একটি ড্রোসোফিলা প্যারাসিটয়েড ভেনম পেপটাইডের সিলিকো বিশ্লেষণে নটিন প্রোটিনে ক্যাটান-পোলার-ক্যাশন ক্লিপ মোটিফের প্রাদুর্ভাব প্রকাশ করে পার্ট 2
Aug 04, 2023
2.6। একটি CPC ক্লিপ অ্যান্টিমাইক্রোবিয়াল পেপটাইড ড্রোসোমাইসিনেও উপস্থিত রয়েছে
LhKNOT এর বিপরীতে, ড্রোসোমাইসিনের গঠনে একটি আলফা-হেলিক্স এবং একটি পেঁচানো তিন-স্ট্র্যান্ডেড বিটা-শীট সহ একটি ভিন্ন ভাঁজ রয়েছে, যা তিনটি ডিসালফাইড সেতু [43] দ্বারা স্থিতিশীল। এই স্ট্রাকচারাল মোটিফটিকে "সিস্টাইন স্টেবিলাইজড-মোটিফ" বলা হয়, এটি অন্যান্য হোস্ট-প্রতিরক্ষা প্রোটিনেও পাওয়া যায় যেমন অ্যান্টিব্যাকটেরিয়াল ইনসেক্ট ডিফেন্সিন এ, স্কর্পিয়ান টক্সিন, প্ল্যান্ট থিওনিন এবং অ্যান্টিফাঙ্গাল প্ল্যান্ট ডিফেন্সিন [৪৩,৪৪]।
-হেলিক্স হল উচ্চ জৈবিক ক্রিয়াকলাপের সাথে একটি পলিপেপটাইড, যা মানুষের প্রতিরোধ ব্যবস্থা সক্রিয় করতে পারে এবং মানুষের অনাক্রম্যতা বাড়াতে পারে, যার ফলে বিভিন্ন রোগ প্রতিরোধ ও চিকিত্সা করা যায়। গবেষণায় দেখা গেছে যে -হেলিক্সের ইমিউন ফাংশন উন্নত করার প্রভাব রয়েছে, ম্যাক্রোফেজগুলির ফ্যাগোসাইটিক ক্ষমতা এবং টি কোষের কার্যকলাপকে ব্যাপকভাবে উন্নত করতে পারে, বাহ্যিক প্যাথোজেনিক অণুজীবের বিরুদ্ধে শরীরের প্রতিরোধ ক্ষমতা বাড়াতে পারে, প্রতিকূল পরিবেশের প্রতি শরীরের সংবেদনশীলতা হ্রাস করতে পারে এবং স্বাস্থ্যের উন্নতি করতে পারে।
মানুষের স্বাস্থ্যের জন্য অনাক্রম্যতা অত্যন্ত গুরুত্বপূর্ণ। এটি আমাদের বিভিন্ন রোগ প্রতিরোধ করতে, শারীরিক সুস্থতা বজায় রাখতে এবং রোগ প্রতিরোধ ক্ষমতা বাড়াতে সাহায্য করতে পারে। যাইহোক, লোকেরা প্যাথোজেন এবং পরিবেশ দূষণের বিভিন্ন এক্সপোজারে পূর্ণ পরিবেশে বাস করে এবং অনাক্রম্যতা সহজেই প্রভাবিত হয়। তাই মানুষের স্বাস্থ্য বজায় রাখার জন্য রোগ প্রতিরোধ ক্ষমতা বাড়ানো খুবই প্রয়োজন।
একটি প্রাকৃতিক সক্রিয় পেপটাইড হিসাবে, -হেলিক্স শুধুমাত্র রোগ প্রতিরোধ ক্ষমতা নিয়ন্ত্রণ করতে পারে না এবং অনাক্রম্যতা উন্নত করতে পারে না বরং কার্ডিওভাসকুলার রোগ এবং বিপাকীয় ব্যাধি প্রতিরোধে, লিভারের কার্যকারিতা উন্নত করতে, রক্তের লিপিড এবং রক্তে শর্করার উন্নতিতে এবং শারীরিক শক্তি বৃদ্ধিতেও একটি ভাল ভূমিকা পালন করে। - ক্লান্তি ক্ষমতা। অতএব, -হেলিক্স ব্যাপকভাবে ওষুধ, স্বাস্থ্যসেবা পণ্য এবং প্রসাধনী ক্ষেত্রে ব্যবহৃত হয়েছে, উল্লেখযোগ্য প্রভাব অর্জন করেছে এবং উষ্ণভাবে স্বাগত জানানো হয়েছে।
সংক্ষেপে, -হেলিক্স মানুষের অনাক্রম্যতার সাথে ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত, এটি মানুষের অনাক্রম্যতাকে উদ্দীপিত করতে পারে এবং মানুষের স্বাস্থ্য এবং দীর্ঘায়ু নিশ্চিত করতে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে। ভবিষ্যত জীবন এবং কর্মক্ষেত্রে, আমাদের সক্রিয়ভাবে প্রতিরোধ ক্ষমতা বৃদ্ধি করা উচিত, জীবনযাত্রার অভ্যাস উন্নত করা, ব্যায়াম এবং খাদ্যাভ্যাস সঠিকভাবে সামঞ্জস্য করা উচিত, অনাক্রম্যতা উন্নত করতে -হেলিক্স ব্যবহার করার কথা বিবেচনা করা উচিত এবং ভবিষ্যতের চ্যালেঞ্জ এবং সুযোগগুলি আরও সক্রিয়ভাবে মোকাবেলা করা উচিত। এটা দেখা যায় যে আমাদের রোগ প্রতিরোধ ক্ষমতা উন্নত করতে হবে। Cistanche উল্লেখযোগ্যভাবে অনাক্রম্যতা উন্নত করতে পারে কারণ Cistanche এর পলিস্যাকারাইডগুলি মানুষের ইমিউন সিস্টেমের ইমিউন প্রতিক্রিয়া নিয়ন্ত্রণ করতে পারে, ইমিউন কোষের স্ট্রেস ক্ষমতা উন্নত করতে পারে এবং ইমিউন কোষের ব্যাকটেরিয়াঘটিত প্রভাবকে বাড়িয়ে তুলতে পারে।
cistanche deserticola সম্পূরক ক্লিক করুন
ড্রোসোমাইসিনের পরিচিত অ্যান্টিমাইক্রোবিয়াল ফাংশন এবং এর সাথে সম্পর্কিত "সিস্টাইন স্টেবিলাইজড-মোটিফ" [43,44], আমরা এই মোটিফের সম্ভাব্য তাৎপর্য আরও ভালভাবে বোঝার জন্য LhKNOT-এর সাথে অ্যান্টিমাইক্রোবিয়াল কার্যকলাপ এবং ভাগ করা কাঠামো-ফাংশন সম্পর্কের জন্য একটি সাধারণ ভিত্তির সম্ভাবনা পরীক্ষা করেছি। হোস্ট প্রতিরক্ষা প্রসঙ্গে LhKNOT-এ।
একটু ভিন্ন কাঠামোগত ভাঁজ থাকা সত্ত্বেও, ড্রোসোমাইসিন LhKNOT এবং pB1 (চিত্র 5A) উভয়ের 2.2Å RMSD-এর মধ্যে ওভারলে করে। যখন পূর্ববর্তী CPC ক্লিপ বিশ্লেষণটি ড্রোসোমাইসিনে প্রসারিত করা হয়েছিল, ফলাফলগুলি ড্রোসোমাইসিনেও CPC ক্লিপ মোটিফের উপস্থিতি প্রকাশ করেছিল। ড্রোসোমাইসিনে CPC ক্লিপ মোটিফ (R6-S4-K38) মোটিফ প্যারামিটারের 2Å বিচ্যুতির মধ্যে পড়ে (চিত্র 5B, পরিপূরক সারণী S5)।
