb প্রতিনিধিত্ব করে যা ভিভোতে ডব্লিউটি, ডেল্টা এবং BA.1 প্রতিলিপিকে নাটকীয়ভাবে হ্রাস করতে সক্ষম৷

SARS-CoV-2 সংক্রমণ খুব কমই শক্তিশালী S728-1157-এর মতো ক্রস-নিউট্রালাইজিং mAbs-কে বের করে। S728-1157-এর ক্রস-নিউট্রালাইজেশন এবং প্রোফিল্যাকটিক সম্ভাবনার পরিপ্রেক্ষিতে, আমরা মূল্যায়ন করার চেষ্টা করেছি যে S728–1157-এর মতো অ্যান্টিবডিগুলি সাধারণত SARS-CoV-2 রোগীদের পলিক্লোনাল প্রতিক্রিয়াগুলির মধ্যে প্ররোচিত হয় কিনা। এটি মূল্যায়ন করার জন্য, আমরা অ্যান্টি-আরবিডি অ্যান্টিবডি টাইটারগুলি সনাক্ত করতে কনভালেসেন্ট সিরাম ব্যবহার করে প্রতিযোগিতা ELISA গুলি সম্পাদন করেছি যা S728-1157 (চিত্র 5A) এর সাথে আবদ্ধ হওয়ার জন্য প্রতিযোগিতা করতে পারে। পূর্বে সংজ্ঞায়িত হিসাবে অ্যান্টিবডি প্রতিক্রিয়াগুলির মাত্রার উপর ভিত্তি করে বিষয়গুলিকে 3 টি গ্রুপে ভাগ করা হয়েছিল (15, 16)। যদিও উচ্চ এবং মধ্যপন্থী প্রতিক্রিয়াকারীদের উচ্চ স্তরের S728-1157–প্রতিযোগিতামূলক সিরাম অ্যান্টিবডি কম প্রতিক্রিয়াশীলদের তুলনায় (চিত্র 5B), টাইটারগুলি সমস্ত গোষ্ঠীতে বেশ কম ছিল, এটি পরামর্শ দেয় যে উচ্চ স্তরের S{{ অর্জন করা অস্বাভাবিক। 18}}-ডাব্লুটি SARS-CoV-2 সংক্রমণের পরে পলিক্লোনাল সিরামে অ্যান্টিবডির মতো। S728-1157 ছাড়াও, আমরা S451- 1140, S626-161, LY-CoV555, REGN10933, CR3022 এবং CC12.3 সহ অন্যান্য mAbs-এর সাথে কনভালেসেন্ট সিরামের প্রতিযোগিতা পরীক্ষা করেছি৷ S728-1157-এর মতো, আমরা দেখেছি যে অ্যান্টিবডিগুলির তুলনামূলকভাবে কম টাইটারগুলি S451-1140, S626-161, LY-CoV555, REGN10933, এবং CC12.3-এর সাথে পলিক্লোনাল সিরামের বেশিরভাগ নিরাময় থেকে প্রতিযোগিতা করছে৷ ব্যক্তি (চিত্র 5, C-F এবং H)। তা সত্ত্বেও, উচ্চ প্রতিক্রিয়াশীলদের কম প্রতিক্রিয়াশীলদের (চিত্র 5, B–F এবং H) তুলনায় এমএবিস নিরপেক্ষকারীর বিরুদ্ধে উল্লেখযোগ্যভাবে উচ্চ টাইটার রয়েছে। বিপরীতে, CR3022 এপিটোপ সাইটকে লক্ষ্য করে অ্যান্টিবডিগুলি সুস্থ ব্যক্তিদের মধ্যে আরও স্পষ্ট ছিল, যা পলিক্লোনাল সিরামে (চিত্র 5G) ক্লাস 4 আরবিডি অ্যান্টিবডিগুলিকে সমৃদ্ধ করার পরামর্শ দেয়। উল্লেখযোগ্যভাবে, 3টি উত্তরদাতা গোষ্ঠী জুড়ে CR3022 এর টাইটারগুলির মধ্যে কোনও উল্লেখযোগ্য পার্থক্য ছিল না, এটি পরামর্শ দেয় যে বেশিরভাগ ব্যক্তির মধ্যে WT SARS-CoV-2 সংক্রমণের সময় CR3022-সাইট অ্যান্টিবডিগুলি ধারাবাহিকভাবে প্ররোচিত হয়েছিল। মজার ব্যাপার হল, CC12.3 এর সাথে তুলনা করে, S728-1157 উচ্চ প্রতিক্রিয়াকারীদের সিরামে 4-গুণ নিম্ন স্তরে সনাক্ত করা হয়েছিল৷ এইভাবে, ক্লাস 1 অ্যান্টিবডিগুলি ঘন ঘন প্রাকৃতিক সংক্রমণ এবং টিকা দ্বারা প্ররোচিত হওয়া সত্ত্বেও (14, 20, 28, 29, 41-43), আমাদের ডেটা পরামর্শ দেয় যে S728-1157-এর মতো অ্যান্টিবডিগুলি এই শ্রেণীর একটি উপসেটকে প্রতিনিধিত্ব করে তুলনামূলকভাবে বিরল।

অতিরিক্তভাবে, আমরা আমাদের কনভালেসেন্ট কোহর্ট সেরা (চিত্র 5, I–K) তে 2P বনাম 6P-স্থিতিশীল স্পাইকের প্রতিক্রিয়ার পার্থক্য পরীক্ষা করেছি। আমরা দেখেছি যে 3টি প্রতিক্রিয়াশীল গোষ্ঠী 6P-স্থিতিশীল স্পাইক WT-এর বিরুদ্ধে 2P-স্থিতিশীল স্পাইক WT-এর থেকে বৃহত্তর পরিমাণে অ্যান্টি-স্পাইক প্রতিক্রিয়াশীল অ্যান্টিবডি মাউন্ট করেছে, 6–থেকে–11–-গুণ (চিত্র 5J) একটি ফ্যাক্টর দ্বারা, নির্দেশ করে যে প্রধান অ্যান্টিজেনিক এপিটোপগুলি 6P-স্থিতিশীল অ্যান্টিজেনে আরও ভালভাবে প্রদর্শিত বা স্থিতিশীল ছিল। একই নমুনা ব্যবহার করে, উচ্চ এবং মাঝারি প্রতিক্রিয়াকারীদেরও BA-এর বিরুদ্ধে অ্যান্টি-স্পাইক অ্যান্টিবডির কম টাইটার ছিল। উল্লেখ্য, WT-2P এবং 6P স্পাইক ({ {28}}ভাঁজ হ্রাস) (চিত্র 5, জে এবং কে), পরামর্শ দেয় যে BA.1 ওমিক্রন-প্রতিক্রিয়াশীল এপিটোপের বিরুদ্ধে সিরাম অ্যান্টিবডি কম প্রতিক্রিয়াশীল বিষয়গুলিতে আরও সীমিত হতে পারে। সামগ্রিকভাবে, এই তথ্যগুলি পরামর্শ দেয় যে ডব্লিউটি এবং ওমিক্রন ভাইরাস উভয়ের জন্যই 6P-স্থিতিশীল স্পাইকে প্রাকৃতিক সংক্রমণ দ্বারা প্ররোচিত উন্নত পলিক্লোনাল বাঁধাই রয়েছে।