অতিরিক্তভাবে, ড্রোসোমাইসিনের সারফেস ইলেক্ট্রোস্ট্যাটিক্স পুটেটিভ সিপিসি ক্লিপের ক্যাটানিক বাইন্ডিং পকেট গঠনের বিষয়টি নিশ্চিত করেছে যা LhKNOT এবং অন্যান্য নটিনগুলির জন্যও পর্যবেক্ষণ করা হয়েছে (চিত্র 5C, পরিপূরক সারণী S5)।
এই ফলাফলগুলি ইঙ্গিত করে যে ড্রোসোমাইসিন এবং এলএইচকেএনওটি-এর কর্মের পদ্ধতিতে একটি মিল থাকতে পারে এবং এই কাঠামোগত মোটিফটিতে এমবেড করা বায়োকেমিস্ট্রি উভয় পেপটাইডেই অ্যান্টিমাইক্রোবিয়াল ফাংশন চালাতে পারে।
চিত্র 5. (A) LhKNOT এর সুপারপজিশন (নীল), পেরেস্কিয়া ব্লিওর ক্ষত নিরাময়কারী পেপটাইড (ট্যান; pB1; ক্যাকটাস; PDB: 5XBD) এবং ড্রোসোমাইসিন (সবুজ; ড্রোসোমাইসিন; ফ্লাই; PDB: 1MYN)। (বি) ড্রোসোমাইসিন-হেপারিন মিথস্ক্রিয়ায় অংশগ্রহণকারী অবশিষ্টাংশের (ধূসর সিউডো-পরমাণু) ভরের কেন্দ্রগুলির মধ্যে পাইএমওএল-এ পরিমাপ করা দূরত্ব। দূরত্ব CPC ক্লিপ মোটিফের মান পরিসরের 2Å এর মধ্যে পড়ে। (C) ড্রোসোমাইসিনের সারফেস ইলেক্ট্রোস্ট্যাটিক্স (ফ্লাই; PDB: 1MYN), সিপিসি ক্লিপ দ্বারা গঠিত ইতিবাচক চার্জযুক্ত বাঁধাই পৃষ্ঠ দেখায় যেখানে হেপারিন ডক করা হয়। পৃষ্ঠের ইলেক্ট্রোস্ট্যাটিক সম্ভাবনাগুলি −4 kT/e (লাল) থেকে প্লাস 4 kT/e (নীল) পর্যন্ত রঙ-গ্রেডেড।
3. আলোচনা এবং জল্পনা
প্রোটিনগুলির জৈব রাসায়নিক ফাংশনগুলি তাদের সামগ্রিক কাঠামোর দ্বারা সহজতর হয়, যা তাদের প্রাথমিক কাঠামোর তুলনায় 3-10 গুণ বেশি ভালভাবে সংরক্ষিত হয় [45]। ফলস্বরূপ, নটিনসের মতো প্রোটিনের কার্যকরী সম্ভাবনার তদন্তে অনুক্রম সারিবদ্ধকরণ প্রায়শই কম হয়, যেখানে বৈচিত্র্যময় প্রাথমিক কাঠামো ভাগ করা কাঠামো-ফাংশন সম্পর্ককে অস্পষ্ট করতে পারে।
সিলিকো পদ্ধতিতে এই জাতীয় আকর্ষণীয় ভাঁজগুলির জন্য সম্ভাব্য কাঠামো-ফাংশন পারস্পরিক সম্পর্কগুলির বিস্তৃত বিশ্লেষণের সুবিধা দেয় [46-50]। LhKNOT কাঠামো এবং এর কাঠামোগত হোমোলগগুলির আমাদের বিশদ বিশ্লেষণ এই ধারণাটিকে সমর্থন করে যে এই প্যারাসাইট প্রোটিনটিতে হোস্ট প্রতিরক্ষায় কাজ সহ একটি নটিন পেপটাইডের বৈশিষ্ট্য রয়েছে: (ক) এলএইচকেএনওটি-এর নিকটতম মিলগুলি হল অ্যান্টিমাইক্রোবিয়াল পেপটাইড; (b) LhKNOT-এর Pfam স্বাক্ষর এটিকে সিস্টাইন গিঁটযুক্ত "এন্টিফাঙ্গাল পেপটাইড" হিসাবে বর্ণনা করে; এবং (c) একটি CPC ক্লিপ উপস্থিত রয়েছে।
পাতাযুক্ত ক্যাকটাস পেরেস্কিয়া ব্লিও থেকে একটি নটিন ক্ষত-নিরাময়কারী পেপটাইড লগইন pB1-এর বিশ্লেষণ প্রাথমিকভাবে একটি CPC ক্লিপের উপস্থিতি প্রকাশ করে, হেপারিন-বাইন্ডিং প্রোটিনের একটি সংরক্ষিত কাঠামোগত স্বাক্ষর [42]। ক্ষত নিরাময় এবং ক্যান্সারে এটির অনাক্রম্যতা- এবং সংকেত-সম্পর্কিত ফাংশন রয়েছে এবং এটি একটি অ্যান্টিকোয়াগুল্যান্ট হিসাবে ব্যবহৃত হয় [51]।
GAGs প্রাণী কোষের পৃষ্ঠে উপস্থিত রয়েছে এবং ক্লিনিকাল থেকে প্রসাধনী [52] পর্যন্ত গবেষণার ক্রমবর্ধমান জনপ্রিয় লক্ষ্য হয়ে উঠেছে। হেপারিন-বাইন্ডিং প্রোটিনের CPC ক্লিপ মোটিফকে হেপারিন-বাইন্ডিং অ্যাফিনিটির জন্য ন্যূনতম প্রয়োজনীয় মোটিফ হিসাবে বিবেচনা করা হয় এবং তিনটি অবশিষ্টাংশের মধ্যে নির্দিষ্ট স্থানিক সম্পর্কের দ্বারা সংজ্ঞায়িত করা হয়, দুটি cationic (Arg/Lys) এবং একটি পোলার (Asn, Gln, Ser, Thr, Tyr)।
এই CPC ক্লিপ মোটিফটি জড়িত অবশিষ্টাংশের কার্বন উভয়ের মধ্যে দূরত্বের পাশাপাশি জড়িত অবশিষ্টাংশের ভর কেন্দ্রের মধ্যে দূরত্ব দ্বারা সংজ্ঞায়িত করা হয়। হেপারিন-বাইন্ডিং প্রোটিনগুলি অন্যান্য নেতিবাচকভাবে চার্জযুক্ত সাবস্ট্রেটগুলির সাথে অবিচ্ছিন্নভাবে যোগাযোগ করতে পরিচিত, বিশেষত জীবাণুর পৃষ্ঠের ঝিল্লি [৪১]।
ফলস্বরূপ, হেপারিন-বাইন্ডিং প্রোটিনগুলি বিভিন্ন ডিগ্রীতে অ্যান্টিমাইক্রোবিয়াল কার্যকলাপ প্রদর্শন করতে পারে [53]। যদিও এই অ্যান্টিমাইক্রোবিয়াল সম্ভাব্যতার সুনির্দিষ্ট প্রক্রিয়াগুলি ভালভাবে সংজ্ঞায়িত করা হয়নি, এটি অনুমান করা হয়েছে যে সিপিসি ক্লিপ এই প্রোটিন-মাইক্রোব মিথস্ক্রিয়াকে সহজতর করতে পারে [৪১]। হেপারিন-বাইন্ডিং-এর নতুন সম্ভাব্য ভূমিকা উদীয়মান হচ্ছে, যেমন অ্যামাইলয়েডোজেনেসিসের সম্ভাব্য থেরাপিউটিক হস্তক্ষেপে [54], তাই বিভিন্ন প্রোটিনে CPC ক্লিপের কাঠামোগত নির্ধারক বোঝা মিথস্ক্রিয়া এবং এর ব্যাঘাতের প্রক্রিয়াকে চিত্রিত করার মূল বিষয় হতে পারে।
LhKNOT-এর জন্য একটি সম্ভাব্য অ্যান্টিমাইক্রোবিয়াল মেকানিজমের একটি সূত্র আমাদের আবিষ্কার থেকে পাওয়া যায় যে এর ইনহিবিটরি সিস্টাইন গিঁট এবং এখানে পরীক্ষা করা অন্যান্য নটিনগুলির ভাঁজের সাথে একটি CPC ক্লিপ রয়েছে (পরিপূরক সারণী S5)।
এটি উল্লেখ করা হয়েছে যে হেপারিন-বাইন্ডিং প্রোটিনের হেপারিনের সাথে মিথস্ক্রিয়া করার ক্ষমতার জন্য কাঠামোগত এবং বায়োফিজিকাল প্রয়োজনীয়তাগুলি অনেক পরিচিত AMPs [53] এর কাঠামোগত বৈশিষ্ট্যগুলির সাথে লক্ষণীয়ভাবে মিল রয়েছে। এইভাবে, CPC ক্লিপ মোটিফ এই উভয় প্রয়োজনীয়তার মাপকাঠিতে মাপসই হতে পারে [41]।
আমাদের এই CPC ক্লিপ মোটিফের আবিষ্কার শুধুমাত্র LhKNOT তে নয়, 75টি অন্যান্য সম্পর্কিত বা সম্পর্কহীন নটিন প্রোটিনেও (পরিপূরক টেবিল S5) পরামর্শ দেয় যে এই CPC ক্লিপ মোটিফটি নটিন প্রোটিনের একটি অত্যন্ত সংরক্ষিত বৈশিষ্ট্য হতে পারে।
বিভিন্ন প্রোটিনের মধ্যে সিস্টাইন গিঁট গঠনের মধ্যে CPC ক্লিপ মোটিফের কাকতালীয় ঘটনাটি পরামর্শ দেয় যে CPC ক্লিপ মোটিফ নিজেই অ্যান্টিমাইক্রোবিয়াল ফাংশনকে অন্তর্নিহিত করতে পারে। যাইহোক, যেহেতু এই কাঠামোগত মোটিফটি আক্রমণাত্মক নটিনগুলিতেও চিহ্নিত করা হয়েছে (পরিপূরক সারণী S5), এটি এই আরও সাধারণীকৃত CPC ক্লিপ মিথস্ক্রিয়া মোটিফের মাধ্যমে আরও সাধারণ ভূমিকা পালন করতে পারে।
ড্রোসোমাইসিনে একটি পুউটেটিভ সিপিসি ক্লিপ মোটিফের আবিষ্কার চমকপ্রদ, কারণ এটি এই অ্যান্টিফাঙ্গাল পেপটাইডের ক্রিয়া করার সম্ভাব্য প্রক্রিয়ার উপর আলোকপাত করে এবং সিপিসি ক্লিপ মোটিফের জন্য একটি সম্ভাব্য অ্যান্টিমাইক্রোবিয়াল ফাংশনকে সমর্থন করে। পূর্ববর্তী গবেষণায় ড্রোসোমাইসিনের অবশিষ্টাংশ R6 এবং K38-এর গুরুত্ব দেখানো হয়েছে, যা এর CPC ক্লিপ মোটিফের অংশ (R6-S4-K38), এর ছত্রাকরোধী সম্ভাবনার জন্য; এই অবশিষ্টাংশগুলির পরিবর্তনগুলি অ্যান্টিফাঙ্গাল কার্যকলাপ হ্রাস করে [55]। ড্রোসোফিলা ড্রোসোমাইসিনের সাথে ওয়াপ LhKNOT এবং এর সাদৃশ্য সম্পর্কে আমাদের কাঠামোগত বিশ্লেষণ L. heterotoma-এর D. মেলানোগাস্টারে TollNF-κB পথকে ব্যাপকভাবে দমন করার ক্ষমতার সম্ভাব্য অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে এবং তবুও ইমিউন-আপস করা হোস্টে সফল হয়।
একটি কার্যকরী টোল ইমিউন পাথওয়ের অনুপস্থিতিতে, এবং ফলস্বরূপ, ড্রোসোমাইসিন উত্পাদন ছাড়াই, ড্রোসোফিলা লার্ভা প্রায়ই সুবিধাবাদী প্যাথোজেনের কাছে আত্মহত্যা করতে পারে [11,13,56]। LhKNOT-এর পুটেটিভ অ্যান্টিমাইক্রোবিয়াল ক্রিয়াকলাপগুলি ওয়েপ-সংক্রমিত, অনাক্রম্য-আপসহীন হোস্ট লার্ভা এবং বিকাশমান পিউপায়ের সুবিধাবাদী মাইক্রোবিয়াল প্যাথোজেন থেকে হোস্টকে রক্ষা করতে পারে। বিকল্পভাবে, ড্রোসোমাইসিনের মতো, LhKNOT হিমোসাইট অ্যাপোপটোসিস [57] প্ররোচিত করতে পারে। L. heteroatom EVs সংক্রমণের পরে হিমোসাইটগুলিতে প্রবেশ করে [58], এবং EVs-এর মধ্যে তাদের ক্রিয়াকলাপগুলি এনক্যাপসুলেশনের সাথে আপোস করে [19,21]।
সিপিসি ক্লিপটিকে GAGs [41] এর সাথে অযৌক্তিকভাবে যুক্ত দেখানো হয়েছে, যা তবুও ড্রোসোফিলা [59] সহ পোকামাকড়ের মধ্যে সর্বব্যাপী। মাছিগুলিতে হেপারিন সালফেট জিএজিগুলি বৃদ্ধির ফ্যাক্টর রিসেপ্টর হিসাবে কাজ করে এবং মরফোজেনিক গ্রেডিয়েন্ট তৈরি এবং বজায় রাখতে অংশগ্রহণ করে [60]। সিপিসি ক্লিপটি লাইপোপলিস্যাকারাইডস (এলপিএস) [৪১] এর সাথে প্রত্যক্ষভাবে যুক্ত হতে দেখা গেছে। ব্যাকটেরিয়া এলপিএস, গ্রাম-নেতিবাচক ব্যাকটেরিয়ার প্রধান পৃষ্ঠ উপাদান, পোকামাকড় সহ বিভিন্ন ইউক্যারিওটিক প্রজাতির সহজাত রোগ প্রতিরোধ ক্ষমতার অত্যন্ত শক্তিশালী উদ্দীপক। ড্রোসোফিলার GAGs C প্রোটিনের বাঁধনকেও নিয়ন্ত্রণ করে, গ্রুপ B স্ট্রেপ্টোকক্কাস [62] এর একটি ভাইরাস নির্ধারক।
এইভাবে, এটা সম্ভব যে LhKNOT এবং ড্রোসোমাইসিন (এবং সম্ভবত অন্যান্য ফ্লাই এএমপি, যেমন ডিফেনসিন [63]) ধারণকারী একটি CPC ক্লিপ ইমিউন সিগন্যালিং (এবং/অথবা প্যাথোজেনের ভাইরুলেন্স প্রোটিনের সাথে আবদ্ধ), একইভাবে ব্যাকটেরিয়াল প্যাথোজেন/মেটাকে প্রভাবিত করতে পারে। পরজীবী ফলাফল। পূর্ববর্তী গবেষণায় দেখা গেছে যে হারলেকুইন বিটল অ্যাক্রোসিনাস লংগিমানাস থেকে তিনটি সমজাতীয় নটিন (আলো-1, 2, 3) খামির, ক্যান্ডিডা গ্লাব্রাটা [30] এর বিরুদ্ধে সক্রিয়। উপরন্তু, একটি ছিদ্র-গঠনকারী ক্যান্ডিডাসিডাল পেপটাইড, Psacotheasin, Candida albicans আক্রমণ করে [64]। অবশেষে, একটি উদ্ভিদ রোগজীবাণু মরিচা ছত্রাক, মেলাম্পসোরা লিরিক্স-জনপ্রিয়, তার প্রার্থী প্রভাবক হিসাবে একটি নটিন পেপটাইড উত্পাদন করে [65]।