S728-1157-এর মতো অ্যান্টিবডিগুলি হাইব্রিড অনাক্রম্যতার প্রসঙ্গে সর্বোত্তমভাবে প্ররোচিত হয়। টিকা ছাড়া প্রাথমিক SARS-CoV-2 সংক্রমণ বর্তমান বৈশ্বিক সেটিংয়ে বিরল হয়ে উঠেছে, এবং বেশ কয়েকটি গবেষণায় রিপোর্ট করা হয়েছে যে নির্দিষ্ট টিকা/সংক্রমণের ইতিহাস রয়েছে এমন ব্যক্তিদের মধ্যে SARS-CoV-2 রোগ প্রতিরোধ ক্ষমতা আলাদা। ফলস্বরূপ, আমরা পরবর্তীতে অনুসন্ধান করার চেষ্টা করেছি যে শুধুমাত্র পূর্বপুরুষের SARS-CoV-2-এর সাথে WT সংক্রমণ বাদে কোন সাধারণ এক্সপোজারগুলি কার্যকরভাবে S728–1157-এর মতো অ্যান্টিবডিগুলি মনোভ্যালেন্ট mRNA-ভিত্তিক ভ্যাকসিনগুলির সাথে এবং আগে ছাড়াই প্লাজমাতে প্ররোচিত করবে। সংক্রমণ আমরা SARS-CoV-2 (প্যারিস) স্টাডি কোহর্ট থেকে প্রোটেকশন অ্যাসোসিয়েটেড উইথ র‍্যাপিড ইমিউনিটি থেকে প্রয়োজনীয় জৈব নমুনা পেয়েছি, যেটি মহামারীর শুরু থেকে দীর্ঘ সময় ধরে স্বাস্থ্যসেবা কর্মীদের অনুসরণ করেছে (44)৷ আমরা সম্পূর্ণরূপে ইমিউনাইজড (2 × টিকাযুক্ত) অধ্যয়ন অংশগ্রহণকারীদের সংক্রমণ সহ এবং ছাড়াই সেইসাথে বৃদ্ধিপ্রাপ্ত অংশগ্রহণকারীদের (3 × টিকা দেওয়া) সংক্রমণ সহ এবং ছাড়াই থেকে প্লাজমা নমুনা নির্বাচন করেছি। এছাড়াও, আমরা অধ্যয়ন অংশগ্রহণকারীদের থেকে নমুনাও অন্তর্ভুক্ত করেছি যারা বাইভ্যালেন্ট mRNA ভ্যাকসিন (পৈতৃক WA1/2020 প্লাস Omicron BA.5) (চিত্র 6A এবং পরিপূরক সারণী 2) পেয়েছিলেন। বুস্টার টিকা গ্রহণকারী অংশগ্রহণকারীদের মধ্যে যুগান্তকারী সংক্রমণ এমন একটি সময়ে ঘটেছে যখন ওমিক্রন বংশ নিউ ইয়র্ক মেট্রোপলিটন এলাকায় অন্যান্য সমস্ত SARS-CoV{22}} বংশকে স্থানচ্যুত করেছিল। আমরা দেখেছি যে ডবল-টিকা দেওয়া ব্যক্তিদের পরীক্ষা করা নমুনার 5 টি গ্রুপের মধ্যে S728-1157 প্রতিযোগিতামূলক সিরাম অ্যান্টিবডির সর্বনিম্ন টাইটার রয়েছে (চিত্র 6B)। লক্ষণীয়ভাবে, এই স্তরগুলি আমাদের নিরাময়-অন-টিকাবিহীন দল (সমস্ত উত্তরদাতা; চিত্র 5B) এর জন্য পর্যবেক্ষণের মতো ছিল। তুলনামূলকভাবে, প্রাকৃতিক সংক্রমণের ইতিহাস রয়েছে এমন ব্যক্তিদের, যাদের মধ্যে 3টির মধ্যে 2 টি ভ্যাকসিনের ডোজ সহ সুস্থ ব্যক্তি এবং যারা একটি যুগান্তকারী সংক্রমণের অভিজ্ঞতা লাভ করেছেন এবং একটি বাইভ্যালেন্ট বুস্টার পেয়েছেন, তারা অসংক্রমিতদের তুলনায় উল্লেখযোগ্যভাবে উচ্চ স্তরের S{31}} এলিটেশন দেখিয়েছেন কিন্তু টিকা দেওয়া ব্যক্তি (চিত্র 6বি)। যদিও অসংক্রামিত 3-ডোজ গ্রুপটি 2-ডোজ গ্রুপের তুলনায় শুধুমাত্র একটি অসামান্য বৃদ্ধি প্রদর্শন করেছে, ভ্যাকসিনের ধরন দ্বারা জোড়া ভাঙ্গন নির্দেশ করে যে BNT162b2 এবং mRNA-1273 এর সমজাতীয় তৃতীয় ডোজ উল্লেখযোগ্যভাবে S{{ 38}} যথাক্রমে 2.72 × এবং 2.85 × দ্বারা অ্যান্টিবডি টাইটারগুলিকে নিরপেক্ষ করার মতো (চিত্র 6, C এবং D)। উল্লেখ্য, যে কোনো উপায়ে স্পাইকের সাথে মোট 3টি পরিচিতি সহ অংশগ্রহণকারীদের মধ্যে, S728-1157-এর মতো অ্যান্টিবডি টাইটারগুলি সংক্রামক-নিষ্পাপ ট্রিপল-ভ্যাকসিনগুলির তুলনায় কনভালেসেন্ট ডাবল-ভ্যাকসিনগুলিতে 3 × বেশি ছিল, যা পরামর্শ দেয় যে SARS-CoV{{ 51}} সংক্রমণ এই ক্লোনোটাইপটিকে আরও অনুকূলভাবে প্ররোচিত করে। হাইব্রিড অনাক্রম্যতা গোষ্ঠীর মধ্যে, আমরা লক্ষ করেছি যে বাইভ্যালেন্ট বুস্টার ভ্যাকসিনের ডোজ গ্রহণকারী ব্রোস্টেড ব্যক্তিদের বেশিরভাগেরই প্রি ওমিক্রন কনভালেসেন্ট ভ্যাকসিনযুক্ত গ্রুপের তুলনায় সামান্য বেশি S728-1157 অ্যান্টিবডি টাইটার ছিল, যা পরামর্শ দেয় যে S{{53} }} টাইটার সম্ভবত 3টি এক্সপোজারের পরে একটি মালভূমির কাছে পৌঁছেছিল। আমরা পলিক্লোনাল অ্যান্টিবডিগুলির টাইটারগুলিও তদন্ত করেছি যেগুলি S728-1157 ছাড়াও CC12.3 এবং CR3022 এর সাথে প্রতিযোগিতা করে। সমস্ত ব্যক্তি CC12 এর তুলনামূলকভাবে উচ্চ টাইটার প্রদর্শন করেছে। অ্যান্টিবডির মতো। সামগ্রিকভাবে, এই তথ্যগুলি ইঙ্গিত দেয় যে SARS-CoV-2 সংক্রমণ এবং mRNA টিকা উভয়ই অ্যান্টিবডি ইনডাকশনের মতো S728-1157-তে অবদান রাখে, টিকা দেওয়া ব্যক্তিদের মধ্যে সংক্রমণ আরও প্রভাবশালী ভূমিকা পালন করে।

cistanche tubulosa - ইমিউন সিস্টেম উন্নত

অবশেষে, mRNA-ভ্যাকসিনেশন কোহর্টে 2P- বনাম 6P-স্থিতিশীল স্পাইকের বিরুদ্ধে প্রতিক্রিয়াগুলির তুলনা করে, আমরা দেখতে পেয়েছি যে বেশিরভাগ গোষ্ঠী উভয় গঠনের বিরুদ্ধে একই স্তরের অ্যান্টিবডি তৈরি করেছে। এর ব্যতিক্রম ছিল অসংক্রমিত ট্রিপল-টিকাযুক্ত গোষ্ঠী, যারা পরিসংখ্যানগতভাবে উচ্চতর প্রদর্শন করেছিল, যদিও 6P-স্থিতিশীল স্পাইক (চিত্র 6E) এর তুলনায় 2P এর প্রতিক্রিয়াশীলতা সামান্য বৃদ্ধি পেয়েছে। এই তথ্যগুলি পরামর্শ দেয় যে প্রাকৃতিক সংক্রমণের বিপরীতে (চিত্র 5, J, এবং K), শুধুমাত্র টিকাদানই একটি পলিক্লোনাল প্রতিক্রিয়া তৈরি করে যা স্পাইক{11}P গঠনে, স্পাইকের সাথে সামঞ্জস্য রেখে এপিটোপে আরও সীমাবদ্ধ থাকে{12} }} বর্তমান ভ্যাকসিনের পি প্রণয়ন। শেষ পর্যন্ত, এই ফলাফলগুলি এই ধারণাটিকে সমর্থন করে যে ভবিষ্যতের SARS-CoV-2 ভ্যাকসিনগুলির 6P-স্থিতিশীলতা S728-1157 এর মতো বিস্তৃতভাবে প্রতিরক্ষামূলক অ্যান্টিবডি ক্লোনোটাইপগুলি প্ররোচিত করার ক্ষেত্রে প্রধান উপকারী হতে পারে।

চিত্র 5. RBD-প্রতিক্রিয়াশীল এমএবিএসকে বিস্তৃতভাবে নিরপেক্ষ করার সাথে কনভালেসেন্ট সিরাম অ্যান্টিবডি প্রতিযোগিতা এবং 6P- বনাম 2P-স্থিতিশীল স্পাইকের বিরুদ্ধে সিরাম অ্যান্টিবডি প্রতিক্রিয়ার তুলনা

চিত্র 6. S728-1157 RBD-প্রতিক্রিয়াশীল mAbs নিরপেক্ষ করার সাথে mRNA- ভ্যাকসিনযুক্ত সিরাম অ্যান্টিবডি প্রতিযোগিতা এবং 6P- বনাম 2P-স্থির স্পাইকের বিরুদ্ধে সিরাম অ্যান্টিবডি প্রতিক্রিয়ার তুলনা।

আলোচনা

এই গবেষণায়, আমরা একজন ব্যক্তির মেমরি বি কোষ থেকে বিচ্ছিন্ন একটি শক্তিশালী bnAb সনাক্ত করি যিনি COVID-19 মহামারীর প্রাথমিক তরঙ্গের সময় SARS-CoV-2 সংক্রমণ থেকে পুনরুদ্ধার করেছিলেন। এই bnAb, S728- 1157, যথেষ্ট বাইন্ডিং রিঅ্যাকটিভিটি বজায় রেখেছিল এবং Omicron BA.1, BA.2, BA.2.75, BL.1 সহ সমস্ত পরীক্ষিত SARS-CoV-2 VOC-এর বিরুদ্ধে সামঞ্জস্যপূর্ণ নিরপেক্ষ কার্যকলাপ ছিল ( BA.2।