ড্রোসোফিলার প্রাপ্তবয়স্ক প্যারাসাইটয়েড ওয়াপস দ্বারা একাধিক পুটেটিভ নটিন পেপটাইড নিঃসৃত হতে পারে বলে আমাদের অনুসন্ধান অপ্রত্যাশিত এবং কৌতূহলী ছিল। যদিও তাদের কার্যাবলী জানা নেই, একটি নটিন জিন পরিবারের সম্ভাব্য অস্তিত্ব তাদের কার্যাবলীতে কিছু অপ্রয়োজনীয়তার পরামর্শ দেয় যা পরজীবী জীবন ইতিহাসের সাথে যুক্ত হতে পারে। সম্পর্কহীন এবং এখনও-আবিষ্কৃত নটিনগুলিতে নটিন কাঠামোগত ভাঁজের অন্বেষণ মূল্যবান বলে প্রমাণিত হবে। আমাদের কাজ নটিন ফ্যামিলি প্রোটিন তদন্তের জন্য প্রস্তাবিত শারীরবৃত্তীয় কার্যকলাপের জন্য উল্লেখযোগ্য অবশিষ্টাংশের একটি সংক্ষিপ্ত তালিকা প্রদান করে। এই ধরনের তথ্য যৌক্তিক ওষুধ আবিষ্কার এবং সংক্রামক রোগ এবং সম্পর্কিত থেরাপির জন্য ডিজাইনে অন্তর্ভুক্ত করা যেতে পারে।
4. পদ্ধতি
4.1। ক্রম বিশ্লেষণ
NCBI নন-অপ্রয়োজনীয় প্রোটিন সিকোয়েন্স (nr) ডাটাবেসের প্রাথমিক স্ক্যান (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein; 4 এপ্রিল 2018 এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে), ট্রান্সক্রিপ্টোম শটগান অ্যাসেম্বলি (TSA) সিকোয়েন্স ডেটাবেস (https: //www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tsa; 16 এপ্রিল 2018-এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) [66], এবং প্রোটিন ডেটা ব্যাঙ্ক (PDB; https://www.rcsb.org; 5 জুলাই 2018-এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) NCBI BLAST (BLASTp; https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ Blast. cgi; ব্যবহার করে L. heteroatom knottin peptide (GAJC01011813.1) এর পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের অ্যামিনো অ্যাসিড সিকোয়েন্স সহ [৬৭] এপ্রিল 2018) [68] অন্যান্য জীবের সম্পর্কিত প্রোটিন ক্রম পুনরুদ্ধার করতে ব্যবহৃত হয়েছিল। অবস্থান-নির্দিষ্ট পুনরাবৃত্তিমূলক ব্লাস্ট (PSI-BLAST; https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi; 4 এপ্রিল 2022-এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) [69] এবং হিডেন মার্কভ মডেল (HMMER; https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer; 6 এপ্রিল 2022-এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) [70,71]। BLAST অনুসন্ধানগুলি শব্দ আকার 2 এবং স্কোরিং ম্যাট্রিক্স BLOSUM45-এ সামঞ্জস্য করা হয়েছিল, যখন ডিফল্ট প্যারামিটারগুলি HMMER-এর জন্য ব্যবহার করা হয়েছিল।
লেপ্টোপিলিনা এবং গ্যানাস্পিস এসপিপিতে নটিন হোমোলগ সনাক্ত করতে। প্রোটিন ডেটাবেসে অ্যাক্সেসযোগ্য নয়, জিনোমিক এবং ট্রান্সক্রিপ্টমিক ডেটাসেটের বিরুদ্ধে অনুবাদিত BLAST ব্যবহার করে লক্ষ্যবস্তু অনুসন্ধানগুলি নিযুক্ত করা হয়েছিল। অতিরিক্ত L. heteroatom knotins শনাক্ত করতে, L. heteroatom মহিলা পেটের ট্রান্সক্রিপ্টোম GAJC [72] এবং গ্রাউন্ড GHUQ (GenBank Accession: GHUP00000000; TSA: Leptopilina heteroatom স্ট্রেন ট্রান্সক্রিপ্ট এবং Lh14) থেকে পুরো শরীরের ট্রান্সক্রিপ্টোম স্পেস GHUP (GenBank Accession: GHUQ00000000; TSA: Leptopilina heteroatom strain Lh14, ট্রান্সক্রিপ্টোম শটগান) tblastn ব্যবহার করে অনুসন্ধান করা হয়েছিল (ই-মান থ্রেশহোল্ড 1 এ সেট করা হয়েছে, BLOSUM62, কম জটিলতার ফিল্টার সক্ষম করা হয়েছে, ফিল্টার 2 শতাংশ কভারেজ সেট করা হয়েছে) LhKNOT এর বিরুদ্ধে।
এল. বোলারডি নটিনস সনাক্ত করতে নিম্নলিখিত ট্রান্সক্রিপ্টোমগুলি একইভাবে অনুসন্ধান করা হয়েছিল: এল. বোলারডি মহিলা পেটের ট্রান্সক্রিপ্টোম GAJA [72] এবং গ্রাউন্ড GITC (GenBank Accession: GITC00000000; TSA: Leptopilina boulardi স্ট্রেন, Lb17) থেকে পুরো শরীরের ট্রান্সক্রিপ্টোম ট্রান্সক্রিপ্টোম শটগান), স্পেস জিআইএসএক্স (জেনব্যাঙ্ক অ্যাক্সিশন: জিআইএসএক্স00000000; টিএসএ: লেপ্টোপিলিনা বোলারডি স্ট্রেন Lb17, ট্রান্সক্রিপ্টোম শটগান), এবং GGGI00000000 (মহিলা পেট/মাথা) [73]। উপরন্তু, Ganaspis spp-এর লক্ষ্যবস্তু অনুসন্ধান। homologs বাহিত হয়. জি. হুকেরির জন্য, GAIW00000000 TSA: Ganaspis spp.
LhKNOT ক্যোয়ারী ব্যবহার করে G1 ডেটাসেট [74] অনুসন্ধান করা হয়েছে (tblastn, ই-মান থ্রেশহোল্ড 1 এ সেট করা হয়েছে, BLOSUM45, কম জটিলতা ফিল্টার সক্ষম করা হয়েছে, ক্যোয়ারী কভারেজ ফিল্টার 20 শতাংশে সেট করা হয়েছে)। এক্সপ্যাসি টুল (web.expasy.org/translate/; 9 ডিসেম্বর 2022-এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) এই TSA ক্রমগুলি অনুবাদ করতে ব্যবহার করা হয়েছিল [75]। ফলস্বরূপ ভবিষ্যদ্বাণী করা পেপটাইড ক্রমগুলি সিস্টাইন মোটিফের উপস্থিতির উপর ভিত্তি করে ম্যানুয়ালি কিউরেট করা হয়েছিল। G. brasiliensis-এর জন্য, AUGUSTUS-ভিত্তিক (http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus; 9 এপ্রিল 2020 এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) [76] আংশিকভাবে একত্রিত জিনোমিক সিকোয়েন্স থেকে জিনের পূর্বাভাস (জেন-ব্যাঙ্ক: GCA{{15} }.1) নাসোনিয়া ভিট্রিপেনিস জিনোম প্রশিক্ষণ মডিউল ব্যবহার করে তৈরি করা হয়েছিল।
ফলস্বরূপ ভবিষ্যদ্বাণীকৃত প্রোটিনগুলি LhKNOT এর বিপরীতে ব্লাস্টপ (ই-মান থ্রেশহোল্ড 1 এ সেট করা হয়েছে, কম জটিলতা ফিল্টার সক্ষম করা হয়েছে, ক্যোয়ারী কভারেজ ফিল্টার 20 শতাংশে সেট করা হয়েছে) ব্যবহার করে অনুসন্ধান করা হয়েছে। নটিন মোটিফের উপস্থিতি নিশ্চিত করতে এবং আরও কিউরেশনের জন্য EBI-এর Clustal Omega (https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo; 9 ডিসেম্বর 2022-এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) ব্যবহার করে সারিবদ্ধকরণ এবং ভিজ্যুয়ালাইজেশন করা হয়েছিল। ক্রম
T-COFFEE (https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee; 9 ডিসেম্বর 2022-এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) [78] ব্যবহার করে একাধিক সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট তৈরি করতে চিহ্নিত সিকোয়েন্সের সেটটি LhKNOT-তে সারিবদ্ধ করা হয়েছিল এবং এটি ব্যবহার করে ভিজ্যুয়ালাইজ করা হয়েছিল ESPript3 (https://espript.ibcp.fr/ESPript/ESPript/index.php; 9 ডিসেম্বর 2022-এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) [79] সারিবদ্ধ ক্রমগুলিতে কোনও সংরক্ষিত অবশিষ্টাংশ এবং/অথবা মোটিফ(গুলি) সনাক্ত করতে।
4.2। LhKNOT প্রাথমিক কাঠামো বিশ্লেষণ
LhKNOT ক্রমটি ডোমেন/মোটিফ সনাক্তকরণ ডেটাবেস সংরক্ষিত ডোমেন ডেটাবেস (CDD; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd. shtml; 6 এপ্রিল 2018-এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) এবং Pfam ( pfam.xfam.org; 6 এপ্রিল 2018 এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) যেকোনো ডোমেন বা সিকোয়েন্স স্বাক্ষর সনাক্ত করতে [80,81]।
সিগন্যাল সিকোয়েন্স ভবিষ্যদ্বাণী সফ্টওয়্যার SignalP{{0}} ব্যবহার করে ক্রমটি আরও বিশ্লেষণ করা হয়েছিল৷{3}} (https://services.healthtech.dtu. dk/service.php?SignalP-5 .0; 6 এপ্রিল 2018-এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) [82] এবং ফোবিয়াস (https://www. ebi.ac.uk/Tools/pfa/phobias; 6 এপ্রিল 2018-এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) [83] সংকেত ক্রমটির অবস্থান সনাক্ত করতে এবং পেপটাইডের আরও সঠিক বৈশিষ্ট্যের জন্য অনুমতি দেয়। 36টি অ্যামিনো অ্যাসিডের পরিপক্ক পেপটাইড (পূর্বাভাসিত সংকেত ক্রম সহ, অবশিষ্টাংশ 1-24, সরানো) আরও বিশ্লেষণের জন্য ব্যবহার করা হয়েছিল।
পেপটাইডের গৌণ কাঠামোটি মেটা-সার্ভার সিমপ্রেড ব্যবহার করে ভবিষ্যদ্বাণী করা হয়েছিল (https://www.ibi.vu.nl/programs/sympredwww; 6 এপ্রিল 2018-এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) [84] এবং প্রত্যাশিত মাধ্যমিকের সাথে এর সঙ্গতি নিশ্চিত করার জন্য বিশ্লেষণ করা হয়েছিল একটি গিঁট ভাঁজের জন্য গঠন: একটি প্রাথমিক আলফা-হেলিকাল সেগমেন্ট (পূর্বাভাসিত সংকেত ক্রম) তারপর তিনটি অ্যান্টি-সমান্তরাল বিটা স্ট্র্যান্ড।
4.3। তৃতীয় স্তরের কাঠামোর পূর্বাভাস এবং এলএইচকেএনওটি এবং এর হোমোলজগুলির মূল্যায়ন
I-Tasser প্রোগ্রামগুলি (https://zhanggroup.org/I-TASSER; 16 এপ্রিল 2018-এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) [85], মডেলার (https://salilab.org/modeller; 16 এপ্রিল 2018-এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) [{{7 }}], এবং HHPred (https://toolkit.tuebingen.mpg.de/tools/hhpred; 6 এপ্রিল 2018 এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) [37] LhKNOT-এর তৃতীয় কাঠামোর মডেল করতে ব্যবহৃত হয়েছিল। গাঁটের মতো ভাঁজ অ্যালো-3 (PDB: 1Q3J) [30], omega-agatoxin-IVA (PDB: 1IVA) [28], এবং PAFP-S (PDB: 1DKC) [25] সহ তিনটি কাঠামোগত হোমোলগ শীর্ষ প্রার্থী হিসাবে চিহ্নিত করা হয়েছিল এবং মডেল বিল্ডিং প্রোগ্রামগুলিতে টেমপ্লেট হিসাবে ব্যবহৃত হয়েছিল।