আমরা দেখেছি যে আমাদের কোহর্টের কনভালেসেন্ট সিরামে অ্যান্টিবডিগুলির কম ঘনত্ব রয়েছে যা S728-1157 (একটি ক্লাস 1/ RBS-A অ্যান্টিবডি) এবং ক্লাস 2 এপিটোপ এমএবিএস-এর সাথে প্রতিযোগিতা করে৷ এটি পরামর্শ দেয় যে S728-1157 অন্যান্য অ্যান্টিবডি থেকে কিছুটা অনন্য যা ক্লাস 1 এপিটোপকে লক্ষ্য করে এবং RBD-নির্দিষ্ট মেমরি বি সেল পুলে কদাচিৎ প্ররোচিত হয়। পরিবর্তে, আমাদের প্রাকৃতিক সংক্রমণ দলটি CR3022 (শ্রেণী 4) এপিটোপকে লক্ষ্য করে অ্যান্টিবডি প্ররোচিত করতে দেখা গেছে; এই নির্দিষ্টতার অ্যান্টিবডিগুলি প্রায়শই ক্রস-রিঅ্যাকটিভ কিন্তু আরবিএস-টার্গেটিং অ্যান্টিবডিগুলির তুলনায় কম সম্ভাব্য নিরপেক্ষ হয় (14, 17)। এই তথ্যগুলি আমাদের পূর্ববর্তী অনুসন্ধানগুলির পরিপূরক যা প্রমাণ করে যে কনভালেসেন্ট সেরাতে প্রচুর পরিমাণে ক্লাস 3/S309 অ্যান্টিবডি আলফা এবং গামা ভেরিয়েন্টগুলির বিরুদ্ধে কার্যকলাপকে নিরপেক্ষ করতে অবদান রাখতে পারে, যেখানে ক্লাস 2 অ্যান্টিবডির অভাব ডেল্টার বিরুদ্ধে নিরপেক্ষকরণ ক্ষমতা হ্রাসের জন্য দায়ী হতে পারে (15) . তা সত্ত্বেও, ওমিক্রন ভেরিয়েন্টের বিরুদ্ধে এই RBS-টার্গেটিং অ্যান্টিবডিগুলির (RBS-A/class 1, RBS-B, C/class 2, এবং RBS-D, S309/class 3) অধিকাংশের কার্যকলাপের প্রস্থ অত্যন্ত সীমিত বলে জানা গেছে। (11, 40, 45)।

সংরক্ষিত আরবিএস এপিটোপগুলিতে বিস্তৃতভাবে ক্রস-রিঅ্যাকটিভ অ্যান্টিবডিগুলির প্রকাশ কীভাবে উন্নত করা যায় তা নির্ধারণ করা হবে এগিয়ে যাওয়ার মূল চ্যালেঞ্জ। এই বিষয়ে, আমরা এখানে লক্ষ্য করেছি যে হাইব্রিড রোগ প্রতিরোধ ক্ষমতা সম্পন্ন ব্যক্তিরা পূর্বে সংক্রমণ ছাড়াই টিকা দেওয়া ব্যক্তিদের তুলনায় S728-1157-এর মতো অ্যান্টিবডির উচ্চ মাত্রায় মাউন্ট করে। গুরুত্বপূর্ণভাবে, এই ঘটনাটি উল্লেখ করা হয়েছিল এমনকি যখন এক্সপোজারের সংখ্যা নিয়ন্ত্রণ করা হয়েছিল (অর্থাৎ, সংক্রামিত ডবল ভ্যাকসিন বনাম অসংক্রমিত ট্রিপল ভ্যাকসিনে), পরামর্শ দেয় যে সংক্রমণ-সম্পর্কিত অনাক্রম্যতার কিছু উপাদান (বা একটি ভ্যাকসিন গঠন যা এই ধরনের অনাক্রম্যতা অনুকরণ করতে পারে) এই ক্লোনোটাইপ প্রকাশের জন্য গুরুত্বপূর্ণ। এটি পরীক্ষামূলক প্রমাণের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ যে নথিভুক্ত করা হয়েছে যে হাইব্রিড অনাক্রম্যতা রয়েছে এমন ব্যক্তিদের মধ্যে বৃহত্তর অ্যান্টিবডি-প্রতিক্রিয়াশীল প্রোফাইল রয়েছে যাদের শুধুমাত্র একটি টিকা-প্ররোচিত বা প্রাথমিক সংক্রমণ-প্ররোচিত ইমিউন প্রতিক্রিয়া রয়েছে (9)।

এখানে কাঠামোগুলি চিত্রিত করেছে যে S728-1157 আপ-কনফর্মেশন RBD-এ RBS-A/শ্রেণী 1 এপিটোপকে আবদ্ধ করেছে। এই উপাখ্যানটি 6P-স্থিতিশীল স্পাইকগুলিতে আরও সহজে অ্যাক্সেসযোগ্য বলে মনে হচ্ছে, যা 2P স্পাইকগুলির তুলনায় উপস্থাপিত 2টি আরবিডি উপস্থাপন করেছে বলে জানা গেছে, যা শুধুমাত্র 1 (30, 33, 46, 47) উপস্থিত করে এবং আমাদের অ্যান্টিবডিগুলি আপ-কনফরমেশন স্পাইক শো উন্নত বাঁধাই জন্য নির্দিষ্ট. প্রাকৃতিক সংক্রমণের পর S728-1157 আলাদা করা হয়েছিল; এই ধরনের প্রেক্ষাপটে, S728-1157-এর মতো ক্লোনগুলিকে প্ররোচিত করার সম্ভাবনাগুলি সম্ভবত বেশি যে RBD অবশ্যই একটি আপ কনফর্মেশন গ্রহণ করতে সক্ষম হবে, এমনকি ক্ষণস্থায়ীভাবে, ACE2 এর সাথে আবদ্ধ হতে হবে, যার ফলে এই উপাখ্যানটি প্রকাশ পাবে। বেশিরভাগ IGHV3-53/3-66 RBS-A/শ্রেণী 1 অ্যান্টিবডির বিপরীতে, S728-1157 CDR-H3 এবং RBD (২৯, 48-50)। S728-1157 এছাড়াও অন্যান্য কম বিস্তৃত অ্যান্টিবডি যেমন CC12.3 (IGKV3-20) এর তুলনায় একটি ভিন্ন হালকা চেইন (IGLV3-9) ব্যবহার করে, যা সামগ্রিক বাইন্ডিং মিথস্ক্রিয়াকে প্রভাবিত করতে পারে; যাইহোক, আমাদের বিশ্লেষণ ইঙ্গিত করে যে S728-1157 লাইট চেইন এবং RBD-এর মধ্যে CC12.3 (পরিপূরক সারণী 7) এর তুলনায় কম হাইড্রোজেন বন্ধন রয়েছে। যদিও এই মিথস্ক্রিয়ায় VOC ক্রস-রিঅ্যাকটিভিটির জন্য CDR-H3 যোগাযোগের অবশিষ্টাংশগুলির বেশিরভাগই জীবাণু-এনকোডেড এবং সোম্যাটিক মিউটেশন দ্বারা প্রবর্তিত হয় না, ফ্রেমওয়ার্ক অঞ্চলে বা CDR-H1, CDR-H2 এবং CDR-L1 এর মধ্যে বেশ কিছু সোম্যাটিকভাবে পরিবর্তিত অবশিষ্টাংশ রয়েছে। SARS-CoV-2 RBD-এর সাথে মিথস্ক্রিয়ায় জড়িত। একদিকে, এটি পরামর্শ দেয় যে IGHV3-53/66 শ্রেণীর অ্যান্টিবডিগুলিকে এনকোড করা মেমরি বি কোষগুলি আরও সম্বন্ধ পরিপক্কতার মাধ্যমে ক্রস-রিঅ্যাকটিভিটির সমান ডিগ্রি অর্জন করতে পারে। অন্যদিকে, এটি জীবাণু-লক্ষ্যযুক্ত ইমিউনোজেনগুলি ডিজাইন করার সম্ভাবনাকেও নির্দেশ করে যা S728-1157-সমন্বিত বি কোষকে লক্ষ্য করে। যদিও VOC মিউটেশনগুলি কাটিয়ে উঠতে সক্ষম নির্বাচিত CDR-H3 সহ বিশেষভাবে S728-1157-এর মতো অ্যান্টিবডি তৈরি করতে পারে এমন ভ্যাকসিনগুলি ডিজাইন করা চ্যালেঞ্জিং হতে পারে, এটি উত্সাহজনক যে অন্যান্য শক্তিশালী SARS-CoV-এ IGHV-জিনের সীমাবদ্ধতা পরিলক্ষিত হয়৷ {58}} এমএবিএস অধ্যয়নকে নিরপেক্ষ করা (13, 15, 20-27)। বিকল্পভাবে, এটি অপ্টিমাইজড RBD ইমিউনোজেনগুলির সাথে পুনরাবৃত্তিমূলক ইমিউনাইজেশনের মাধ্যমেও সম্ভব হতে পারে, যেমনটি পূর্বে অন্যান্য প্যাথোজেনের জন্য রিপোর্ট করা হয়েছে (51-55)।

যদিও RBS-A/ ক্লাস 1 অ্যান্টিজেনিক সাইট (18) এ অনেক মিউটেশন পরিলক্ষিত হয়েছে, S728-1157 এপিটোপের ক্ষেত্রে, মোট 15টি RBD যোগাযোগের অবশিষ্টাংশের মধ্যে 13টি এবং 3টির মধ্যে 2টি CDR-H{{9} }বাউন্ড RBD যোগাযোগের অবশিষ্টাংশগুলি Omicron এবং অন্যান্য সমস্ত VOC-এর মধ্যে সংরক্ষণ করা হয়। এটি পরামর্শ দেয় যে RBD অঞ্চল যেখানে S{10}} এপিটোপ পাওয়া যায় সেখানে এর গতিশীল কার্যকারিতা এবং ভাইরাল ফিটনেসের জন্য গুরুত্বপূর্ণ অবশিষ্টাংশগুলি অন্তর্ভুক্ত থাকতে পারে এবং তাই পার্শ্ববর্তী RBS-A/ ক্লাস 1 সাইটের অবশিষ্টাংশের তুলনায় মিউটেশন এবং অ্যান্টিজেনিক ড্রিফ্ট কম সহনশীল হবে। যদি এটি হয়, ভাইরাল বৈকল্পিক বিকাশের সাথে সাথে এই নির্দিষ্ট এপিটোপের হারানোর প্রবণতা হ্রাস করা উচিত, S728-1157 এবং অনুরূপ অ্যান্টিবডি এবং এপিটোপগুলিকে বৈকল্পিক-প্রতিরোধী ভ্যাকসিন বা mAb থেরাপিউটিক বিকাশের জন্য গুরুত্বপূর্ণ করে তোলে। সংক্ষেপে, আমাদের অধ্যয়ন bnAbs সনাক্ত করে যা পরবর্তী প্রজন্মের বৈকল্পিক-প্রমাণ করোনভাইরাস ভ্যাকসিনের জন্য ইমিউনোজেন ডিজাইনকে জানাতে পারে বা SARS CoV-2 বিবর্তনের বিরুদ্ধে প্রতিরোধী mAb থেরাপিউটিক হিসাবে কাজ করে। বিশেষ করে, সম্মিলিত শক্তি এবং প্রস্থের পরিপ্রেক্ষিতে, S728-1157 আজ পর্যন্ত বিচ্ছিন্ন সেরা-শ্রেণীর অ্যান্টিবডি বলে মনে হচ্ছে। এই অ্যান্টিবডিটি 6P-স্থিরকরণের সাথে আরও সহজে আবদ্ধ হওয়ার কারণে, এটি 6P-স্থিতিশীল রিকম্বিন্যান্ট স্পাইক প্রোটিন বা পুরো ভাইরাস দ্বারা অগ্রাধিকারমূলকভাবে প্ররোচিত হওয়ার পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছে, যা পরামর্শ দেয় যে হেক্সাপ্রোলিন পরিবর্তন ভবিষ্যতে SARS-CoV-এর বিরুদ্ধে সর্বোত্তমভাবে রক্ষা করার জন্য ভবিষ্যতের ভ্যাকসিন নির্মাণকে উপকৃত করতে পারে। -2 রূপ এবং অন্যান্য আরবোভাইরাস।