LhKNOT-এর ভবিষ্যদ্বাণী করা মডেলটি Verify3D (https://www.doe-mbi.ucla.edu/verify3d; 18 এপ্রিল 2018-এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) [৩৯], VoroMQA (https://bioinformatics.lt/wtsam/voromqa;) দ্বারা মূল্যায়ন করা হয়েছে। 18 এপ্রিল 2018 এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) [40], এবং প্রসাওয়েব (https://prosa.services.came.sbg.ac.at/prosa.php; 18 এপ্রিল 2018-এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) [38]। স্ট্যান্ডার্ড মূল্যায়ন সরঞ্জামগুলির সাথে ছোট পেপটাইডগুলি মূল্যায়নের সীমাবদ্ধতা থাকতে পারে।
এইভাবে, এনএমআরের সমাধানকৃত তৃতীয় কাঠামোর স্কোর এবং অনুরূপ আকার এবং আকৃতির ক্রিস্টালোগ্রাফি থেকে প্রাপ্ত পেপটাইডগুলি (PDB: 1Q3J, 1IVA, এবং 1DKC) আমাদের LhKNOT মডেলগুলির মূল্যায়ন স্কোর ব্যাখ্যা করতে ব্যবহৃত হয়েছিল। শীর্ষস্থানীয় মডেলটি HHPred [37] ব্যবহার করে তৈরি করা হয়েছিল, একটি মডেলিং প্রোগ্রাম যা অন্তর্নিহিত মডেল-বিল্ডিং প্রোগ্রাম ব্যবহার করে, মডেলার [86] একটি সংযম-ভিত্তিক তুলনামূলক মডেলিং পদ্ধতি ব্যবহার করে। এছাড়াও, KNOTTIN ডাটাবেসের KNOTER3D টুল (https://www.dsimb.inserm.fr/KNOTTIN/knoter3d.php; 15 মে 2020 এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) [36] মডেলের তৃতীয় কাঠামোর মূল্যায়ন করার জন্য ব্যবহার করা হয়েছিল, LhKNOT এর গ্রহণের বিষয়টি নিশ্চিত করে নটিন ভাঁজ। কোনও পরিচিত কাঠামো ছাড়াই সমস্ত চিহ্নিত হোমোলগগুলি HHPred [37] এ চিহ্নিত শীর্ষ টেমপ্লেট ব্যবহার করে মডেল করা হয়েছিল।
4.4। CPC ক্লিপ মোটিফ সনাক্তকরণ
ক্যাকটাস পেরেস্কিয়া ব্লিও (PDB: 5XBD) [26] প্রোগ্রামগুলি ব্যবহার করে সুপারপোজ (http://superpose.wishartlab.com; 12 সেপ্টেম্বর 2 এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে {11}}18) [87] এবং মাল্টিপ্রোট (http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/MultiProt; 12 সেপ্টেম্বর 2018 এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) [88] একটি হেপারিন-বাইন্ডিং CPC ক্লিপ মোটিফের উপস্থিতির পরামর্শ দিয়েছে। LhKNOT-এ CPC ক্লিপের উপস্থিতি নিশ্চিত করতে, প্রোগ্রাম ব্যবহার করে ডকিং বিশ্লেষণ, ClusPro 2.0 (যা লিগ্যান্ড হিসাবে হেপারিনের জন্য নির্দিষ্ট পরামিতি প্রদান করে; https://cluspro.org; 2 মার্চ 2019-এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) [89], এবং পরবর্তী বিশ্লেষণ ভিজ্যুয়ালাইজেশন প্রোগ্রামে ভবিষ্যদ্বাণীকৃত ডকিং পরিস্থিতিতে, PyMOL (https://pymol.org; 10 মার্চ 2019-এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) [90] করা হয়েছিল।
নিম্নলিখিত পদক্ষেপগুলি ব্যবহার করে পুটেটিভ CPC ক্লিপ মোটিফ গঠনকারী অবশিষ্টাংশগুলি সনাক্ত করার জন্য সমস্ত সম্ভাব্য ডকিং পরিস্থিতি বিশ্লেষণ করা হয়েছিল। LhKNOT এবং হেপারিন-এর মধ্যে সমস্ত মেরু মিথস্ক্রিয়া PyMOL-তে ভিজ্যুয়ালাইজ করা হয়েছিল এবং অংশগ্রহণকারী অবশিষ্টাংশের তালিকা সংকলন করা হয়েছিল। প্রয়োজনীয় Cation-পোলার-Cation মিথস্ক্রিয়া থাকা ভবিষ্যদ্বাণীগুলি তারপর অংশগ্রহণকারী অবশিষ্টাংশের আলফা কার্বনের মধ্যে দূরত্বের পাশাপাশি অংশগ্রহণকারী অবশিষ্টাংশের ভরের কেন্দ্রের মধ্যে দূরত্ব পরিমাপ করে CPC ক্লিপ মোটিফ প্যারামিটার মেনে চলার জন্য আরও যাচাই করা হয়েছিল। PyMOL এর "পরিমাপ" উইজার্ড টুলটি অংশগ্রহণকারী অবশিষ্টাংশের কার্বনের মধ্যে দূরত্ব পরিমাপ করতে ব্যবহৃত হয়েছিল।
ভরের কেন্দ্রগুলির মধ্যে দূরত্ব মূল্যায়ন করার জন্য, Pymolwiki ওয়েবসাইটে উপলব্ধ একটি ব্যবহারকারী-উত্পাদিত স্ক্রিপ্ট (Henschel, https://pymolwiki.org/index.php/Center_of_ ভর; অ্যাক্সেস করা হয়েছে 15 মার্চ 2019) ভরের গণনা করা সাইডচেইন কেন্দ্রে সিউডো-পরমাণু তৈরি করতে ব্যবহৃত হয়েছিল। PyMOL এর APBS ইলেক্ট্রোস্ট্যাটিক্স প্লাগইন [91] মডেল করা LhKNOT এর জন্য পৃষ্ঠের ইলেক্ট্রোস্ট্যাটিক্স রেন্ডার করতে ব্যবহৃত হয়েছিল। পরিপূরক সারণি S5-এ অবশিষ্ট নটিন প্রোটিনের প্রতিটিতে সিপিসি ক্লিপ মোটিফ সনাক্ত করার জন্য অনুরূপ পদক্ষেপ করা হয়েছিল।
4.5। অন্যান্য GAG-এর সাথে LhKNOT-এর অ্যাসোসিয়েশন
CPC ক্লিপ অতিরিক্ত GAG-এর সাথে আবদ্ধ করার সুবিধা দেবে কিনা তা মূল্যায়ন করতে, হায়ালুরোনিক অ্যাসিড (PDB: 1HYA) এবং কেরাটান সালফেট (PDB: 1KES) দিয়ে আরও ডকিং করা হয়েছিল। হায়ালুরোনিক অ্যাসিডের ক্ষেত্রে, অণুর চারপাশের স্থান থেকে বহিরাগত পরমাণু (O, Na) সরানো হয়েছিল। কেরাটান সালফেটের মডেল হিসাবে ব্যবহার করা হয়েছিল। অটোডক ব্যবহার করে ডকিং করা হয়েছিল (https://autodock.scripps.edu; 7 এপ্রিল 2020 এ অ্যাক্সেস করা হয়েছে) [92], এবং ফলাফলগুলি PyMOL-এ ভিজ্যুয়ালাইজ করা হয়েছিল। GAG-CPC ক্লিপ বাইন্ডিং নিশ্চিত করতে Ligplots তৈরি করতে ফলাফলগুলি তারপর PDBSum-এ ইনপুট করা হয়েছিল (http://www.ebi.ac. uk/thornton-srv/databases/pdbsum/Generate.html; অ্যাক্সেস করা হয়েছিল 10 এপ্রিল 2020) [93] .
4.6। LhKNOT-এ পরিবর্তিত CPC ক্লিপের জন্য প্রোটিন-হেপারিন ডকিং বিশ্লেষণ
হেপারিন বাইন্ডিং-এ CPC ক্লিপের গুরুত্ব তদন্ত করার জন্য, LhKNOT-এর পরিবর্তিত মডেলগুলি PyMOL-এর মিউটাজেনেসিস টুল ব্যবহার করে তৈরি করা হয়েছিল, CPC ক্লিপের অবশিষ্টাংশগুলিকে অ্যালানাইন দিয়ে প্রতিস্থাপন করে। মডেলগুলি টুকরো টুকরো তৈরি করা হয়েছিল, প্রথমে শুধুমাত্র R14, তারপর R1 এবং R14 এবং অবশেষে R14, R1 এবং S3 প্রতিস্থাপন করে। সমস্ত মডেলের হেপারিন ডকিং ClusPro ব্যবহার করে সম্পাদিত হয়েছিল এবং পূর্বে বর্ণিত হিসাবে বিশ্লেষণ করা হয়েছিল।
4.7। স্ট্রাকচারাল হোমোলজ এবং ড্রোসোমাইসিনে প্রোটিন-হেপারিন ডকিং বিশ্লেষণ
নটিন পেপটাইড পরিবারে CPC ক্লিপ মোটিফের উপস্থিতি আরও মূল্যায়ন করার জন্য, পূর্ববর্তী পদ্ধতিগুলিকে আরও প্রসারিত করা হয়েছিল (a) LhKNOT (PDB: 5XBD, 1Q3J, 1IVA, এবং 1DKC) [25,26,28,30] এর কাঠামোগত হোমোলগগুলিতে। ]; (b) ড্রোসোফিলা ড্রোসোমাইসিন (PDB: 1MYN) [43], পরিচিত অ্যান্টিফাঙ্গাল কার্যকলাপ সহ একটি পেপটাইড; (c) মডেল করা সমজাতীয় নটিন প্রোটিন এবং (d) KNOTTIN ডাটাবেসের বিভিন্ন বিভাগ থেকে প্রতিনিধি নটিন। পরিমাপ CPC ক্লিপ প্যারামিটারের 3Å এর মধ্যে পড়লে, প্রোটিন লুপ গঠনের কিছু নমনীয়তার জন্য ফলাফলগুলিকে মোটিফ মেনে চলার জন্য বিবেচনা করা হত।
সম্পূরক উপকরণ:
নিম্নলিখিত সহায়ক তথ্য https://www.mdpi.com/article/10.3390/pathogens12010143/s1 থেকে ডাউনলোড করা যেতে পারে। টেবিল S1. বিভিন্ন ক্রম-ভিত্তিক পন্থা ব্যবহার করে LhKNOT-এর হোমোলগ চিহ্নিত করা হয়েছে। টেবিল S2। LhKNOT এর পুটেটিভ এল. হেটেরোটোমা হোমোলজ। তিনটি Lh14 ট্রান্সক্রিপ্টোম ডেটাসেট থেকে tblastn এর মাধ্যমে সিকোয়েন্সগুলি সনাক্ত করা হয়েছিল (অ্যাক্সিশন নম্বরগুলির জন্য পদ্ধতিগুলি দেখুন)।
ছায়াযুক্ত কোষ দ্বারা গোষ্ঠীবদ্ধ প্রতিলিপিগুলি অভিন্ন নটিন পেপটাইড এনকোড করে। ট্রান্সক্রিপ্ট অ্যাকসেশান নম্বরগুলিকে বোল্ড এনকোডে দেখানো হয়েছে দুটি স্বতন্ত্র পেপটাইড। NCBI বিস্ফোরণ ফলাফল থেকে উপলব্ধ বিবরণ সারণী থেকে ফলাফল পুনরুদ্ধার করা হয়েছে। টেবিল S3. Putative L. boulardi knottin homologs of LhKNOT. চারটি এল. বোলারডি ট্রান্সক্রিপ্টোম ডেটাসেট থেকে টিব্লাস্টনের মাধ্যমে সিকোয়েন্সগুলি সনাক্ত করা হয়েছিল (অ্যাক্সিশন নম্বরগুলির জন্য পদ্ধতিগুলি দেখুন)। বিভিন্ন প্রতিলিপি থেকে প্রাপ্ত অভিন্ন নটিন পেপটাইডগুলি রঙ দ্বারা গোষ্ঠীভুক্ত করা হয়। NCBI বিস্ফোরণ ফলাফল থেকে বিবরণ টেবিল থেকে ফলাফল পুনরুদ্ধার করা হয়েছে। টেবিল S4.
Ganaspis spp. থেকে Putative knottin sequences, homologous to LhKNOT. জি. হুকেরি সিকোয়েন্সগুলি টিব্লাস্টন দিয়ে চিহ্নিত করা হয়েছিল, যখন জি. ব্রাসিলিয়েনসিস সিকোয়েন্সগুলি একটি বিস্ফোরণ দ্বারা চিহ্নিত করা হয়েছিল। G. hookeri এবং G. brasiliensis-এর ফলাফল NCBI সার্চ ফলাফল থেকে পাওয়া বর্ণনা সারণী থেকে পুনরুদ্ধার করা হয়েছে। ছায়াযুক্ত ক্রম অভিন্ন পেপটাইড এনকোড করে। টেবিল S5.
পরীক্ষা করা পরিচিত নটিন, মডেল করা নটিন পেপটাইড এবং ড্রোসোমাইসিনের CPC ক্লিপগুলিতে অ্যামিনো অ্যাসিডের অবশিষ্টাংশের একটি তালিকা। আলফা-কার্বনের দূরত্ব পরিমাপ (Å) এবং চিহ্নিত CPC ক্লিপ মোটিফগুলির অংশগ্রহণকারী অবশিষ্টাংশের ভরের সাইডচেইন কেন্দ্র (ছদ্ম-পরমাণুর মাধ্যমে) দেখানো হয়েছে। কী: প্লাস পরিচিত আক্রমণাত্মক নটিন (বিষাক্ত পদার্থ), Φ সিলিকো মডেলে, * নন-নটিন ফোল্ড, ±অল্টারনেট পুটেটিভ পেপটাইড, একই প্রতিলিপি থেকে উদ্ভূত পেপটাইডগুলিকে চিহ্নিত করতে সবুজ এবং হলুদে হাইলাইট করা হয়েছে। চিত্র S1: (A) Prosa-ওয়েব মূল্যায়ন প্রোফাইল। মডেলের জেড-স্কোরটি পিডিবি (বাম) থেকে পরিচিত কাঠামোর জেড-স্কোরের পটভূমিতে একটি কালো বিন্দু হিসাবে উপস্থাপন করা হয়েছে এবং ক্রমবর্ধমান ক্রমে নীল থেকে লাল রঙের অবশিষ্টাংশ সহ ত্রি-মাত্রিক মডেল LhKNOT-এর ভিজ্যুয়ালাইজেশন। অবশিষ্ট শক্তি (ডান)। (খ) মূল্যায়ন প্রোফাইল যাচাই করুন। প্লটটি LhKNOT-এর জন্য গড় এবং কাঁচা 1D-3D স্কোর দেখায় এবং উপরের প্যানেলটি অবশিষ্টাংশের শতাংশ তালিকা করে যা গড়ে 0.2 বা তার বেশি স্কোর করেছে।
একটি উত্তীর্ণ মডেলের কমপক্ষে 80 শতাংশ অবশিষ্টাংশ 0.2 এর উপরে স্কোর করে। (C) VoroMQA মূল্যায়ন প্রোফাইল। উচ্চ-মানের এক্স-রে স্ট্রাকচার স্কোর (বাম) এবং স্থানীয় স্কোরের প্লট এবং LhKNOT (ডানদিকে) সামগ্রিক স্কোরের পরিপ্রেক্ষিতে VoroMQA গ্লোবাল স্কোর। চিত্র S2। কেরাটান সালফেটের (PDB: 1KES) সাথে LhKNOT-এর মিথস্ক্রিয়া দেখানো লিগপ্লট CPC ক্লিপের অবশিষ্টাংশ (R1-S3-R14) অন্তর্ভুক্ত করে। সবুজ ড্যাশড লাইন হাইড্রোজেন বন্ড মিথস্ক্রিয়া চিত্রিত করে। চিত্র S3। হায়ালুরোনিক অ্যাসিড (PDB: 1HYA) এর সাথে LhKNOT-এর মিথস্ক্রিয়া দেখানো লিগপ্লট CPC ক্লিপের অবশিষ্টাংশ (R1-S3-R14) অন্তর্ভুক্ত করে।
সবুজ ড্যাশড লাইন হাইড্রোজেন বন্ড মিথস্ক্রিয়া চিত্রিত করে। চিত্র S4। (A) লিগপ্লট প্রাথমিক CPC ক্লিপের মাধ্যমে বন্য-টাইপ LhKNOT-এর মিথস্ক্রিয়া দেখায় (R1-S3-R14)। (B) Ligplot মিউট্যান্ট R14A LhKNOT একটি সেকেন্ডারি CPC ক্লিপ (R1-S3-R30) এর মাধ্যমে হেপারিন-এর সাথে ইন্টারঅ্যাকশন করছে। সবুজ ড্যাশড লাইন হাইড্রোজেন বন্ড মিথস্ক্রিয়া চিত্রিত করে। রেফারেন্স [94-111] সম্পূরক উপকরণে উদ্ধৃত করা হয়েছে।
লেখকের অবদান:
ধারণা, SS, SG, এবং JA; পদ্ধতি, JA, এবং SS; বৈধতা, SS, SG, JA, JL, এবং LVC; আনুষ্ঠানিক বিশ্লেষণ, JA, JL এবং LVC; তদন্ত, JA, JL, এবং LVC; সম্পদ, এসএস এবং এসজি; ডেটা কিউরেশন, JA, JL, এবং LVC; লেখা-মূল খসড়া প্রস্তুতি, JA; লেখা—পর্যালোচনা এবং সম্পাদনা, SS, SG, JA, JL এবং LVC; ভিজ্যুয়ালাইজেশন, JA, এবং JL; তত্ত্বাবধান, এসএস এবং এসজি; প্রকল্প প্রশাসন, এসএস এবং এসজি সমস্ত লেখক পাণ্ডুলিপিটির প্রকাশিত সংস্করণটি পড়েছেন এবং সম্মত হয়েছেন।
অর্থায়ন:
এই গবেষণা কোন তহবিল পায়নি।
প্রাতিষ্ঠানিক পর্যালোচনা বোর্ডের বিবৃতি:
প্রযোজ্য নয়।
অবহিত সম্মতি বিবৃতি:
প্রযোজ্য নয়।
ডেটা উপলব্ধতা বিবৃতি:
এই গবেষণায় উপস্থাপিত তথ্য নিবন্ধ এবং পরিপূরক উপকরণ পাওয়া যায়.