cistanche tubulosa - ইমিউন সিস্টেম উন্নত

পদ্ধতি

মনোক্লোনাল অ্যান্টিবডি বিচ্ছিন্নতা। পিবিএমসিগুলিকে লিউকোরডাকশন ফিল্টার থেকে বিচ্ছিন্ন করা হয়েছিল এবং পূর্বে বর্ণিত হিসাবে হিমায়িত করা হয়েছিল (24)। বি কোষগুলি পিবিএমসি থেকে এফএসিএস-এর মাধ্যমে সমৃদ্ধ হয়েছিল। কোষগুলি CD19, CD3 এবং অ্যান্টিজেন প্রোবগুলি অলিগো-ফ্লুরোফোরের সাথে সংযুক্ত ছিল; আগ্রহের কোষগুলিকে CD3– CD19+ অ্যান্টিজেন+ হিসাবে চিহ্নিত করা হয়েছিল। সমস্ত mAbs অলিগো-ট্যাগযুক্ত, একক-কোষ RNA-Seq-এর মাধ্যমে চিহ্নিত অ্যান্টিজেন টোপ-সাজানো কোষ থেকে তৈরি করা হয়েছিল, যেমনটি পূর্বে বর্ণিত হয়েছে (15, 24)। এই গবেষণায় উত্পন্ন একক বি সেল ডেটা জিন এক্সপ্রেশন অমনিবাসে জমা করা হয়েছে: GSE171703 এবং GSM5231088–GSM5231123।

অ্যান্টিজেন-নির্দিষ্ট বি কোষগুলিকে জেএমপি প্রো 15 দ্বারা বিশ্লেষণ করা অ্যান্টিজেন-প্রোবের তীব্রতার উপর ভিত্তি করে এমএবিএস তৈরি করার জন্য নির্বাচন করা হয়েছিল। অ্যান্টিবডি ভারী এবং হালকা চেইন জিনগুলি ইন্টিগ্রেটেড ডিএনএ টেকনোলজিস (আইডিটি) দ্বারা সংশ্লেষিত হয়েছিল এবং মানব IgG1 এবং মানব κ বা λ আলো-শৃঙ্খলে ক্লোন করা হয়েছিল। গিবসন সমাবেশ দ্বারা অভিব্যক্তি ভেক্টর, যেমন পূর্বে বর্ণিত হয়েছে (56)। সংশ্লিষ্ট এমএবির ভারী এবং হালকা চেইনগুলি ক্ষণস্থায়ীভাবে HEK293T কোষে (ATCC) কোট্রান্সফেক্ট করা হয়েছিল। 18 ঘন্টার জন্য স্থানান্তরের পরে, স্থানান্তরিত কোষগুলিকে প্রোটিন-মুক্ত হাইব্রিডোমা মিডিয়াম সুপারনাট্যান্ট (PFHM-II, Gibco) দিয়ে পরিপূরক করা হয়েছিল। নিঃসৃত এমএবি ধারণকারী সুপারনাট্যান্টটি 4 দিনে কাটা হয়েছিল এবং প্রোটিন এ-অ্যাগারোজ পুঁতি (থার্মো ফিশার সায়েন্টিফিক) ব্যবহার করে বিশুদ্ধ করা হয়েছিল যেমন পূর্বে (56) বিস্তারিত ছিল। প্রোটিন ডেটা ব্যাঙ্ক (PDB), LY-CoV555 (PDB ID: 7KMG), CR3022 (PDB ID: 6W7Y), এবং REGN1{{ থেকে ভাল-চরিত্রযুক্ত অ্যান্টিবডিগুলির ভারী এবং হালকা চেইনের ক্রমগুলি প্রাপ্ত হয়েছিল 125}}933 (PDB ID: 6XDG) এবং উপরে বর্ণিত হিসাবে সংশ্লেষিত হয়েছিল। CC12.3 mAb (PDB ID: 6XC4) মেং ইউয়ান স্ক্রিপস রিসার্চ ইনস্টিটিউটে (সান দিয়েগো, ক্যালিফোর্নিয়া, মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র) প্রদান করেছিলেন। রিকম্বিন্যান্ট স্পাইক প্রোটিন এক্সপ্রেশন। রিকম্বিন্যান্ট D614G SARS-CoV-2 পূর্ণ-দৈর্ঘ্য (FL) স্পাইক, BA৷{30}}P, BA.4/5-6P, BQ৷{33}}P, BQ৷ 1। Y505A, এবং Y505F), সংমিশ্রণ RBD মিউট্যান্ট (K417N/E484K/L452R/NN501Y), SARS-CoV-1 RBD, এবং MERS-CoV RBD ঘরে তৈরি হয়েছিল৷ সংক্ষেপে, Expi293F কোষ (থার্মো ফিশার সায়েন্টিফিক) ব্যবহার করে রিকম্বিন্যান্ট অ্যান্টিজেন প্রকাশ করা হয়েছিল। আগ্রহের জিনটিকে একটি স্তন্যপায়ী এক্সপ্রেশন ভেক্টর (অভ্যন্তরীণ পরিবর্তিত AbVec) এ ক্লোন করা হয়েছিল এবং প্রস্তুতকারকের প্রোটোকল অনুসারে এক্সপিফেক্টামিন 293 কিট (থার্মো ফিশার সায়েন্টিফিক) ব্যবহার করে স্থানান্তরিত করা হয়েছিল। ট্রান্সফেকশনের পর 4 দিনে সুপারনাট্যান্ট সংগ্রহ করা হয়েছিল এবং নি-নাইট্রিলোট্রিয়াসেটিক অ্যাসিড (নি-এনটিএ) অ্যাগারোজ (কিয়াজেন) দিয়ে ইনকিউব করা হয়েছিল। শুদ্ধিকরণটি একটি মাধ্যাকর্ষণ প্রবাহ কলাম ব্যবহার করে করা হয়েছিল এবং পূর্বে বর্ণিত হিসাবে ইমিডাজল-ধারণকারী বাফার দিয়ে নির্গত করা হয়েছিল (57, 58)। ইলুয়েটটি বাফার করা হয়েছিল এবং একটি অ্যামিকন সেন্ট্রিফিউগাল ইউনিট (মিলিপুর) ব্যবহার করে পিবিএসের সাথে বিনিময় করা হয়েছিল। B.1.1.7 আলফা, B.1.351 বিটা, P.1 গামা, B.1.617.2 ডেল্টা, BA.1, BA.2, এবং BA.4 ওমিক্রন-এর 2P মিউটেশনের দ্বারা রিকম্বিন্যান্ট এফএল স্পাইকগুলি স্থিতিশীল এবং ছিল সিয়াটেল চিলড্রেনস রিসার্চ ইনস্টিটিউটের সাদার ল্যাবরেটরিতে উত্পাদিত। K417V, N439K, এবং E484K RBDs এবং রিকম্বিন্যান্ট FL স্পাইক WT-2P এবং 6P মাউন্ট সিনাইয়ের আইকান স্কুল অফ মেডিসিনের ক্র্যামার পরীক্ষাগারে উত্পাদিত হয়েছিল। SARS-CoV-2-6P-Mut7 এবং স্পাইক BA।{91}}P পূর্ববর্তী একটি গবেষণায় (59) বর্ণনা অনুযায়ী ডিজাইন ও তৈরি করা হয়েছিল। প্রতিটি অ্যান্টিজেনের প্রোটিন ক্রম এবং সংস্থানগুলি সম্পূরক সারণি 4 এ তালিকাভুক্ত করা হয়েছে। ELISA। রিকম্বিন্যান্ট SARS-CoV-2 স্পাইক/RBD প্রোটিনগুলিকে উচ্চ প্রোটিন-বাইন্ডিং মাইক্রোটাইটার প্লেটগুলিতে (কোস্টার) 2 ug/mL PBS-এ 50 μL/ওয়েল-এ প্রলিপ্ত করা হয়েছিল এবং 4 ডিগ্রিতে রাতারাতি রাখা হয়েছিল৷ প্লেটগুলিকে 0.05% টুইন 20 (PBS-T)যুক্ত PBS দিয়ে ধুয়ে ফেলা হয়েছিল এবং 37 ডিগ্রিতে 1 ঘন্টার জন্য 20% FBS ধারণকারী 150 μL পিবিএস দিয়ে ব্লক করা হয়েছিল। মনোক্লোনাল অ্যান্টিবডিগুলিকে পিবিএস-এ 10 ug/mL থেকে শুরু করে 3-গুণে ক্রমিকভাবে মিশ্রিত করা হয়েছিল এবং 37 ডিগ্রিতে 1 ঘন্টার জন্য কূপের মধ্যে সেঁকানো হয়েছিল৷ তারপরে প্লেটগুলিকে এইচআরপি-সংযোজিত ছাগলের অ্যান্টি-হিউম্যান আইজিজি অ্যান্টিবডি (জ্যাকসন ইমিউনোরিসার্চ; 109- 035-098), 1:1,000) দিয়ে 37 ডিগ্রিতে 1 ঘণ্টার জন্য ধুয়ে ফেলা হয়েছিল। ধোয়ার পর, প্রতি কূপে 100 μL সুপার অ্যাকোয়াব্লু এলিসা সাবস্ট্রেট (ইবায়োসায়েন্স) যোগ করা হয়েছিল। একটি মাইক্রোপ্লেট স্পেকট্রোফোটোমিটারে (বায়ো-র্যাড) শোষণ 405nm এ পরিমাপ করা হয়েছিল। কন্ট্রোল অ্যান্টিবডি S144-509 (15) ব্যবহার করে অ্যাসেগুলিকে প্রমিত করা হয়েছিল, প্রতিটি প্লেটে পরিচিত বাইন্ডিং বৈশিষ্ট্য সহ, এবং প্লেটগুলিকে বিকশিত করা হয়েছিল যতক্ষণ না নিয়ন্ত্রণের শোষণ 3.0 এর একটি OD এ পৌঁছায়। সমস্ত এমএবিস ডুপ্লিকেট পরীক্ষা করা হয়েছিল এবং প্রতিটি পরীক্ষা দুবার করা হয়েছিল।

সিরাম এলিসা। উচ্চ প্রোটিন-বাইন্ডিং মাইক্রোটাইটার প্লেটগুলি পিবিএস-এ রাতারাতি 4 ডিগ্রীতে 2 ug/mL তে রিকম্বিন্যান্ট SARS-CoV-2 স্পাইক অ্যান্টিজেন দিয়ে প্রলিপ্ত ছিল। প্লেটগুলি পিবিএস 0 দিয়ে ধোয়া হয়েছিল৷{7}}5% টুইন এবং 200 μL পিবিএস 0.1% টুইন + 3% দিয়ে ব্লক করা হয়েছিল৷ ঘরের তাপমাত্রায় 1 ঘন্টার জন্য দুধের গুঁড়া স্কিম করুন (RT)। সেরোলজি পরীক্ষা করার আগে প্লাজমা নমুনাগুলি 56 ডিগ্রিতে 1 ঘন্টার জন্য তাপ-নিষ্ক্রিয় ছিল। পিবিএস ০.১% টুইন + 1% স্কিম মিল্ক পাউডারে প্লাজমাকে ক্রমাগতভাবে 2-ভাঁজ করা হয়েছিল। প্লেটগুলি RT এ 2 ঘন্টার জন্য সিরাম ডাইলিউশন দিয়ে ইনকিউবেট করা হয়েছিল। HRP-সংযোজিত ছাগলের অ্যান্টি-হিউম্যান Ig সেকেন্ডারি অ্যান্টিবডি 1:3,000-এ মিশ্রিত PBS 0.1% টুইন + 1% স্কিম মিল্ক পাউডার অ্যান্টিবডিগুলির বাঁধন সনাক্ত করতে ব্যবহৃত হয়েছিল। ইনকিউবেশনের 1 ঘন্টা পরে, প্লেটগুলি 10 মিনিটের জন্য 100 μL সিগমাফাস্ট ওপিডি সমাধান (সিগমা-অলড্রিচ) দিয়ে তৈরি করা হয়েছিল। তারপরে, বিকাশ প্রতিক্রিয়া বন্ধ করতে 50 μL 3M HCl ব্যবহার করা হয়েছিল। একটি মাইক্রোপ্লেট স্পেকট্রোফোটোমিটারে (বায়ো-র্যাড) শোষণ 490 এনএম পরিমাপ করা হয়েছিল। প্রতিটি নমুনার জন্য সিগমায়েডাল 4PL (যেখানে x লগ ঘনত্ব) স্ট্যান্ডার্ড কার্ভ থেকে এন্ডপয়েন্ট টাইটারগুলি এক্সট্রাপোলেট করা হয়েছিল। সনাক্তকরণের সীমা (LOD) প্রাক-SARS-CoV-2 ব্যক্তির প্লাজমা ব্যবহার করে রেকর্ড করা OD সংকেতের গড় + 3 SD হিসাবে সংজ্ঞায়িত করা হয়। সমস্ত গণনা গ্রাফপ্যাড প্রিজম সফ্টওয়্যার (সংস্করণ 9.0) এ সম্পাদিত হয়েছিল।

প্রতিযোগিতা ELISA. RBD- প্রতিক্রিয়াশীল mAbs-এর টার্গেট এপিটোপ শ্রেণীবিভাগ নির্ধারণ করতে, প্রতিযোগী mAbs হিসাবে পরিচিত এপিটোপ বাইন্ডিং বৈশিষ্ট্য সহ অন্যান্য mAbs ব্যবহার করে প্রতিযোগিতা ELISA গুলি সম্পাদিত হয়েছিল। RT-এ 2 ঘন্টার জন্য EZ-Link sulfo-NHS-biotin (থার্মো ফিশার সায়েন্টিফিক) ব্যবহার করে প্রতিযোগী mAbs বায়োটিনিলেট করা হয়েছিল। বায়োটিনিলেটেড mAbs-এর অতিরিক্ত বায়োটিন 7k মলিকুলার ওয়েট-কাটঅফ (MWCO) জেবা স্পিন ডিসল্টিং কলাম (থার্মো ফিশার সায়েন্টিফিক) দিয়ে অপসারণ করা হয়েছিল। 4 ডিগ্রীতে রাতারাতি 2 ug/mL RBD অ্যান্টিজেন দিয়ে প্রলেপ দেওয়া হয়েছিল। RT-এ 2 ঘন্টার জন্য PBS–20% FBS দিয়ে প্লেটগুলি ব্লক করা হয়েছিল, এবং 2-একটি অনির্ধারিত ক্লাস বা সিরামের mAbs-এর ভাঁজ তরলীকরণ যোগ করা হয়েছিল, 20 থেকে শুরু করে mAbs এর ug/mL এবং সিরামের একটি 1:10 পাতলা। RT এ 2 ঘন্টা অ্যান্টিবডি ইনকিউবেশনের পরে, বায়োটিনিলেটেড প্রতিযোগী mAb এর ডিসোসিয়েশন কনস্ট্যান্ট (KD) এর দ্বিগুণ ঘনত্বে যোগ করা হয়েছিল এবং RT-তে আরও 2 ঘন্টার জন্য ইনকিউবেট করা হয়েছিল এমএবি বা সিরামের সাথে যা আগে যোগ করা হয়েছিল। প্লেটগুলিকে 100 μL HRP-কনজুগেটেড স্ট্রেপ্টাভিডিন (সাউদার্ন বায়োটেক) দিয়ে 1:1,000 1 ঘণ্টার জন্য 37 ডিগ্রিতে ধুতে হয়। প্লেটগুলি সুপার অ্যাকোয়াব্লু এলিসা সাবস্ট্রেট (ইবায়োসায়েন্স) দিয়ে তৈরি করা হয়েছিল। অ্যাসেগুলিকে স্বাভাবিক করার জন্য, প্রতিযোগী বায়োটিনিলেটেড এমএবি কোনও প্রতিযোগী এমএবিএস বা নিয়ন্ত্রণ হিসাবে সিরাম ছাড়াই একটি কূপে যোগ করা হয়েছিল। ডেটা রেকর্ড করা হয়েছিল যখন কন্ট্রোলের শোষণ 1.0-1.5 এর OD-এ পৌঁছেছিল। তখন mAbs-এর মধ্যে শতকরা প্রতিদ্বন্দ্বিতা গণনা করা হয় একটি নমুনার পর্যবেক্ষিত OD-কে পজিটিভ কন্ট্রোল দ্বারা প্রাপ্ত OD দ্বারা ভাগ করে, এই মানটিকে 1 থেকে বিয়োগ করে এবং 100 দ্বারা গুণ করে। সিরামের জন্য, ODs গুলিকে 50 নির্ধারণ করতে ননলিনিয়ার রিগ্রেশন দ্বারা log10 রূপান্তরিত এবং বিশ্লেষণ করা হয়েছিল। গ্রাফপ্যাড প্রিজম সফ্টওয়্যার (সংস্করণ 9.0) ব্যবহার করে % নিরোধক ঘনত্ব (IC50) মান। ডেটা Log1P-এ রূপান্তরিত করা হয়েছিল এবং IC50 এর সিরাম ডাইলিউশনের পারস্পরিক সিরাম ডিলিউশনের একটি গ্রাফ প্রতিনিধি হিসাবে প্লট করা হয়েছিল যা আগ্রহের প্রতিযোগী mAb-এর সাথে 50% প্রতিযোগিতা অর্জন করতে পারে। সমস্ত mAbs সদৃশভাবে পরীক্ষা করা হয়েছিল, প্রতিটি পরীক্ষা স্বাধীনভাবে 2 বার সঞ্চালিত হয়েছিল এবং 2টি স্বাধীন পরীক্ষার মান গড় করা হয়েছিল।