স্বীকৃতি:
G. brasiliensis জিন ভবিষ্যদ্বাণীতে সাহায্যের জন্য আমরা ব্রায়ান ওয়ের কাছে কৃতজ্ঞ এবং পরিসংখ্যান ফর্ম্যাট করার জন্য সাহায্যের জন্য এসএ তাসনিম আহমেদ।
স্বার্থের সংঘাত:
লেখক আগ্রহের কোন দ্বন্দ্ব ঘোষণা।
তথ্যসূত্র
1. Penczykowski, RM; লেইন, এএল; কোসকেল্লা, বি. স্কেল জুড়ে হোস্ট-প্যারাসাইট মিথস্ক্রিয়াগুলির পরিবেশবিদ্যা এবং বিবর্তন বোঝা। ইভোল আবেদন 2015, 9, 37-52। [ক্রসরেফ] [পাবমেড]
2. Lambrechts, L.; ফেলাস, এস.; কোয়েলা, জেসি হোস্ট এবং প্যারাসাইট জিনোটাইপগুলির মধ্যে সহবিবর্তনীয় মিথস্ক্রিয়া। ট্রেন্ডস প্যারাসিটল। 2006, 22, 12-16। [ক্রসরেফ]
3. কুইক, ডিএল পরজীবী ওয়াসপস; স্প্রিংগার: ডরড্রেচ্ট, নেদারল্যান্ডস, 1997।
4. পোইরি, এম.; কলিনেট, ডি.; গ্যাটি, জে. প্যারাসিটয়েড ওয়াসপ বিষের কার্যকারিতা এবং বিবর্তনের অন্তর্দৃষ্টি। কার মতামত পোকা বিজ্ঞান. 2014, 6, 52-60। [ক্রসরেফ] [পাবমেড]
5. Kraijeveld, AR; গডফ্রে, এইচসিজে হোস্ট রেজিস্ট্যান্স এবং প্যারাসিটয়েড কাউন্টার-প্রতিরোধের বিবর্তন। অ্যাড. প্যারাসিটল। 2009, 70, 257-280। [ক্রসরেফ] [পাবমেড]
6. বার্ক, জিআর; স্ট্র্যান্ড, এমআর একটি ওয়াপ পরজীবী অস্ত্রাগারের পদ্ধতিগত বিশ্লেষণ। মোল. ইকোল। 2014, 23, 890-901। [ক্রসরেফ] [পাবমেড]
7. ইয়ান, জেড; ফ্যাং, প্র.; ওয়াং, এল.; লিউ, জে.; ঝু, ওয়াই.; ওয়াং, এফ.; লি, এফ.; ওয়ারেন, জেএইচ; ইয়ে, জি. প্রোটিওমিক এবং ট্রান্সক্রিপ্টোমিক বিশ্লেষণকে একত্রিত করে একটি এন্ডোপ্যারাসিটয়েড ওয়াস্পের বিষের গঠন এবং বিবর্তনের অন্তর্দৃষ্টি। বিজ্ঞান Rep. 2016, 6, 19604। [CrossRef]
8. লু, সি.; ড্রিসকেল, এসি; লিপস, জে.; বাফিংটন, পূর্ব মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রের লেপ্টোপিলিনা (Hymenoptera, Cynipoidea, Figitidae, Eucoilinae) গণের ML পর্যালোচনা, তিনটি নতুন বর্ণিত প্রজাতি সহ। J. হাইমেনোপ্টেরা। Res. 2016, 53, 35-76। [ক্রসরেফ]
9. হেভনার, ME; হাজিন্স, এডি; রাজওয়ানি, আর.; মোরালেস, জে.; গোবিন্দ, এস. কার্যকরী জিনোমিক্সের সাথে পোকামাকড়ের প্রতিরোধ ক্ষমতা একত্রিত করার জন্য প্রাকৃতিক ড্রোসোফিলা-প্যারাসিটয়েড মডেল ব্যবহার করছেন। কার মতামত পোকা বিজ্ঞান. 2014, 6, 61-67। [ক্রসরেফ]
10. লি, এমজে; Kalamarz, ME; পদিভাতলা, আই.; ছোট, সি.; রাজওয়ানি, আর.; গোবিন্দ, এস. ভাইরুলেন্স ফ্যাক্টরস অ্যান্ড স্ট্র্যাটেজিস অফ লেপটোপিলিনা এসপিপি।: ড্রোসোফিলা হোস্টে নির্বাচনী প্রতিক্রিয়া। অ্যাড. প্যারাসিটল। 2009, 70, 123-145। [ক্রসরেফ]
11. বুচন, এন.; সিলভারম্যান, এন.; চেরি, এস. ড্রোসোফিলা মেলানোগাস্টারে অনাক্রম্যতা—অণুজীবের স্বীকৃতি থেকে পুরো-জীব শারীরবিদ্যা পর্যন্ত। নাট. রেভ. ইমিউনল। 2014, 14, 796–810। [ক্রসরেফ]
12. গোবিন্দ, এস. ড্রোসোফিলায় সহজাত অনাক্রম্যতা: প্যাথোজেন এবং পথ। পোকা বিজ্ঞান. 2008, 15, 29-43। [ক্রসরেফ]
13. কৌনাতিদিস, আই.; Ligoxygakis, P. Drosophila সংক্রমণের সহজাত অনাক্রম্যতার স্তরগুলি উন্মোচন করার জন্য একটি মডেল সিস্টেম হিসাবে। Biol খুলুন। 2012, 2, 120075। [ক্রসরেফ]
14. শ্লেঙ্কে, টিএ; মোরালেস, জে.; গোবিন্দ, এস.; ক্লার্ক, এজি ড্রোসোফিলা মেলানোগাস্টারের সাধারণ এবং বিশেষজ্ঞ ওয়াসপ প্যারাসাইটয়েডের বিপরীতে সংক্রমণ কৌশল। পিএলওএস প্যাথগ। 2007, 3, 1486-1501। [ক্রসরেফ]
15. কিউ, পি.; প্যান, পিসি; গোবিন্দ, এস. লার্ভা হেমাটোপয়েসিসে ড্রোসোফিলা টোল/ক্যাকটাস পথের ভূমিকা। উন্নয়ন 1998, 125, 1909-1920। [ক্রসরেফ]
For more information:1950477648nn@gmail.com