ফলক assays. ভেরো E6/TMPRSS2 কোষে (জাপানিজ কালেকশন অফ রিসার্চ বায়োরিসোর্সেস (JCRB)) (পরিপূরক সারণী 5) SARS-CoV-2 ভেরিয়েন্ট ভাইরাসের সাথে প্লেক অ্যাসেস করা হয়েছিল। ট্রিপসিনাইজড হওয়ার আগে কোষগুলিকে 90% সঙ্গম অর্জনের জন্য সংষ্কৃত করা হয়েছিল এবং 3 × 104টি কোষ/কূপ প্লেটের ঘনত্বে বীজ বপন করা হয়েছিল। পরের দিন, SARS-CoV-2 ভেরিয়েন্টের 102টি পিএফইউগুলিকে 1 ঘণ্টার জন্য 2-ভাঁজ-পাতলা করা mAbs দিয়ে ইনকিউব করা হয়েছিল৷ অ্যান্টিবডি-ভাইরাস মিশ্রণটি ভেরো E6/TMPRSS2 কোষের সাথে 37 ডিগ্রিতে 3 দিনের জন্য ইনকিউব করা হয়েছিল। প্লেটগুলি 20% মিথানল দিয়ে স্থির করা হয়েছিল এবং তারপরে ক্রিস্টাল ভায়োলেট দ্রবণ দিয়ে দাগ দেওয়া হয়েছিল। সম্পূর্ণ নিরোধক ঘনত্ব (IC99) গ্রাফপ্যাড প্রিজমে (সংস্করণ 9.0) সম্পাদিত লগ(ইনহিবিটর) বনাম স্বাভাবিক প্রতিক্রিয়া (পরিবর্তনশীল ঢাল) ব্যবহার করে গণনা করা হয়েছিল। সমস্ত এমএবিস ডুপ্লিকেট পরীক্ষা করা হয়েছিল এবং প্রতিটি পরীক্ষা দুবার করা হয়েছিল। ফোকাস হ্রাস নিরপেক্ষকরণ পরীক্ষা. ফোকাস রিডাকশন নিউট্রালাইজেশন টেস্ট (এফআরএনটি) প্লাক অ্যাস বাদে একটি অতিরিক্ত প্ল্যাটফর্ম হিসাবে নিরপেক্ষকরণ কার্যক্রম নির্ধারণ করতে ব্যবহৃত হয়েছিল। 1:20 এর চূড়ান্ত ঘনত্ব থেকে শুরু হওয়া সিরামের সিরিয়াল পাতলা প্রতি কূপে ভাইরাসের 103 ফোকাস-ফর্মিং ইউনিটের সাথে মিশ্রিত করা হয়েছিল এবং 37 ডিগ্রিতে 1 ঘন্টার জন্য ইনকিউব করা হয়েছিল। একটি পুল করা প্রিপ্যান্ডেমিক সিরাম নমুনা একটি নিয়ন্ত্রণ হিসাবে পরিবেশিত হয়। অ্যান্টিবডি-ভাইরাস মিশ্রণটি ভেরো E6/TMPRSS2 কোষে (JCRB) 96-ওয়েল প্লেটে ইনোকুলেশন করা হয়েছিল এবং 37 ডিগ্রিতে 1 ঘণ্টার জন্য ইনকিউব করা হয়েছিল। প্রতিটি কূপে সমান পরিমাণে মিথাইলসেলুলোজ দ্রবণ যোগ করা হয়েছিল। কোষগুলি 37 ডিগ্রিতে 16 ঘন্টার জন্য ইনকিউব করা হয়েছিল এবং তারপরে ফরমালিন দিয়ে স্থির করা হয়েছিল। ফরমালিন অপসারণ করার পরে, কোষগুলিকে SARS-CoV-1/2 নিউক্লিওপ্রোটিন [ক্লোন 1C7C7 (সিগমা-অলড্রিচ)] এর বিরুদ্ধে একটি মাউস mAb দিয়ে ইমিউনোস্টেইন করা হয়েছিল, তারপরে একটি HRP-লেবেলযুক্ত ছাগল অ্যান্টি-মাউস ইমিউনোগ্লোবুলিন (সিগমা- Aldrich; A8924)। সংক্রামিত কোষগুলি TrueBlue Substrate (SeraCare Life Sciences) দিয়ে দাগ দেওয়া হয়েছিল এবং তারপরে পাতিত জল দিয়ে ধুয়ে ফেলা হয়েছিল। শুকানোর পরে, ইমিউনোস্পট এস 6 বিশ্লেষক, ইমিউনোক্যাপচার সফ্টওয়্যার এবং বায়োস্পট সফ্টওয়্যার (সেলুলার প্রযুক্তি) ব্যবহার করে ফোকাস নম্বরগুলি পরিমাপ করা হয়েছিল। IC50 গ্রাফপ্যাড প্রিজমে (সংস্করণ 9.0) সঞ্চালিত পরিবর্তনশীল ঢাল (4 প্যারামিটার) ননলাইনার রিগ্রেশন ব্যবহার করে লগ(ইনহিবিটর) বনাম স্বাভাবিক প্রতিক্রিয়া থেকে ইন্টারপোলেটেড মান থেকে গণনা করা হয়েছিল।

তথ্যসূত্র

1. Hou YJ, et al. SARS-CoV-2 D614G ভেরিয়েন্ট ভিভোতে এক্সভিভো এবং ট্রান্সমিশনের দক্ষ প্রতিলিপি প্রদর্শন করে। বিজ্ঞান. 2020;370(6523):1464–1468।

2. গার্সিয়া-বেল্ট্রান ডব্লিউএফ, এট আল। একাধিক SARS CoV-2 রূপগুলি ভ্যাকসিন-প্ররোচিত হিউমারাল ইমিউনিটি দ্বারা নিরপেক্ষতা থেকে রক্ষা পায়। সেল। 2021;184(9):2523।

3. ওয়াল ইসি, এট আল। BNT162b2 টিকাদানের মাধ্যমে SARS-CoV-2 VOCs B.1.617.2 এবং B.1.351 এর বিরুদ্ধে অ্যান্টিবডি কার্যকলাপ নিরপেক্ষ করা। ল্যানসেট। 2021;397(10292):2331–2333।

4. এদারা ভিভি, এট আল। SARS-CoV-2 B.1.617 ভেরিয়েন্টগুলিতে সংক্রমণ এবং ভ্যাকসিন-প্ররোচিত নিরপেক্ষ-অ্যান্টিবডি প্রতিক্রিয়া। এন ইংলিশ জে মেড। 2021;385(7):664–666।

5. Zhou D, et al. প্রাকৃতিক এবং ভ্যাকসিন-প্ররোচিত সেরা থেকে SARS-CoV-2 ভেরিয়েন্ট B.1.351 এর পালানোর প্রমাণ। সেল। 2021;184(9):2348–2361।

6. Weisblum Y, et al. SARS-CoV-2 স্পাইক প্রোটিন ভেরিয়েন্ট দ্বারা অ্যান্টিবডিগুলিকে নিরপেক্ষ করা থেকে রক্ষা পান। এলাইফ। 2020;9:e61312।

7. গ্রাহাম এফ. দৈনিক ব্রিফিং: ওমিক্রন করোনাভাইরাস বৈকল্পিক বিজ্ঞানীদের সতর্ক করে দেয়। প্রকৃতি। 2021;

8. করিম এসএসএ, করিম কিউএ। Omicron SARS-CoV-2 ভেরিয়েন্ট: COVID-19 মহামারীর একটি নতুন অধ্যায়। ল্যানসেট। 2021;398(10317):2126–2128।

9. Carreño JM, et al. SARS-CoV-2 Omicron এর বিরুদ্ধে নিরাময় এবং ভ্যাকসিন সিরামের কার্যকলাপ। প্রকৃতি। 2021;602(7898):682–688।

10. ওয়াং কিউ, এট আল। ক্রমবর্ধমান SARS-CoV-2 BQ এবং XBB সাবভেরিয়েন্টের উদ্বেগজনক অ্যান্টিবডি ফাঁকি দেওয়ার বৈশিষ্ট্য। সেল। 2022;186(2):279–286।

11. VanBlargan LA, et al. একটি সংক্রামক SARS-CoV-2 B.1.1.529 Omicron ভাইরাস থেরাপিউটিক মনোক্লোনাল অ্যান্টিবডি দ্বারা নিরপেক্ষতা থেকে রক্ষা পায়। ন্যাট মেড। 2022;28(3):490–495।

12. তাকাশিতা ই, এবং অন্যান্য। কোভিড-19 ওমিক্রন ভেরিয়েন্টের বিরুদ্ধে অ্যান্টিবডি এবং অ্যান্টিভাইরাল ওষুধের কার্যকারিতা। এন ইংলিশ জে মেড। 2022;386(10):995–998।

13. ইউয়ান এম, এট আল। অ্যান্টিবডি নিরপেক্ষ করে SARS-CoV-2 রিসেপ্টর বাইন্ডিং ডোমেনের স্বীকৃতি। বায়োকেম বায়োফিস রেস কমুন। 2021;538:192-203।

14. বার্নস CO, et al. SARS-CoV-2 নিরপেক্ষ অ্যান্টিবডি গঠন থেরাপিউটিক কৌশল অবহিত করে। প্রকৃতি। 2020;588(7839):682–687।

15. চ্যাংরব এস, এট আল। অ্যান্টিবডি দ্বারা উদ্বেগের উদীয়মান SARS-CoV-2 ভেরিয়েন্টের ক্রস-নিরপেক্ষকরণ স্পাইকে স্বতন্ত্র এপিটোপসকে লক্ষ্য করে। এমবিও 2021;12(6):e0297521।

16. গুথমিলার জেজে, এট আল। SARS-CoV-2 সংক্রমণের তীব্রতা স্পাইকের বিরুদ্ধে উচ্চতর হিউমারাল অনাক্রম্যতার সাথে যুক্ত। এমবিও 2021;12(1):e02940–20।

17. গ্রেনি এজে, এট আল। SARS-CoV-2 RBD-তে মিউটেশনের ম্যাপিং যা বিভিন্ন শ্রেণীর অ্যান্টিবডি দ্বারা বাঁধাই থেকে রক্ষা পায়। ন্যাট কমুন। 2021;12(1):4196।

18. লিউ এইচ, উইলসন আইএ। SARS-CoV-2-এ প্রতিরক্ষামূলক নিরপেক্ষ এপিটোপস। ইমিউনল রেভ. 2022;310(1):76–92।

19. জেট সিএ, এট আল। কোভিড-19 দাতা থেকে প্রাপ্ত নিরপেক্ষ অ্যান্টিবডিগুলির একটি উপসেট দ্বারা প্রদর্শিত আর্বোভাইরাস জুড়ে বিস্তৃত ক্রস-প্রতিক্রিয়া। সেল প্রতিনিধি 2021;36(13):109760।

20. Brouwer PJM, et al. কোভিড{1}} রোগীদের থেকে শক্তিশালী নিরপেক্ষ অ্যান্টিবডিগুলি দুর্বলতার একাধিক লক্ষ্যকে সংজ্ঞায়িত করে। বিজ্ঞান. 2020;369(6504):643–650।

21. পিন্টো ডি, এট আল। একটি মানব মনোক্লোনাল SARS-CoV অ্যান্টিবডি দ্বারা SARS CoV-2 এর ক্রস-নিরপেক্ষকরণ। প্রকৃতি। 2020;583(7815):290–295।

22. Robbiani DF, et al. সুস্থ ব্যক্তিদের মধ্যে SARS-CoV-2-এর অভিসারী অ্যান্টিবডি প্রতিক্রিয়া। প্রকৃতি। 2020;584(7821):437–442।

23. ইউয়ান এম, এট আল। SARS-CoV-2-এর একটি ভাগ করা অ্যান্টিবডি প্রতিক্রিয়ার কাঠামোগত ভিত্তি। বিজ্ঞান. 2020;369(6507):1119–1123।

24. ডুগান এইচএল, এট আল। SARS-CoV-2 সংক্রমণের পরে B কোষের ইমিউনোডোমিন্যান্স প্রোফাইলিং ভাইরাল লক্ষ্যবস্তুকে নিরপেক্ষ না করার জন্য অ্যান্টিবডি বিবর্তন প্রকাশ করে। রোগ প্রতিরোধ ক্ষমতা। 2021;54(6):1290–1303।

25. রজার্স টিএফ, এট আল। একটি ছোট প্রাণীর মডেলে শক্তিশালী SARS CoV-2 নিরপেক্ষ অ্যান্টিবডি এবং রোগ থেকে সুরক্ষার বিচ্ছিন্নতা। বিজ্ঞান. 2020;369(6506):956–963।

26. Schmitz AJ, et al. একটি ভ্যাকসিন-প্ররোচিত পাবলিক অ্যান্টিবডি SARS-CoV-2 এবং উদীয়মান রূপগুলি থেকে রক্ষা করে। রোগ প্রতিরোধ ক্ষমতা। 2021;54(9):2159–2166.e6.

27. শি আর, এট আল। একটি মানব নিরপেক্ষ অ্যান্টিবডি SARS-CoV-2 এর রিসেপ্টর-বাইন্ডিং সাইটকে লক্ষ্য করে। প্রকৃতি। 2020;584(7819):120–124।

28. Cao Y, et al. SARS-CoV-2 এর বিরুদ্ধে শক্তিশালী নিরপেক্ষ অ্যান্টিবডিগুলি সুস্থ রোগীদের বি কোষগুলির উচ্চ-থ্রুপুট একক-কোষ সিকোয়েন্সিং দ্বারা চিহ্নিত করা হয়েছে। সেল। 2020;182(1):73–84।

29. বার্নস সিও, এট আল। SARS-CoV-2 স্পাইকের সাথে আবদ্ধ মানব অ্যান্টিবডিগুলির গঠনগুলি অ্যান্টিবডিগুলির সাধারণ এপিটোপ এবং পুনরাবৃত্ত বৈশিষ্ট্যগুলি প্রকাশ করে। সেল। 2020;182(4):828–842।

30. করবেট কেএস, এট আল। SARS-CoV-2 mRNA ভ্যাকসিন ডিজাইন প্রোটোটাইপ প্যাথোজেন প্রস্তুতির দ্বারা সক্ষম। প্রকৃতি। 2020;586(7830):567–571।

31. আমানত এফ, এট আল। দুটি প্রোলিনের প্রবর্তন এবং পলিবেসিক ক্লিভেজ সাইট অপসারণের ফলে মাউস মডেলে একটি রিকম্বিন্যান্ট স্পাইক-ভিত্তিক SARS-CoV-2 ভ্যাকসিনের উচ্চ কার্যকারিতা তৈরি হয়েছে। mBio 2021;12(2):e02648–20।

32. Sun W, et al. নিউক্যাসল রোগের ভাইরাস SARS-CoV-2 এর একটি স্থিতিশীল স্পাইক প্রোটিন প্রকাশ করে যা প্রতিরক্ষামূলক ইমিউন প্রতিক্রিয়া প্ররোচিত করে। ন্যাট কমুন। 2021;12(1):6197।

33. Hsieh CL, et al. প্রিফিউশন-স্থিতিশীল SARS-CoV-2 স্পাইকগুলির কাঠামো-ভিত্তিক নকশা। বিজ্ঞান. 2020;369(6510):1501–1505।

34. Gobeil SM, et al. SARS-CoV-2 Omicron স্পাইকের কাঠামোগত বৈচিত্র্য। মোল সেল। 2022;82(11):2050–2068।

35. ইউয়ান এম, এট আল। SARS-CoV-2 এবং SARS-CoV-এর রিসেপ্টর বাইন্ডিং ডোমেনে একটি অত্যন্ত সংরক্ষিত ক্রিপ্টিক এপিটোপ। বিজ্ঞান. 2020;368(6491):630–633।

36. Starr TN, et al. SARS-CoV-2 RBD মিউটেশনের সম্পূর্ণ মানচিত্র যা মনোক্লোনাল অ্যান্টিবডি LY-CoV555 এবং LY-CoV016 এর সাথে এর ককটেল থেকে রক্ষা পায়। সেল প্রতিনিধি মেড. 2021;2(4):100255।

37. বাউম এ, এট আল। REGN-COV2 অ্যান্টিবডি রিসাস ম্যাকাক এবং হ্যামস্টারে SARS-CoV-2 সংক্রমণ প্রতিরোধ করে এবং চিকিত্সা করে। বিজ্ঞান. 2020;370(6520):1110–1115।

38. Wu NC, et al. SARS-CoV-2 রিসেপ্টর বাইন্ডিং ডোমেনে IGHV3-53 অ্যান্টিবডিগুলির একটি বিকল্প বাঁধাই মোড। সেল প্রতিনিধি 2020;33(3):108274।

39. উ ওয়াই, এট আল। মানব নিরপেক্ষ অ্যান্টিবডিগুলির একটি অ-প্রতিযোগী জুড়ি কোভিড-19 ভাইরাসকে এর রিসেপ্টর ACE2 এর সাথে আবদ্ধ করে। বিজ্ঞান. 2020;368(6496):1274–1278।

40. ইউয়ান এম, এট আল। সাম্প্রতিক SARS-CoV-2 ভেরিয়েন্টে অ্যান্টিজেনিক ড্রিফটের কাঠামোগত এবং কার্যকরী বিস্তৃতি। বিজ্ঞান. 2021;373(6556):818–823।

41. ইয়ান কিউ, এট আল। জার্মলাইন আইজিএইচভি3-53-এনকোডেড আরবিডি-টার্গেটিং নিউট্রালাইজিং অ্যান্টিবডিগুলি সাধারণত কোভিড-19 রোগীদের অ্যান্টিবডি স্টোরগুলিতে উপস্থিত থাকে। এমার্জ জীবাণু সংক্রমিত করে। 2021;10(1):1097–1111।

42. ঝাং কিউ, এট আল। শক্তিশালী এবং প্রতিরক্ষামূলক IGHV3- 53/3-66 পাবলিক অ্যান্টিবডি এবং SARS-CoV-2 এর স্পাইকের উপর তাদের ভাগ করা পালানোর মিউট্যান্ট। ন্যাট কমুন। 2021;12(1):4210।

43. ওয়াং জেড, এট আল। SARS-CoV-2 এবং সার্কুলেটিং ভেরিয়েন্টের mRNA ভ্যাকসিন-এলিটেড অ্যান্টিবডি। প্রকৃতি। 2021;592(7855):616–622।

44. সাইমন ভি, এট আল। প্যারিস এবং স্পার্টা: SARS-CoV-2 এর অ্যাকিলিস হিল খুঁজে বের করা। mSphere 2022;7(3):e0017922।

45. Starr TN, et al. SARS-CoV-2 RBD অ্যান্টিবডি যা প্রশস্ততা এবং পালানোর প্রতিরোধকে সর্বাধিক করে তোলে। প্রকৃতি। 2021;597(7874):97–102।

46. ​​ওয়াল AC, et al. SARS-CoV-2 স্পাইক গ্লাইকোপ্রোটিনের গঠন, কার্যকারিতা এবং অ্যান্টিজেনিসিটি। সেল। 2020;181(2):281–292।

47. হেন্ডারসন আর, এট আল। SARS-CoV-2 স্পাইক গ্লাইকোপ্রোটিন কনফর্মেশন নিয়ন্ত্রণ করা। ন্যাট স্ট্রাকট মোল বিওল। 2020;27(10):925–933।

48. শ্রেষ্ঠ এলবি, এট আল। উদীয়মান SARS-CoV-2 ভেরিয়েন্টের বিরুদ্ধে বিস্তৃতভাবে অ্যান্টিবডিগুলিকে নিরপেক্ষ করে। সামনের ইমিউনল। 2021;12:752003.

49. গ্রেনি এজে, এট আল। SARS-CoV-2 সংক্রমণের তুলনায় mRNA-1273 টিকা দ্বারা নির্গত অ্যান্টিবডিগুলি রিসেপ্টর বাইন্ডিং ডোমেনে আরও বিস্তৃতভাবে আবদ্ধ হয়। Sci Transl Med. 2021;13(600):eabi9915।

50. Reincke SM, et al. SARS-CoV-2 বিটা বৈকল্পিক সংক্রমণ শক্তিশালী বংশ-নির্দিষ্ট এবং ক্রস-প্রতিক্রিয়াশীল অ্যান্টিবডিগুলিকে প্রকাশ করে। বিজ্ঞান. 2022;375(6582):782–787।

51. Wrammert J, et al. 2009 মহামারী H1N1 ইনফ্লুয়েঞ্জা ভাইরাস সংক্রমণের বিরুদ্ধে মানুষের বি কোষের প্রতিক্রিয়াতে ব্যাপকভাবে ক্রস-প্রতিক্রিয়াশীল অ্যান্টিবডিগুলি প্রাধান্য পায়। J Exp Med. 2011;208(1):181–193।

52. গুথমিলার জেজে, এট আল। মহামারী H1N1 ভাইরাস-প্ররোচিত বিস্তৃতভাবে নিরপেক্ষ অ্যান্টিবডিগুলিকে লক্ষ্য করে হেম্যাগ্লুটিনিন হেড এপিটোপসের প্রথম এক্সপোজার। Sci Transl Med. 2021;13(596):eabg4535।

53. Bajic G, et al. ইনফ্লুয়েঞ্জা অ্যান্টিজেন ইঞ্জিনিয়ারিং একটি অধস্তন কিন্তু ব্যাপকভাবে প্রতিরক্ষামূলক ভাইরাল এপিটোপের প্রতিরক্ষামূলক প্রতিক্রিয়ার উপর দৃষ্টি নিবদ্ধ করে। সেল হোস্ট মাইক্রোব। 2019;25(6):827–835।

54. Nachbagauer R, et al. একটি কাইমেরিক হেমাগ্লুটিনিন-ভিত্তিক সার্বজনীন ইনফ্লুয়েঞ্জা ভাইরাস ভ্যাকসিন পদ্ধতি একটি এলোমেলো, প্লেসবো-নিয়ন্ত্রিত পর্যায় I পরীক্ষায় বিস্তৃত এবং দীর্ঘস্থায়ী অনাক্রম্যতা প্ররোচিত করে। ন্যাট মেড। 2021;27(1):106–114।

55. অ্যাঞ্জেলেটি ডি, এট আল। আউটফ্ল্যাঙ্কিং ইমিউনোডোমিন্যান্সকে লক্ষ্য করে সাবডোমিন্যান্ট বিস্তৃতভাবে নিরপেক্ষ এপিটোপস। Proc Natl Acad Sci US A. 2019;116(27):13474–13479।

56. গুথমিলার জেজে, এট আল। মানব বি কোষ থেকে মনোক্লোনাল অ্যান্টিবডি তৈরি করার একটি কার্যকর পদ্ধতি। পদ্ধতি Mol Biol. 2019;1904:109-145।

57. আমানত এফ, এট আল। মানুষের মধ্যে SARS-CoV-2 সেরোকনভারশন শনাক্ত করার জন্য একটি সেরোলজিক্যাল পরীক্ষা। ন্যাট মেড। 2020;26(7):1033–1036।

58. Stadlbauer D, et al. মানুষের মধ্যে SARS-CoV-2 সেরোকনভার্সন: একটি সেরোলজিক্যাল অ্যাস, অ্যান্টিজেন উত্পাদন এবং পরীক্ষা সেটআপের জন্য একটি বিশদ প্রোটোকল। কার প্রোটোক মাইক্রোবায়োল। 2020;57(1):e100।

59. টরেস জেএল, এট আল। একটি অত্যন্ত শক্তিশালী প্যান-নিরপেক্ষ SARS-CoV-2 মানব মনোক্লোনাল অ্যান্টিবডির কাঠামোগত অন্তর্দৃষ্টি। Proc Natl Acad Sci USA. 2022;119(20):e2120976119।

60. সুলোওয়ে সি, এট আল। স্বয়ংক্রিয় আণবিক মাইক্রোস্কোপি: নতুন লেজিনন সিস্টেম। জে স্ট্রাকট বায়োল। 2005;151(1):41-60।

61. ল্যান্ডার জিসি, এট আল। অ্যাপিয়ন: EM ইমেজ প্রক্রিয়াকরণের সুবিধার্থে একটি সমন্বিত, ডাটাবেস-চালিত পাইপলাইন। জে স্ট্রাকট বায়োল। 2009;166(1):95-102।

62. Voss NR, et al. DoG পিকার এবং TiltPicker: একক-কণা ইলেক্ট্রন মাইক্রোস্কোপিতে কণা নির্বাচন সহজতর করার জন্য সফ্টওয়্যার সরঞ্জাম। জে স্ট্রাকট বায়োল। 2009;166(2):205-213।

63. Pettersen EF, et al. UCSF Chimera--অন্বেষণমূলক গবেষণা এবং বিশ্লেষণের জন্য একটি ভিজ্যুয়ালাইজেশন সিস্টেম। জে কম্পিউট কেম। 2004;25(13):1605–1612।

64. পুঞ্জানি এ, এট আল। অ-ইউনিফর্ম পরিমার্জন: অভিযোজিত নিয়মিতকরণ একক-কণা ক্রায়ো-ইএম পুনর্গঠনের উন্নতি করে। ন্যাট পদ্ধতি। 2020;17(12):1214–1221।

65. Zhang K. Gctf: রিয়েল-টাইম CTF নির্ধারণ এবং সংশোধন। জে স্ট্রাকট বায়োল। 2016;193(1):1–12।

66. জিভানভ জে, এট আল। RELION-3-এ স্বয়ংক্রিয় উচ্চ-রেজোলিউশন cryo-EM গঠন নির্ধারণের জন্য নতুন টুল। এলাইফ। 2018;7:e42166।

67. Casanal A, et al. ইলেক্ট্রন ক্রায়ো-মাইক্রোস্কোপি এবং ক্রিস্টালোগ্রাফিক ডেটার ম্যাক্রোমোলিকুলার মডেল বিল্ডিংয়ের জন্য কোট-এর বর্তমান উন্নয়ন। প্রোটিন বিজ্ঞান. 2020;29(4):1069–1078।

68. ফ্রেঞ্জ বি, এট আল। রোসেটা দিয়ে গ্লাইকোপ্রোটিন গঠনের ত্রুটিগুলি স্বয়ংক্রিয়ভাবে ঠিক করা। গঠন। 2019;27(1):134–139।

69. Klaholz BP. ক্রিস্টালোগ্রাফি এবং ক্রাইও-ইএম-এ পারমাণবিক মডেলগুলি তৈরি এবং পরিমার্জন করা: কাঠামো বিশ্লেষণের সুবিধার্থে সর্বশেষ ফেনিক্স সরঞ্জাম। Acta Crystallogr D Struct Biol. 2019;75(pt 10):878–881।

70. Pettersen EF, et al. UCSF ChimeraX: গবেষক, শিক্ষাবিদ এবং ডেভেলপারদের জন্য স্ট্রাকচার ভিজ্যুয়ালাইজেশন। প্রোটিন বিজ্ঞান. 2021;30(1):70–82।

71. Otwinowski Z, মাইনর ডব্লিউ. দোলন মোডে সংগৃহীত এক্স-রে ডিফ্র্যাকশন ডেটার প্রক্রিয়াকরণ। পদ্ধতি এনজাইমল। 1997;276:307-326।

72. McCoy AJ, et al. ফেজার ক্রিস্টালোগ্রাফিক সফটওয়্যার। J Appl Crystallogr. 2007;40(pt 4):658–674।

73. কিয়াং এম, এট আল। SARS CoV-2-এর নিরপেক্ষ অ্যান্টিবডিগুলি কয়েক দশক আগে নির্মিত একটি মানব অ্যান্টিবডি লাইব্রেরি থেকে নির্বাচন করা হয়েছিল৷ Adv Sci (Weinh). 2022;9(1):e2102181।

74. Emsley P, Cowtan K. Coot: আণবিক গ্রাফিক্সের জন্য মডেল-বিল্ডিং টুল। Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2004;60(pt 12 pt 1):2126–2132।

75. অ্যাডামস পিডি, এট আল। PHENIX: ম্যাক্রোমলিকুলার গঠন সমাধানের জন্য একটি ব্যাপক পাইথন-ভিত্তিক সিস্টেম। Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2010;66(pt 2):213–221।

76. মন্টিয়েল-গার্সিয়া ডি, এট আল। এপিটোপ-বিশ্লেষক: বিস্তৃতভাবে নিরপেক্ষ এপিটোপ বিশ্লেষণ করার জন্য একটি কাঠামো-ভিত্তিক ওয়েব টুল। জে স্ট্রাকট বায়োল। 2022;214(1):107839।